Reduced (10,730 bp) dataset:

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<!--       by Alexei J. Drummond, Andrew Rambaut and Marc A. Suchard         -->
<!--       Department of Computer Science, University of Auckland and        -->
<!--       Institute of Evolutionary Biology, University of Edinburgh        -->
<!--       David Geffen School of Medicine, University of California, Los Angeles-->
<!--       http://beast.bio.ed.ac.uk/                                        -->
<beast>

	<!-- The list of taxa to be analysed (can also include dates/ages).          -->
	<!-- ntax=50                                                                 -->
	<taxa id="taxa">
		<taxon id="B5493_BisonLatifrons_Colorado">
			<date value="120000.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="AE006_Chukotka_27247">
			<date value="27247.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="AE010_Taimyr_47452">
			<date value="47452.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="AE012_Taimyr_35827">
			<date value="35827.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="AE014_Taimyr_36296">
			<date value="36296.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="AE015_Taimyr_46823">
			<date value="46823.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="AE017_Taimyr_38227">
			<date value="38227.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="AE033_CharLakeCave_11871">
			<date value="11871.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="AE035_CharLakeCave_11598">
			<date value="11598.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="AE061_RauRiv_10817">
			<date value="10817.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="AF019_Edmonton_12927">
			<date value="12927.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="AF027_Edmonton_385">
			<date value="385.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="AF028_Edmonton_13165">
			<date value="13165.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="BL008_Tsiigehtchic_13686">
			<date value="13686.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="BL225_Tuktoyaktuk_13094">
			<date value="13094.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="BL227_Inuvik_11314">
			<date value="11314.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="BS337-AE032_CharLakeCave_12253">
			<date value="12253.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="Bison1_BisonBison_0">
			<date value="0.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="B790_BisonBison_0">
			<date value="0.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="B853_BisonBison_0">
			<date value="0.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="B854_BisonBison_0">
			<date value="0.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="B855_BisonBison_0">
			<date value="0.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="B877_BisonBison_0">
			<date value="0.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="B880_BisonBison_0">
			<date value="0.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="B897_BisonBison_0">
			<date value="0.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="B925_BisonBison_0">
			<date value="0.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="B929_BisonBison_0">
			<date value="0.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="MS002_Klondike_32368">
			<date value="32368.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="MS014_Klondike_15385">
			<date value="15385.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="MS018_Klondike_30641">
			<date value="30641.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="MS022_Klondike_42364">
			<date value="42364.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="MS047_Klondike_19783">
			<date value="19783.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="MS055_Klondike_42462">
			<date value="42462.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="MS056_Klondike_17197">
			<date value="17197.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="MS057_Klondike_41941">
			<date value="41941.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="MS058_Klondike_37986">
			<date value="37986.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="MS213_OldCrow_13861">
			<date value="13861.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="MS219_OldCrow_14219">
			<date value="14219.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="MS220_OldCrow_14360">
			<date value="14360.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="MS221_OldCrow_14409">
			<date value="14409.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="MS223_OldCrow_14254">
			<date value="14254.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="MS226-DC009_ChijeesBluff_OldCrow">
			<date value="128500.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="MS242_OldCrow_13873">
			<date value="13873.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="PH025_Edmonton_4518">
			<date value="4518.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="PH027_Edmonton_13008">
			<date value="13008.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="PH034_Edmonton_13023">
			<date value="13023.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="Yak1_BosGrunniens_0">
			<date value="0.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="Yak4_BosGrunniens_0">
			<date value="0.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="Yak2_BosGrunniens_0">
			<date value="0.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="Yak3_BosGrunniens_0">
			<date value="0.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
	</taxa>

	<!-- The sequence alignment (each sequence refers to a taxon above).         -->
	<!-- ntax=50 nchar=5204                                                      -->
	<alignment id="alignment1" dataType="nucleotide">
		<sequence>
			<taxon idref="B5493_BisonLatifrons_Colorado"/>
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			CTCTCACAAACGCTGAGGCAACATCTATAAACAACCGTGGTGGGCGCTAATTATCCTGAAAATTGTAAAAACAAATACTGCGTTATAAAAACGAGTGGGGAATTCAGTTTGCGGGAAGGCCGGTTACAGGAGTACGAGTTCAACAATGCCCATACGCGATAACTGCGCGGAGATGCTGCCCTCCTGAGGCACGTGCCCTAATTAGATGCACAGAAAAAGTTAACCGCAAGAACGTCCATACGTTAGACTATTGTAACACAGGCGACAAGGCTAGACTAAAGCAGGACGCAGACTCAGTTTAGCAAGGGAATTAACAATAGATTAGATAACAATTGCCGCCCTTACAAAAGAATCAATAACTCAGACTGGTAAACCAAGCGCAGAATGTATATTATCGTTCAAACCCGCTAACTAACATGTTCCGCATCGGACCAAATCGCAAGTACGAACAGTGAGTGGTTTAAGTGAGTATGGTTCGTTAAGGTGTAAGAGAGCTCGATCTAAGGTGGTAAGTGAGTGTAGTGATGAGGTGTTAGGGACATAGGTTTGGTAGCCTTCCTGTTGACATGCAAGCATCTACACCCCAGTGAGAATGCCCTCTAGGTTGTTAAAACTAAGAGGAGCTGGCATCAAGCACACACCCCTAACCCCCCACGGGAAACAGCAGTGACAAAAATTAAGCCATAAACGAAAGTTTGATAAGTTATATTAATTAGGGTTGGTAAATCTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAGCCAACAGGAATACGGCGTAAAACGTGTTAAAGCACCAAAATAAAAATAAATGACGAAAGTGACCCTACAACAGCCGATGCACTATAGCTAAGACCCAAACTGGGATACGCAACAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATATCCTTCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATAAACCCCGATAAACCTCACCAGTTCTTTATACCGCCATCTTCAGCAAACCCTAAAAAGGAAAAAAAGTAAGCGCAAATGAAATGGAAAGAAATGGGCTACATTCTCTACATCAAGAGAATATTATGAAATTAATAACCAAAGGAGGATTTAGCAGTAAACTAAGAATAGAGTGCTTAGTTGAATTAGGCCATGAAGCACGCACACACCGCCCGTCACCCTCCTCAAATAGATTCAATGCATCTTAACAAGGTAAGCATACTGGAAAGTGTGCTTGGATAAATACCGCAAGGGAACGATGAAAGAAAAACTAAAATCAAAATGAATTTCAGCTAAGCAACCCGAAACCAGACGAGCTACTTACAAACAAACTCATCTATGTGGCAAAATAGTGAGAAGATTTGTAAGTAGAGGTGACATGCCTAACGAGCCTGGTGATAGCTGGTTGTCCAGGTAATGTTTTAGAAACGGATACAACCTTGATGTACCATAGTAGGCCCAAAAGCAGCCACCAATTGAGAAAGCGTTAAAGCTCAACAACAAAAATTAAACAGATCCCAATAACAAGAATTAACTCCTAGCCCCAATACTGGACTAATCTAAACAAGAAAAACTTTCTCCTTGCATAAGTCTAAGTCAGTATCTAAGGAAAGATTAAAAGAAGTAAAAGGAACTCGGCAAACACAAACCCCGCCTGTTTACCAAAAACATCACCTCCAGCATCCCTAGTATTGGAGGCACTGCCTGCCCAGTGACAACTGTTTAACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGTTCTCTAAATGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTACTTCCAATCAGTGAAATTGACCTTCCCGTGAAGAGGCGGGAATGCATAAATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAACTAACCAACCCAAAGAAAATAAATTTAATTAAGGAACAACAACAATCTCCATGAGTTGGTAGTTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGAATAAAAAATCCTCCGAACGATTTTAAAGACTAGACCCACAAGTCAAA
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			CCCTCACAAACGCTGAGGCAACATCTATAAACAACCGTGGTGGGCGCTAATTATCCTGAAAATTGTAAAAACAAATATTGCGTTATAAAAACGAGTGGGGAATTCAGTTTGCGGGAAGGCCGGTTACAGGAGTACGAGTTCAACAATGCCCATACGCAATAACTGCGCGGAGATGCTGCCCTCCTGAGACATGTGCCCTAATTAGATGCACAGAAAAAGTTAACCGCAAGAACGTCCATACGTTAGACTATTGTAACACAGGCGACAAGGCTAGACTAAAGCAGGACGCAGGCTCAGTTTAGCAAGGGAATTAATAATAGATTAGATAACAATTGCCGCCCTTACAAAAGAACCAATAACTCAGACTGGTAAACCAAGCGCAGAACGTATATTATCGTTCAAACCCGCTAACTAACATGTTCCGCATCGGACCAAATCGCAAGTACGAACAGTGAGTGGTTTAAGTGAGTATGGTTCGTTAAGGTGTAAGAGAGCTCGATCCAAGGTGGTAAGTGAGTGTAGTGATGAGGTGTTAGGGACATAGGTTTGGTAGCCGGCCTGTTGACATGCAAGCATCTACACCCCAGTGAGAATGCCCTCTAGGTTGTTAAAATCAAGAGGAGCTGGCATCAAGCACACACCCCTAACCCCCCACGGGAAACAGCAGTGACAAAAATTAAGCCATAAACGAAAGTTTGATAAGTTATATTAATCAGGGTTGGTAAATCTCGTGCCAGCCACCGCGGTCATACGATTAACCCAAGCTAACAGGAATACGGCGTAAAACGTGCTAAAGCACCAAAATAAAAATAAATGACGAAAGTGACCCTACAACAGCCGATGCACTATAGCTAAGACCCAAACTGGGATACGCAACAGCTTAAAACTCAAAGGACTTGGCGGTGCTTTATATCCCTCTAGAGGAGCCTGTTCTGTAATCGATAAACCCCGATAAACCTCACCAGTTCTTTATACCGCCATCTTCAGCAAACCCTAAAAAGGAAAAAAAGTAAGCACAAATGAAATGGAAAGAAATGGGCTACATTCTCTACACTAAGAGAATATTATGAAATTAGTAACCAAAGGAGGATTTAGCAGTAAACTAAGAGTAGAGTGCTTAGTTGAATTAGGCCATGAAGCACGCACACACCGCCCGTCACCCTCCTCAAATAGATTCAATGCATCTTAACAAGGTAAGCATACTGGAAAGTGTGCTTGGATAAATACCGCAAGGGAACGATGAAAGAAAAACTAAAATCAAAATGAATTTCAGCTAAGCAACCCGAAACCAGACGAGCTACTTATAAACAAACTCATCTATGTGGCAAAATAGTGAGAAGATTTGTAAGTAGAGGTGACATGCCTAACGAGCCTGGTGATAGCTGGTTGTCCAGGTAATGTTTTAGAAACGGATACAACCTTGATGTCCCATAGTAGGCCTAAAAGCAGCCACCAATTGAGAAAGCGTTAAAGCTCAACAACAAAAACTAAACAGATCCCAATAACAAGAATTAACTCCTAGCCCCAATACTGGACTAATCTAAACAAGAAAAACTTTCTCCTTGCATAAGTCTAAGTCAGTATCTAAGGAAAGATTAAAAGAAGTAAAAGGAACTCGGCAAACACAAACCCCGCCTGTTTACCAAAAACATCACCTCCAGCATCCCTAGTATTGGAGGCATTGCCTGCCCAGTGACAACTGTTTAACGGCCGCGGTATCCTGACCGTGCAAAGGTAGCATAATCATTTGTTCTCTAAATGGCCACACGAGGGTTTTACTGTCTCTTACTTCCAATCAGTGAAATTGACCTTCCCGTGAAGAGGCGGGAATGCATAAATAAGACGAGAAGACCCTATGGAGCTTTAACTAACCAACCCAAAGAAAATAAATTTAATTGAGGAACAACAACAATCTCCATGAGTTGGTAGTTTCGGTTGGGGTGACCTCGGAGAATAAAAAATCCTCCGAACGATTTTAAAGACTAGACCCACAAGTCAAA
			TCACTCTATCGCTCATTGATCCAAAAATTTGATCAACGGAACAAGTTACCCTAGGGATAACAGCGCAATCCTATTTAAGAGTCCATATCGACAATAGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGACATCCTGATGGTGCAACCGCTATCAAAGGTTCGTTTGTTCAACGATTAAAGTCCTACGTGATCTGAGTTCAGACCGGAGCAATCCAGGTCGGTTTCTATCTATTACGTTACGAAAGGACAAGAGAAATAAGGCCAACTTTAAATTAAATGACAGCGTCTCAATTAACAACACAAAACCCTGCCCTAACAGGCTTACTTAATTCAAAGCAAGGCACTGAAAATGCCTAGATGAGTCTCCCGACTCCATAAACACAAGATATAGCTTAAACAAAGCATCCAGTTTGTTAAGGTGGCAGAGCCCGGTAATTGCGTAAAACTTAAACTTTTATACCCAGAGATTCAAATCCTCTCCTTAAGAAATATGCTCCTAAGAATCCAAAACTCTCCGTGCTCCCAATTACACCAAATTCTATTAGTAAGGTCAGCTAATTAAGCTATCGGGCCCATACCCCGAAAATGTTGGTTCATATTAAACAGACCAAGAGCCTTCAAAGCCCTAAGCAAGTACAATTTACTTAAAGGATACACCTTACATCAATTGAATGCAAATCAACCACTTTAATTAAGCTAAATCCTCACTAGACTGGTGGGCTCCACCCCCACGAAACTTTAGTTAACAGCTTAATTAATCAGGCTTCAATCTAAAGCCCCGGCAGAATTGAAGCTGCTTCTCTGAATTTGCAATTCAACGTGTAAATTCACCACAGATCTAATGCTTTACTCAGCCATTTTACCAGAAAGGAAGGAATCGAACCCCCTACTATTAGAGCAGTATGCTCTCCTTGGTGAAATCAGTACAGCTGACTTCCAATCAGCTAGTTTCGG-TCTACCCGAAAAAGAATATGGTACTTAACCTTCTTATTTACCGAAAAAGTATGCAAGAACTGCTAATTCTATGCTAAACTTTTTTGAACTTTTAAAGGATAGTAGTCATCCGTTGGTCTTAGGAACCGAAAAATTGGTGCAACTCCAAATAAAAGTAATGACAATGATATGAAAAACCATCGTTGTCATTCAACTAACTCAAGGAAGAAACTACAGTCTCACCGTCAACCCCCAAAGCTGAAGTTCTATTTAA
		</sequence>
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	</alignment>

