Supplementary File 3: alignment of swine influenza M1 sequences 2007_10_02_cdsAHB22142_A/swine/Manitoba/01781/2007_M1_H1N1 'MSLLTEVETYVLSIVPSGPLKAEIAQRLEDVFAGKNTDLEALMEWLKTRPILSPLTKGILGFVFTLTVPSERGLQRRRFVQNALNGNGDPNNMDKAVKLYRKLKREITFHGAKEVALSYSAGALASCMGLIYNRMGTVATEVAFGLVCATCEQIADSQHRSHRQMVTTTNPLIRHENRMVIASTTAKAMEQMAGSSEQAAEAMEVASQARQMVQAMRTIGTHPSSSTGLKDDLLENLQAYQKRMGVQMQRFK' 2008___cdsADM18052_A/swine/Minnesota/02011/2008_M1_H1N2 'MSLLTEVETYVLSIVPSGPLKAEIAQRLEDVFAGKNTDLEALMEWLKTRPILSPLTKGILGFVFTLTVPSERGLQRRRFVQNALNGNGDPNNMDKAVKLYRKLKREITFHGAKEVALSYSAGALASCMGLIYNRMGTVATEVAFGLVCATCEQIADSQHRSHRQMVTTTNPLIRHENRMVIASTTAKAMEQMAGSSEQAAEAMEVASQARQMVQAMRTIGTHPSSSTGLKDDLLENLQAYQKRMGVQMQRFK' 2012_07_23_cdsAFU09918_A/swine/Indiana/A01301135/2012_M1_H1N2 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