09/04/01

Table of telomere-like sequences throughout the yeast genome, in the opposite orientation to the telomere
(As described in Mangahas, et al., MBC, December 2001) 

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Telomere-like sequences were found using the findpatterns function of the GCG Wisconsin Package, with the following query sequences:
	~A(CA,CCA,CCCA){3,500}~C
	~CA(CA,CCA,CCCA){3,500}~C
	~CA(CA,CCA,CCCA){2,500}C{1,3}~A
	~A(CA,CCA,CCCA){2,500}C{1,3}~A
	~G(TG,TGG,TGGG){3,500}~T
	~G(TG,TGG,TGGG){3,500}T~G
	~TG{1,3}(TG,TGG,TGGG){2,500}T~G
	~TG{1,3}(TG,TGG,TGGG){2,500}~T

All 16 yeast chromosomes were searched, using sequences from the Saccharomyces genome database (ftp://genome-ftp.stanford.edu/pub/yeast/genome_seq/all_gcg/).  The results were combined and edited by hand to remove duplicate hits, and the tracts were sorted according to whether they are in the same orientation as the telomere (C1-3A on the left arm, TG1-3 on the right arm) or the opposite orientation.

Information included:
1) Starting position of tract on chromosome
2) Chromosome number
3) Sequence of tract (includes one base of flanking sequence to either side of tract)
4) Tract length

Start	Chr	Sequence	Length
=====	===	========	======
1934	I	ATGGTGGTGA	8
2101	I	AGTGGTGGTT	8
11091	I	CGTGGGTGTT	8
13718	I	TTGTGGTGGTA	9
15658	I	AGTGTGTGTT	8
19504	I	AGTGTGTGTA	8
19915	I	CTGGGTGTGG	8
21472	I	TTGTGGTGTT	8
27526	I	CTGTGGTGGTA	9
31907	I	CTGTGTGTGG	8
32295	I	TTGTGGTGTC	8
33550	I	ATGGTGTGGTA	9
38641	I	AGTGGTGTGA	8
42612	I	AGTGGTGGTA	8
51496	I	CGGGTGGTGGTT	10
53029	I	AGTGGGTGGTT	9
54233	I	TTGGGTGTGTT	9
61486	I	TTGGTGGTGG	8
61682	I	ATGTGGGTGG	8
62480	I	TTGGTGGTGTC	9
65961	I	GGGGTGGTGG	8
78418	I	CTGTGTGGTA	8
82300	I	CTGTGGGTGA	8
84062	I	CTGTGGGTGC	8
85629	I	ATGTGGGTGA	8
98949	I	TTGTGGTGTA	8
103219	I	TTGTGGGTGC	8
107260	I	CTGGGTGGGTGTGC	12
112698	I	CTGGTGGTGC	8
131708	I	TTGGTGGTGGTA	10
131738	I	AGGGTGGTGC	8
135294	I	CTGTGGTGTT	8
154151	I	TCCACCACAT	8
171300	I	CCCCACACAA	8
177560	I	GACCACACAA	8
184309	I	AACACACCAG	8
190495	I	GACACACCAG	8
192599	I	TCCACACACC	8
195911	I	GCACCCACAG	8
197959	I	AACACACACG	8
200824	I	TACCACCACC	8
201333	I	AACCACCACC	8
203689	I	TCCACACCAT	8
203822	I	TACCACCACAG	9
205839	I	AACCACCACT	8
