### Alignment for Supplemental Figure S2
>529O11_MiSeq
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### Alignment for Supplemental Figure S3
>532F8_MiSeq
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### Alignment for Supplemental Figure S4
>544B22_MiSeq
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### Alignment for Supplemental Figure S5
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>554L9_PacBio
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### Alignment for Supplemental Figure S7
>Y14
--CCGGGCCCGCGTCCCCTAGTGCACTTTACGGGCGAAGAAGCACCAGACGGTCCCGGCCCGCGCCCCCGGGATGCGGCGGCGCCGCCTTCGGGGACTCCGGGGCAGCTGGGCCCTCTGCTGCCTCCCAGCACCGGGTCTGCGGAGGGAGGAGACCCCTGGACCGCAAGGGAGGTCCCCTTTCTTCCTAACCCCAGATTGAGAGGTCTCCAGGACTGTAGGGGCAGATCCATGTTCTCTCTTGTTCCCTCATTGCTCTGAAGTCGTCAGAAGAAGCCATTCCACCCCCACCCCCTCCAAAGGAATTTGGTTCCATGCTTGTGTAATAAAGCTAGAGTTTCTTTGCTGTTCACCCACCTCCCGGCTCCTCCCGCCAATTTCTTTCTTTCTTTGTGTGTATAGGCTCTTCTAGGATGTTTTAAAGTACATATTCTTTAAATGTTTAGAAGAGACAGTAGAGAGAAAAGGGTGTGACTTAGGGGTCTGCACTCAGATTAAAGTAAGATTACTGAAGTATAGTATACATTCAAAAGGACATACATTATTTTTTTCATGTTTGTTTATTTTT----GAGAGAGAGACACCCTGTGAGCAGGGGAGGGCCAGATAGGGAGCCACAGGATCGAAGCAGGCTCCAGGCTCTGAGCTGTCAGCACAGAACCTGATGCGGGGCTCGAACTCCCAAACCACGGGATCATGGCCTGAGCCAAAGTTGGACACTTAAGTGGCTAGCCATTTAAGT----------------------------GTATTCTGAGCACGGCTGGATGCAATTAAGTTCAATATACTTGTGGAATCAGCACTCATTAAAAAAGGTACCAGGACCCCAAGGGACCACCTGTGCCTCTTTCAGTCACGGTCTATCTCTCCTTTGGGACGGCAATTATTCTGACTTCTTACAGAATATACAACTTTTGCTTGTTTTGGGACTATATAGAAATGGAATTATGTGTCCTACACCTAGCTTCTTTCACTCAAACTTATGTTGGTGATATTCATGTTATTGAATGTATAGATCCTTTCTGCTCATTGGTGTATAGAATTTCATGATAGGAATAGTTTACAAGATTTCTGCAATTCTTGGTGGACATTTAGGTAGGTTCTGGCTTAGGGTAATTATGAATAAACCTTCAGTGGACATTATAGGACACGCCATTTGGTGAACATTTTTTACATTAGTATTGATTTATCTAGGAGAGAATTTGCTGGGTCCCAGGTCATCCAACTTATCAGTTTTGGTAAGGTTCCTCCAAACTGTTTCCAAAATGGTTATACCAATTTACACAAACTTCTTTCTATAGTAGTGCCTGCGTCGTGCCTGTGAGCTCTGAATACTTGATAGCCTTGCCAACACTTGCTAATATGGTCTTTTACATGTTATCTATTCTGGCAGGTGTACAGA---TTTTTTTTTATTTGAGAAATATCAATCCAAGTATTGTATACAAATAGTT----AAAAAAAAA--AAACCCACGACATCCAAATTGCAGATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATCAGGACTTGCAATAAAAA---AAAAGCTTTGTTTCCCCCCATGAACACCTCTTCCCCAGAGGCAACACTTTCTTTTGTTTTCTTTTTTCTTTTTTTTTAAATCAGGGTTTTTTTTTAACAGACCATTTTTTAAGGACAATTTTAGATTTAGAGACAAATTGCACAAAAAATACAGGTTCCTCACCCCCAGTGGTTTTTATAGTACCTTGCACTAATGTGGATACATTAATTATAAGTGGTGGATGAGCCATTCTTG-TGGACACATTATCATTAGACACATTATCATTAACTAACAGTTAGGGTTTATTTTGTGTTATATAGATTCATAAGTTTTGAGAAATGTATAAAGGTATGTATCTACTATTGCAGTATCATACAGAATAGTTCCACCACCCTAAAGTGCCCTGTGCTCCGCCTATTACCACTTCCTCTCTCCCCCTAAACCCTAATAGCCACTGGTCTTTTTACTGTCCCCGAAGGTGTT-------------------TTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGAGGTGTCGTTGT-----TTTGTTTTCTTTTGTTTTCTTTTGTTTTGTTTTTCCAGAACGTTATCATAGTTGGAAACGTAAAGCAAATGGCTTTTTCGTATTGGATCCCTTCACTTAGTAATCCACACGTAAGTTTCCTCCATGACTTTTAAGTAGCTCCCTTTCTCCCTCTTTCCTTCCCTCCTCTTCTGTCTCTCTGCCTCCCTTTCATTGAGGGAGTTTATTTTCTAAAACAGCTTTTAAAAAGCTGGTTTACAGAAAAA--GACTGGAAAGTGC--AGAGTTCCCCTGTTCTCCCTCCTACCCCC------------CAAAACATAGTTTTCCCTATTGTAAACTTCGTGTGTCAGTGTAGTGCATTTGTTACAACGGATGAGCCCATATGAAAACTATTACTAACTAAAGTCTGAAGGTTACCTTAGCATTCACT----GTGCTGTGC----AGTTCGGTGAGTTTTGACACACGCACAATGCCATGATTCAAAGCATTTCACTGTCTTACAAGAT-GTTTCACTGCCGTAAATATTCCCTGTGCTTCATCTGTTATTCATCTCTCCCTT-CCC---------CCCTGAGTTCCTGGCAACCACAGGTCTCTTTACTGCCTCCATTATTTGAGGCAACACTTTTAACTGTTCCGGGTTTATATTCTTTTCTTAGGAATCTTCATGAAGATAAGTAATATAGTATACTGCTGCTCATTGATTTGTCAGGTTTAAGCACCGTCTACTGACTTCCTATGTGAAGATGACGTATAGG-TCGCTTAAGCCACCTGTCTTCTCTCTCCTCACCTTCCGA------TATATTCCCGAACTTCTATCTGTAT-ACTGTTTCAGTCA-GGTCCAGCCAGCCGGTGAGTCACTATAGGTATTTTAAACAGTTACACACGTGATGGGAAATCCCAGAAGCCAAACAAAGGATGGCGAAGCAATCAGGAATTAGTGTCATCAGAAAGCTGTTTCCACCCCCAGAGCTAGAGAAATTCAGAACCATACCTAGCAGGAACTGAGAACATGGGAGAAGAGGCT-CTTGGAAAGAAGCTAGAAT-TTGGAGGAGATAAAATCACTGGTAGGAAGTGGAGCGGGAGAGAGAAAAACCTCTGGGCTTATACCTTCCTCCCTTTCTCCCATCAAACACCCATTGGTCAACCCCCTCTGGAAGCCAGTTGGCAAGGAA-CCAGGAAACACAGTCTGTAGGAGAAGTGCAGGAACTGGATCTGAGGGCAAAAAGACATAACGGGTGAAGTTACATATAAGTACTCTTTAGGGTCCTCCAGAGACTCAGTATCAATAGGAATTGG-TTCACAGGATTACGGAGGCTGAGAAGGACAGACCCAGGAGATGCAGTAGTTTCGTTCCAGGCAGACTCCAAAAGCCTAGGAATCAGGAGAGCTGATGATGTATGTTCCATTCCAAGTCTGAGCCTGAAGTCCGGAG---ACCAATATCGCAGCTTGAAGAGAGTCAGATAGACACAGTGGATTCTCTCTTACTCCGCCTTTTGTTCTATTCAGGTCTTTAATCGATTAGTTGAGGCCACCCAGTGTTTGGCAGGGCAATGTGTCTTGCTTAGTCTACTGATATACAGATGTTAATTGTACTAAGAAATGTCCTCACAGACTCACTAGAAATAGTGGTTAGCCATATATCTGGGTACCCTGTGGCTTAGCCCAGTTGAAACATGAAATTAACCATCACACGATATAATTTTATGTTTT----------------------------------------------TATGTATG------------------------TATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATG----------------TATGTATGTATGTATGTTATTTGAGA--------------------------------------------------GAGAGAGAGACAGA----GAGAGAC------------------------AGAGAGA------GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCGAGCCTATGCTCAAGCAGGGTAGGGGCAGAGAGAGAGAATTCTGAGCTGTCAGTGCAGAACCTAATGCTCATCTTAGTCTTATGAACTGTGAGATCATCATCTGAGCCAAAATCAAGAGTTGGATTCTGAACTCACCGAGCCACTCAGGTACCCCACAAGATGTAATTTTAAAAGAGAGACCTATTGGGGCGCCTGGTTGGCGCAGTCGCTTAAGCGTCCGACTTCAGCCAGGTCACGATCTCACAGTCCATGAGTTCGAGACCCGCGTCGGGCTCTGGGCTGATGGCTGGGAGCCTGGAGCCTGTTTCCGTTTCTGTGTCTCCCTCTCTCTCTGCCCCTCCCCCGTTCATTCTCTGTCTCTCTCTGTCCCAAAAATAAATTTAAAAAAAAAACGTTGAAAGAAATAATT-AAAAAAAAAAAAAGGGAGACCT--ATT-TCCCTTACCTGTACTATCATTTTTCATTCCTTACATTGTAAGATAAAGGTCTTCCTTAACCTTGCTGCACTTTTTCTCTGTCTCCC------TTCAGC-TTGGGCTTCTGTTTGTCATTGT--TGTTAACACTGCTATTATGCTCTGCAATCAAATCTCTGT-AGAGGGTTTA-AGGTGGATTCTAAAACTTGAAAACTAATAAATGGTTTAAATGATTGGGATTAT-TAAATAATATGCAAACATTAGAATTACTACTCTTTTCCTGGAGTCCTTGGACCTGCTGAATGAGGACATCTCTAGCATCAAGGTGAAATGGATCCTTTCTTTTTGTATTCCATCAGTGCTTTAAA--------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>Y21 Locus 1
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>Y1 Locus 1
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>Y1 Locus 2
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>Y9 Locus 1
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>Y8