	<!-- The sequence alignment (each sequence refers to a taxon above).         -->
	<!-- ntax=50 nchar=405                                                       -->
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			<taxon idref="B5493_BisonLatifrons_Colorado"/>
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			<taxon idref="Yak1_BosGrunniens_0"/>
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			<taxon idref="AE006_Chukotka_27247"/>
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			<taxon idref="AE010_Taimyr_47452"/>
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			<taxon idref="AE012_Taimyr_35827"/>
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			<taxon idref="AE014_Taimyr_36296"/>
			ACTAGCTAACGTCACTCACCCC-AAAATGCATTACCCAAACAGGATATCCCTTCCACTAGATCACGAGCTTAATTACCATGCCGCGTGAAACCAGCAACCCGCTAGGCAGAGGATCCCTCTTCTCGCTCCGGGAATTTATCAGACATCTGGTTCTTTCTTCAGGGCCATCTTGAATACTAATCAGCCCATGCTCACACATAACTGTGCTTACATTTGGTATTTTTTTATTTTGGGGGATGCTTGGACTCAGCTATGGCCGTCAAAGGCCCTGACCCGGAGCATCTATTGTAGCTGGACTTAACTGCATCTTGAGCACCAGCATAATGGTAAGCATGCAATCCCCCCCTCCATAAAAATTCCCCCTTAAATATTTACCACTGCTTTTAATCAATATATAAACGCAG
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			<taxon idref="Yak2_BosGrunniens_0"/>
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			<taxon idref="Yak3_BosGrunniens_0"/>
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			CGAACTTCTATTCTTCTACATTTGCTTTCCTCTTACATTGTTCTTTTTTCCGACCTGTCTAACCAACTATATACTTCGTTCCTTTTACGAATTAATTCTTTTTTTGGAGTGTTCTTTGGGAGGCACACCCTACTTAAGTGATGTTTCTCGTTCATAGATAATTTTACAACATCTGTTTCCCGACCATGTACGTCCCTAGCCCTCCTTACGTTCCTGCTCAAATAATTCTCCGATGTTTTGTATCTTATGCACTTACTTTTGCGCTTAGTAAAAATGATGGTTACTCTCCCCTTTGGTCTCGTCTTCGTACAATTTACCACCACATTTCTTCCCTCCTAGCGTTTTCTTGACGTCCTTATAAAACTTTACTAGTTTGGTTCGAATCCCCTCCTTTCTTGTCTATCCTTGATCCTTAGTCCATATCTGAACCCCTTATTGTACTTCACTCTCATACCCTTCAAAGTTTTTGTTGTCCTGGGTTTATGGCTTGTATGTTTTTGACCCTCCAAACATGTCAACTTGCTTCGTATTTATAAGTTAACGACGTTGAACT
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			<taxon idref="PH034_Edmonton_13023"/>
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			<taxon idref="Yak4_BosGrunniens_0"/>
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			<taxon idref="Yak2_BosGrunniens_0"/>
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			<taxon idref="Yak3_BosGrunniens_0"/>
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			<taxon idref="B5493_BisonLatifrons_Colorado"/>
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			<taxon idref="AE012_Taimyr_35827"/>
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		<sequence>
			<taxon idref="Yak4_BosGrunniens_0"/>
			GCATATCTCTCTTCTCATTCAACCCAACAAATAAGTTCTCAGTCCCCAAAAACACACTCGAAACATAACCTATAAATCTCAAAAAATAACAATTTATACCCGGAACCCTAATAATCACAGTATAAATTAAACACTAGAAACGAAAGAAAAACCTAAAAAGATTGTTAACGCTCCAACACCTATCTCTTAATACGCTAAAATACTATCTAACACACGCACCACCCATACACATAAAGATATAACTCATTTAATCTCCGATCAACCACCACCTCATAGCCACTATATAAAACACGCAACCACTAACCTACAAATCTTAACCCCTAATCCAGCCAGAGAACCCAACCACTAAACCTAACCCAAAAAACACTGCCACTTATATATAACCTTTAAACATAGACATATCCAATCTATACAACCCAACCCAGTTATTTTACAAATCCAAAATTATTCAGTAGTACATCATCTTCTTTTATCTCACCCTTTATTTAGATTTATAACACTCTTAACACCCATGTACCTGCCCAACTAAATCGTAACCCTATCACTTAAACAAATCCCAAACATAAATAACACGATAAAACACTAATCATAAAAAGATCAAACCATCAAACAAAATCTTTCGAATCCATACAATAAAAGATACTGCTTTATATTTTTATCACTGAAAAATTGCACCCCCATAAAAAGAGAAAAAACTTATAGAAAAACAACGTTAAAAATACACTGCAACTAGCTAGCTTACAACCAACTTCGCCCTAATAGGTTAAATAAAATACTACTAATACCCAAACCACGGTTTCAATAAAGTTTAACTCAGCTCATCAACCTTAACTTTCCACACTCATCAACCTACCCCTCAACCCACAACTTAATCAACAGCCCTCAGCCATTTCACTAACACTAAACATCCCAAGCTAAAACAGCTGACTTCCCACCTATTCACACCCCCTCCTACCCATCCCTGAAATTCTTCCCCCTACTCACATCACATATTTAACTAAAATATCACTCTATAACTAAGACCCCCAAACACAACCACACAAACCACTAAAACCCTCTCCACGCCCATCACACACATAAAAAAAATAGAACTCCCAAACACCCATACAGTATGCAACAACCCACCTCCTCCAAATCACCAACCCAACCCTAAACCACACATATCACCCCACACCATCCCACAACCATACATAACATCTCACTACCAACCACACATAAACAAACAACAAAACACAAAAACCATACAAAGTCAATCTTCAGCAACCAAAAAAACCAACAATATCACATCACACCCTACATCCAAAAATCGTACAACCAGCTAACACACGATCAAATAAAAACACGCCCCAACATCCAACAACACAAAAAAACATAAAAAAGACCAAATAAAAATCAAAAAACATCTCATAAAAGACGCCCAATAAAATCCCCAAACCTCCACGACAAACAACAACTTACCTCAGCAAACAACAACCTAACCAAAAACACTTCAATCACATAATACCTCTAAACCCAATAAAAACCCTCAACACAACAAAAACATAAAAATATCCACAAAGACCTACACACAGAAAAAATATATCACCAATCACATGAATAACATACAAAACAAACAACACCAACTCGCAAAAACCATACTCCCCCAAACTACCACCCTCACAAACAAAAACTCCCATCCACATCCAAATAAATCTCACATCAATATTGGATACATATCCAAACTTCCCAACTAACCACCATTAATACCAAAAACAAAACACAGTCACCCATCAACAACCAATAAAGAACACTATATTCTCCTTAAATATTAAATAAGCTACAAATACCACTCACTAATCTCCATTTCAAAATATCAACCCATTACTAACAAAATGAACAATACTCAACACACCACCCTAGCAAACTTACCAACCTATCTCACAAACTCGTCTCCACCATTAACACCAACCCATATATACAAGTTAAACTAAAACAACCATAAATAAGACTAACAAAACTCC
			TTCTAAATACAGGCCATAAACATAATTAATACTAATAACCTATTACAACTCAATCACTAACATAACATCCCGCCAAATATCCTCCATCAAATCCACAACACCTAACTCTCAATCACAATCA-GCAAACATAATAAATATCCCCCTTTCAAAAATAACATCATCAGCCAACACCATACCAAAATACAACCATCCCAATCTAAACATCCAAATTACAACAGACTCCATTTGACCCCCATTAGCTATCTCAATCCCCCCCTCATAATACCTTATCCACCAACCAAAACATACAACTAACCTTCTCAAAAACCCAATCCACACCACCCGTTCCTAAAACCCTCACTTCCTCCCCACAAACATTCATCCACCCCACCTCACGACACCCAGCTCAAACACACTACACCCAACCCGAACCTATATCATACATAAACAAAACCTACACAAACTAAACTACTAAAATCGTACAACTGTTCAGTTGGTTTATGGTTTGTTGGTTGGGTTTTAGTGTGAGCTGTATTTGTTAGATTTCGGTGTGTTTGATTTGGTTGTTTGGC
		</sequence>
		<sequence>
			<taxon idref="Yak2_BosGrunniens_0"/>
			GCATATCTTTCTTCCCATTCAACCCAACAAATAAGTTCTCAGTCCCCAAAAACACACTCGAAACATAACCTATAAATCTCAAAAAATAACAATTTATACCCGGAACCCTAATAATCACAGTATAAATTAAACACTAGAAACGAAAGAAAAACCTAAAAAGATTGTTAACGCTCCAACACCTATCTCTTAATACGCTAAAATACTATCTAACACACGCACCACCCATACACATAAAGATATAACTCATTTAATCTCTGACCAACCACCACCTCATAGCCACTATATAAAACACGCAACCACTAACCTACAAATCTTAACCCCTAATCCAGCCAGAGAACCCAACCACTAAACCTAACCCAAAAAACACTGCCACTTATATATAACCTTTAAACATAGACATATCCAATCTATACAACCCAACCCAGTTATTTTACAAATCCAAAATTATTCAGTAGTACATCATCTTCTTTTATCTCACCCTTTATTTAGATTTATAACACTCTTAACACCCATGTACCTGCCCAACTAAATCGTAACCCTATCACTTAAACAAATCCCAAACATAAATAACACGATAAAACACTAATCATAAAAAGATCAAACCATTAAGCAAAATCTTTCGAATCCATACAATAAAAGATACTGCTTTATATTTTTATCACTGAAAAATTGCACCCCCATAAAAAGAGAAAAAACTTATAGAAAAACAACATTAAGAATACACTGCAACTAGCTAGTCTACAACCAACTTTGCCCTAATAGGTTAAATGAAATACTACTAATACCCAAACCACGGTTTCAATAAAGTTTAACTCAGCTCATCAACCTTAACCTTCCACACTCATCAACCTACCCCTCAACCCACAACTTAATCAACAGCCCTCAGCCATTTCACTAACACTAAACATCCCAAGCTAAAACAGCTGACTTCCCACCCATTCACACCCCCTCCTACCCATCCTCCAAATTCTTCCCCCTACTCACATCACATATTTAACTAAAATACCACTCTATAACTAAGACCCCCAAACACAACCACACAAACCACTAAAACCCTCTCCACGCCCATCATACACATAAAAAAAATAGAACTCCCAAATACCCATACAGTATGCAACAACCCACCTCCTCCAAATCACCAACCCAACCCTAAACCACACATATCACCCCACACCATCCCACAACCATACATAACATCTCACTACCAACCACACATAAACAAACAACAAAACACAAAAACCATACAAAGTCAATCTTCAACAACCAAAAAAACCAACAATATCACATCACACCCTACATCCAAAAATCGTACAACCAGCTAACACACGATCAAATAAAAACACGCCCCAACATCCAACAACACAAAAAAACATAAAAAAGACCAAATAAAAATCAAAAAACATCTCATAAAAGACGCCCAATAAAATCCCCAAACCTCCACGACAAACAACAACTTACCTCAGCAAACAACAACCTAACCAAAAACACTTCAATCACACAATACCTCTAAACCCAATAAAAACCCTCAACACAACAAAAACATAAAAATATCCACAAAGACCTACACACAGAAAAAATATATCACCAATCACATGAATAACATACAAAACAAACAACACCAACTCGCAAAAACCATACTCCCCCAAACTACCACCCTCACAAACAAAAACTCCCATCCACATTCAAATAAATCTCACATCAATATTGGATACATACCCAAACCTCCCAACTAACTACCATTAATACCAAAAACAAAACACAGTCACCCATCGACAACCAATAAAGAACACTATATTCTCCTTAAATATTAAATAAGCTACAAATACCACTCACTAATCTCCATTTCAAAACATCAACCCATTACTAACAAAATGAACAATACTCAACACACCACCCTAGCAAACTTACCAACCTATCTCACAAACTCGTCTCCACCATTAACACCAACCCATATATACAAGTTAAACCAAAACAACCATAAATAAGACTAACAAAGCCTC
			TTCTAAATACAGGCTATAAACATAATTAATACTAATAACCTATTACAACTCAATCACTAACATAACATCCCGCCAAATATCCTCCATCAAATTCACAACACCTAACTCTCAATCATAATCAGGCAAACATAATAAATATCCCCCTTTCAAAAATAACATCATCAGCCAACACCATACCAAAATACAACCATCCCAATCTAAACATCCAAATTACAACAGACTCCATCTGACCCCCATTAGCTATCTCAATCCCCCCCTCATAATACCTTATCCACCAACCAAAACATACAACTAACCTTCTCAAAAACCCAATCCACACCACCCGTTCCTAAAACCCTCACTTCCTCCCCACAAACATTCATCCACCCCACCTCACGACACCCAGCTCAAACACACTACACCCAACCCGAACCTATATCATACATAAACAAAACCTACACAAACTAAACTACTAAAATCGTACAACTGTTCAGTTGGTTTATGGTTTGTTGGTTGGGTTTTAGTGTGAGCTGTATTTGTTAGATTTCGGTGTGTTTGATTTGGTTGTTTGGC
		</sequence>
		<sequence>
			<taxon idref="Yak3_BosGrunniens_0"/>
			GCATATCTCTCTTCTCATTCAACCCAACAAATAAGCTCTCAGTCCCCAAAAACACACTCGAAACATAACCTATAAATCTCAAAAAATAACAATTTATACCCGGAACCCTAATAATCACAGTATAAATTAAACACTAGAAACGAAAGAAAAACCTAAAAAGATTGTTAACGCTCCAACACCTATCTCTTAATACGCTAAAATACTATCTAACACACGCACCACCCATACACATAAAGATATAACTCATTTAATCTCCGATCAACCACCACCTCATAGCCACTATATAAAACACGCAACCACTAACCTACAAATCTTAACCCCTAATCCAGCCAGAGAACCCAACCACTAAACCTAACCCAAAAAACACTGCCACTTATATATAACCTTTAAACATAGACATATCCAATCTATACAACCCAACCCAGTTATTTTACAAATCCAAAATTATTCAGTAATACATCATCTTCTTTTATCTCACCCTTTATTTAGATTTACAACACTCTTAACACCCATGTACCTGCCCAACTAAATCGTAACCCTATCACTTAAACAAATCCCAAACATAAATAACACGATAAAACACTAATCATAAAAAGATCAAACCATCAAACAAAATCTTTCGAATCCATACAATAAAAGATACTGCTTTATATTTTTATCACTGAAAAATTGCACCCCCATAAAAAGAGAAAAAACTTATAGAAAAACAACGTTAAAAATACACTGCAACTAGCTAGCTTACAACCAACTTCGCCCTAATAGGTTAAATAAAATACTACTAATACCCAAACCACGGTTTCAATAAAGTTTAACTCAGCTCATCAACCTTAACTTTCCACACTCATCAACCTACCCCTCAACCCACAACTTAATCAACAGCCCTCAGCCATTTCACTAACACTAAACATCCCAAGCTAAAACAGCTGACTTCCCACCTATTCACACCCCCTCCTACCCATCCTCCAAATTCTTCCCCCTACTCACATCACATATTTAACTAAAATATCACTCTATAACTAAGACCCCCAAACACAACCACACAAACCACTAAAACCCTCTCCACGCCCATCACACACATAAAAAAAATAGAACTCCCAAACACCCATACAGTATGCAACAACCCACCTCCTCCAAATCACCAACCCAACCCTAAACCACACATATCACCCCACACCATCCCACAACCATACATAACATCTCACTACCAACCACACATAAACAAACAACAAAACACAAAAACCATACAAAGTCAATCTTCAGCAACCAAAAAAACCAACAATATCACACCACACCCTACATCCAAAAATCGTACAACCAGCTAACACACGATCAAATAAAAACACGCCCCAACATCCAACAACACAAAAAAACATAAAAAAGACCAAATAAAAATCAAAAAACATCTCATAAAAGACGCCCAATAAAATCCCCAAACCTCCACGACAAACAACAACTTACCTCAGCAAACAACAACCTAACCAAAAACACTTCAATCACATAATACCTCTAAACCCAATAAAAACCCTCAACACAACAAAAACATAAAAATATCCACAAAGACCTACACACAGAAAAAATATATCACCAATCACATGAATAACATACAAAACAAACAACACCAACTCGCAAAAACCATACTCCCCCAAACTACCACCCTCACAAACAAAAACTCCCATCCACATCCAAATAAATCTCACATCAATATTGGATACATATCCAAACTTCCCAACTAACCACCATTAATACCAAAAACAAAACACAGTCACCCATCAACAACCAATAAAGAACACTATATTCTCCTTAAATATTAAATAAGCTACAAATACCACTCACTAATCTCCATTTCAAAATATCAACCCATTACTAACAAAATGAACAATACTCAACACACCACCCTAGCAAACTTACCAACCTATCTCACAAACTCGTCTCCACCATTAACACCAACCCATATATACAAGTTAAACTAAAACAACCATAAATAAGACTAACAAAACTCC
			TTCTAAATACAGGCCATAAACATAATTAATACTAATAACCTATTACAACTCAATCACTAACATAACATCCCGCCAAATATCCTCCATCAAATCCACAACACCTAACTCTCAATCACAATCAGGCAAACATAATAAATATCCCCCTTTCAAAAATAACATCATCAGCCAACACCATACCAAAATACAACCATCCCAATCTAAACATCCAAATTACAACAGACTCCATTTGACCCCCATTAGCTATCTCAATCCCCCCCTCATAATACCTTATCCACCAACCAAAACATACAACTAACCTTCTCAAAAACCCAATCCACACCACCCGTTCCTAAAACCCTCACTTCCTCCCCACAAACATTCATCCACCCCACCTCACGACACCCAGCTCAAACACACTACACCCAACCCGAACCTATATCATACATAAACAAAACCTACACAAACTAAACTACTAAAATCGTACAACTGTTCAGTTGGTTTATGGTTTGTTGGTTGGGTTTTAGTGTGAGCTGTATTTGTTAGATTTCGGTGTGTTTGATTTGGTTGTTTGGC
		</sequence>
	</alignment>