206514	I	AACCACCACT	8
206553	I	AACACACACC	8
207409	I	TCCACCACAG	8
209418	I	AACACACACC	8
210514	I	AACACCACAA	8
212168	I	TCCACACCCAG	9
212283	I	AACCACCACG	8
212589	I	TACACACACT	8
215147	I	TACACACACC	8
216606	I	AACACACACT	8
218012	I	CCACCACCAT	8
218551	I	TACCACCACAA	9
220877	I	AACACCACAA	8
223741	I	TCACCACACC	8
226606	I	AACACACACT	8
229471	I	CCCACCACAA	8
232335	I	TACACACCAA	8
235200	I	TACCACCACC	8
3764	II	AGGGTGTGTC	8
7732	II	ATGGTGGTGA	8
7899	II	AGTGGTGGTT	8
8420	II	TTGGTGTGTC	8
15437	II	TTGTGTGTGTGG	10
22779	II	CTGGGTGTGTT	9
23409	II	TTGTGGTGTGG	9
23420	II	AGTGGGTGTC	8
28630	II	ATGTGGTGTA	8
37205	II	AGGGTGTGTC	8
41705	II	CGGTGTGTGA	8
47409	II	ATGGTGTGTT	8
48090	II	TTGGGTGTGA	8
55530	II	CGTGTGTGTT	8
76575	II	AGGTGGTGTGC	9
88086	II	AGGTGTGGTC	8
89444	II	CTGGTGTGTT	8
92528	II	TTGGTGTGTA	8
93688	II	ATGGGTGTGTT	9
96439	II	TTGGTGTGGTC	9
98068	II	TTGGTGTGTT	8
111847	II	CTGGTGGTGA	8
117224	II	CTGTGGGTGA	8
131365	II	CGGTGGTGTGTT	10
143428	II	ATGTGGGTGTT	9
159519	II	CTGTGTGGTT	8
177535	II	AGGTGTGTGG	8
192485	II	CGGTGTGGTA	8
194719	II	AGTGTGGTGTT	9
206389	II	TTGGTGGTGTA	9
207940	II	TTGGTGGTGG	8
215353	II	ATGTGGTGGTA	9
233322	II	AGGTGTGGTA	8
247632	II	AACACACCAA	8
254830	II	GACCACACACG	9
259309	II	AACCACACACAT	10
260335	II	GACCACCACCAA	10
267732	II	AACCACACACT	9
308013	II	TCACCACACCCACACACAA	17
314541	II	TACACCACAA	8
323417	II	GACCACCACAA	9
323453	II	TACACACCAA	8
336300	II	TCCACACCAA	8
339218	II	TCACCACCAG	8
351523	II	TACACACACAA	9
367836	II	TCACACCCAA	8
368890	II	GCCACCACACT	9
374870	II	CCCCACCACAG	9
377618	II	GCACCACCACAA	10
378909	II	TACACACCAA	8
379432	II	AACCACACAT	8
428930	II	GCACCACCCAG	9
430780	II	GCACCACCCAA	9
444539	II	GACCACCACC	8
449819	II	GCCACCACAA	8
456755	II	GCCACCACCAA	9
465377	II	GCCCACACAT	8
466870	II	AACCCACACAG	9
470369	II	TACACCCACG	8
472276	II	TCACCCACAA	8
477193	II	GCACCCACACAT	10
486470	II	CCCCACACAT	8
487614	II	TCCACCCACT	8
488229	II	CCCCACACAA	8
490287	II	GACACCACAA	8
495077	II	GACACACCAA	8
501009	II	AACACACCAA	8
504313	II	TCCACACACACACACACACACACG	22
505093	II	AACCACACAT	8
531369	II	TCACCACCAT	8
532226	II	GCCACACCAA	8
541177	II	TACACACACAT	9
542840	II	AACACCACAG	8
542877	II	AACACCACAA	8
547218	II	TCACACACACAA	10
556828	II	GCCACACCAT	8
570084	II	GACACACCCAG	9