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>Y21 Locus 2
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>Y9 Locus 2
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>Domestic cat Autosomal
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>Cheetah Autosomal
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>Tiger Autosomal
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>Panda Autosomal
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### Alignment for Supplemental Figure S8
>Tiger Autosomal
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>Domestic cat Autosomal
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>Dog Autosomal
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### Alignment for Supplemental Figure S9
>Domestic cat Autosomal
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>Cheetah Autosomal
------------------------------------ATTTATTTATTTTGCCTATGAATATTTAATTGTTCCAGTAACATTTGATGAAAGACTATATCCCCTTTACCATTAGATTGGCTATGTGTCATTGTCAGAAATTGGTTGACTATGCTCGTGTATAGCCTCAATTTCTGGATTCTCTGCTATGTCTCCTTGACCTATTTGTCCA-TCTTTCTTCAATACCACACTGCCTTGATTACTGTAGGTTTATAGTAAGTCTTAAAATGGGGTAAAGTGAGTTCTCCAACTTTGTTCTTTTTCAAAGCTGTTTGGCTGTTCTAGTTCCTTTGTATTTTCATACACATTTTAGAATCAGCTTGTTGATATTCAC-AAAAAATTCTGGAATTTTGATTGGGATTATGTTGAATCTATAGATTAAGTTG---AGAATTGACATCTTAACAATTCTGAGGCTTCCATGGATAGACATGACATATCTTTCCATTTATTTATATCTTCCTTTATTTCTCCAATCAGCCTTCTGTAGCTTTCAGCATACAGATCCTGTACATGTTTTGTTAGATTTAAATCTAAGTATTTCAATTTTTGGTATGA-TTTTGAATGGTACT-TAAAAAACTTTTCATAT--TAATTGTTCATTGCTAATGTATAAAAATAAAACTGATTTTTATATATTGACCTAGTATTCTAGGGCTTATTAAATTATTTATGAGTTCTAGAAA-ATTGATGTATACTCCTTAGGATTCTTTTGATGTTGATAATTACATCATTTA--AGAGTTGAGATAG-TTTTCAGGGTGCCTGGGTGGCTCAATCAGTTGAGTGTCTGACTCTTGGTTTCAG---CTTAGGTCATGATCCCAGGGTCATGGGATCATGTCCCGTGTTGGGCTCTGTGCTAAGCATGGAGCCTGCTTAAGATTCCCTCTCCCTCTCTCTCTT--TCTCTCTCTCTCTCACCCTCTTTGCTCACTCTTTCTTTCTAAAATAAAAATTAAAA-------AAATAAAAGAGTTGAGATAGTTTTCTTTCTTTTTTTTTTTCCAATCTGAAAGCCTTTTTTTATGCC-TTTTCTGTCCATGCCATGCTT----------GTGCTCAGGGGAGGTACTGGTATTTATGACAATTTGCACACAGAATTGGGAGATTCCCTTCTTTGATTCTCTCCTTTCTTGGATTTCTCCCAAACTTTCCAC------------ATTCAAAGGGATCCTATTCTAGCTCCAGTCCAAGGTGGTAGTATAGGAAGACCTTTAACTCACCTCCTCCTAGGTGAAAGAGGACTTCAACTACCTCCATATTGACCTT-AACTTTCTAGTTGATTAAGTTCTTCTTTCCAGTTTGTCTCTT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AATTCAGGCCA-------------------------------------------------------------------------------------------------------AAGACCC-------------GTGCCTGA-GGGAACTGAAACTAT-CCCTCAAACAATAAGGACTGCCCTGAGCCAATAAGACTCC---ACCATCAACT-CCAAGACAATGACCAACCTGACCTTTACTGCCCACCTGCATGTACCCACCCACCTTTGTCCCACATTTTCTTTACATATTACTGGAAGTATTTTTGGTACTTTAGAGACAGTCTTT--GATGTTAGTCTGCTATCTTCCTGGTGTTGGCCTCACTGAATAAATTCCCTCTTTGTTTCATCTCCACTAGTTCCTCTGCCTTTGGATTTTGTCAGTGGTGAGTAGACAAACCTGGTC--TTTTTGGGTCCCCTGGAGCTAGGTGCTTTTGCACCCTAACTCCCTGGCTACA-TATTTGGTGAGCCAGCCAGGAGCTGTACCTCCAGTTTGTCCAGCTCCCTCAAGATTATACCTATTGATAGAACAATTCCTCCT--GAAGAACCGAGGACTGACTGAACAGCATCTGCCCAACAAAATATAGAATATCAAAAGACAACAGCAA--GAGAAACAGACAGTAACAAAGGGAA-TCCTCACCCCTAATGTCGCCAAGGGAAGTGGGGAGAGATAGTACTGAGAGACCAGGAACAGACTCCTCTGTCCTTGGGCACAG------------AAAA----AAAAAGCTGCAGTTTAAAAAGAGCAACTGGCATATAAAAGAGAGGACTAGAATTCTGCCAACAATAACAGAGGAGCCATGGGAGCACTCTCTGGGTCACAGGGACTGGAGAATGACAGGTTTACATTTTTTTATCCACCA-TTTTTTTTAATGTTTATTTATTTTTGAGACACAGAGAGCACAAGCAGGGCAGGGGCAGAGAGAGGGAGACAGAGAATCCAGAGAGGGCTCCACACTGACAGCAGTGAGCCTGATGTGGGTCTCAAACTCATGAACTGCGAGATCATGAGATTATGACCTGAGCCAAAGTCAGCCACTCAATTGACTGAGCCACTCAG--GCCCCACATTTTCCATCTGCCTTAAAAGCAAGGACCAGAGCAGGATCCAGTTTCTGTAGCTGGCCTGCTGCCTCAGTAAGCCCCAGGCCCACA-ATGCACACCAGTGCCAATTGCACTGGG---------------------------------------------------------ACACACACACACACAC----------------GCCATGCTTTTTTTTCTTTTTTCTTT-AAAAAACTGCAGTT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCAAAGAGCAACTAGCAT-GTAAAAGATCCATTTCTGGACTGTACCCCACCTCAGCTCCTGCTGCCCCTTCACGGCACTCTCTGGGTGGAGAGTCCTGGCACACCCTAGTTTACATCCACTTCAGCTTCAAATATCTTGTCGAGGTATCCTCGGCATGTAGAGCTCCAAGTCCCTTCAGCTGGTACCCACTTTAGTTTCAGCTATCCTGCCCAGGCACCCTCT
>Tiger Autosomal
------------------------------------ATTTATTTATTTTGCCTATGAATATTTAATTGTTCCAGTAACATTTGATGAAAGACTATATCCCCTTTACCGTTAGATTGGCTATGTGTCATTGTCAGAAATTGGTTGACTATGCTCGTGTATAGCCTCAATTTCTGGATTCTCTGCTATGTCTCCTTGACCTATGTGTCCA-TCTTTCTTCAATACCACACTGCCTTGATTACTGTAGGTTTATAGTAAGTCTTAAAATGGGGTAAAGTGAGTTCTCCAGCTTTGTTCTTTTTCAAAGCTGTTTGGCTGTTCTAGTTCCTTTGTCTTTTCATACACATTTTAGAATCAGCTTGTTGATATTTAC-AAAAAATTCTGGAATTTTGATTGGGATTATGTTGAATCTATAGATTAAGTTG---AGAATTGACATCTTAACAATTCTGAGGCTTCCATGGATAGACATGACATATCTTTCTATTTATTTATATCTTCCTTTATTTCTCCAATCAGCCTTCTGTAGCTTTCAGCATACAGATCCTGTACACGTTTTGTTAGATTTAAATCTAAGTATTTCAATTTTTGGTATGA-TTTTGAATGGTACT-TAAAAATTTTTTCATATTCTAATTGTTCATTGCTAATGTATAAAAATAAAACTGATTTTTATATATTGACCTAGTATTCTGGTGTTTA-TAAATTATTTATGAGTTCTAGAAA-ATTGATGTATACTCCTTAGGATTCTTTTGATGTTGATAATTATATCATTTA--AGAGTTGAGATAA-TTTTCAGGGTGCCTGTGTGGCTCAATCAGTTGAGTGTCTGACTCTTGGTTTCAG---CTTAGGTCATGATCCCAGGGTCATGGGATCATGTCCCGTGTTGGGCTCTGTGCTAAGCATGGAGCCTGCTTAAGATTCCCTCTCCCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCACCCTCTTTGCTCACTCTTTCTTTCTAAAATAAAAATTAAAA-------AAATAAAAGAGTTGAGATAGTTTTCTTTCTTTTTTTTTTCCCAATCTGAAAGCC-TTTTTTATGCC-TTTTCTGTCCATGCCATTCTT----------GTGCTCAGGGGAGGTACTGGTATTTATGACAATTTGCACACAGAATTGGGAGATTCCCTTCTTTCATTCTCTCCTTTCTTGGATTTCTCCCAAACTTTCCAC------------ATTCAAAGGGATCCTATTCTAGCTCCAGTCCAAGGTGGTAGTATAGGAAGACCTTGAACTCACCTCCTCCTAGGCGAAAGAGGACTTCAACTACCTCCATATTGACCTT-AACTTTCTAGTTGATTAAGTTCTTCTTTCCAGTTTGTCTCTT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AATTCAGGCCA-------------------------------------------------------------------------------------------------------AAGACCCTGAGGGCAAAGCAACGCCTGCCGGGAACTGAAACTAC-CCCTCAAGCAATAAGGACTGCCCTGAGCCAATAAGACTCC---ACCATCAACT-CCAAGACAATGACCAACCTGACCTTTACTGACCACCTGCATGTACCCACCCACCTTTGTCCCACATTTTCTTTACATATTCCTGGAAGTATTTTTGGTACTTTAGAGACAGTCTTT--GATGTTAGTCTGCTATCTTCCTGGTGTTGGCCTCACTGAATAAATTCCCTCTTTGTTTCATCTCCACTAGTTCCTCTGCCTTTGGATTTTGTCAGTGGTGAGTAGACAAACCTGGTC--TTCTTGGGTCCCCTGGAGCTAGGTGCTCTTGCACCCTAACTCCCTGGCTACA-TATTTGGTGAGCCAGCCAGGAGCTGTACTTCCAGTTTGTCCAGCTCCCTCAGGATTATACCTATTGATAGAACAATTACTCCT--GAAGAACTGAGGACTGACTGAACAGCTTCTGCCCAACAAAATATAGAATATCAAAAGACAACAGCAA--GAGAAACAGACAGTAACAAAGGGAA-CCCTCACCCCTAATGTTGCCAAGGGAAGTGGGGAGAGATAGTACTGAGAGACCAGGAACAGACTCCTCTGTCCTTGGGCACAGAAA-------AAAAAA----AAAAAGCTGCAGTTTAAAAAGAGCAACTGGCGTTTAAAAGAGAGGACTAGAATTCTGCCAACAACAACAGAGGAGCCATGGGAGCACTCTCTGGGTCACAGGGACTGGAGAATGACAGGTTTACATGTTTTTATCCACCA-TTTTTTTTAATGTTTATTTATTTTTGAGACACAGAGAGCACAAGCAGGGCAGGGGCAGAGAGAGGGGGACAGAGAATCCAGAGAGGGCTCCACACTGACAGCAGTGAGCCTGATGTGGGTCTCAAACTCATGAACTGCGAGATCATGAGATTATGACCTGAGCCAAAGTCAGCCACTCAATTGACTGAACCACTCAG--GCCCCACATTTTCCATCTGCCTTAAAAGCACGGACCAGAGCAGGATCCAGTTTCTGTAGCTGGCCTGCAGCCTCAGTAAGCCCCAGGCCCACA-ATGCACACCAGTGCCAATTGCACTAGG---------------------------------------------------------ACACACACACACACACACACACACACACACAAGCCATGCTTTTTTTTCTTTTTTCTTT-AAAAAATTGCAGTT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCAAAGAGCAACAAGCAT-GTAAAAGATCCATTTCTGGACTGTACCCCACCTCAGCTCCTGCTGCCCCTTCAGGGCATTCTCTGGGTGGAGAGTCCTGGCATACCCTAGTTTACATCCACTTCAGCTTCAAATATCTTGTCAAGGTGTCCTCTGCATGTAGAGCTCCAAGTCCCTTCAGCTGGTACCCACTTTAGTTTCAGCTATCCTGCCCAGGCACCCTCT
>Dog Autosomal
---------------------------------TTATTATTCCTATTTTGCCTACAAATATTTAATGGTTCCAGTAACATTTATTAAAACACTAT---CTTTTTTCTATTAGATTGGCTATGCATCTTTGTCAGAAATTGGGTGACTGTGCTTGTGTATAG-CTCAATTTCTGGATTCTCTGCTATGTTTCCTGGATCTATGTGTCCT-TCTTCCTTCAATAAAACACTCCTTTGATTACTGTAGATTTATAGCAAGTCTTAAAATTGGGTTATGTGAGTTCTTCAACTGT-TCTTTTTCCAAAGCTGTTTTGGCTATCTAGTTCCTTTGTCTTTTCAGATACATTTTAGAATCAGCTTGTTGATATCTAC-AAAAAATTCGAGAATTTTGATCGGGATTATGTTAAATCTATAGATCAATTTGAGAAGAATCGGCATCTTAACAATACTGACACTTCCATGGATGGTCATGACATATCTCTCTCTTTATTTATATCTTCCTTGATTTCTCTGGTTAGCCTTCTATAGATTTCAGCATACAGATCCTGTACATGTTTTGTTAGATTTAAATCTAAGTATTTCATTTTTTGGTGTGATTTTTAAATGATGCCTTAAAAAAC--TTCATATTCTAATTGGTCATTTCTATTATACAAAAATAAAATGGATTTTTATATAGTGACCTTAT------------------------------------AC-TTTTTTGTGTAGCTCATTAGGATTCTCTCATGTTGTTGAT-ATGTCATTCA--AGAGTTGAGATAG------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTTACTTTTGTTT-----CCAATCTGTAAGCC-TTTTCTATGTT-CACTGTGTCCATACCATGCTCAGGGTAGGTAGTACTCAGGGGAGGTACTGGTATTTGTGTCAGTTCATACATAGACTTGGG-GATTACCTTCTTTGGTTCTCTCCTTTCTTGGATTTCTCCCATACTTTCCAC----------------------------------ATCCAGTCCAAGATGGCAATGTCGGAAGACCTTGAATTTACCTCCTCCAAGGTGAAAGAGGACTTCAATTGCCCCCATTTTGACCTTAAACTTTCTAATTGATTAAGTTCTTTTTTCCAGTTTATATCTT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAAACAGGTAA-------------------------------------------------------------------------------------------------------AATACCCTGAGGGTAAGGCATCCTCT-ATGGGAACTGAAACTACCTCCTCAAGCAATAAGGATTGCCAAGAGCCAGTAAGACTCTGTTGCTCTGGACT-CCAAGACAATGATTGACCTAATCTTTACTGCTCACTTATA-------------CTTTGTCCCACATTTTCCTTATATAAACCTGGAAGTGTTTTTGGCAGTCTAGAGACAGTCTTTGAGATGTTAGTTCACTGCCTTCCCGGTGTTAGCCTCACTGAATAAATTCCTTTCTTGTTTTACCATTACGTGTTTTTATGCCTTTGAAATTTTTTAGTGGTGAGTAGCCAAACATGATC--TTTTTAGGTTCCCTGGAGCTAGGTGCTCTTGCACCTTAGCTCCCTGGCTACAATTTTTGGTGAGTCAGCCAGGAGCCATACTTTCAATTAATCCAGCCCCCTTAGAATTACACCTATTTATAGAACAATTCCTCTTAAGAAGAACTGAGGGCCAACTGAACAGCTTCTGCACAAGATAG-AGAGAATGCCAAAAGACAAAAGCATG-GAGACAAGGAGGATAACAAAGGGAA------CCCTCCAACCCTGTGAATGGCAGT-------------------------GGAACAGATTCTTCTGCCCTTGGGCACAGAGA-----------------AAAAAGCCACAGTTT-AAAAGAGCAACTGGCCTATAAAAGACAGTACTAGAACTCCACCAAC---AGTAGAAGAGCCATGAGAACACTCTCTCAGTCATAGGGACTTGAGAATGACAGGTTTATAT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCTCCATCCACCTTAAAAGCAT-----AGAATAGGGTCCAGTTGACATAGCTGGCTTACTGCCCCAGCAAGCCCCAGGTGCACAAACACACACCAGCCTCAGTGGCACTGAG---------------------------------------------------------ATAGGGA-A-----------------AAAGAAAAGCTG-TTTTTTCTTT----------AAAAAGCTCCAGTT---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TAAAAGAGCAACGA-------------------------------------------------------------------------AAGGGGTCCCTGGGTGGCTCAGT------CGGTT---------------------AAGTGTC---------------------TGCCTTCAGC-------------------------------------------
>Panda Autosomal
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>Y21 Locus 1
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>Y13
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>Y8
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>Y1 Locus 1
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>Y3
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>Y21 Locus 2
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>Y1 Locus 2
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### Alignment for Supplemental Figure S10
>Tiger Autosomal
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>Dog Autosomal
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>Cheetah Autosomal
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>Y8
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### Alignment for Supplemental Figure S11
>Cheetah Autosomal
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>Domestic cat Autosomal
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>Tiger Autosomal
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>Dog Autosomal
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>Panda Autosomal
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### Alignment for Supplemental Figure S12
>Panda Autosomal
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>Dog Autosomal
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>Cheetah Autosomal
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>Domestic cat Autosomal
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>Tiger Autosomal
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>Y16
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### Alignment for Supplemental Figure S13
>chrA1:146217963-146225092
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>PREDICTED:_Felis_catus_uncharacterized_LOC109496542_(LOC109496542),_ncRNA
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>Y6
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>Y20 Locus 1