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=261                                                           -->
	<patterns id="1TR_reduced.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment1"/>
	</patterns>

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=79                                                            -->
	<patterns id="CR_reduced.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment2"/>
	</patterns>

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=86                                                            -->
	<patterns id="secondPos_reduced.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment3"/>
	</patterns>

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=248                                                           -->
	<patterns id="thirdPos_reduced.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment4"/>
	</patterns>

	<!-- This is a simple constant population size coalescent model              -->
	<!-- that is used to generate an initial tree for the chain.                 -->
	<constantSize id="initialDemo" units="years">
		<populationSize>
			<parameter id="initialDemo.popSize" value="100000.0"/>
		</populationSize>
	</constantSize>

	<!-- Construct a starting tree that is compatible with specified clade heights-->
	<rescaledTree id="startingTree" height="180000.0">

		<!-- Construct a rough-and-ready UPGMA tree as an starting tree              -->
		<upgmaTree>
			<distanceMatrix correction="JC">
				<patterns>

					<!-- To generate UPGMA starting tree, only use the 1st aligment, which may be 1 of many aligments using this tree.-->
					<alignment idref="alignment1"/>
				</patterns>
			</distanceMatrix>
		</upgmaTree>
	</rescaledTree>

	<!-- Generate a tree model                                                   -->
	<treeModel id="treeModel">
		<upgmaTree idref="startingTree"/>
		<rootHeight>
			<parameter id="treeModel.rootHeight"/>
		</rootHeight>
		<nodeHeights internalNodes="true">
			<parameter id="treeModel.internalNodeHeights"/>
		</nodeHeights>
		<nodeHeights internalNodes="true" rootNode="true">
			<parameter id="treeModel.allInternalNodeHeights"/>
		</nodeHeights>
				<!-- START Tip date sampling                                                 -->
		<leafHeight taxon="MS226-DC009_ChijeesBluff_OldCrow">
			<parameter id="age(MS226-DC009_ChijeesBluff_OldCrow)"/>
		</leafHeight>
		<leafHeight taxon="B5493_BisonLatifrons_Colorado">
			<parameter id="age(B5493_BisonLatifrons_Colorado)"/>
		</leafHeight>

	</treeModel>

	<!-- Generate a gmrfSkyGridLikelihood for the Bayesian SkyGrid process       -->
	<gmrfSkyGridLikelihood id="skygrid">
		<populationSizes>

			<!-- skygrid.logPopSize is in log units unlike other popSize                 -->
			<parameter id="skygrid.logPopSize" dimension="50" value="14.077874822431765"/>
		</populationSizes>
		<precisionParameter>
			<parameter id="skygrid.precision" value="0.1" lower="0.0"/>
		</precisionParameter>
		<numGridPoints>
			<parameter id="skygrid.numGridPoints" value="49.0"/>
		</numGridPoints>
		<cutOff>
			<parameter id="skygrid.cutOff" value="1800000.0"/>
		</cutOff>
		<populationTree>
			<treeModel idref="treeModel"/>
		</populationTree>
	</gmrfSkyGridLikelihood>

	<!-- The strict clock (Uniform rates across branches)                        -->
	<strictClockBranchRates id="1TR_reduced.branchRates">
		<rate>
			<parameter id="1TR_reduced.clock.rate" value="3.0E-7" lower="1.0e-9" upper="1.0e-6"/>
		</rate>
	</strictClockBranchRates>

	<!-- The strict clock (Uniform rates across branches)                        -->
	<strictClockBranchRates id="CR_reduced.branchRates">
		<rate>
			<parameter id="CR_reduced.clock.rate" value="3.0E-7" lower="1.0e-9" upper="1.0e-6"/>
		</rate>
	</strictClockBranchRates>

	<!-- The strict clock (Uniform rates across branches)                        -->
	<strictClockBranchRates id="secondPos_reduced.branchRates">
		<rate>
			<parameter id="secondPos_reduced.clock.rate" value="3.0E-7" lower="1.0e-9" upper="1.0e-6"/>
		</rate>
	</strictClockBranchRates>

	<!-- The strict clock (Uniform rates across branches)                        -->
	<strictClockBranchRates id="thirdPos_reduced.branchRates">
		<rate>
			<parameter id="thirdPos_reduced.clock.rate" value="3.0E-7" lower="1.0e-9" upper="1.0e-6"/>
		</rate>
	</strictClockBranchRates>

	<!-- The TN93 substitution model                                             -->
	<TN93Model id="1TR_reduced.tn93">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment1"/>
				<frequencies>
					<parameter id="1TR_reduced.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<kappa1>
			<parameter id="1TR_reduced.kappa1" value="2.0" lower="0.0"/>
		</kappa1>
		<kappa2>
			<parameter id="1TR_reduced.kappa2" value="2.0" lower="0.0"/>
		</kappa2>
	</TN93Model>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="1TR_reduced.siteModel">
		<substitutionModel>
			<TN93Model idref="1TR_reduced.tn93"/>
		</substitutionModel>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="1TR_reduced.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!-- The HKY substitution model (Hasegawa, Kishino & Yano, 1985)             -->
	<HKYModel id="CR_reduced.hky">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment2"/>
				<frequencies>
					<parameter id="CR_reduced.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<kappa>
			<parameter id="CR_reduced.kappa" value="8.0" lower="0.0"/>
		</kappa>
	</HKYModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="CR_reduced.siteModel">
		<substitutionModel>
			<HKYModel idref="CR_reduced.hky"/>
		</substitutionModel>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="CR_reduced.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
		<proportionInvariant>
			<parameter id="CR_reduced.pInv" value="0.5" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</proportionInvariant>
	</siteModel>

	<!-- The HKY substitution model (Hasegawa, Kishino & Yano, 1985)             -->
	<HKYModel id="secondPos_reduced.hky">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment3"/>
				<frequencies>
					<parameter id="secondPos_reduced.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<kappa>
			<parameter id="secondPos_reduced.kappa" value="2.0" lower="0.0"/>
		</kappa>
	</HKYModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="secondPos_reduced.siteModel">
		<substitutionModel>
			<HKYModel idref="secondPos_reduced.hky"/>
		</substitutionModel>
		<proportionInvariant>
			<parameter id="secondPos_reduced.pInv" value="0.5" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</proportionInvariant>
	</siteModel>

	<!-- The HKY substitution model (Hasegawa, Kishino & Yano, 1985)             -->
	<HKYModel id="thirdPos_reduced.hky">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment4"/>
				<frequencies>
					<parameter id="thirdPos_reduced.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<kappa>
			<parameter id="thirdPos_reduced.kappa" value="2.0" lower="0.0"/>
		</kappa>
	</HKYModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="thirdPos_reduced.siteModel">
		<substitutionModel>
			<HKYModel idref="thirdPos_reduced.hky"/>
		</substitutionModel>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="thirdPos_reduced.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!-- Likelihood for tree given sequence data                                 -->
	<treeLikelihood id="1TR_reduced.treeLikelihood" useAmbiguities="false">
		<patterns idref="1TR_reduced.patterns"/>
		<treeModel idref="treeModel"/>
		<siteModel idref="1TR_reduced.siteModel"/>
		<strictClockBranchRates idref="1TR_reduced.branchRates"/>
	</treeLikelihood>

	<!-- Likelihood for tree given sequence data                                 -->
	<treeLikelihood id="CR_reduced.treeLikelihood" useAmbiguities="false">
		<patterns idref="CR_reduced.patterns"/>
		<treeModel idref="treeModel"/>
		<siteModel idref="CR_reduced.siteModel"/>
		<strictClockBranchRates idref="CR_reduced.branchRates"/>
	</treeLikelihood>

	<!-- Likelihood for tree given sequence data                                 -->
	<treeLikelihood id="secondPos_reduced.treeLikelihood" useAmbiguities="false">
		<patterns idref="secondPos_reduced.patterns"/>
		<treeModel idref="treeModel"/>
		<siteModel idref="secondPos_reduced.siteModel"/>
		<strictClockBranchRates idref="secondPos_reduced.branchRates"/>
	</treeLikelihood>

	<!-- Likelihood for tree given sequence data                                 -->
	<treeLikelihood id="thirdPos_reduced.treeLikelihood" useAmbiguities="false">
		<patterns idref="thirdPos_reduced.patterns"/>
		<treeModel idref="treeModel"/>
		<siteModel idref="thirdPos_reduced.siteModel"/>
		<strictClockBranchRates idref="thirdPos_reduced.branchRates"/>
	</treeLikelihood>

	<!-- Define operators                                                        -->
	<operators id="operators" optimizationSchedule="log">
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="0.1">
			<parameter idref="1TR_reduced.kappa1"/>
		</scaleOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="0.1">
			<parameter idref="1TR_reduced.kappa2"/>
		</scaleOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="0.1">
			<parameter idref="1TR_reduced.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="0.1">
			<parameter idref="CR_reduced.kappa"/>
		</scaleOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="0.1">
			<parameter idref="CR_reduced.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="0.1">
			<parameter idref="CR_reduced.pInv"/>
		</scaleOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="0.1">
			<parameter idref="secondPos_reduced.kappa"/>
		</scaleOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="0.1">
			<parameter idref="secondPos_reduced.pInv"/>
		</scaleOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="0.1">
			<parameter idref="thirdPos_reduced.kappa"/>
		</scaleOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="0.1">
			<parameter idref="thirdPos_reduced.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="3">
			<parameter idref="1TR_reduced.clock.rate"/>
		</scaleOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="3">
			<parameter idref="CR_reduced.clock.rate"/>
		</scaleOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="3">
			<parameter idref="secondPos_reduced.clock.rate"/>
		</scaleOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="3">
			<parameter idref="thirdPos_reduced.clock.rate"/>
		</scaleOperator>
		<subtreeSlide size="130000.0" gaussian="true" weight="15">
			<treeModel idref="treeModel"/>
		</subtreeSlide>
		<narrowExchange weight="15">
			<treeModel idref="treeModel"/>
		</narrowExchange>
		<wideExchange weight="3">
			<treeModel idref="treeModel"/>
		</wideExchange>
		<wilsonBalding weight="3">
			<treeModel idref="treeModel"/>
		</wilsonBalding>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="3">
			<parameter idref="treeModel.rootHeight"/>
		</scaleOperator>
		<uniformOperator weight="30">
			<parameter idref="treeModel.internalNodeHeights"/>
		</uniformOperator>
		<gmrfGridBlockUpdateOperator scaleFactor="1.0" weight="2">
			<gmrfSkyrideLikelihood idref="skygrid"/>
		</gmrfGridBlockUpdateOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="skygrid.precision"/>
		</scaleOperator>
		<upDownOperator scaleFactor="0.75" weight="3">
			<up>
				<parameter idref="1TR_reduced.clock.rate"/>
			</up>
			<down>
				<parameter idref="treeModel.allInternalNodeHeights"/>
			</down>
		</upDownOperator>
		<upDownOperator scaleFactor="0.75" weight="3">
			<up>
				<parameter idref="CR_reduced.clock.rate"/>
			</up>
			<down>
				<parameter idref="treeModel.allInternalNodeHeights"/>
			</down>
		</upDownOperator>
		<upDownOperator scaleFactor="0.75" weight="3">
			<up>
				<parameter idref="secondPos_reduced.clock.rate"/>
			</up>
			<down>
				<parameter idref="treeModel.allInternalNodeHeights"/>
			</down>
		</upDownOperator>
		<upDownOperator scaleFactor="0.75" weight="3">
			<up>
				<parameter idref="thirdPos_reduced.clock.rate"/>
			</up>
			<down>
				<parameter idref="treeModel.allInternalNodeHeights"/>
			</down>
		</upDownOperator>
		<randomWalkOperator windowSize="500.0" weight="1">
			<parameter idref="age(MS226-DC009_ChijeesBluff_OldCrow)"/>
		</randomWalkOperator>
		<randomWalkOperator windowSize="500.0" weight="1">
			<parameter idref="age(B5493_BisonLatifrons_Colorado)"/>
		</randomWalkOperator>