575648	II	TCCACACCAA	8
605895	II	TCACCACACC	8
614225	II	TACACCCACACCCACCCAG	17
616768	II	TCCCACACAG	8
622796	II	TACACCACAT	8
628455	II	CCCCACACAT	8
632253	II	TCACACACCAA	9
632658	II	AACACACCAT	8
634176	II	GACACCCACT	8
638223	II	TCACCACCAT	8
641020	II	GCACACACAA	8
649480	II	TACCCACACCAA	10
650206	II	GACACACACACACACAT	15
652770	II	TCCCACCACCAA	10
652799	II	AACACACCAA	8
661650	II	TACCACCACCACCAA	13
661802	II	TCACCCACAG	8
661970	II	GCACCCACAG	8
663819	II	GACACCACAT	8
664215	II	AACCACCACG	8
665733	II	AACACCCACT	8
671676	II	GCACCACCAG	8
673168	II	CCCCACCACT	8
680523	II	GCACACACAT	8
682009	II	GCCACCCACACCCAT	13
682932	II	TACCACCACC	8
697563	II	GCACACACAA	8
714620	II	GACACCACCAA	9
715067	II	TCCCACACACCAA	11
721511	II	GCACCACCAT	8
723999	II	AACCCACCACC	9
725097	II	GACACCACAT	8
741991	II	AACACACACAT	9
762919	II	GCACCCACAA	8
764076	II	AACCACCACT	8
770150	II	TCACACCCAA	8
773063	II	GCACCACCAT	8
773650	II	CCCCACACACACAA	12
778574	II	AACACACCAT	8
779743	II	TCACACCACAA	9
779934	II	GCACCACACAA	9
782757	II	TACCACACCAG	9
783675	II	TACCACCACT	8
793204	II	GACCACACCAA	9
796770	II	TCCACACCAA	8
797105	II	AACACCACCAT	9
797123	II	AACCCACACG	8
798987	II	GCCACACACC	8
803795	II	TACCACACAA	8
805012	II	CCCCACACAA	8
809072	II	AACCACCACT	8
809239	II	TCACCACCAT	8
8615	III	ATGTGGTGTC	8
8878	III	CGGTGGTGTA	8
10501	III	AGTGGTGTGA	8
10784	III	TTGGTGGTGTGC	10
15426	III	CTGGTGTGTT	8
21242	III	ATGTGTGTGGTA	10
21360	III	CTGTGGTGGTA	9
22370	III	ATGTGTGTGTGTT	11
31896	III	TTGGTGGTGA	8
40004	III	AGGTGGGTGC	8
42517	III	TTGGTGGTGA	8
47174	III	AGTGGGTGTC	8
47978	III	ATGGGTGGTGG	9
48305	III	TTGTGTGTGA	8
50632	III	AGTGGTGTGC	8
58466	III	AGTGGGTGTT	8
63068	III	TTGGTGTGTA	8
65208	III	TTGGTGTGTA	8
69392	III	CTGGTGGTGTT	9
69560	III	ATGGGTGTGG	8
70321	III	AGTGGTGGTA	8
70355	III	CTGGTGGTGGTT	10
70937	III	CTGGTGGTGC	8
73848	III	CGGTGGGTGTT	9
91459	III	TTGGTGGTGC	8
91549	III	CTGTGGGTGGTC	10
104783	III	CGTGTGGGTT	8
108296	III	TTGGGTGTGTT	9
114986	III	TCACCCACAT	8
117353	III	TCACCACCAT	8
123545	III	GACACCACACAT	10
128875	III	TCACCCACAT	8
131278	III	AACCACCACCAG	10
132390	III	GACACCACCAG	9
133770	III	AACACCACAT	8
136140	III	GCACCACACAA	9
137894	III	AACACCACCCAA	10
139828	III	TCACCACACT	8
142363	III	TCCACACACT	8
162532	III	TACACACACAT	9