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>Y1 Locus 1
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>Y17 Locus 1
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>Y20 Locus 2
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>Y13
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>Y21 Locus 1
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>Y6
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>Y8
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>Y21 Locus 2
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>Y4
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>Y13 Locus 1
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>Y17 Locus 2
GACCAGGAAACCCAACATCACTGGCCCATTGTTGCCACCGGTTT-GGGAGAACGGTGAAGTGGTGGCAAAGCAAAGGCTCACAAGGG----AGAAAGTGCATGGTTTGCCTGAATTTCAGGAGCCTACTTCTCC-GTTGTCTTGGGCAGGTCC-TGCTCCAT------------------------------------------------------GGAACTGGTAAGG-CCGGGGCCCTGAAGAAGCCAAGCATACCCAAAAGAGCAGAA-GGAGGACATGATCAATCCCCAGAGGACTTAAT--------AGGTGTCCCAGGTAGAAAATTT-TGTGGAAGGAAATGCAATAGACTCTAGTGTG------------------TGCGCGCTTGCGCGTGGTGTGTGTGTGTGTGTGT--------GTGTGTGTGTGT------------------GAAAGAGAGAGAGAGACAGAGAGAG------------AGAGAG----AGAGAGAGAGAGAGACAGAGACAGAGACAG----------AGACAGAGACAGAGAGAGAGACAGAGAGAGAGAGGATGTACAGCTAAGCCAGGGTTGCCAGTCGAGTTAGAGTTTGTGGCTTTATGGACGGGCGCCCTTAAGGTCCCCAAAAGTCTATGGAGTCTGAATGGGCTTCCCTGTGTCATTGTGA-GAGTATAAGGTCTCGGGCGGTATCAGATCAGATTCCCATCAGAAGTCACAAAGCCGAGTCCACTATAGCCAAACCTCACCTAAACTTTCCCTCAGGAATGCGACCAG--AGAAGTATCTGCAT-ATCCTCCCATCTGGCGGTATACCCTAACTTTGTCTGTCTTTGTCTCAC-CAAATATGAGAAAAAAA-AATAATAATGGGATGAAAACAGAGTAAGCCTACGATTTTAGAGGTCATGATG-AAAAAATGTTAAAAG-GGG-TTTTCAGGTTACCATGGGGTG-ACAACGATACCCAAGAAGTTATCGAAATTTTGTGAGCTAGAATGGCCCACATTCAATGTAGGATGACCTCCAGAA-GGATGTTACATGCTCAAATAGTGCAGCAGGTTTGGC---TAATAGACACAGGGAACCCAGGCCACCCTGATCAATTTCCGTACATCGACTCCTGGCTTGAAATGGCCCAAAATCTACTG-----------------CCTTGAAGGTGATTCATCATTAGCAAACAGA-GCCAGGCAAAGGTTTTAGCCTCTTTATCTGGAGGCTCACCCAGGGAGCCAAAGAAGCGACCCACTGCTCCTCTAATATTTGAAAGAGATA---------TGGAGGAAGATATTGTCTTTCCACCTCCTCATGACT--------CTTCAAGCTCCCT-CCC---------------CCCTCCCCCGGAGCTTGAGATTCTTCCTGC---ATCTG--------TCTCTCCA--------------------------------------------------------------CCACAGCCAGAGTCAGTGCAGTTGCCACTGC---------------------------------------------------AGTCAGTGCC---------ACCC---ATCTCCCCG-CTGCTCTCAGA-CCCAGATCACCCA-CTCC-------------AACATGGGCCAGAAGCCAGACTGCGCCT-------CC--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GAACCAGACCTAAAACTCTCGGAATGCATGTAAAGGAGACGAGAGAGCCTGAAAGACAGAATGAGGATGGACCAGTCCAGACCAGCCATTCC-ATGATG---TGTTATCTACC--TTTCTC-TACAACCAACCTCCTCAATTGGAAACACAACAC--------TCCACCATACTCCGAAAAGCCACAAGCGCTGGTTGACTTGATGGAGTCCCTCTTCCAGACCTACTGCCAGACTTGGGAAGATTGTCAACAGT-----TACTCCATACTTTGTTCAATTAAAAACAAGG----------ATGACAGAAACATGACACTACCTAGAAGATCACACATCTCCAGGAATCAAGGACCCTACTGTCTGGGCTCAAACTGC-ATGCATGA-AGAACACCCAACGTGGGATTTCACCACAGAAGGAGGACAGAGCCATGTCTGATGATACCAGGAAGCCCTCCTTCAGGGAGTCTGAGCTGGAGTCAACAATCCCATGAACATAACTAAAATGTCATCAGTCACA--------CAGCACCCTGGGGAGTCTCCCGGAGACTACTATGAAAGATTCTGTGAAGCGTACCATGTATACGTCCCGTTTGACCCCGTGGCACCAGAATGTCA---ACAGATGGTAAAT-CCCTC-TTTTGTGGCACAGGCTG-CCC-------CAGATATCCGACGAAAACTCCA-GAAATTGGAGGGCTTTGCCAGATGAA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------TATGACTCAG----------CTGTT------------------------------------------------------------------------------------------------------AGAGGTCCTCAATACAGTTTTCACGAACAGA-AATTTGCAGCT--GAAAGAGAAGTG---------------AAGACTAAAAA-AGAAGGCCACCTTTCTCA-CAGCAGAACT---AAAGAACAGATGCTGCTG-TTTTTTAGCAGCATCTAAGAACCCCAAACA-CAAAAAG-----GGGGGAAGCCCATATTCCCCTTAGCAAGGGACCGGTGTGCATACTGCAAAGGCAAGGGAAACTGTAAGAA-----TGTTCGAAT--TGGATGG---GGACCTCAAAACCCAGCCAATA----TCTGGAGCAACCTCCAGGTGA-GAACCTT-CTTGATCTGGCCGGGGT----AGAATTGGACTGAGGGGGACCAGACTCTTT-T-TTCTTGGC-CCCCATGAACCCACGGCTGAAATG-AGGTGGAGGGCTGAACAATAACTTTCATGGTTGAAATACTTTTC--------AACTGGGGC---TGAATACTCCTCTGTTACTTCCCTGGT---------------------------------------------------AGCG-CCATAGGCCAAAAGACAG-----------------CAACCATACT---------TGGGGCTGC-------------------------------TGGGACACAGGCAA-------------TGCAACAGCCCTT-CTGTCAAGCTCAA-------------------------------------------------------------------------------------------CAAGGTGCACTT-------------------------------------------GGGGGTCACAA-----------------------------------------------------------------GGTCCG--------GCATGAGTTCCT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTACTTACTTG--------------------------------ACTGCCCGCTTCCTCTCCTGGGCCGTGATCTACTCT-----CCAAACTTGGGGCCCAGATAC---------------------CTTTTGAACCCAC-TGGACATACTAGCCTCCAA-----------------------------------------------------------------TTAAA-CCGAGGCAGAAGG--------AAACCC------TGGTCTTGGCGATA-CCCCTGCCAAGGGAAGCAG-------AATGGAGACCGTTCTGT----------------------------------GCCCAGGCCTTAC-CTTG----TCGCCCCT-AGAATTCAGGCTTA-------CGTTCCCC---TCCCTATATGCTGATGATATCCCGCC----------------------------------TGAAATAGCTTGGAATCGGGTCC------------------------------------ATATCATTGTCGA-------------------------------------------------------------------------------------------------------CCTGATCCCTGCAGCTCAACCTCAGACACCAAGGCA-GTAC-CCCCTTCCACCAGAG-------------------------------------------GCTAGAATGG------------------------GCATACAAGAGCAC------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>Y1 Locus 1
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>Y3
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-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y9
