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["Table S1.1 new miRNA prediction and sequence analysis"]
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["24h1-m0075","Unigene555_qie:324:656:+",-66.1,"-","24h1-m0075-3p",10,"-",10,"CTGAAAGCTGGTTTCCTGATAGGTCCAATGATTCAACTGAAGATAAATCTCCAAATGATGGTGGTATATGACCTTGGAATCCATTATGAGATAAATTCAATGTGTGAACTGCAATGAGATCCCCCATGATACTTGGAATTTTCCCTCCAAATTTATTACTTGAAAGGTCGATAACAGTGTACAAATACAAGATTCTCACAATTTCGCGCTCAAATCCCTTTGTTACAATAGTTACCGTGTCTTGGTAATATCCATCAGTTGGTGCCTTCTTTGATGGATCAATTGTCTTCATGGCTTTCAAATGTTGAAACAGACTCGTTGGTAAGTCTTTCG",".((((((((.....((.(((.((((...((.((((((((((((((((((((...(((((((.(((.....))).......)))))))))))).........(((((((......(((((((...........(((((........)))))..(((((((((...)))).)))))...((((....)))).)).)))))....))))))).((((....))))........(((((((.....)))))))(((((((((..((.....)).)))))))))...)))))))))............)))))).)))))).)))))..)).))))))","-","TGTTGAAACAGACTCGTTGGT"]
["24h1-m0076","Unigene594_qie:83:212:+",-39,"-","24h1-m0076-3p",7,"-",7,"CCTAATTCTGGCATACCAACAATTGAGATAACATCTACGTTTGACTAATCTTTTGATTTGTTATTTGTATATTTATCTCCTCCTATTGTTGAACCTTGATGTTATCTCAGGGTTGGCATGCATAAATTGG",".((((((...((((.(((((..(((((((((((((...(((((((.........(((....(((....)))...)))..........)))))))...))))))))))))).))))).))))...))))))","-","TGTTATCTCAGGGTTGGCATG"]
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["24h1-m0078","Unigene8893_qie:1:200:-",-36.5,"-","24h1-m0078-3p",39,"-",38,"AAGCATGGATTGAACCTTCCCTCCATAGTAATGCTATCATCCGGATCTTCTAGATATTAAAGTTGTTTCGTCCACTGAATCTATCAATTTCAAACTTCATGGAACTCATCGTTACTTGCTCGTTCTCTTCCACAACAAACTATTTGGAAATACCGAAAACCAAAGTAATTATTTTTTGATGTGGAAGTTCAGACTGTGCT",".(((((((.((((((.(((((..((.(((((((((......(((...(((((((((.....(((((.........((((.........))))........(((((.((........))...))))).....)))))....)))))))))...)))........))).))))))...))..).)))))))))).)))))))","-","TGATGTGGAAGTTCAGACTGTG"]

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["Table S1.2 significant novel miRNAs match different time periods"]
["down-regulated miRNAs and up-regulated mRNAs"]
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[null,"CL493.Contig1_qie","PREDICTED: zeatin O-glucosyltransferase-like [Solanum lycopersicum]",-7.33145442,1.71220456676657,-7.33145442,2.20074583716557,-7.33145442,2.09983615596895,-7.33145442,1.81467959469689,"--","--","--"]
[null,"CL6521.Contig2_qie","PREDICTED: uncharacterized protein LOC101245675 [Solanum lycopersicum]",-7.33145442,2.2298920758543,-7.33145442,2.2586330718227,-7.33145442,1.75583981959939,-7.33145442,2.01867461975538,"--","--","--"]
[null,"Unigene23115_qie","PREDICTED: Solanum lycopersicum uncharacterized LOC101267021 (LOC101267021), mRNA",-7.33145442,2.59083131015636,-7.33145442,2.49525847447252,-7.33145442,4.45428627475959,-7.33145442,2.62515161204175,"--","--","--"]
[null,"Unigene20958_qie","auxin response factor 6 [Solanum lycopersicum]",-7.33145442,7.2763803084224,-7.33145442,8.14016548824121,-7.33145442,8.66030904729507,-7.33145442,7.31070061030779,"--","--","--"]
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[null,"Unigene26401_qie","Solanum lycopersicum DNA, chromosome 8, clone: C08HBa0011I05, complete sequence",-7.33145442,1.09090491329101,-7.33145442,1.87992232470785,-7.33145442,1.69347393863902,-7.33145442,1.93881209094552,"--","--","--"]
[null,"Unigene11027_qie","PREDICTED: serine acetyltransferase 3, mitochondrial-like [Solanum lycopersicum]",-7.33145442,3.23633535281257,-7.33145442,2.73229767177338,-7.33145442,2.06934084063718,-7.33145442,2.2678296106192,"--","--","--"]
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[null,"Unigene15717_qie","Solanum lycopersicum chromosome 1 clone C01HBa0051C14, complete sequence",-7.33145442,5.98511024926841,-7.33145442,7.18745419851871,-7.33145442,7.88768359220476,-7.33145442,7.57535337892361,"--","--","--"]
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[null,"Unigene18877_qie","PREDICTED: autophagy-related protein 8C-like isoform 1 [Solanum lycopersicum]",-7.33145442,2.32481195641966,-7.33145442,3.69852258343492,-7.33145442,3.90043631940586,-7.33145442,4.14462774639891,"--","--","--"]
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["novel_mir_2","Unigene27328_qie","Solanum tuberosum chromosome 9 clone RH186C17, complete sequence",-7.50135952,10.875842903684,-7.50135952,10.1073598680033,-7.50135952,10.8905378328909,-7.50135952,11.1654202608114,"--","--","--"]
[null,"Unigene20958_qie","auxin response factor 6 [Solanum lycopersicum]",-7.50135952,7.2763803084224,-7.50135952,8.14016548824121,-7.50135952,8.66030904729507,-7.50135952,7.31070061030779,"--","--","--"]
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[null,"Unigene4981_qie","Solanum lycopersicum cDNA, clone: LEFL3033L22, HTC in root",-7.91641692,1.42502241718629,-7.91641692,1.70384509628395,-7.91641692,2.57666027365627,-7.91641692,1.56625792298818,"--","--","--"]
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[null,"Unigene18632_qie","Solanum demissum chromosome 5 clone PGEC475B22, complete sequence",-7.91641692,1.16850131831117,-7.91641692,1.91029597375138,-7.91641692,2.24986728716341,-7.91641692,1.20282162019656,"--","--","--"]
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[null,"Unigene18878_qie","PREDICTED: autophagy-related protein 8C-like isoform 1 [Solanum lycopersicum]",-7.91641692,3.73767269848564,-7.91641692,5.72336454700337,-7.91641692,5.75716861395641,-7.91641692,5.95939296836797,"--","--","--"]
["novel_mir_39","Unigene6855_qie","S.lycopersicum DNA sequence from clone LE_HBa-178P3 on chromosome 4, complete sequence",-14.8372607,2.93959559001604,-14.8372607,2.86375338781433,-14.8372607,3.73856182816755,-14.8372607,3.03724182727026,"--","--","--"]
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[null,"Unigene33983_qie","--",-8.7237633,9.95516502442738,-8.7237633,11.1668735076665,-8.7237633,10.805661563219,-8.7237633,9.53005370767547,"--","--","--"]