	</operators>

	<!-- Define MCMC                                                             -->
	<mcmc id="mcmc" chainLength="60000000" autoOptimize="true" operatorAnalysis="BisonInvasion.Partitioned_Reduced.ops">
		<posterior id="posterior">
			<prior id="prior">
				<gammaPrior shape="8.0" scale="3.0" offset="0.0">
					<parameter idref="1TR_reduced.kappa1"/>
				</gammaPrior>
				<gammaPrior shape="8.0" scale="3.0" offset="0.0">
					<parameter idref="1TR_reduced.kappa2"/>
				</gammaPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="1TR_reduced.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<gammaPrior shape="8.0" scale="3.0" offset="0.0">
					<parameter idref="CR_reduced.kappa"/>
				</gammaPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="CR_reduced.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<uniformPrior lower="0.0" upper="1.0">
					<parameter idref="CR_reduced.pInv"/>
				</uniformPrior>
				<gammaPrior shape="8.0" scale="3.0" offset="0.0">
					<parameter idref="secondPos_reduced.kappa"/>
				</gammaPrior>
				<uniformPrior lower="0.0" upper="1.0">
					<parameter idref="secondPos_reduced.pInv"/>
				</uniformPrior>
				<gammaPrior shape="8.0" scale="3.0" offset="0.0">
					<parameter idref="thirdPos_reduced.kappa"/>
				</gammaPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="thirdPos_reduced.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<exponentialPrior mean="1.0E-7">
					<parameter idref="1TR_reduced.clock.rate"/>
				</exponentialPrior>
				<exponentialPrior mean="1.0E-7">
					<parameter idref="CR_reduced.clock.rate"/>
				</exponentialPrior>
				<exponentialPrior mean="1.0E-7">
					<parameter idref="secondPos_reduced.clock.rate"/>
				</exponentialPrior>
				<exponentialPrior mean="1.0E-7">
					<parameter idref="thirdPos_reduced.clock.rate"/>
				</exponentialPrior>
				<logNormalPrior mean="13.0" stdev="0.4" offset="0.0" meanInRealSpace="false">
					<parameter idref="treeModel.rootHeight"/>
				</logNormalPrior>
				<gammaPrior shape="0.0010" scale="1000.0" offset="0.0">
					<parameter idref="skygrid.precision"/>
				</gammaPrior>

				<!-- the below prior fits MS226-DC009_ChijeesBluff_OldCrow, which was found in situ by Alberto Reyes between the Old Crow Tephra -  125 +/- 4.5  ka (1 sigma).  -->
				<normalPrior mean="125000.0" stdev="4500.0">
					<parameter idref="age(MS226-DC009_ChijeesBluff_OldCrow)"/>
				</normalPrior>
				<!-- the below prior fits B5493_BisonLatifrons_Colorado, which was found in the MIS 5e forest bed at the Snowmass site in Colorado -  124 +/- 8.5  ka (1 sigma).  -->
				<normalPrior mean="124000.0" stdev="8500">
					<parameter idref="age(B5493_BisonLatifrons_Colorado)"/>
				</normalPrior>

				<gmrfSkyGridLikelihood idref="skygrid"/>
			</prior>
			<likelihood id="likelihood">
				<treeLikelihood idref="1TR_reduced.treeLikelihood"/>
				<treeLikelihood idref="CR_reduced.treeLikelihood"/>
				<treeLikelihood idref="secondPos_reduced.treeLikelihood"/>
				<treeLikelihood idref="thirdPos_reduced.treeLikelihood"/>
			</likelihood>
		</posterior>
		<operators idref="operators"/>

		<!-- write log to screen                                                     -->
		<log id="screenLog" logEvery="3000">
			<column label="Posterior" dp="4" width="12">
				<posterior idref="posterior"/>
			</column>
			<column label="Prior" dp="4" width="12">
				<prior idref="prior"/>
			</column>
			<column label="Likelihood" dp="4" width="12">
				<likelihood idref="likelihood"/>
			</column>
			<column label="rootHeight" sf="6" width="12">
				<parameter idref="treeModel.rootHeight"/>
			</column>
			<column label="1TR_reduced.clock.rate" sf="6" width="12">
				<parameter idref="1TR_reduced.clock.rate"/>
			</column>
			<column label="CR_reduced.clock.rate" sf="6" width="12">
				<parameter idref="CR_reduced.clock.rate"/>
			</column>
			<column label="secondPos_reduced.clock.rate" sf="6" width="12">
				<parameter idref="secondPos_reduced.clock.rate"/>
			</column>
			<column label="thirdPos_reduced.clock.rate" sf="6" width="12">
				<parameter idref="thirdPos_reduced.clock.rate"/>
			</column>
		</log>

		<!-- write log to file                                                       -->
		<log id="fileLog" logEvery="3000" fileName="BisonInvasion.Partitioned_Reduced.log" overwrite="false">
			<posterior idref="posterior"/>
			<prior idref="prior"/>
			<likelihood idref="likelihood"/>
			<parameter idref="treeModel.rootHeight"/>
			<parameter idref="skygrid.precision"/>
			<parameter idref="skygrid.logPopSize"/>
			<parameter idref="skygrid.cutOff"/>
			<parameter idref="1TR_reduced.kappa1"/>
			<parameter idref="1TR_reduced.kappa2"/>
			<parameter idref="1TR_reduced.alpha"/>
			<parameter idref="CR_reduced.kappa"/>
			<parameter idref="CR_reduced.alpha"/>
			<parameter idref="CR_reduced.pInv"/>
			<parameter idref="secondPos_reduced.kappa"/>
			<parameter idref="secondPos_reduced.pInv"/>
			<parameter idref="thirdPos_reduced.kappa"/>
			<parameter idref="thirdPos_reduced.alpha"/>
			<parameter idref="1TR_reduced.clock.rate"/>
			<parameter idref="CR_reduced.clock.rate"/>
			<parameter idref="secondPos_reduced.clock.rate"/>
			<parameter idref="thirdPos_reduced.clock.rate"/>
			<treeLikelihood idref="1TR_reduced.treeLikelihood"/>
			<treeLikelihood idref="CR_reduced.treeLikelihood"/>
			<treeLikelihood idref="secondPos_reduced.treeLikelihood"/>
			<treeLikelihood idref="thirdPos_reduced.treeLikelihood"/>
			<gmrfSkyGridLikelihood idref="skygrid"/>
			<parameter idref="age(MS226-DC009_ChijeesBluff_OldCrow)"/>
			<parameter idref="age(B5493_BisonLatifrons_Colorado)"/>

		</log>

		<!-- write tree log to file                                                  -->
		<logTree id="treeFileLog" logEvery="3000" nexusFormat="true" fileName="BisonInvasion.Partitioned_Reduced.trees" sortTranslationTable="true">
			<treeModel idref="treeModel"/>
			<trait name="rate" tag="1TR_reduced.rate">
				<strictClockBranchRates idref="1TR_reduced.branchRates"/>
			</trait>
			<trait name="rate" tag="CR_reduced.rate">
				<strictClockBranchRates idref="CR_reduced.branchRates"/>
			</trait>
			<trait name="rate" tag="secondPos_reduced.rate">
				<strictClockBranchRates idref="secondPos_reduced.branchRates"/>
			</trait>
			<trait name="rate" tag="thirdPos_reduced.rate">
				<strictClockBranchRates idref="thirdPos_reduced.branchRates"/>
			</trait>
			<posterior idref="posterior"/>
		</logTree>
	</mcmc>
	<report>
		<property name="timer">
			<mcmc idref="mcmc"/>
		</property>
	</report>
</beast>

Full (16,322 bp) dataset:

<?xml version="1.0" standalone="yes"?>

<!-- Generated by BEAUTi v1.8.1                                              -->
<!--       by Alexei J. Drummond, Andrew Rambaut and Marc A. Suchard         -->
<!--       Department of Computer Science, University of Auckland and        -->
<!--       Institute of Evolutionary Biology, University of Edinburgh        -->
<!--       David Geffen School of Medicine, University of California, Los Angeles-->
<!--       http://beast.bio.ed.ac.uk/                                        -->
<beast>

	<!-- The list of taxa to be analysed (can also include dates/ages).          -->
	<!-- ntax=50                                                                -->
	<taxa id="taxa">
		<taxon id="B5493_BisonLatifrons_Colorado">
			<date value="120000.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="AE006_Chukotka_27247">
			<date value="27247.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="AE010_Taimyr_47452">
			<date value="47452.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="AE012_Taimyr_35827">
			<date value="35827.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="AE014_Taimyr_36296">
			<date value="36296.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="AE015_Taimyr_46823">
			<date value="46823.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="AE017_Taimyr_38227">
			<date value="38227.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="AE033_CharLakeCave_11871">
			<date value="11871.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="AE035_CharLakeCave_11598">
			<date value="11598.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="AE061_RauRiv_10817">
			<date value="10817.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="AF019_Edmonton_12927">
			<date value="12927.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="AF027_Edmonton_385">
			<date value="385.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="AF028_Edmonton_13165">
			<date value="13165.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="BL008_Tsiigehtchic_13686">
			<date value="13686.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="BL225_Tuktoyaktuk_13094">
			<date value="13094.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="BL227_Inuvik_11314">
			<date value="11314.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="BS337-AE032_CharLakeCave_12253">
			<date value="12253.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="Bison1_BisonBison_0">
			<date value="0.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="B790_BisonBison_0">
			<date value="0.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="B853_BisonBison_0">
			<date value="0.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="B854_BisonBison_0">
			<date value="0.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="B855_BisonBison_0">
			<date value="0.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="B877_BisonBison_0">
			<date value="0.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="B880_BisonBison_0">
			<date value="0.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="B897_BisonBison_0">
			<date value="0.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="B925_BisonBison_0">
			<date value="0.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="B929_BisonBison_0">
			<date value="0.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="MS002_Klondike_32368">
			<date value="32368.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="MS014_Klondike_15385">
			<date value="15385.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="MS018_Klondike_30641">
			<date value="30641.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="MS022_Klondike_42364">
			<date value="42364.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="MS047_Klondike_19783">
			<date value="19783.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="MS055_Klondike_42462">
			<date value="42462.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="MS056_Klondike_17197">
			<date value="17197.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="MS057_Klondike_41941">
			<date value="41941.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="MS058_Klondike_37986">
			<date value="37986.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="MS213_OldCrow_13861">
			<date value="13861.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="MS219_OldCrow_14219">
			<date value="14219.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="MS220_OldCrow_14360">
			<date value="14360.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="MS221_OldCrow_14409">
			<date value="14409.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="MS223_OldCrow_14254">
			<date value="14254.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="MS226-DC009_ChijeesBluff_OldCrow">
			<date value="128500.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="MS242_OldCrow_13873">
			<date value="13873.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="PH025_Edmonton_4518">
			<date value="4518.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="PH027_Edmonton_13008">
			<date value="13008.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="PH034_Edmonton_13023">
			<date value="13023.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="Yak1_BosGrunniens_0">
			<date value="0.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="Yak3_BosGrunniens_0">
			<date value="0.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="Yak2_BosGrunniens_0">
			<date value="0.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
		<taxon id="Yak4_BosGrunniens_0">
			<date value="0.0" direction="backwards" units="years"/>
		</taxon>
	</taxa>