--------------------------------------------------------------------------------------------------------TCTGCTTGTATTC------TCTGCTTCTC--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AA----------AAATAAGTAAACAG--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------G-AAAAAATGT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------GGATGTAAAAT-------------------------------------------------GTAACCCTGCCACTCTCCCGT-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTCTATGACCCAGAGAGAACTCCTGTGGCTCCTCTGACGTTGA------------------------------------------------------------------------------------------------------CAGAGTTCTAATGCTCTCTTTT---ATATGACAGTTGTTCTTTTCA---------------------------------------------------------------------------------AACTG-------------------------------------------------------------CAGTGTT---------TTTT---TTTTTCTTT-CTGTTTTCTGT-CC----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAGGACAGAGGAGTC-------------------------TGTTTCTGGTC--CTTCCC---CAACTGCCCTTGGCAAC-----------------------------------------------------ATTA---------------------------------------GGGGTGAGTGTT-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TCCTT--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TGAAGCGTACCATGTATACGTCCCGTTTGACCCTGTGGCACCAGAATGTCA---ACAGATGGTAAAT-CCCTC-TTTTGTGGCACAGGCTG-CCC-------CAGATATCCGACGAAAACTCCA-GAAACTGGAGGGCTTTGCCAGATGAA----------------------------------------------------------------------------------------------------------------TATGACTCAG----------CTGTT------------------------------------------------------------------------------------------------------AGAAGTTGTCAATACAGTTTTCACAAACAGA-AATTTGCAGCT--GAAAGGGAAGTG---------------AAGACTAAAAA-AGAAGGCCACCTTTCTCA-CAGCAGAACT---AAAGAACAAATGCTGCTG-TTTTTTAGCAGCATCTAA-AAACCCAACCA-CAAAAAG-----GGGAGAAGCCCATAGTCCCCTTAGCAAGGGACCAGTGTGCACACTGCAAAGGCAAGGGAAACTGTAAGAA-----TGTCCGAAT--TGGATGG---GGACCTCAAAACCCAGCCAATA----TCTGCAGCAACCTCCAGGTGA-GAACCTT-CTTGATCTGGCCGGGGT----AGAATTGGACTGAAGGGGACCGGACTCTTTCT-TTCTTGG--CCCCATGAACCCACGGCTGAAATG-AGGTGGAGGGCTGAACAATAACTTTCATGGTTGAAATACTTTTC--------AACTGGGGC---TGAATACTCCTCTGTTACTTCCCTGGT---------------------------------------------------AGCG-CCATAGGCCAAAAGACAG-----------------CAACCATACT---------TGGGGCTGC-------------------------------TGGGACACAGGCAA-------------TGCAACAGCCCTT-CTGTCAAACTCAA-------------------------------------------------------------------------------------------CAAGGTGCACTT-------------------------------------------GGGCGTCACAA-----------------------------------------------------------------GTTCGG--------GCATGAGTTCCT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CTACTTACTTG--------------------------------ACTGCCCGCTTCCTCTCCTGGGCCGCAATCTACTCT-----CCAAACTTGGGGCCCAGATAA---------------------CTTTTGAACCCAC-TGGACACACTAGCCTCCAA-----------------------------------------------------------------TTAAACCCAAGGCAGAAGG--------AAACCC------TGGTCTTGGCGATA-CCCCTGCCAAGGGAAGCAG-------AATGGAGACCGTTCTGT----------------------------------GCCCAGGCCTTAC-CTTG----TCGCCCCT-AGAATTCAGGCTTA-------CGTTCCCC---TCCCTATATGCTGATGATATCCCACC----------------------------------TGAAATAGCTTGGACTCGGGTCC------------------------------------CAATCATTGTCGA-------------------------------------------------------------------------------------------------------CCTGATCCCTGCAGCTCAACCTCAGACACCAAGGCA-GTAC-CCCCTTCCACTAGAG-------------------------------------------GCTAGAATGG------------------------GCATACAAGAGCAC-------------------------CTGGCCAAGCTCAGAGAAAGAGGTATTCTAACTGA----------------------GTGCCAATCAGTTTGGAATACCT-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CACTCTTGCC---------------------------------------------------------------------AGGCAAGAAGCCAGGAGGAGGA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CACCAAC----------------------------------------------------------------------------------CAGTACAGGATTTGAGGG-CCATTAGCAAAGTGACTGTTTCCTT-ACACCCAGTCATTC-------------------------------CGAACCCTGAGTATACTCTCCTCAGCCAAATTCCGT----------GGTCAGCC--AGACGGGTTGCATGCTTCGACCTAAAGGATG------------------------------------CTTTCTTCTGTCT---------------------------------------------------------------------------------------------CTGCCTGG--------------------------------------------------------------------------------------------------------CTCCACAAAGGCAAT----------------------------------------------------------------------------------------------------------CATTGTTTGCCTTTGA------ATGGACTGAGCCCTTTACAGAGCGCCA------------------------------------------------------------------------------------------------------------GATGCAGCTGACCTGGACACTA--------CTTTCCCAAGGTTTCAACAACTCGCCCATTCTTCT-GGGGGAAGCCCTAGGTTCAGATCTCGCTGACTTTCCAAAGGAAACC-GCAGGGTATGT-CCTTCTCCA-----ATATGTACAAGATTTCCTCCTT-TCCAGTGACACCCAGAAAGAGT---GTATGAAA-GGAACACAGG------------------------------------------------CCCTCCTACAGCTCTGATCCTACTTGGGGTACCAGGCCTCTTGG------AAAAAGGCACAGATTCGTCAGCAGCAG---------------------GTCCGATACTTAGGCTCCCTCCTAAC-AAATGAAAAAGA----------------GAACGAGGCCCGGAAAGGAAGAAAGTGTGGCACCACACTGCCACAGCCCCAAA--------------------------------------------------------CAAAACGAGGCTTGTGTGAATGTTT----------------------------AGGGGCCAGAGGGTTCTGTCGCATTGGGAATGCTCAGATGCTCAGCCATAGTGAGGTCCCTCTATGTCCT------------------------------GTTGGGAGGACCAAACTGGGAGCCCCTCGCATG-------GACTGAGGAGGTGAGGGCCGC-TTCACAAAAATAATGTTGGCTCTGGGACAAGCCCCA-GCCCTTGGTTTGCCTGACATAGACAGACCC-TTTCACTTCTTCACACACGAAAAG-GA----------------------------------------------------------GGGCTC--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ACTCAGAGCATGGTACCTC-------------GGCAATGGCCCGTGTTCTAACCGTC--------------------------------AAATAAAAAACTTG--ATCCTGTGGCTGCAGGATG--------------GCCCCTGTGCCT-AGAGCTCAG--AGACACAGTCCTGCTCATCAAGGTGGAAGACAAGCTCACACTGGGCCAAA-CATTTA-ATG----TTAAGGTCCCACACACGGTCTTGGGGCTCACAAGCACCCAAGGATATCA-TTTCCTCTCCATTTCTCAGCTGACACAATCCCAAGGCCTTCTCTATGAGAACCCAAAGCTCACTCTCG-AAACAGGGTAAAAACACTAAACCTGGCCACCTTCCTTCCCACAGAGGAGGGAGAACCTGAGCATGACTGTTCTGGGGTAGTGGATGAAGTCTACGCCAGCTTCCCAGACCT-CCAAGACC-GGGTAT------------AACAAG-CCAGAGATCACCCTGTTCAGCGATGG-GAGCAGCTATTTAGAGGAGTGCAGCCTAAGATCAGGGTATGCTGTCATCAC-AGGCATGGAAGTTCGTAAAGCCAAGGCCTTGTC----GGATGGTCGGCACAATG--GGCTGGACTCAGTACGCCTTAC-CCTGAGCCATCATCCTCAGCAAAGTTAAATGAGTTAACATCTACATCGATTCCCCGTATGGCTTCGCTACTGTGCATGTACATGGGGCCATCTATAAAGAAAAAGG-CCTCC-TACC---------GCTTCCGAGAAAGCTATCCAAAACGAGGAAGAAATACTAAAGCTTCTTGAGACCATATGGCTACCAGACAAAGTAGCTATCCTAAACTGTAAGGGACCTCCGAAATGAGATGACCCCATAAA-TCAAGGAAATCACCTGGCCGACAAAACAGCCAGAGGGGCTGCCTGAG--GTGACCTAGGTGAAGCTCCT-------------ACCTCCACTCTGATTCTTGCGCCCCAGAAGGAAGCCTCCCCA--------------CCCATGTACACAAGTGAAGAAAGAAGTTGGGCCTCGACAGAAATGGGCACA--CTAAGCAAAGACGGAT------AGTGAGTC-------------------TTGTCCCGTC--ATCTATGTGAAAGCACCTAGTGAAGGAAGA----TAACTAAC--TCACCCTCTTAGGGAAAACTGCTCTAGAGGTCCTCTTC-------AAAAAGAACTATGATATCAGC-CAGCTGCCGGCATTATGCCAGGCTGTCAGGGAATAATGTGTAACGTGTACCAAAAACAATGCTTGCTCTACCCCACGGCCCCTGCCTGGC----TCACAAAGGAA---------------------GGACTTCGAGGTGGACTTTACCAACATACAACCAAATAAAGGGTTTAGGTACCTCCTTGTCATAATCTGC-------------------------ACCAATTTGGGATGCGTCCAAGCTTTCCAGACCAGAATGGAATGAAGTCACGAGGTGGCCAAAGCTCTTCTATGGGAGATTGGGCTT------------------AACCACACACAGTAATAATGGACCTGCATTTGGAGCAGACATTATACGAACCCTAACAAAGTCCCTTAACATTGTCTGGAAACTGCACA-CTGCTTAACGCCCCCAGGGCTCAGGGAAAGGTAGAGCAGATGAACTGCACCCT-CAAGGAAACTCTGGCCAAG-TTCCACCA----AGAGACTAATCCCCCATGGCCAGATTTGCTTCGGCTGGTCCTCCTGTGTGCCCAATG----CCCGCCTGGGGCACTGGGATTCTCC--------CCTTTTGAGTTATTATATGGGAGA----------TCCTCCCCCAACCCCCATG--CACACATGTACATTTAGGAAAGTTCCCAGGAGACCT--ACACCAGATTGCAGAC-AAGGAAATAAGATAACAGCTCCAGAAA------------------TTGGGGGC---AGTCCTAAACAAGTT--AGAGATACACCATAGAGAGGGTCACAATTTCCTTA-GGGAAACCCATTCACTTC-------------TTTCAGCCAGGAGACTCTGTGTGGGTCAAAGTTTGGAAGAAGGAACCTCTTTATACCATGGTGGAC-TGGG---CCTCACAC----TGTTATTCTAACAACTCCTACA-GCCCCCAAAGC----------------TTCAGG-TATCA-CCCCATG----GGTCCAGAACTCCACAGTTAAGAAGTCCAACTCAGAAGGACCCACAACCT-GGCGAAGTGATCCAGATCCAGTCATCCCGCTTAAACCTACCCTCAGAAGGGA---------ACTGACCCCTGAGGT--GTCCAGCCCTGCTCCAGCCACACCATGGGA----GATGGCTGGCCTGCACACAGCAGAAGCTTGAGGAATCAATGCATGAACCAAGCCCAGGGGTTTGAATGCAACTCTGCCAACCCTTGCCCCTTACTGGTGTCATA----AACCTGGTCTTAC----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTCTTACTG-TTGGGCTG-----ATAGAGACTGCACCAACAAGCTGGACATGGTGCAAAAGATGCATCC-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TGGGCCTC---ACGTACCTCCTCTGGATGGGAGGG---TTACCAAGTATTGCCTGTATATTATGATAACCGCTCTCACCCTCACAACTGCCGCTTATCCACTTTGCCCCCACAATT---GTCATAGGACAATAAGGGG---------------------------GTCCAGGGGGTTCAGCACCTTTCCCTCCCTCCACAAAGATTGCTA-ATGGGAAAAACACCCACTCTCTGTCAGTCACCT---------GGTG-TCCCAAGTGTTA-----------A-TATT-------------------------GGACCGAGGATATAACC-AAACTATCAGTAACCCATGT-CACAACAAGGGCCT-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------CCAGAGAGGGAAGCGAGCTTGCTACACTT-ACCTTCCTCAAT--------------------GGGAAATCTCGAAC-AGGGGAGGGCTGCACTACAGGGCCCTTCAAAA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGTTATAAAGCATACCCAGGATAGGGTAAT---ACAAGCCATAAAGGCGA------CCACT------------CTGCCA-CAGCCTACCAACGTTTGAACT--TCAGCCGTCAATCAGAT--GCCTACCAATT-CCCCACTCCAGCATTGGGCCGACACTGCTCTACTAGTCCTCCATAAGATAGATAATCACATGCAAACCTGC-TGGAT----GTGCTTGCCCCTCAGCC----------ACAGGACTTACTTAGCTACTCCGATC---TGTTTGACCTGGGAAGCTCCTG-AAAACCTCAAAACCAACACCTCTGTCTTAATTGGACCCCTGGCCACTAGGGTCCACCTC-CCAATGTCGACAATCTAATCCGTACAGTCCCTGAA----------TTCCCTCTCTAGGAGGAAGAGATAGAATCTTAATGAGGACTACAACC--------CTATGTTGCACCCTTGGGGTGTTCTATCTGTGTTCTAAT-----TCGGCCTATCGA-TGCTTAGAGGCCAACTGGAC-------ACAGAAATGT--TATTCCATCTTCTGGACCCCAGAGATATTTGTATA-------CACTGAAG------------------ATCAGGTCCTAACAACC-TTTAGCCCCAAGTCTCAGGCTAAACGGGCAGTCCTGCTACCCATTCTGATAGGCTCAGAAATTGTGACAGGAATAGGAACTGGATAAGGGGGCATAGGTTTATG-CATAGGACTG-TACCATAGACTATCTC---------------------------------------------------------------AAGAGTTAAATGAAGACATGG----AACGG--GTGGTCGATTCTCTGGTAACTTTACAGAACCAAATAAACTCTCT------GGTGGCAGTA-----ATCCCCCAACATAGGCAAG-CCCCTGACCTCCTCACTTCAGAAAAT-------------GGAGGAAC--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTGCAAATTTT-----C-GGGAGAGGAATGTTGCTATTTTTTAAACCAGTCAGAAATACTTACAACTAAGTTTAAGGAAGTA-----------------------ATAATAATAATAATAATAA----------------------------------------------------TAATAATAATAATAATAATAATAATAATATAATAATATATATTATAATATATAATATAATATAATAATTATAATTAWTATATTATAWTATATATTATAATATATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTCAACATAGACAACAGGAAAGTGCCAATCAATGGAACAAATGAGATCTCACTGATTGGG-ATCCTGGCTTCCTGCCCTGGCAGGGCCCCTCTTCTTCATAATTTTACTTGTACCCATTGGCCCCTGTATACTGAATACCATGGTACATTTTATTGAAAACAC-----TGTTGCTCGCCAAACTACTGCAGGCTCCTTACCCTTCTGAGGGTACCATCCTAAAAACCTGAAAGGTGATACCTACTAAAAAGGTTTCTTAAAAGGCATAAAATGGGA----------TAATGTTGGAGAAGTGAATAAAATACTGCAGCAGAGATGGCCGGTGGGACTAAAACGAACTCTGGTCTCTATCTTAGAGACCCCACCTCCTGGTTCTTCTTCCTTTGTTTTCTGTGTGCAGGAAAA-CCCCCACAGATATGATAGCTGATGACTGTAAATTTCCTGCCCCACTTTCATTCAGCACTCAGACGTTTGGAGAAACAGGGTCCTCTGAGCCCGCC------------------GTTCCACCAAGATCTGCAA----TCCAAAGAAGATCTCCGAGCGTTCCAGCCTGGTTCTGTAA---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

### Alignment for Supplemental Figure S14

# TSPY1 - a244/c264 subgroup
>Y18a:TSPY
MAADTLSCCLARDCSANLASGPALPWNHFAPRPHAHTPHCLCLSPSSTAATANAESSNPRACAPAPNLSGLRREAAGSSRPCGQGSVHLLPSPCPCAEAALATLGPGPSVMASVSGSGKRGDSRRPWALIVLDEKGRESPARGNAGALEGVGWPQSPGSGAASAHPVQEAQAGCEIQVASPAEELVVILDDGMVAAEVVIGVEEEDGEATEEEVAGEENSEEAKPEADDMPEQEEVEEERQQLEEVPEQEEKPEADAEAEEGPQLSQELQQQEPVLRPAAAQDPLAALERLQLEISAGNAQDSRALWRLKRRILRRRISYLDHRRAIIKHIPGFWAQAILNHPQLSAMNGAQGKDVFSYVVNLEVEEVGHPKYRCRVMFFFGDNPYFWNPVIIKEYQLSFAGYRASRSTPVQWFWDYERGAPSRRHDPTRLNLLNWLCEHRCPGTNRIAEIIIEDLWPNPLQYYLREEGTRRQ------------------------------------------
>a244:TSPY
-----MSCCLARDCSANLASGPALPWNHFAPRPHAHTPHCLCLSPSSTAATANAESSNPRACAPAPNLGGLRREAAGSSRPCGQGSVHLLPSPCPCAEAALATLGPGPSVMASVSGSGKRGDSRRPWALIVLDEKGRESPARGNAGALEGVGWPQSPGSGAASAHPVQEAQAGCEIQVASPAEELVVILDDGMVAAEVVIGVEEEDGEATEEEVAGEENSEEAKPEADDMPEQEEVEEERQQLEEVPEQEEKPEADAEAEEGPQLSQELQQQEPVLRPAAAQDPLAALERLQLEISAGNAQDSRALWRLKRRILRRRISYLDHRRAIIKHIPGFWAQAILNHPQLSAMIGAQDKDVLSYLVELEVEEVGHPKYRCRVMFFFGDNPYFWNPVIIKEYQLSFAGYRASRSTPVQWFWDYERGAPSRRHDPTSLNLFNWLCEHSCPGTNRIAEIIIEDLWPNPLQYYLREEGTRRQ------------------------------------------
>Y15a:TSPY
MAADTLSCCLARDCSANLASGPALPWNHFAPRPHAHTPHCLCLSPSSTAATANAESSNPRACAPAPNLSGLRREAAGSSRPCGQGSVHLLPSPCPCAEAALATLGPGPSVMASVSGSGKRGDSRRPWALIVLDEKGRESPARGNAGALEGVGWPQSPGSGAASAHPVQEAQAGCEIQVASPAEELVVILDDGMVAAEVVIGVEEEDGEATEEEVAGEENSEEAKPEADDMPEQEEVEEERQQLEEVPEQEEKPEADAEAEEGPQLSQELQQQEPVLRPAAAQDPLAALERLQLEISAGNAQDSRALWRLKRRILRRRISYLDHRRAIIKHIPGFWAQAILNHPQLSAMNGAQGKDVFSYVVNLEVRP-GR--------LWLGAIP-------------SSVGFGQERVM--------QRCSPSQ------------------PGK----------------------------------------------------------------------