162579	III	TCACACACAT	8
162669	III	AACACACACT	8
162844	III	GCACACACACACAT	12
169520	III	TACCCACACAT	9
173879	III	TCACCACCAA	8
186876	III	AACACACACCAA	10
189569	III	TACCACCACCAA	10
194994	III	TACACACCAT	8
202710	III	TCACACCACCAT	10
210984	III	TCCACCACAA	8
211312	III	AACCACACCACACAT	13
223543	III	GCCACCACAA	8
225813	III	AACACCACAA	8
228473	III	TCCACCACCAG	9
236222	III	TCCACCACCAG	9
240829	III	TCCCACCACT	8
249786	III	AACCCACCACACAT	12
261916	III	GACACCACAG	8
268486	III	TCCACACCAT	8
270547	III	TCCACCACAT	8
270900	III	TACCACCACCAT	10
271236	III	AACACACACC	8
273482	III	AACACACCAT	8
280634	III	AACCACACCAG	9
291058	III	TACACCACAA	8
294065	III	TACCACCACAT	9
294968	III	TCCACACACT	8
35048	IV	CGGTGGTGGTA	9
43144	IV	CGGTGGTGTA	8
44672	IV	TTGGGTGGTGGTA	11
44712	IV	CTGGTGGTGTT	9
54781	IV	CTGGTGGTGG	8
54998	IV	TTGTGGGTGG	8
55465	IV	CTGGTGTGGTGGTT	12
58674	IV	CGGGTGGTGG	8
59780	IV	ATGTGTGTGA	8
60993	IV	AGTGGTGGTT	8
70110	IV	CGTGGGTGTA	8
73868	IV	CTGGTGTGTT	8
79906	IV	AGTGGGTGTT	8
84559	IV	ATGGGTGGTGG	9
84573	IV	CGGTGGTGGTC	9
84777	IV	CGGTGTGTGTT	9
84894	IV	AGTGGTGGTT	8
89783	IV	ATGTGGGTGC	8
97319	IV	AGTGGGTGGTT	9
97438	IV	AGGGTGGTGG	8
97985	IV	CGTGGTGGTA	8
104422	IV	TTGGTGTGGTT	9
105131	IV	ATGTGGTGGTT	9
112977	IV	GGGGTGGTGTT	9
113018	IV	TTGGGTGTGA	8
113988	IV	ATGGTGGTGA	8
126956	IV	CTGGTGGGTGA	9
140721	IV	ATGGTGGTGTT	9
145474	IV	TTGTGGGTGC	8
147943	IV	CTGTGTGTGA	8
155896	IV	TTGGTGTGTT	8
159408	IV	CGGTGTGTGGGTC	11
160138	IV	TTGTGGTGTT	8
162510	IV	CGGTGTGTGA	8
177507	IV	TTGTGGGTGC	8
187861	IV	AGGGTGGTGTC	9
197386	IV	ATGTGGGTGA	8
198768	IV	AGTGGGTGTA	8
200628	IV	ATGGTGTGGTC	9
201231	IV	CTGGTGGTGG	8
203206	IV	CTGGTGGTGC	8
203282	IV	AGGTGGTGTC	8
207994	IV	TTGTGGTGTT	8
214757	IV	GGGGTGGTGTC	9
214767	IV	CGTGTGGGTGGTA	11
222141	IV	CGGGTGTGGTA	9
226863	IV	ATGTGTGTGTGTGTA	13
227194	IV	TTGTGTGTGA	8
230439	IV	CTGGTGGTGA	8
246559	IV	CGTGTGTGTA	8
248085	IV	ATGGTGGTGC	8
262500	IV	TTGGTGGTGTGC	10
263698	IV	CTGGGTGTGA	8
276658	IV	TTGTGTGGTA	8
287889	IV	TTGGGTGTGC	8
291660	IV	TTGTGGTGGTC	9
294621	IV	CTGTGTGGGTT	9
300125	IV	ATGTGTGTGA	8
331888	IV	AGTGGTGGTA	8
335410	IV	AGTGGTGTGG	8
337756	IV	CGGGTGGTGTGTA	11
357866	IV	ATGTGGTGTT	8
358253	IV	ATGGGTGGTGTGTA	12
365709	IV	CTGTGGTGTGTT	10
366700	IV	ATGTGTGTGTA	9