	<!-- The sequence alignment (each sequence refers to a taxon above).         -->
	<!-- ntax=50 nchar=7846                                                      -->
	<alignment id="alignment1" dataType="nucleotide">
		<sequence>
			<taxon idref="Yak1_BosGrunniens_0"/>
			AAGATTGTTAACAATGCCCGACAGCTCACCTCATGCTGAACTGACCCTACCCGTACAAAACACAGCATATATATCACTAGTAACTGCTCCTTACAACCTAACGAGATCTGGGGAAGTCAAAAATCGCTTCCGACACCACACGAAGAAACTACCAGCGGCTAGAAAGGCCTACTAGGGACGCAAAAGAAGCAATAACACCAACGTGGGAACGTGTACCGACTCCGAATACCCGATATCAAATTATTACTAATCTAATACATTTACGCATAAATACAACTGAATAAATTCCTTCCTATAACTCTTAACAGAGACTCCTGGTGGAGGAGCACCACGGTGCCGACCGGGCATAGGGAGCGTGAATTAGACAAAGGTGATCGCCAAGGCGAGTCCAAAAATTCCCCTTCCCCGTTAGGGGGGAGTAGTCCTGGACGCGGGTGGCAATTTCTGGGTTATGGAATAAAAAAAACCGATCTCACCTGTTGAAAGGCTCCTCCGCGGGAAACCAGCACAAATTGCGGGGGCATTCCTTTTTGCCGGTATATCGTGAATCAGATTTGAAGCTGTAGAGTGAATAGTTGTAGTGCCATAGGAGGGACGTTATGAAAAGACAGGAGTATCGACCGGAAATTCGAATGCGTATTTAGGGTAGAGCGATTCGAGCCGATTGGGCTCTGTTAGGGTGAAGGTGCTTCCTTGTACAGATGAACTGAATGGGAAATTCCCTCGCTGACCCTCGTCGGTAATAAGTTAGTTATCAGGACAGTAATGGTGTACGGTAGGCAAAACGTTAGTCCCTCATGGCATGACATAGTCACCGTCGGATCAAGGCCCTCGCACAAGTTAATTGCTAATCATAAACACAAAAGGCGGGAATAATCGAATACAGCCTTCACTAAGGAAACTCAGAGAGCCTTTATGTAGTGGTATGTTAACATGTACGGTCCTGGGACGGCCAGAAACACGTTGGGCCTTGGCTCGCAAGGACGCCACAACATACCGCTTGCTTGATGTACATACAGCGTGCCATTGATTGTATTAACCACGTCAGACACTCCAGGCTGCTAATGTGATTCTATAGCTAAGCAAAACAATCTTCGAACGAATCGCCACGGCAGCCTGAACTAATGGCTTAGTTTGTTCTACGCACGCGGTTCCAGACCCACCGGCCCAATGCTGTGGTAATGCCACAGGGCACATCGCTAAAATGGTTACCCGTGTTGGCTAATGGGTGTATTGGAGTCGCCGAAGTATTAGTTTCCCATCTATACCTGTGGGGTTTCTGGGGTCTCTGTATTTGAAAACATCCCAAAGAAGTAGCCGCTAATTTTATGTCCGGTTACCACAGCTCGACTATGAAAGTTTGGCATCGGATGTAACTACGAGGTATTATTTACGGCGCTTGTTATCGATAAGGACCCAGAGAGTAGTGCCTGCATTTGGAGAAACCTGACTAGAATGGTATGGTTGGAGACACTTGTCTACCTAAAGAGAGCCCTCCGAGTAACAGATTGGGAACTCCTTAAAGATGGTTCACGCACCGCTACGCCGGCGATACGACCAACCCAACGTTTTTGTGATCTACAACGGGCGCGTTACACGCACCCCATACCAAATCCCACTCTTACGGGCCACATAGGCCGGCCTAAAGCCGTAATTCCACGCACAGGAAGAACCATAATAAAATACAACATTGGGTCATGGCAGCGTACCCAGCAGGGCTGCCCCAGGGAACTAAGCTCCGATTATATACGCATGCGCGTAATACCCACCCCAAAACGGCTACGATACGGTTACTTGTGTATATGCAGGCCGGGCAATTGGACGAACCTGCCAAGTTACTATAAACGCATCACCGTCCGAATTATATGGAACGCTGCAGGGTGCGTGTAGGTGGGCTGCTTAGGTGAAAAAAATAGACTCGATCACCACGCTAAATAAATCCCAATTCTACGTTCCTCTGCCACTCTAATCCCACGCTATCGTCCACATGACCCATAACA
			ATAAATTAAACGAAAGAAATCTCCGTAGTGAAACGAACAAAAACACCGAGGTAATTTACTAGTACCAAGGAAACATTGCTAGAATTACAGTACAAAGCGAACGAGCTCTTGCGGACGACCTTGTACCATCACGCATGCTCATCTAACATACACTACTACAGGTGGCACACCCAAAGTTTAGCAGTAAGACCT-CAAATCACAATAAAATAATAATAGATAAAACTTTCATAAACAAAACACGACCTAGGCCCCTGTACATAAACGAAAAAAAACCATAGAAGCCATTTTACCATTAGCAATCTAAAAAAATCTCCAAAAATCCAAGGCTAAACCCACATTGTGTAATACGCCAATACGACCGAAGTTCCCCAGTTGAAACTGTGTGCAGTGCCCTTAATTCGGAATCTTGCGAGCCTCCCTGTCAAACAAACAAGCTCAACCGGACGTGTACAGCGTAGACATAACAAACACCATATAGAAATAATAACACCAATAACCCAACTGGAACATTCATTTGTCTACCCATAATCCCCACAGACCCCTAGACACAACTAAACATCCCTCAAATAGAGCATTTACTGGACGCACAAAACTGACAGCCAGGCTTCTTATGGTTCCCGGCATACAAGGTCATCACCTTGCCACATTTAATATCGTAAGTAGAACTTGCCCTCCAGCGGGCAGGTAGCGGACCACGGTGACCAACACACAAGTAGTCTAACTTTGAAAAATATCCCAGCATCAGTTTGACAGCGAGGACACACTATAGGAGCAAGCGCATTACTTCGATATGCACACAAACGCGCCACCCCAGATTCCGACAACGTCCAAATAGGCTGAATATTTTAAAAACAGAAAGACGCTTCTACAAACCGATATCAAAATCTTACGAGCATCCATCCCCTTCACAAACGCCTATAGCAAAAAGTGGTCGGTCATCTCCATTCCTTGGAATTCTGAGGCAACATCTATGAAACAACCGTGGTGGGCGCTCCGAGTAATGAGTGCACACCCTTAAATTTTTCGATCCCAGCAAAAACAATATTATCCTGAAAATTGTAAAAACAAATATTGCGCGATATCTTAACACACTCATAAGTTTAATGCGGCTGATTAAGTTATTACTGCAAAATTATTCCTCAAAAACGAGAACTCCTAGTGGGGAATTCCAGTTTGCGGGAAGGCCGGTTACAGGAGTACGAGTTCAACAATGCCCATACGCAATAACTAGCGCGGAGATGCTGCCCTCCTGAGACATGTGCCCTAAAGGGGATCCACTTCCAGAAACACTAATTTGGAAATTAGATGCACAGAAAAAGTTATACCGCAAGAAGAACCTCGTCCATACGTTAGACTATTGTAACACAGGCGACAAGGCTAGACTAAAGCAGGACGCAGGCTCAGTTTAGCAAGGGAATTAAGTGCTAATAGATTAGATAACAATTGCCGCCCTTACAAAAGAACCCAATAACTCAGACTGGTAATAAACCAAGCCAAACTTCAAAGCAGAACGTATGCGAAAAAAACATCTCTAGTATTATCGTTCAAACCCGCTAACTAACATGTTCCGCATCGGACCAAATCGCAAGTACGAACAGCAACTTCTTCAAACAAAACTATCGTAACTAGTATAGATGAGTGGTTTACTCATGGTGTAGAGGGGTGAGTATGGTTCGTAGTTATTGGAAGGTGTAAGAGAGCTCGATCCAAGGTGGTAAGTTAGTTAGTTGTAGAGGGAGTGTAGTGGTGATGAGGTGTTAGGGAGAGGTTATGATTGAGAGTTTTAGGGGAAGAACGATCATAGGTTTGGTCCCAGCCGGCCTGTTGACTCTTAATAAACTTACACATGCAAGCATTCTACACCCCAGTGAGAATGCCCTCTAGGTTGTTAAAATCAAGAGGAGCTGGCATCAAGCACACACCCCGTAGCTCACGACGCCTTGCTTAACCACACCCCCACGGGAAACAGCAGTGACAAAAATTAAGCCATAAACGAAAG
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	<!-- The sequence alignment (each sequence refers to a taxon above).         -->
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			<taxon idref="B5493_BisonLatifrons_Colorado"/>
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			<taxon idref="Yak3_BosGrunniens_0"/>
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			<taxon idref="Yak1_BosGrunniens_0"/>
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			TTCTTTTCTTTGCTTTTTGCAGTTTGTGTATATTCTTCTTTAAAACGCCACCCAATTCACCCCTTTTTCTTTATTTCGAGCTTATTACTCCTTTCTCTCTATGTCCTATGTCATCAGTCTCCGTTTTCGAATCCTCTTAATTCCTATATTTCTCTTCTTTGGGGGTAACATGATTCACCTCATGGTCCTTCAACCTCTTATNTATTTCCCTTCTTTCACCCCCTCTCACGAACCTTCTTTTCCTTCTGGTCCTCGTTCAGTTTAATCAAAGTTTCCTTCTCCTTATATATGTCACCCTCTTCCCAATATAGATCTCAATCTTCCTTTTCCTCTCTCCTTCTTAATATTTCTTCATCTCCTTTTTCTGTCATATACAACGCAAGGTACTGCCGTCTCTATTTTCTCTTTTATATCTTTCTCGCCACCATACTTCTCTTTTTTTCTGTCAAGCAAGTAGCATTAATTCCTTTTCTCGTCAGATTGTACCCAGTTTGTCGTTTTAATGAAGTATCTTTTCACTCCCTTTTCTGTTCTTTTCGAAATCAAATCGAATTTCTTTTTATTTTTCTCCTATTTTATTTACCTTCCTTTTCGGGAACAGTACGTATTTACTCGCTCTTTCTTATAATTGCTATTTTAAGTACTAACGCATTTGTCGTTCTTTATCTAGTATGTCACATACCTCGCTTTCCTTTATGGAGTTGTCTTTACTCATTCACTTTTCTGGTTTCGCTGTGACATACTTCACCTGATCTTTTCTTTACCGGATGCCCTTTCAGTCCCTTTGTCACAAAGTAGGCTTTCGGTACTTCTTCCGGTTCGTCATCTCCCTATTGATTTTTCCTCGCATCTTTTGTATTTCCTACTATTTTCAGGAACAATAATCCCTCGAACTTCTATTCTTTTCTACATTTGCTATCTTATATTTCTCTCTTGTTTAGCATTCCTTGTAGTTTCTTTTCCTCTTACATCTCGTTCTTTTTTCCGACCTGTCTTTTTCACAGCAATAATATTAGATATTCCTCTTCTTTTCTCTTTCGTACAACCAACTATACCTCACTTCGTTCCTTTTACGAATTTCAGAGTCTACTATCTGTATAATCTTTTCTCTTTCGCTTATCTGATACACATAATTAATTTTTTCTTTTTCCAATTATTTGGAGTGTTCTTTTGGGAGGCACACCCTACTTAAGTGATGTTTCTCGTTCATACGATAATTTTACAACATCTTGTTTCCCGACCATGTACGTCCCTAGCCCTCCTTACGCTTTCGTTTTTGTACTCAAAAATACTCTGTGCTCCTTCCTGCTCAAATAATTCTCCCGATGTTTTCTGTAACATCTTATGCACTTACTTTTGCGCTTAGTAAAAATGATGGTTACTCTCCCCTTTGGTCTCGTCTTCGTACAATTTACCACCACACGCTTTCTTCCCTCCTAGCGTTTTCTTGACGTCCTTATAAAACTTTACTAGTTTGGTTCGATTCAATCCCCTCATCTCAATACCCTTTCTTGTCTCTATGATCAATATAACCACTATCCTTGATCCTTAGTCCATATCTGAACCCCTTATTGTACTTCACTCTCATACCCTTCAAAGTTATATTCTTTCTTTGTTTTATAAATTTATTTTTGTTTTTGTTGTCCACCCTAGGTGTTTGGGTGGGTTTATGGCTTGTTTTTTATGGTTTTTGACCCTCCAAACATGTCAACTTGCTTCGTTTATCTTAATTAAAATATTTATAGTGAGTTAACGACGTTGAACTGTCCTAGAGCGTTTTCGGCTTTGTTTTTATCGGAA
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			TTCTTTTCTTTGCTTTTTGCAGTTTGTGTATATTCTTCTTTAAAACGCCACCCAATTCACCCCTTTTTCTTTATTTCGAGCTTATTACTCCTTTCTCTCTATGTCCTATGTCATCAGTCTCCGTTTTCGAATCCTCTTAATTCCTATATTTCTCTTCTTTGGGGGTAACATGATTCACCTCATGGTCCTTCAACCTCTTATTTATTTCCCTTCTTTCACCCCCTCTCACGAACCTTCTTTTCCTTCTGGTCCTCGTTCAGTTTAATCAAAGTTTCCTTCTCCTTATATATGTCACCCTCTTCCCAATATAGATCTCAATCTTCCTTTTCCTCTCTCCTTCTTAATATTTCTTCATCTCCTTTTTCTGTCATATACAACGCAAGGTACTGCCGTCTCTATTTTCTCTTTTATATCTTTCTCGCCACCATACTTCTCTTTTTTTCTGTCAAGCAAGTAGCATTAATTCCTTTTCTCGTCAGATTGTACCCAGTTTGTCGTTTTAATGAAGTATCTTTTCACTCCCTTTTCTGTTCTTTTCGAAATCAAATCGAATTTCTTTTTATTTTTCTCCTATTTTATTTACCTTCCTTTTCGGGAACAGTACGTATTTACTCGCTCTTTCTTATAATTGCTATTTTAAGTACTAACGCATTTGTCGTTCTTTATCTAGTATGTCACATACCTCGCTTTCCTTTATGGAGTTGTCTTTACTCATTCACTTTTCTGGTTTCGCTGTGACATACTTCACCTGATCTTTTCTTTACCGGATGCCCTTTCAGTCCCTTTGTCACAAAGTAGGCTTTCGGTACTTCTTCCGGTTCGTCATCTCCCTATTGATTTTTCCTCGCATCTTTTGTATTTCCTACTATTTTCAGGAACAATAATCCCTCGAACTTCTATTCTTTTCTACATTTGCTATCTTATATTTCTCTCTTGTTTAGCATTCCTTGTAGTTTCTTTTCCTCTTACATCTCGTTCTTTTTTCCGACCTGTCTTTTTCACAGCAATAATATTAGATATTCCTCTTCTTTTCTCTTTCGTACAACCAACTATACCTCACTTCGTTCCTTTTACGAATTTCAGAGTCTACTATCTGTATAATCTTTTCTCTTTCGCTTATCTGATACACATAATTAATTTTTTCTTTTTCCAATTATTTGGAGTGTTCTTTTGGGAGGCACACCCTACTTAAGTGATGTTTCTCGTTCATACGATAATTTTACAACATCTTGTTTCCCGACCATGTACGTCCCTAGCCCTCCTTACGCTTTCGTTTTTGTACTCAAAAATACTCTGTGCTCCTTCCTGCTCAAATAATTCTCCCGATGTTTTCTGTAACATCTTATGCACTTACTTTTGCGCTTAGTAAAAATGATGGTTACTCTCCCCTTTGGTCTCGTCTTCGTACAATTTACCACCACACGCTTTCTTCCCTCCTAGCGTTTTCTTGACGTCCTTATAAAACTTTACTAGTTTGGTTCGATTCAATCCCCTCATCTCAATACCCTTTCTTGTCTCTATGATCAATATAACCACTATCCTTGATCCTTAGTCCATATCTGAACCCCTTATTGTACTTCACTCTCATACCCTTCAAAGTTATATTCTTTCTTTGTTTTATAAATTTATTTTTGTTTTTGTTGTCCACCCTAGGTGTTTGGGTGGGTTTATGGCTTGTTTTTTATGGTTTTTGACCCTCCAAACATGTCAACTTGCTTCGTTTATCTTAATTAAAATATTTATAGTGAGTTAACGACGTTGAACTGTCCTAGAGCGTTTTCGGCTTTGTTTTTATCGGAA
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			<taxon idref="Yak3_BosGrunniens_0"/>
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	</alignment>