>c264:TSPY
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------MASVSGSGKRGDSRRPWALIVLDEKGRESPARGNAGALEGVGWPQSPGSGAASAHPVQEAQAGCEIQVASPAEELVVILDDGMVAAEVVIGVEEEDGEATEEEVAGEENSEEAKPEADDMPEQEEVEEERQQLEEVPEQEEKPEADAEAEEGPQLSQELQQQEPVLRPAAAQDPLAALERLQLEISAGNAQDSRALRRLKRRILRRRISYLDHRRAIIKHIPGFWVQAILNHPQLSAMIGAQDKDVLSYLVELEVEGVGHPKYRCRVMFFFVENPYFRNPVIIKEYQLSFAGYKALRATPVQWFCDYEHGAPSRRHDPTSLNLFNWLCEHSCPGTNRIAEIIIEDLWPNPLQYYLSEEGTRRQ------------------------------------------
>a244:TSPY_(NCBI)
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------MASVSGSGKRGDSRRPWALIVLDEKGRESPARGNAGALEGVGWPQSPGSGAASAHPVQEAQAGCEIQVASPAEELVVILDDGMVAAEVVIGVEEEDGEATEEEVAGEENSEEAKPEADDMPEQEEVEEERQQLEEVPEQEEKPEADAEAEEGPQLSQELQQQEPVLRPAAAQDPLAALERLQLEISAGNAQDSRALWRLKRRILRRRISYLDHRRAIIKHIPGFWAQAILNHPQLSAMIGAQDKDVLSYLVELEVEEVGHPKYRCRVMFFFGDNPYFWNPVIIKEYQLSFAGYRASRSTPVQWFWDYERGAPSRRHDPTSLNLFNWLCEHSCPGTNRIAEIIIEDLWPNPLQYYLREEGTRRQ------------------------------------------
>Y8:TSPY
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MVVILDDRMVAAEVVIGVEEEDGEATEEEVAGEENSEDSKPEAEDMPEQEEVEEERQQLEEVPEQEEKPDADAEAKEGPQLSQELQQQEPVLHPASAQDTLAAPERLQLEISNGNAQDSRALWWLKRRFLRRWISYLDHRRAIIKHIPGFWAQAILNHPQLSAMIGAQDKDVLSYLVDLEAT--GHHV------------PLQSSGSAIMNMELPIAG-----MTPPALTCS-TGCVSTAAQGQTGLPRSSSRTCGPIPCSTT--------------------------------------------------------------------
>Y13:TSPY
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MVVILDDRMVAAEVVIGVEEEDGEATEEEVAGEENSEDSKPEAEDMPEQEEVEEERQQLEEVPEQEEKPDADAEAKEGPQLSQELQQQEPVLHPASAQDTLAAPERLQLEISNGNAQDSRALWWLKRRFLRRWISYLDHRRAIIKHIPGFWAQAILNHPQLSAMIGAQDKDVLSYLVDLEVEVVGHPKYRCRVMCFFVENPYFRNPVIMKEYQLSFASYRASRATPVQWFCDYEHGTPNRRHDPTSLNLFNWLCEHSCPGTNRIAEIIIEDLWPNPLQYYLREEGTRRQ------------------------------------------
>Y20:TSPY
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MVVILDDRMVAAEVVIGVEEEDGEATEEEVAGEENSEDSKPEAEDMPEQEEVEEERQQLEEVPEQEEKPDADAEAKEGPQLSQELQQQEPVLHPASAQDTLAAPERLQLEISNGNAQDSRALWWLKRRFLRRWISYLDHRRAIIKHIPGFWAQAILNHPQLSAMIGAQDKDVLSYLVDLEVEVVGHPKYRCRVMCFFVENPYFRNPVIMKEYQLSFASYRASRATPVQWFCDYEHGTPNRRHDPTSLNLFNWLCEHSCPGTNRIAEIIIEDLWPNPLQYYLREEGTRRQ------------------------------------------
>Y17:TSPY
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MVVILDDGMVAAEVVIGVEEEDGEATEEEVAGEENSEDSKPEAEDMPEQEEVEEERQQLEEVPEQEEKPDADAEAKEGPQLSQELQQQEPVLRPASAQDTLAAPERLQLEISNRNAQDSRALWWLKRRILRRRISYLDHRRAIIKHIPGFWAQAILNHPQLSAMIGAQDKDVLSYLVDLEVEVVGHPKYRCRVMCFFVENPYFRNPVIMKEYQLSFASYRASRATPVQWFCDYEHGTPNHRHDPTSLNLFNWLCEHSCPGTNRIAEIIIEDLWPNPLQYYLREEGTRRQ------------------------------------------
>Y4:TSPY
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MVVILDDGMVAAEVVIGVEEEDGEATEEEVAGEENSEDSKPEAEDMPEQEEVEEERQQLEEVPEQEEKLDTDAEAKEGPQLSQELQQQEPVLRPASAQDTLAAPERLQLEISNGNAQDSRALWWLKRRILRRRISYLDHRRAIIKHIPGFWAQAILNHPQLSAMIGAQDKDVLSYLVDLEVEVVGHPKYRCRVMCFFVENPYFRNPVIMKEYQLSFASYRASRATPVQWFCNYEHGTPNRRHDPTSLNLFNWLCEHSCPGTNRIAEIIIEDLWPNPLQYYLREEGTRRQ------------------------------------------
>Y1:TSPY
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MVVILDDGMVAAEVVIGVEEEDGEATEEEVAGEENSEDSKPEAEDMPEQEEVEEERQQLEEVLEQEEKPDADAEAKEGPQLSQELQQQEPVLRPASAQDTLAAPERLQLEISNGNAQDSRALWWLKRRILRRRISYLDHRRAIIKHIPGFWAQAILNHPQLSAMIGAQDKDVLSYLVDLEVEVVGHPKYRCRVMCFFVENPYFRNPVIMKEYQLSFASHRASRATPVQWFCDYEHGTPNRRHDPTSLNLFNWLCEHSCPGTNRIAEIIIEDLWPNPLQYYLREEGTRRQ------------------------------------------
>Y21:TSPY
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MQQQEPVLRPASAQDTLAAPERLQLEISNGNAQDSRALWWLKRRILRRRISYLDHRRAIIKHIPGFWAQAILNHPQLSAMIGAQDKDVLSYLVDLEVEVVGHPKYRCRVMCFFVENPYFRNPVIMKEYQLSFASYRASRATPVQWFCDYEHGTPNRRHDPTSLNLFNWLCEHSCPGTNRIAEIIIEDLWPNPLQYYLREEGTRRQ------------------------------------------
>Y15b:TSPY
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MQQQEPVLRPAAAQDPLAALERLQLEISAGNAQDSRALWRLKRRILRRRISYLDHRRAIIKHIPGFWAQAILNHPQLSAMIGAQDKDVLSYLVELEVEEVGHPKYRCRVMFFFVENPYFRNPVIIKEYQLSFAGYRASRATPVQWFCDYEHGAPSRRHDPTSLNLFNWLCEHRCPGTNRIAEIIIEDLWPNPLQYYLSEEGTRRQ------------------------------------------
>Y18b:TSPY
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MQQQEPVLRPAAAQDPLAALERLQLEISAGNAQDSRALWRLKRRILRRRISYLDHRRAIIKHIPGFWAQAILNHPQLSAMIGAQDKDVLSYLVELEVEEVGHPKYRCRVMFFFVENPYFRNPVIIKEYQLSFAGYRASRATPVQWFCDYEHGAPSRRHDPTSLNLFNWLCEHRCPGTNRIAEIIIEDLWPNPLQYYLRRKGPEDSDLTCARVETMEDATSAGRDGWMRLLSSTSPGDNWGSDHMWQP

# TSPY1 - b274 subgroup
>b274:TSPYb
MSITVEKEKEEEKARRSSRTEKGGQGGAGGRGPGGGAGGGREGVGAIKGRAELQTEEEEEQQQGEEEVEGKEDKEERGEEEQKPSEQGGRRVEEAQQLQVKQDKKKQFETGLRPCPSPLEALEALQIELQPVNKQASREQPRLKLRMWQRRRHHLEQRSALIQGIRGFWAKAFVNHPQMSALISKHDESMLRHMTNLKVEEHKFPRECRKILLFFGKNSYFRNEVVTKEYVLGLAGYTASHSSPVQWYPRYRQEAYRRRHDNSSLNFFNWFCDHRFAGSSRIAEIIIEDLWRNPLPYFKIEEAPGESTERERGICTILRRL
>Y18:TSPYb
-------------------------------------------------------------------------------------------------MQVKQDKKKQFETGLRPCPSPLEALEALQIELQPVNKQASREHARLKLRMWQRRRHHLEQRSALIQGIRGFWAKAFVNHPQMSALISKHDESMLRHMTNLKVEEHKFPRECRKILLFFGKNSYFRNEVVTKEYVLGLAGYTASHSSPVQWYPRYRQEAYRRRHDNSSLNFFNWFCDHRFAGSSRIAEIIIEDLWRNPLPYFNMEEAPGESTERERGICTILRRL
>Y5:TSPYb
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MNTHASREDSQLKLSIWQRRRHHLEQRSALIQGIRGFWAKAFVNHPQMSALISKHDESMLRHMTNLKVEEHKFPRECRKILLFFGKNSYFRNEVVTKEYVLGLAGYTASHSSPIQWYPRYRQEAYRRRHDNSSLNFFNWFCDHRFAGSSRIAEIIIEDLWRNPLPYFKMEEAPGESTERERGICTILRRL

#TSPY1 - antisense
>Y2:TSPY_Antisense
MSSASVLASSEFSSPATSSSVSSSSSSSTPITTSAATILSSNITTNSSAGLATYISHPAWASCTGWALAAPEPGDYGQPTPSSAPAFPRARDSRPLSSRTIRAQGRRESPLFPDRDTLAMTLGPGPSVARAASGQGQGNDNRWREPWPQGLELPAASRHSPPKLGISAQALGFEDSALAVAAMEEGLRQRQ
>Y10:TSPY_Antisense
MSSASVLASSEFSSPATSSSVSSSSSSSTPITTSAATILSSNITTSSSAGLATYISHPAWASCTGWALAAPEPGDCGQPTPSSAPAFPRARDSRPLSSRTIRAQGRRESPLFPDRDTLAMTLGPGPSVARAASGQGQGNDNRWREPWPQGLELPAASRHSPPKLGISSQALGFDDSALAVAAMEEGLRQRQ
>a244:TSPY_Antisense