367625	IV	TTGGTGGTGA	8
369082	IV	CGTGTGGTGTT	9
372899	IV	AGTGTGGGTT	8
378558	IV	TTGGGTGGTGA	9
380191	IV	GGGGTGTGGTC	9
382144	IV	AGTGGTGGTC	8
394937	IV	CTGGTGGTGA	8
400522	IV	TTGGTGGTGC	8
406423	IV	ATGGTGGTGA	8
412028	IV	ATGTGGGTGTT	9
416410	IV	AGGTGGTGGTA	9
416939	IV	CGTGTGGGTT	8
417773	IV	TTGTGGGTGA	8
419896	IV	TTGTGGTGTT	8
427501	IV	CGTGGTGGTT	8
427589	IV	CTGGTGGTGC	8
428151	IV	AGGTGGTGTT	8
431212	IV	CTGTGGGTGTT	9
431355	IV	CTGGTGGTGG	8
440105	IV	ATGGTGTGGTA	9
478114	IV	AACCACCACC	8
491895	IV	AACCACACAT	8
504332	IV	TACCACCACCAG	10
524406	IV	TCACCACCAG	8
525710	IV	TACCCACACAA	9
538856	IV	GCACCCACCAA	9
547006	IV	AACCCACACG	8
547546	IV	AACCACCACC	8
548073	IV	TCACCACCACAA	10
548131	IV	AACCACCACCAA	10
557534	IV	AACACCACCAG	9
560991	IV	AACACACACACACAA	13
569968	IV	TCCACCACAG	8
576421	IV	TCCACACACT	8
593889	IV	GACCACCACT	8
599879	IV	GCACACCCAT	8
601245	IV	TACCACCACT	8
606271	IV	GACACACCAT	8
625349	IV	TACACCACCAT	9
625932	IV	GACACACCAG	8
627113	IV	TCACCACCAG	8
627851	IV	TCACCACCAG	8
636938	IV	GCCCACCACAT	9
653260	IV	GACACACACG	8
666312	IV	GACACCCACT	8
674965	IV	GACACCCACT	8
692473	IV	GCACCACCAT	8
695187	IV	GCCACCACCCAA	10
712407	IV	GACCACCACG	8
715065	IV	TCCACACCCACAT	11
717401	IV	GCCACACACT	8
743761	IV	GCACCACCAT	8
753899	IV	AACACCACCAT	9
763192	IV	AACCACACAT	8
776751	IV	GCCACACCAA	8
785743	IV	GCACCACCAA	8
796940	IV	TCACCACCAA	8
797609	IV	AACCACACAT	8
802877	IV	GCACACACAA	8
806579	IV	TCCCACACAA	8
807818	IV	AACCACACAA	8
812076	IV	TACCACACACAA	10
826038	IV	GCACCCACAT	8
838041	IV	AACACCACAG	8
838496	IV	TCACCACCAT	8
840312	IV	TACCACACCAG	9
869889	IV	TCCACCACACT	9
871128	IV	TCCACCACAA	8
872476	IV	GACCCACACT	8
872600	IV	TACCACCACACACT	12
873642	IV	TACACACACCAA	10
876241	IV	TCCACCACAT	8
888532	IV	GCCACCACAG	8
906633	IV	TCCACCACAT	8
910196	IV	AACACACCAT	8
912683	IV	TACACACCAA	8
916449	IV	TCACCACACAG	9
922522	IV	TACCACACACG	9
926041	IV	AACCACACAA	8
930509	IV	GCCCACACAG	8
930931	IV	TCCACACACACG	10
938718	IV	TCCACACCAG	8
968738	IV	TACCCACACG	8
969331	IV	TCACCACCCACAG	11
971871	IV	AACCACCACT	8
976661	IV	TACACCACAA	8
977489	IV	GCACCACACT	8
978456	IV	TACCCACCACAG	10
981825	IV	GACCCACACT	8
981949	IV	TACCACCACACACT	12
982991	IV	TACACACACCAA	10
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