	<!-- The sequence alignment (each sequence refers to a taxon above).         -->
	<!-- ntax=50 nchar=3800                                                      -->
	<alignment id="alignment4" dataType="nucleotide">
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			<taxon idref="Yak1_BosGrunniens_0"/>
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			GCATATCTTTCTNNNTCCCATTCAACCCAACAAATAAGCTCTNNCNNNNNNNNNNNAGTCCTCAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACACTCGAAACATAACCCATAAATCTCAAAAAATAACAANNNNNNNNTTTATACCCGGAACCCTAATAATCACAGTATAAACTNNNNNNNNNNNNNNNNNAANNNNACACTANNNNNNNNNNNNNNGAAACGAAAGAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAACCTAAAAAGATTGTTAACNNGCTCCAACACCTATCTCTTAATACGCTAAAATACTATCTAACACACGCACCACCCATACACATAANNNNAGATATAACTCATTTAATCTCCGACCAACTACCACCTCATAACCACTATATAAAACACGNNCAACCACTAACNNNNNNCCACGAATCTTAACCCCCAATCCAGCCAGAGNNNNNNNNNAATCCAANCCACTGAACCTANNANNNNNNNNCCCAAAAANNNNNNNACACTGCCACCTATATATAACCTTNNNNNNNNNNNNTAAACATAGACATATCCAATCTACACAACCCAACCCAATTATTTTACAAATCCAGGATTATTCAGTNNNNNNNNNNNNNNAGTATATCATCTTCTTTTNNACCTCACCCTTNNNNTATTTAAATTTACAACANTTCCTAACACCCATGTACCTGCCCAACTAAATCGTAACCCCATNNNNNNNNNNNCACTTAAACGAATCCCAAATATAAACANACACGATAAAACACTAATCATAANNNNNAAAGATCAAACCATTAAACAAAGTCTTTCGAATCCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNACAATAAAAGACACTGCTTTATATTTTTANNNNNNNNNTCACTGAAAANNNNNNNNNNATTGCACCCCCATAAAAAGAGAAAAAACTTATAGAAAAACANNNNNNNNNNNACGTTGAGAATACACTGCAACTAGCTANACTTACAACCAACTTCGCTCTAATAGGTTAAATGANNNNNNNNNNNNAATACTACTAATACCCAAACCACGGTTTCAACNNNNNNNNNNNNNNAAAATTTAACTCAACTTATCAACCTTAACCTTTCACACTCATCAACCTACCCCTCAACCCACAACTTAATCAACAGCCCTCAGCCATTTCACTNNNNAACACTAAACATCCCAAANCTAAGACAGCTAACTTCCCACCCATTCACACCCCCCCCTACCCATCCTCCAAACTCTTCCCCCTACTCACATCACATANNNNNNNNNNNNTCTAACTAAAATATCACTCTATAACTAAAACCCCCGAACACAACCACACAAACCACTAAAATCCTCTCCACGCCCACCACACACATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAAATAGAACTCCCAAACACCCACACAATATACAACAACCCACCTCCTCTANNNAATCACCAACCCAACCCTAAACCACACATATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCCCATATCNNNNNNNNATCCCACAACCATACATANNNNNNNNNNACACCTCACTNNNNNNNNNNNNNATCAACCACACATAAACAAACAACAAAACACANNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAACCATACAAANNNGNNTCNAATTTCCAGCAACCAAAAAANACCAACAATATCACATCACACCCTACATCCAAAAATCGTACAATCAACTANACACACGATCAANNNNNNNNNNNNATAACAACACGCCCCAACATCCAATAACACAAAAAAACATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAAGACCAAATAAAAATCAAAAAACATCTTATAAAAGACGCCCAATAAGATCCCCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCTCCACGACAAACAACAACCTACCTCAANNNNNNNNNCAAACANNACAANCCTAACCAGAAANNNN
			NNNNNNNNNNNNNNNTATTTCAATCACATAATACTCTTNAAACCCAACAAAANNNNNNNNNNNNNNNACCCTCAACACAACAAAANNNNNNNNNNACATAAAAATACCCACAAAAACCCACACACAAAAAAAAAATATCACCAATCACATGNAATAACATACAAAACAAACAATACCAACTCGCAAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCATACTCCCCCAAANNNNNNNCTACCACCTTTACAAANNNNNNNNNNNNNCAAAAACCCCCACTTANNNNNNNNNNNNNCATTCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAANNNNNNNNNNNATCTCACATCAATATTGGACACATATCCAAACCTCCCAACTAACCACCATCAATACCAAAAACAAAACACAGTCACCCATCGATANACCAATAAAGAACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATGTTCTCCCTAAATNNNNACCAAATANAGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCAAATACCACTCACTAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCCATCTCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNAACATCAACCCACCACTAACAAAANNNTGAACAATACTNNNNNNNNNNNNCAACACACCACCCTAGCAAANNNCTTACCAGCCCACCTCANNNNCAAACTCGTCTCCACCATNTAACACCAACCCATATATACAAGTTAAACCAAANNNNNNNNACAACCATAGATAAGACTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAAACCCCTNNNNTATAAATACAGGCCATAANACACAATTAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACTAATAACCTATTANNCAACTCAATCACTAACATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCCCACCAAATNATCCTCCATCAAATTCACAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCANNNNNCCTGACTNNNNNNNNNCTCAATCACAACNNCAAACAAACATAACAAATATCCCCCTTTCAAAAATAACATCATAAGCCAACACCACACNAAAAATACAACCATCCCAACCTAAACATCCAAATTACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATAGACTCCATTTAACCCCTATTAATTANNNTCTNNNCAACCCCCCCCTCATAATACCTCATCCACCAACCAAAACATACAACTAACCTTCTCAAAAATCCAATCCACACCACCCGTTCCNNNTAAAACCCTCACTTCCTCCCCACAAACATTCATTCNACCCCACCCTACGACACCCAANNNNNCTCAAACNNNNNNNNNNNACACTACACCCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCCGAATCCATATCATACATAAACAAAACCTACACAAACTAAACTACTAAAATCGTACAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGTTCAGTTGNNNNNNNNNNNNGNNNTTTATGGTTTGTTGGNNNNNNTNNTGGATTTTAGTGTGAGCTGTGTTTGTTAGATTTCNNNNNNNNNNNNNNNNAGTGTGTTNNNTGGTTTAGTCATTTGGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
		</sequence>
		<sequence>
			<taxon idref="Yak4_BosGrunniens_0"/>
			GCATATCTCTCTATATCTCATTCAACCCAACAAATAAGTTCTTTCAAAGCATAAAAAGTCCCCAAAAAAAAAATATATTGAACAACGACTACAAAAAAAACACACTCGAAACATAACCTATAAATCTCAAAAAATAACAAAATCATCCTTTATACCCGGAACCCTAATAATCACAGTATAAATTCTAATATATTTACAAACAATAATACACTACCTACCATGTCCAAGAAACGAAAGAACAAACGCCTTCTAAATAACCTCCTAAAAAAAAAAACCTAAAAAGATTGTTAACAAGCTCCAACACCTATCTCTTAATACGCTAAAATACTATCTAACACACGCACCACCCATACACATAACCTAAGATATAACTCATTTAATCTCCGATCAACCACCACCTCATAGCCACTATATAAAACACGCTCAACCACTAACAATACCCTACAAATCTTAACCCCTAATCCAGCCAGAGCACTACAACAACCCAAACCACTAAACCTAGGAACGCACACCCCAAAAACCTACACACACTGCCACTTATATATAACCTTACCCAAAAAACATAAACATAGACATATCCAATCTATACAACCCAACCCAGTTATTTTACAAATCCAAAATTATTCAGTTTAGACACTTCATAAGTACATCATCTTCTTTTCTATCTCACCCTTAAAATATTTAGATTTATAACACCTCTTAACACCCATGTACCTGCCCAACTAAATCGTAACCCTATATAAATTCAAGCACTTAAACAAATCCCAAACATAAATATACACGATAAAACACTAATCATAACCTCCAAAGATCAAACCATCAAACAAAATCTTTCGAATCCATCAAATCTCAAAAAAAATTACAATAAAAGATACTGCTTTATATTTTTAATACAATATTCACTGAAAAATGACACCATATTGCACCCCCATAAAAAGAGAAAAAACTTATAGAAAAACAAACCTATGACAACGTTAAAAATACACTGCAACTAGCTACGCTTACAACCAACTTCGCCCTAATAGGTTAAATAAAAAGACATTTTCAATACTACTAATACCCAAACCACGGTTTCAATGAATCAAACAAAACAAAGTTTAACTCAGCTCATCAACCTTAACTTTCCACACTCATCAACCTACCCCTCAACCCACAACTTAATCAACAGCCCTCAGCCATTTCACTTTGAAACACTAAACATCCCAAGCCTAAAACAGCTGACTTCCCACCTATTCACACCCCCTCCTACCCATCCCTGAAATTCTTCCCCCTACTCACATCACATATCCTTTCTAACGTTTAACTAAAATATCACTCTATAACTAAGACCCCCAAACACAACCACACAAACCACTAAAACCCTCTCCACGCCCATCACACACATAACTCCATGCAAGCATCGTCCCAAAATTAACTATAAACAACAACAAAAAAAATAGAACTCCCAAACACCCATACAGTATGCAACAACCCACCTCCTCCATTTAATCACCAACCCAACCCTAAACCACACATATCCCTCTACCAACAAATACAATGAACACCCCACACCCCAATACCATCCCACAACCATACATAAACCTAAAAGACATCTCACTCTTCAGCTCAAACACCAACCACACATAAACAAACAACAAAACACACTCTAAAATTACCTCCAAAAAACCATACAAAAAAGCATCCAATCTTCAGCAACCAAAAAATACCAACAATATCACATCACACCCTACATCCAAAAATCGTACAACCAGCTATACACACGATCAAACTCTTCACAACATAAAAACACGCCCCAACATCCAACAACACAAAAAAACATAAAAATCAAAACAATACTCCCAATTAAAAAGACCAAATAAAAATCAAAAAACATCTCATAAAAGACGCCCAATAAAATCCCCAAGCATCCAACATAATATAGACCCACAAACCACCTCCACGACAAACAACAACTTACCTCAGACAAAATCGCAAACACAACAAGCCTAACCAAAAAACAT
			CTCTTAACTAAACTTCACTTCAATCACATAATACCTCTCAAACCCAATAAAATATTATAAACAAAAAACCCTCAACACAACAAAATCAACTATAAACATAAAAATATCCACAAAGACCTACACACAGAAAAAATATATCACCAATCACATGCAATAACATACAAAACAAACAACACCAACTCGCAAAAAAACCCTAAAACACCCTTATCTACCATACTCCCCCAAAACAATAACTACCACCCTCACAAACTCAAGCAAAAACCAAAAACTCCCATCCAACATAACATTTAACATCCAAAACCTACCAAAAAATCTAAAACTAAAACAATTAAAGCAGAAAAAAGATAAACCGCTTAATTATCTCACATCAATATTGGATACATATCCAAACTTCCCAACTAACCACCATTAATACCAAAAACAAAACACAGTCACCCATCAACACACCAATAAAGAACAGAATTTAATATACACAAAATTACATCCAACCAATCCACTCTATATTCTCCTTAAATCTCCATTAAATACAGCTCGAAATCATCAGAACATAAAACTTAATAAAATACACTCTAAACCTTCATAAAAAAATTTTCAGACAAATACCACTCACTAATCCACAACAATTCACAAACACCAACATAAATGTCCATTTCAAAATAACCAAAAAACCCCTAATATCAACCCATTACTAACAAAAAACTGAACAATACTACCTAACACTACCAACACACCACCCTAGCAAACTACTTACCAACCTATCTCAATATCAAACTCGTCTCCACCATCTAACACCAACCCATATATACAAGTTAAACTAAAAATACCACACAACCATAAATAAGACTAATCTATCAAAATAACCCACTATAACACAAAACTCCTTTCATCTAAATACAGGCCATAACACATAATTAATACGTAATATTAAACAATTAGAAATACCAATCTACAAGAAACACTAATAACCTATTAATCAACTCAATCACTAACATACAAAAAATACTTTCAATCCACACAACACCACAATTACAAAACTAAACTCCCATCCCGCCAAATTATCCTCCATCAAATCCACAAATTACACAATCACCAATCCTAACTCAAACCAAAACCAATTAACAAACACACCTTCACCACACACCCTAACTACATCACAGCTCAATCACAATACCA-GCAAACATAATAAATATCCCCCTTTCAAAAATAACATCATCAGCCAACACCATACGCAAAATACAACCATCCCAATCTAAACATCCAAATTACAGAAATTCAACCTCACAATTACTATTAATAACTCAACAGACTCCATTTGACCCCCATTAGCTAGAATCTCACCAATCCCCCCCTCATAATACCTTATCCACCAACCAAAACATACAACTAACCTTCTCAAAAACCCAATCCACACCACCCGTTCCCACTAAAACCCTCACTTCCTCCCCACAAACATTCATCCCACCCCACCTCACGACACCCAGTTCCCCTCAAACCAATACCTAAAACACTACACCCACAATCCATACAATCCCACCCACCCGAACCTATATCATACATAAACAAAACCTACACAAACTAAACTACTAAAATCGTACAACACAATCCTCATATCTCACATTCCGAGAACTATTATTCTGTTCAGTTGATATTTGGGGATGTTGTTTATGGTTTGTTGGAGTTATTGGTGGGTTTTAGTGTGAGCTGTATTTGTTAGATTTCGGAGTTGTTTGAATGGGGTGTGTTTAGTGATTTGGTTGTTTGGCAGTATACTTTTAATTATGGTATTTTGTTAATTTATA
		</sequence>
		<sequence>
			<taxon idref="Yak2_BosGrunniens_0"/>
			GCATATCTTTCTATATCCCATTCAACCCAACAAATAAGTTCTATCAAAGCATAAAAAGTCCCCAAAAAAAAAATATATTGAACAACGACTACAAAAAAAACACACTCGAAACATAACCTATAAATCTCAAAAAATAACAAAATCATCCTTTATACCCGGAACCCTAATAATCACAGTATAAATTCTAATATATTTACAAACAATAATACACTACCTACCATGTCCAAGAAACGAAAGAACAAACGCCTTCTAAATAACCTCCTAAAAAAAAAAACCTAAAAAGATTGTTAACAAGCTCCAACACCTATCTCTTAATACGCTAAAATACTATCTAACACACGCACCACCCATACACATAACCTAAGATATAACTCATTTAATCTCTGACCAACCACCACCTCATAGCCACTATATAAAACACGCTCAACCACTAACAATACCCTACAAATCTTAACCCCTAATCCAGCCAGAGCATCACAACAACCCAAACCACTAAACCTAGGAACGCATACCCCAAAAACCTACACACACTGCCACTTATATATAACCTTACCCAAAAAACATAAACATAGACATATCCAATCTATACAACCCAACCCAGTTATTTTACAAATCCAAAATTATTCAGTTTAGACACTTCATAAGTACATCATCTTCTTTTCTATCTCACCCTTAAAATATTTAGATTTATAACATCTCTTAACACCCATGTACCTGCCCAACTAAATCGTAACCCTATATAAATTCAAGCACTTAAACAAATCCCAAACATAAATATACACGATAAAACACTAATCATAACCTCCAAAGATCAAACCATTAAGCAAAATCTTTCGAATCCATCAAATCTCAAAAAAAATTACAATAAAAGATACTGCTTTATATTTTTAATACAATATTCACTGAAAAATGACACCATATTGCACCCCCATAAAAAGAGAAAAAACTTATAGAAAAACAAACCTATAACAACATTAAGAATACACTGCAACTAGCTACGTCTACAACCAACTTTGCCCTAATAGGTTAAATGAAAAGACATTTTCAATACTACTAATACCCAAACCACGGTTTCAATGAATCAAACAAAACAAAGTTTAACTCAGCTCATCAACCTTAACCTTCCACACTCATCAACCTACCCCTCAACCCACAACTTAATCAACAGCCCTCAGCCATTTCACTTTGAAACACTAAACATCCCAAGCCTAAAACAGCTGACTTCCCACCCATTCACACCCCCTCCTACCCATCCTCCAAATTCTTCCCCCTACTCACATCACATATCCTTTCTAACGTTTAACTAAAATACCACTCTATAACTAAGACCCCCAAACACAACCACACAAACCACTAAAACCCTCTCCACGCCCATCATACACATAACTCCATACAAGCATCGTCCCAAAATTAATTATAAATAACAACAAAAAAAATAGAACTCCCAAATACCCATACAGTATGCAACAACCCACCTCCTCCATTTAATCACCAACCCAACCCTAAACCACACATATCCCTCTACCAACAAATACAATGAACACCCCACACCCCAATACCATCCCACAACCATACATAAACCTAAAAGACATCTCACTTTTCAGCTCAAACACCAACCACACATAAACAAACAACAAAACACACTCTAAAATTACCTCCAAAAAACCATACAAAAAAGCATCCAATCTTCAACAACCAAAAAATACCAACAATATCACATCACACCCTACATCCAAAAATCGTACAACCAGCTATACACACGATCAAACTCTTCACAACATAAAAACACGCCCCAACATCCAACAACACAAAAAAACATAAAAATCAAAACAATACTCCCAATTAAAAAGACCAAATAAAAATCAAAAAACATCTCATAAAAGACGCCCAATAAAATCCCCAAGCATCCAACATAATATAGACCCACAAACCACCTCCACGACAAACAACAACTTACCTCAGACAAAATCGCAAACACAACAAGCCTAACCAAAAAACAT
			CTCTTAACTAAACTTCACTTCAATCACACAATACCTCTCAAACCCAATAAAATATTATAAACAAAAAACCCTCAACACAACAAAATCAACTATAAACATAAAAATATCCACAAAGACCTACACACAGAAAAAATATATCACCAATCACATGCAATAACATACAAAACAAACAACACCAACTCGCAAAAAAACCTTAAAACACCCTTATCTACCATACTCCCCCAAAACAATAACTACCACCCTCACAAACTCAAGCAAAAACCAAAAACTCCCATCCAACATAACATTTAACATTCAAAACCTACCAAAAAATCTAAAACTAAAACAATTAAAGCAGAAAAAAGATAAACCGCTTAATTATCTCACATCAATATTGGATACATACCCAAACCTCCCAACTAACTACCATTAATACCAAAAACAAAACACAGTCACCCATCGACACACCAATAAAGAACAGAATTTAATATACACAAAATTACATCCAACCAATCCACTCTATATTCTCCTTAAATCTCCATTAAATACAGCTCGAAATCATCAAAACATAAAACTTAATAAAATACACTCTAAACCTTCATAAAAAAATTTTCAGACAAATACCACTCACTAATCCACAACAATTCACAAACACCAACATAAATGTCCATTTCAAAATAACCAAAAAACCCCTAACATCAACCCATTACTAACAAAAAACTGAACAATACTACCTAACACTACCAACACACCACCCTAGCAAACTACTTACCAACCTATCTCAATATCAAACTCGTCTCCACCATCTAACACCAACCCATATATACAAGTTAAACCAAAAATACCACACAACCATAAATAAGACTAATCTATCAAAATAACCCACTATAACACAAAGCCTCTTTCATCTAAATACAGGCTATAACACATAATTAATACGTAATATTAAACAATTAAAAATACCAATCTACAAGAAACACTAATAACCTATTAATCAACTCAATCACTAACATACAAAAAATACTTTCAATCCACACAACACCACAATTGCAAAACTAAACTCCCATCCCGCCAAATTATCCTCCATCAAATTCACAAATTACACAATCACCAATCCTAACTCAAACCAAAACCAATTAACAAACACACCTTCACCACACACCCTAACTACATCACAGCTCAATCATAATACCAGGCAAACATAATAAATATCCCCCTTTCAAAAATAACATCATCAGCCAACACCATACGCAAAATACAACCATCCCAATCTAAACATCCAAATTACAGAAATTCAACCTCACAATTACTATTAATAACTCAACAGACTCCATCTGACCCCCATTAGCTAGAATCTCACCAATCCCCCCCTCATAATACCTTATCCACCAACCAAAACATACAACTAACCTTCTCAAAAACCCAATCCACACCACCCGTTCCCACTAAAACCCTCACTTCCTCCCCACAAACATTCATCCCACCCCACCTCACGACACCCAGTTCCCCTCAAACCAATACCTAAAACACTACACCCACAATCCATACAATCCCACCCACCCGAACCTATATCATACATAAACAAAACCTACACAAACTAAACTACTAAAATCGTACAACACAATCCTCATATCTCACATTCCGAGAACTATTATTCTGTTCAGTTGATATTTGGGGATGTTGTTTATGGTTTGTTGGAGTTATTGGTGGGTTTTAGTGTGAGCTGTATTTGTTAGATTTCGGGGTTGTTTGAGTGGGGTGTGTTTAGTGATTTGGTTGTTTGGCAGTATACTTTTAATTATGGTATTTTGTTAATTTATA
		</sequence>
		<sequence>
			<taxon idref="Yak3_BosGrunniens_0"/>
			GCATATCTCTCTATATCTCATTCAACCCAACAAATAAGCTCTATCAAAGCATAAAAAGTCCCCAAAAAAAAAATATATTGAACAACGACTACAAAAAAAACACACTCGAAACATAACCTATAAATCTCAAAAAATAACAAAATCATCCTTTATACCCGGAACCCTAATAATCACAGTATAAATTCTAATATATTTACAAACAATAATACACTACCTACCATGTCCAAGAAACGAAAGAACAAACGCCTTCTAAATAACCTCCTAAAAAAAAAAACCTAAAAAGATTGTTAACAAGCTCCAACACCTATCTCTTAATACGCTAAAATACTATCTAACACACGCACCACCCATACACATAACCTAAGATATAACTCATTTAATCTCCGATCAACCACCACCTCATAGCCACTATATAAAACACGCTCAACCACTAACAATACCCTACAAATCTTAACCCCTAATCCAGCCAGAGCACTACAACAACCCAAACCACTAAACCTAGGAACGCACACCCCAAAAACCTACACACACTGCCACTTATATATAACCTTACCCAAAAAACATAAACATAGACATATCCAATCTATACAACCCAACCCAGTTATTTTACAAATCCAAAATTATTCAGTTTAGACACTTCATAAATACATCATCTTCTTTTCTATCTCACCCTTAAAATATTTAGATTTACAACATCTCTTAACACCCATGTACCTGCCCAACTAAATCGTAACCCTATATAAATTCAAGCACTTAAACAAATCCCAAACATAAATATACACGATAAAACACTAATCATAACCTCCAAAGATCAAACCATCAAACAAAATCTTTCGAATCCATCAAATCTCAAAAAAAATTACAATAAAAGATACTGCTTTATATTTTTAATACAATATTCACTGAAAAATGACACCATATTGCACCCCCATAAAAAGAGAAAAAACTTATAGAAAAACAAACCTATGACAACGTTAAAAATACACTGCAACTAGCTACGCTTACAACCAACTTCGCCCTAATAGGTTAAATAAAAAGACATTTTCAATACTACTAATACCCAAACCACGGTTTCAATGAATCAAACAAAACAAAGTTTAACTCAGCTCATCAACCTTAACTTTCCACACTCATCAACCTACCCCTCAACCCACAACTTAATCAACAGCCCTCAGCCATTTCACTTTGAAACACTAAACATCCCAAGCCTAAAACAGCTGACTTCCCACCTATTCACACCCCCTCCTACCCATCCTCCAAATTCTTCCCCCTACTCACATCACATATCCTTTCTAACGTTTAACTAAAATATCACTCTATAACTAAGACCCCCAAACACAACCACACAAACCACTAAAACCCTCTCCACGCCCATCACACACATAACTCCATGCAAGCATCGTCCCAAAATTAACTATAAACAACAACAAAAAAAATAGAACTCCCAAACACCCATACAGTATGCAACAACCCACCTCCTCCATTTAATCACCAACCCAACCCTAAACCACACATATCCCTCTACCAACAAATACAATGAACACCCCACACCCCAATACCATCCCACAACCATACATAAACCTAAAAGACATCTCACTCTTCAGCTCAAACACCAACCACACATAAACAAACAACAAAACACACTCTAAAATTACCTCCAAAAAACCATACAAAAAAGCATCCAATCTTCAGCAACCAAAAAATACCAACAATATCACACCACACCCTACATCCAAAAATCGTACAACCAGCTATACACACGATCAAACTCTTCACAACATAAAAACACGCCCCAACATCCAACAACACAAAAAAACATAAAAATCAAAACAATACTCCCAATTAAAAAGACCAAATAAAAATCAAAAAACATCTCATAAAAGACGCCCAATAAAATCCCCAAGCATCCAACATAATATAGACCCACAAACCACCTCCACGACAAACAACAACTTACCTCAGACAAAATCGCAAACACAACAAGCCTAACCAAAAAACAT
			CTCTTAACTAAACTTCACTTCAATCACATAATACCTCTCAAACCCAATAAAATATTATAAACAAAAAACCCTCAACACAACAAAATCAACTATAAACATAAAAATATCCACAAAGACCTACACACAGAAAAAATATATCACCAATCACATGCAATAACATACAAAACAAACAACACCAACTCGCAAAAAAACCCTAAAACACCCTTATCTACCATACTCCCCCAAAACAATAACTACCACCCTCACAAACTCAAGCAAAAACCAAAAACTCCCATCCAACATAACATTTAACATCCAAAACCTACCAAAAAATCTAAAACTAAAACAATTAAAGCAGAAAAAAGATAAACCGCTTAATTATCTCACATCAATATTGGATACATATCCAAACTTCCCAACTAACCACCATTAATACCAAAAACAAAACACAGTCACCCATCAACACACCAATAAAGAACAGAATTTAATATACACAAAATTACATCCAACCAATCCACTCTATATTCTCCTTAAATCTCCATTAAATACAGCTCGAAATCATCAGAACATAAAACTTAATAAAATACACTCTAAACCTTCATAAAAAAATTTTCAGACAAATACCACTCACTAATCCACAACAATTCACAAACACCAACATAAATGTCCATTTCAAAATAACCAAAAAACCCCTAATATCAACCCATTACTAACAAAAAACTGAACAATACTACCTAACACTACCAACACACCACCCTAGCAAACTACTTACCAACCTATCTCAATATCAAACTCGTCTCCACCATCTAACACCAACCCATATATACAAGTTAAACTAAAAATACCACACAACCATAAATAAGACTAATCTATCAAAATAACCCACTATAACACAAAACTCCTTTCATCTAAATACAGGCCATAACACATAATTAATACGTAATATTAAACAATTAGAAATACCAATCTACAAGAAACACTAATAACCTATTAATCAACTCAATCACTAACATACAAAAAATACTTTCAATCCACACAACACCACAATTACAAAACTAAACTCCCATCCCGCCAAATTATCCTCCATCAAATCCACAAATTACACAATCACCAATCCTAACTCAAACCAAAACCAATTAACAAACACACCTTCACCACACACCCTAACTACATCACAGCTCAATCACAATACCAGGCAAACATAATAAATATCCCCCTTTCAAAAATAACATCATCAGCCAACACCATACGCAAAATACAACCATCCCAATCTAAACATCCAAATTACAGAAATTCAACCTCACAATTACTATTAATAACTCAACAGACTCCATTTGACCCCCATTAGCTAGAATCTCACCAATCCCCCCCTCATAATACCTTATCCACCAACCAAAACATACAACTAACCTTCTCAAAAACCCAATCCACACCACCCGTTCCCACTAAAACCCTCACTTCCTCCCCACAAACATTCATCCCACCCCACCTCACGACACCCAGTTCCCCTCAAACCAATACCTAAAACACTACACCCACAATCCATACAATCCCACCCACCCGAACCTATATCATACATAAACAAAACCTACACAAACTAAACTACTAAAATCGTACAACACAATCCTCATATCTCACATTCCGAGAACTATTATTCTGTTCAGTTGATATTTGGGGATGTTGTTTATGGTTTGTTGGAGTTATTGGTGGGTTTTAGTGTGAGCTGTATTTGTTAGATTTCGGAGTTGTTTGAATGGGGTGTGTTTAGTGATTTGGTTGTTTGGCAGTATACTTTTAATTATGGTATTTTGTTAATTTATA
		</sequence>
	</alignment>

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=548                                                           -->
	<patterns id="1tr_all.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment1"/>
	</patterns>

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=271                                                           -->
	<patterns id="CR_all.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment2"/>
	</patterns>

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=182                                                           -->
	<patterns id="secondPos_all.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment3"/>
	</patterns>

	<!-- The unique patterns from 1 to end                                       -->
	<!-- npatterns=468                                                           -->
	<patterns id="thirdPos_all.patterns" from="1" strip="false">
		<alignment idref="alignment4"/>
	</patterns>

	<!-- This is a simple constant population size coalescent model              -->
	<!-- that is used to generate an initial tree for the chain.                 -->
	<constantSize id="initialDemo" units="years">
		<populationSize>
			<parameter id="initialDemo.popSize" value="100000.0"/>
		</populationSize>
	</constantSize>

	<!-- Construct a starting tree that is compatible with specified clade heights-->
	<rescaledTree id="startingTree" height="180000.0">

		<!-- Construct a rough-and-ready UPGMA tree as an starting tree              -->
		<upgmaTree>
			<distanceMatrix correction="JC">
				<patterns>

					<!-- To generate UPGMA starting tree, only use the 1st aligment, which may be 1 of many aligments using this tree.-->
					<alignment idref="alignment1"/>
				</patterns>
			</distanceMatrix>
		</upgmaTree>
	</rescaledTree>

	<!-- Generate a tree model                                                   -->
	<treeModel id="treeModel">
		<upgmaTree idref="startingTree"/>
		<rootHeight>
			<parameter id="treeModel.rootHeight"/>
		</rootHeight>
		<nodeHeights internalNodes="true">
			<parameter id="treeModel.internalNodeHeights"/>
		</nodeHeights>
		<nodeHeights internalNodes="true" rootNode="true">
			<parameter id="treeModel.allInternalNodeHeights"/>
		</nodeHeights>
				<!-- START Tip date sampling                                                 -->
		<leafHeight taxon="MS226-DC009_ChijeesBluff_OldCrow">
			<parameter id="age(MS226-DC009_ChijeesBluff_OldCrow)"/>
		</leafHeight>
		<leafHeight taxon="B5493_BisonLatifrons_Colorado">
			<parameter id="age(B5493_BisonLatifrons_Colorado)"/>
		</leafHeight>

	</treeModel>

	<!-- Generate a gmrfSkyGridLikelihood for the Bayesian SkyGrid process       -->
	<gmrfSkyGridLikelihood id="skygrid">
		<populationSizes>

			<!-- skygrid.logPopSize is in log units unlike other popSize                 -->
			<parameter id="skygrid.logPopSize" dimension="50" value="14.077874822431765"/>
		</populationSizes>
		<precisionParameter>
			<parameter id="skygrid.precision" value="0.1" lower="0.0"/>
		</precisionParameter>
		<numGridPoints>
			<parameter id="skygrid.numGridPoints" value="49.0"/>
		</numGridPoints>
		<cutOff>
			<parameter id="skygrid.cutOff" value="1800000.0"/>
		</cutOff>
		<populationTree>
			<treeModel idref="treeModel"/>
		</populationTree>
	</gmrfSkyGridLikelihood>

	<!-- The strict clock (Uniform rates across branches)                        -->
	<strictClockBranchRates id="1tr_all.branchRates">
		<rate>
			<parameter id="1tr_all.clock.rate" value="3.0E-7" lower="1.0e-9" upper="1.0e-6"/>
		</rate>
	</strictClockBranchRates>

	<!-- The strict clock (Uniform rates across branches)                        -->
	<strictClockBranchRates id="CR_all.branchRates">
		<rate>
			<parameter id="CR_all.clock.rate" value="3.0E-7" lower="1.0e-9" upper="1.0e-6"/>
		</rate>
	</strictClockBranchRates>

	<!-- The strict clock (Uniform rates across branches)                        -->
	<strictClockBranchRates id="secondPos_all.branchRates">
		<rate>
			<parameter id="secondPos_all.clock.rate" value="3.0E-7" lower="1.0e-9" upper="1.0e-6"/>
		</rate>
	</strictClockBranchRates>

	<!-- The strict clock (Uniform rates across branches)                        -->
	<strictClockBranchRates id="thirdPos_all.branchRates">
		<rate>
			<parameter id="thirdPos_all.clock.rate" value="3.0E-7" lower="1.0e-9" upper="1.0e-6"/>
		</rate>
	</strictClockBranchRates>

	<!-- The TN93 substitution model                                             -->
	<TN93Model id="1tr_all.tn93">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment1"/>
				<frequencies>
					<parameter id="1tr_all.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<kappa1>
			<parameter id="1tr_all.kappa1" value="2.0" lower="0.0"/>
		</kappa1>
		<kappa2>
			<parameter id="1tr_all.kappa2" value="2.0" lower="0.0"/>
		</kappa2>
	</TN93Model>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="1tr_all.siteModel">
		<substitutionModel>
			<TN93Model idref="1tr_all.tn93"/>
		</substitutionModel>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="1tr_all.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!-- The HKY substitution model (Hasegawa, Kishino & Yano, 1985)             -->
	<HKYModel id="CR_all.hky">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment2"/>
				<frequencies>
					<parameter id="CR_all.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<kappa>
			<parameter id="CR_all.kappa" value="2.0" lower="0.0"/>
		</kappa>
	</HKYModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="CR_all.siteModel">
		<substitutionModel>
			<HKYModel idref="CR_all.hky"/>
		</substitutionModel>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="CR_all.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
		<proportionInvariant>
			<parameter id="CR_all.pInv" value="0.5" lower="0.0" upper="1.0"/>
		</proportionInvariant>
	</siteModel>

	<!-- The HKY substitution model (Hasegawa, Kishino & Yano, 1985)             -->
	<HKYModel id="secondPos_all.hky">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment3"/>
				<frequencies>
					<parameter id="secondPos_all.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<kappa>
			<parameter id="secondPos_all.kappa" value="2.0" lower="0.0"/>
		</kappa>
	</HKYModel>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="secondPos_all.siteModel">
		<substitutionModel>
			<HKYModel idref="secondPos_all.hky"/>
		</substitutionModel>
	</siteModel>

	<!-- The TN93 substitution model                                             -->
	<TN93Model id="thirdPos_all.tn93">
		<frequencies>
			<frequencyModel dataType="nucleotide">
				<alignment idref="alignment4"/>
				<frequencies>
					<parameter id="thirdPos_all.frequencies" dimension="4"/>
				</frequencies>
			</frequencyModel>
		</frequencies>
		<kappa1>
			<parameter id="thirdPos_all.kappa1" value="2.0" lower="0.0"/>
		</kappa1>
		<kappa2>
			<parameter id="thirdPos_all.kappa2" value="2.0" lower="0.0"/>
		</kappa2>
	</TN93Model>

	<!-- site model                                                              -->
	<siteModel id="thirdPos_all.siteModel">
		<substitutionModel>
			<TN93Model idref="thirdPos_all.tn93"/>
		</substitutionModel>
		<gammaShape gammaCategories="4">
			<parameter id="thirdPos_all.alpha" value="0.5" lower="0.0"/>
		</gammaShape>
	</siteModel>

	<!-- Likelihood for tree given sequence data                                 -->
	<treeLikelihood id="1tr_all.treeLikelihood" useAmbiguities="false">
		<patterns idref="1tr_all.patterns"/>
		<treeModel idref="treeModel"/>
		<siteModel idref="1tr_all.siteModel"/>
		<strictClockBranchRates idref="1tr_all.branchRates"/>
	</treeLikelihood>

	<!-- Likelihood for tree given sequence data                                 -->
	<treeLikelihood id="CR_all.treeLikelihood" useAmbiguities="false">
		<patterns idref="CR_all.patterns"/>
		<treeModel idref="treeModel"/>
		<siteModel idref="CR_all.siteModel"/>
		<strictClockBranchRates idref="CR_all.branchRates"/>
	</treeLikelihood>

	<!-- Likelihood for tree given sequence data                                 -->
	<treeLikelihood id="secondPos_all.treeLikelihood" useAmbiguities="false">
		<patterns idref="secondPos_all.patterns"/>
		<treeModel idref="treeModel"/>
		<siteModel idref="secondPos_all.siteModel"/>
		<strictClockBranchRates idref="secondPos_all.branchRates"/>
	</treeLikelihood>

	<!-- Likelihood for tree given sequence data                                 -->
	<treeLikelihood id="thirdPos_all.treeLikelihood" useAmbiguities="false">
		<patterns idref="thirdPos_all.patterns"/>
		<treeModel idref="treeModel"/>
		<siteModel idref="thirdPos_all.siteModel"/>
		<strictClockBranchRates idref="thirdPos_all.branchRates"/>
	</treeLikelihood>

	<!-- Define operators                                                        -->
	<operators id="operators" optimizationSchedule="log">
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="0.1">
			<parameter idref="1tr_all.kappa1"/>
		</scaleOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="0.1">
			<parameter idref="1tr_all.kappa2"/>
		</scaleOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="0.1">
			<parameter idref="1tr_all.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="0.1">
			<parameter idref="CR_all.kappa"/>
		</scaleOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="0.1">
			<parameter idref="CR_all.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="0.1">
			<parameter idref="CR_all.pInv"/>
		</scaleOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="0.1">
			<parameter idref="secondPos_all.kappa"/>
		</scaleOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="0.1">
			<parameter idref="thirdPos_all.kappa1"/>
		</scaleOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="0.1">
			<parameter idref="thirdPos_all.kappa2"/>
		</scaleOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="0.1">
			<parameter idref="thirdPos_all.alpha"/>
		</scaleOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="3">
			<parameter idref="1tr_all.clock.rate"/>
		</scaleOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="3">
			<parameter idref="CR_all.clock.rate"/>
		</scaleOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="3">
			<parameter idref="secondPos_all.clock.rate"/>
		</scaleOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="3">
			<parameter idref="thirdPos_all.clock.rate"/>
		</scaleOperator>
		<subtreeSlide size="20000.0" gaussian="true" weight="15">
			<treeModel idref="treeModel"/>
		</subtreeSlide>
		<narrowExchange weight="15">
			<treeModel idref="treeModel"/>
		</narrowExchange>
		<wideExchange weight="3">
			<treeModel idref="treeModel"/>
		</wideExchange>
		<wilsonBalding weight="3">
			<treeModel idref="treeModel"/>
		</wilsonBalding>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="3">
			<parameter idref="treeModel.rootHeight"/>
		</scaleOperator>
		<uniformOperator weight="30">
			<parameter idref="treeModel.internalNodeHeights"/>
		</uniformOperator>
		<gmrfGridBlockUpdateOperator scaleFactor="1.0" weight="2">
			<gmrfSkyrideLikelihood idref="skygrid"/>
		</gmrfGridBlockUpdateOperator>
		<scaleOperator scaleFactor="0.75" weight="1">
			<parameter idref="skygrid.precision"/>
		</scaleOperator>
		<upDownOperator scaleFactor="0.75" weight="3">
			<up>
				<parameter idref="1tr_all.clock.rate"/>
			</up>
			<down>
				<parameter idref="treeModel.allInternalNodeHeights"/>
			</down>
		</upDownOperator>
		<upDownOperator scaleFactor="0.75" weight="3">
			<up>
				<parameter idref="CR_all.clock.rate"/>
			</up>
			<down>
				<parameter idref="treeModel.allInternalNodeHeights"/>
			</down>
		</upDownOperator>
		<upDownOperator scaleFactor="0.75" weight="3">
			<up>
				<parameter idref="secondPos_all.clock.rate"/>
			</up>
			<down>
				<parameter idref="treeModel.allInternalNodeHeights"/>
			</down>
		</upDownOperator>
		<upDownOperator scaleFactor="0.75" weight="3">
			<up>
				<parameter idref="thirdPos_all.clock.rate"/>
			</up>
			<down>
				<parameter idref="treeModel.allInternalNodeHeights"/>
			</down>
		</upDownOperator>
		<randomWalkOperator windowSize="500.0" weight="1">
			<parameter idref="age(MS226-DC009_ChijeesBluff_OldCrow)"/>
		</randomWalkOperator>
		<randomWalkOperator windowSize="500.0" weight="1">
			<parameter idref="age(B5493_BisonLatifrons_Colorado)"/>
		</randomWalkOperator>

	</operators>

	<!-- Define MCMC                                                             -->
	<mcmc id="mcmc" chainLength="60000000" autoOptimize="true" operatorAnalysis="BisonInvasion.Partitioned_All.ops">
		<posterior id="posterior">
			<prior id="prior">
				<gammaPrior shape="8.0" scale="4.0" offset="0.0">
					<parameter idref="1tr_all.kappa1"/>
				</gammaPrior>
				<gammaPrior shape="8.0" scale="4.0" offset="0.0">
					<parameter idref="1tr_all.kappa2"/>
				</gammaPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="1tr_all.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<gammaPrior shape="8.0" scale="4.0" offset="0.0">
					<parameter idref="CR_all.kappa"/>
				</gammaPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="CR_all.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<uniformPrior lower="0.0" upper="1.0">
					<parameter idref="CR_all.pInv"/>
				</uniformPrior>
				<gammaPrior shape="8.0" scale="4.0" offset="0.0">
					<parameter idref="secondPos_all.kappa"/>
				</gammaPrior>
				<gammaPrior shape="8.0" scale="4.0" offset="0.0">
					<parameter idref="thirdPos_all.kappa1"/>
				</gammaPrior>
				<gammaPrior shape="8.0" scale="4.0" offset="0.0">
					<parameter idref="thirdPos_all.kappa2"/>
				</gammaPrior>
				<exponentialPrior mean="0.5" offset="0.0">
					<parameter idref="thirdPos_all.alpha"/>
				</exponentialPrior>
				<exponentialPrior mean="1.0E-7">
					<parameter idref="1tr_all.clock.rate"/>
				</exponentialPrior>
				<exponentialPrior mean="1.0E-7">
					<parameter idref="CR_all.clock.rate"/>
				</exponentialPrior>
				<exponentialPrior mean="1.0E-7">
					<parameter idref="secondPos_all.clock.rate"/>
				</exponentialPrior>
				<exponentialPrior mean="1.0E-7">
					<parameter idref="thirdPos_all.clock.rate"/>
				</exponentialPrior>
				<logNormalPrior mean="13.0" stdev="0.4" offset="0.0" meanInRealSpace="false">
					<parameter idref="treeModel.rootHeight"/>
				</logNormalPrior>
				<gammaPrior shape="0.0010" scale="1000.0" offset="0.0">
					<parameter idref="skygrid.precision"/>
				</gammaPrior>

				<!-- the below prior fits MS226-DC009_ChijeesBluff_OldCrow, which was found in situ by Alberto Reyes between the Old Crow Tephra -  125 +/- 4.5  ka (1 sigma).  -->
				<normalPrior mean="125000.0" stdev="4500.0">
					<parameter idref="age(MS226-DC009_ChijeesBluff_OldCrow)"/>
				</normalPrior>
				<!-- the below prior fits B5493_BisonLatifrons_Colorado, which was found in the MIS 5e forest bed at the Snowmass site in Colorado -  124 +/- 8.5  ka (1 sigma).  -->
				<normalPrior mean="124000.0" stdev="8500">
					<parameter idref="age(B5493_BisonLatifrons_Colorado)"/>
				</normalPrior>

				<gmrfSkyGridLikelihood idref="skygrid"/>
			</prior>
			<likelihood id="likelihood">
				<treeLikelihood idref="1tr_all.treeLikelihood"/>
				<treeLikelihood idref="CR_all.treeLikelihood"/>
				<treeLikelihood idref="secondPos_all.treeLikelihood"/>
				<treeLikelihood idref="thirdPos_all.treeLikelihood"/>
			</likelihood>
		</posterior>
		<operators idref="operators"/>

		<!-- write log to screen                                                     -->
		<log id="screenLog" logEvery="3000">
			<column label="Posterior" dp="4" width="12">
				<posterior idref="posterior"/>
			</column>
			<column label="Prior" dp="4" width="12">
				<prior idref="prior"/>
			</column>
			<column label="Likelihood" dp="4" width="12">
				<likelihood idref="likelihood"/>
			</column>
			<column label="rootHeight" sf="6" width="12">
				<parameter idref="treeModel.rootHeight"/>
			</column>
			<column label="1tr_all.clock.rate" sf="6" width="12">
				<parameter idref="1tr_all.clock.rate"/>
			</column>
			<column label="CR_all.clock.rate" sf="6" width="12">
				<parameter idref="CR_all.clock.rate"/>
			</column>
			<column label="secondPos_all.clock.rate" sf="6" width="12">
				<parameter idref="secondPos_all.clock.rate"/>
			</column>
			<column label="thirdPos_all.clock.rate" sf="6" width="12">
				<parameter idref="thirdPos_all.clock.rate"/>
			</column>
		</log>

		<!-- write log to file                                                       -->
		<log id="fileLog" logEvery="3000" fileName="BisonInvasion.Partitioned_All.log" overwrite="false">
			<posterior idref="posterior"/>
			<prior idref="prior"/>
			<likelihood idref="likelihood"/>
			<parameter idref="treeModel.rootHeight"/>
			<parameter idref="skygrid.precision"/>
			<parameter idref="skygrid.logPopSize"/>
			<parameter idref="skygrid.cutOff"/>
			<parameter idref="1tr_all.kappa1"/>
			<parameter idref="1tr_all.kappa2"/>
			<parameter idref="1tr_all.alpha"/>
			<parameter idref="CR_all.kappa"/>
			<parameter idref="CR_all.alpha"/>
			<parameter idref="CR_all.pInv"/>
			<parameter idref="secondPos_all.kappa"/>
			<parameter idref="thirdPos_all.kappa1"/>
			<parameter idref="thirdPos_all.kappa2"/>
			<parameter idref="thirdPos_all.alpha"/>
			<parameter idref="1tr_all.clock.rate"/>
			<parameter idref="CR_all.clock.rate"/>
			<parameter idref="secondPos_all.clock.rate"/>
			<parameter idref="thirdPos_all.clock.rate"/>
			<treeLikelihood idref="1tr_all.treeLikelihood"/>
			<treeLikelihood idref="CR_all.treeLikelihood"/>
			<treeLikelihood idref="secondPos_all.treeLikelihood"/>
			<treeLikelihood idref="thirdPos_all.treeLikelihood"/>
			<gmrfSkyGridLikelihood idref="skygrid"/>
			<parameter idref="age(MS226-DC009_ChijeesBluff_OldCrow)"/>
			<parameter idref="age(B5493_BisonLatifrons_Colorado)"/>

		</log>

		<!-- write tree log to file                                                  -->
		<logTree id="treeFileLog" logEvery="3000" nexusFormat="true" fileName="BisonInvasion.Partitioned_All.trees" sortTranslationTable="true">
			<treeModel idref="treeModel"/>
			<trait name="rate" tag="1tr_all.rate">
				<strictClockBranchRates idref="1tr_all.branchRates"/>
			</trait>
			<trait name="rate" tag="CR_all.rate">
				<strictClockBranchRates idref="CR_all.branchRates"/>
			</trait>
			<trait name="rate" tag="secondPos_all.rate">
				<strictClockBranchRates idref="secondPos_all.branchRates"/>
			</trait>
			<trait name="rate" tag="thirdPos_all.rate">
				<strictClockBranchRates idref="thirdPos_all.branchRates"/>
			</trait>
			<posterior idref="posterior"/>
		</logTree>
	</mcmc>
	<report>
		<property name="timer">
			<mcmc idref="mcmc"/>
		</property>
	</report>
</beast>