MSSASGLASSEFSSPATSSSVASPSSSSTPITTSAATIPSSNITTNSSAGLATCISHPAWASCTGWALAAPEPGDCGQPTPSSAPAFPRAGDSRPFSSRTIRAQGRRESPRFPDPDTLAMTLGPGPSVARAASAQGQGDGSRWTEPWPQGLELPAASRRSPPKLGAGAQALGFDDSALAVAAVEEGLRQRQ
>Y18:TSPY_Antisense
MSSASGLASSEFSSPATSSSVASPSSSSTPITTSAATIPSSNITTNSSAGLATCISHPAWASCTGWALAAPEPGDCGQPTPSSAPAFPRAGDSRPFSSRTIRAQGRRESPRFPDPDTLAMTLGPGPSVARAASAQGQGDGSRWTEPWPQGLELPAASRRSPLKLGAGAQALGFDDSALAVAAVEEGLRQRQ
>Y15:TSPY_Antisense
MSSASGLASSEFSSPATSSSVASPSSSSTPITTSAATIPSSNITTNSSAGLATCISHPAWASCTGWALAAPEPGDCGQPTPSSAPAFPRAGDSRPFSSRTIRAQGRRESPRFPDPDTLAMTLGPGPSVARAASAQGQGDGSRWTEPWPQGLELPAASRRSPLKLGAGAQALGFDDSALAVAAVEEGLRQRQ
>Y8:TSPY_Antisense
MSSASGLESSEFSSPATSSSVASPSSSSTPITTSAATILSSNITTSSSAGFATCISHPAWASCTGWALAAPEPGDYGQPMPSSAPAFPRAQDSRPFSSRTISAQGRRESPLLPDRDTLAMTLGPAPV----------------------------------------------------------------
>Y13:TSPY_Antisense
MSSASGLESSEFSSPATSSSVASPSSSSTPITTSAATILSSNITTSSSAGFATCISHPAWASCTGWALAAPEPGDYGQPMPSSAPAFPRAQDSRPFSSRTISAQGRRESPLLPDRDTLAMTLGPAPV----------------------------------------------------------------
>Y20:TSPY_Antisense
MSSASGLESSEFSSPATSSSVASPSSSSTPITTSAATILSSNITTSSSAGFATCISHPAWASCTGWALAAPEPGDYGQPMPSSAPAFPRAQDSRPFSSRTISAQGRRESPLLPDRDTLAMTLGPAPV----------------------------------------------------------------
>Y4:TSPY_Antisense
MSSASGLESSEFSSPATSSSVASPSSSSTPITTSAATIPSSNITTSSSAGFATCISHPAWASCTGWALAAPEPGDYGQPMPSSAPAFPRAQDSRPFSSRTISAQGRRESPLFPDRDTLAMTLSPAPV----------------------------------------------------------------
>Y1:TSPY_Antisense
MSSASGLESSEFSSPATSSSVASPSSSSTPITTSAATIPSSNITTSSSAGFATCISHPAWASCTGWALAAPEPGDYGQPMPSSTPAFPRAQDSRPFSSRTISAQGRRESPLFPDRDTLAMTLGPAPV----------------------------------------------------------------
>Y17:TSPY_Antisense
MSSASGLESSEFSSPATSSSVASPSSSSTPITTSAATIPSSNITTSSSAGFATCISHPAWASCTGWALAAPEPGDYGQPMPSSAPAFPRAQDSRPFSSRTISAQGRRESPLFPDRDTLAMTLGPAPV----------------------------------------------------------------

#TSPY1 frame+1 antisense
>Y2:TSPY+1A
MPVCPGLRQDAALGLAAAAPVGAGVPPPPLHLPRASPLAPEPPPAAVS-PPPPPALACPLLLSWLPQNSPLQPPLPRSPPRPLPPPRSPLQPPPFCHPISPPIPPLGLPPISHTRPGLPAQDGRLPPLNLGTTDSPRLPAPLHFRGPGTLDLCHPGQSGPRVDGNHRFFRTVTRWP
>Y10:TSPY+1A
MPAGPGLRQDAALGLAAAAPVGAGVPPPPLHLPRASPLAPEPPPAAVS-PPPPPALACPLLLSWLPQNSPLQPPLPRSPPRPLPPPRSPLQPPPFCHPISPPVPPLGLPPISHTRPGLPAQDGRLPPLNLGTADSPRLPAPLHFRGPGTLDLCHPGQSGPRVDGNHRFFRTVTRWP
>Y1:TSPY+1A
MPACPGLRQDAALALAAAAPVRAGDPPLPLHLRRASPLAPEPPPAAVSPPPPPPALACPLLLAWNPQNSPLQPPLPRSPPHPLPPPRSPPQPPPFRHPISPPVPPLGLPPVSHTRPGLPAQDGRLPPLNLGTTASPCPPAPLHSHGPRTLDLSHPGRSVPRVDGNHHFFRTATRWP
>Y13:TSPY+1A
MPACPGLRQDAALALAAAAPVRAGDPPLPLHLRRASPLAPEPPPAAVSPPPPPPALACPLLLAWNPQNSPLQPPLPRSPPRPLPPPRSPPQPPPFCHPISPPVPPLGLPPVSHTRPGLPAQDGRLPPLNLGTTASPCPPAPLHSRGPRTLDLSHPGRSVPRVDGNHHFYRTATRWP
>Y8:TSPY+1A
MPACPGLRQDAALALAAAAPVRAGDPPLPLHLRRASPLAPEPPPAAVSPPPPPPALACPLLLAWNPQNSPLQPPLPRSPPRPLPPPRSPPQPPPFCHPISPPVPPLGLPPVSHTRPGLPAQDGRLPPLNLGTTASPCPPAPLHSRGPRTLDLSHPGRSVPRVDGNHHFYRTATRWP
>Y20:TSPY+1A
MPACPGLRQDAALALAAAAPVRAGDPPLPLHLRRASPLAPEPPPAAVSPPPPPPALACPLLLAWNPQNSPLQPPLPRSPPRPLPPPRSPPQPPPFCHPISPPVPPLGLPPVSHTRPGLPAQDGRLPPLNLGTTASPCPPAPLHSRGPRTLDLSHPGRSVPRVDGNHHFYRTATRWP
>Y4:TSPY+1A
MPACPGLRQDAALALAAAAPVRAGDPPLPLHLCRASPLAPEPPPAAVSPPPPPPALACPLLLAWNPQNSPLQPPLPRSPPRPLPPPRSPPQPPPFRHPISPPVPPLGLPPVSHTRPGLPAQDGRLPPLNLGTTASPCPPAPLHSRGPRTLDLSHPGRSVPRVDGNHHFFRTATRWP
>Y16:TSPY+1A
MPACPGLRQDAALALAAAAPVRAGDPPLPLHLRRASPLAPEPPPAAVSPPPPPPALACPLLLAWNPQNSPLQPPLPRSPPRPLPPPRSPPQPPPFRHPISPPVPPLGLPPVSHTRPGLPAQDGRLPPLNLGTTASPCPPAPLHSRGPRTLDLSHPGRSVPRVDGNHHFFRTATRWP
>a244:TSPY+1A
MPAGPGLRRDAALALAAAAPVRAGAPPPPLHLPRASPLAPEPPPAAVSPPPPPPARACRLLLAWLPQNSPLQPPLPRSPPRPLPPPRSPPQPPPFRHPISPPIPPLGLPPVSHTRPGLPAQDGRLPPLNLGTAASPRPPAPLHSRGPGTLDLSHPGRSGPRVDGNHRVFRTPTRWP
>Y15:TSPY+1A
MPAGPGLRRDAALALAAAAPVRAGAPPPPLHLPRASPLAPEPPPAAVSPPPPPPARACRLLLAWLPQNSPLQPPLPRSPLRPLPPPRSPPQPPPFRHPISPPIPPLGLPPVSHTRPGLPAQDGRLPPLNLGTAASPRPPAPLHSRGPGTLDLSHPGRSGPRDDGNHRVFRTPTRWP
>Y18:TSPY+1A
MPAGPGLRRDAALALAAAAPVRAGAPPPPLHLPRASPLAPEPPPAAVSPPPPPPARACRLLLAWLPQNSPLQPPLPRSPLRPLPPPRSPPQPPPFRHPISPPIPPLGLPPVSHTRPGLPAQDGRLPPLNLGTAASPRPPAPLHSRGPGTLDLSHPGRSGPRDDGNHRVFRTPTRWP

#TSPY1 frame+2 antisense ORF 1
>Y18:TSPY-1Ab
MCPHKHRGNSSRLPHVITSPIVSG-ARRRQETHPPISSSAGRVLHCFDTCARQVTVFWSLPPQVVLQGIGPQVLDDDLSNPVRPWAPVLTQPVEQVKAGGVMPATGSSMFIIAEPLDWSGTRCPVASKAKLILLNDHWVPEVRVLHKEKHHSATVLGMAHFLHLQLDQVAEHVFVLGTDHGRQLGVIQDRLGPEARDVLDDGPSVIQVRNPPPKNPALQPP
>Y15:TSPY-1Ab
MSP--------------------GLVEDRRRIHPSLPALVASSIVSTRAHVRSLSS-GPFLAQVVLQGIGPQVLDDDLSNPVRPWAPVLTQPVEQVKAGGVMPATGSSMFIIAEPLDWSGTRCPVASKAKLILLNDHWVPEVRVLHKEKHHSATVLGMAHFLHLQLDQVAEHVFVLGTDHGRQLGVIQDRLGPEARDVLDDGPSVIQVRNPPPKNPALQPP
>Y12:TSPY-1Ab
--------------------------------------MVASSIVSTRAHVRSLSS-GPFLPQIVLQGIGPQVLDDDLGNPVRPWAAVFTQPVEQVKAGGVMPATGSSMFIIAEPLDWSGTQCPVASKAKLILLNDHWVPEVRVLHKEKHHSATVLGMAHSLHLQLDQVAEHVFVLGTDHGRQLGVIQDRLGPEARDVLDDGPSVIQVRNPPPKNPALQPP
>Y17:TSPY-1Ab
MSP--------------------GLVEDRRRIHPSLPALVASSILSTRAHIRSLSS-GPFLPQVVLQGIGPQVLDDDLGNPVCPWAAVFTQPVEQVKAGGVMPVIGSSMFIIAEPLDWSGT----------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y4:TSPY-1Ab
MSP--------------------GLVEDRRRIHPSLPALVASSILSTRAHIRSLSS-GPFLPQVVLQGIGPQVLDDDLSNPVCPWAAVLTQPVEQVKAGGVMPAIGSSMFIIAEPLDWSGT----------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y13:TSPY-1Ab
MCPHKHRGNSSRLPHVITSPIVSGLVEDRRRIHPSLPALVASSILSTRAHIRSLSS-GPFLPQVVLQGIGPQVLDDDLGNPVCPWAAVLTQPVEQVKAGGVMPAIGSSMFIIAEPLDWSGT----------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y8:TSPY-1Ab
MSP--------------------GLVEDRRRIHPSLPALVASSILSTRAHIRSLSS-GPFLPQVVLQGIGPQVLDDDLGNPVCPWAAVLTQPVEQVKAGGVMPAIGSSMFIIAEPLDWSGT----------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y20:TSPY-1Ab
MSP--------------------GLVEDRRRIHPSLPALVASSILSTRAHIRSLSS-GPFLPQVVLQGIGPQVLDDDLGNPVCPWAAVLTQPVEQVKAGGVMPAIGSSMFIIAEPLDWSGT----------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y21:TSPY-1Ab
MSP--------------------GLVEDRRRIHPSLPALVASSILSTRAHIRSLSS-GPFLPQVVLQGIGPQVLDDDLGNPVCPWAAVLTQPVEQVKAGGVMPAIGSSMFIIAEPLDWSGT----------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y1:TSPY-1Ab
MSP--------------------GLVEDRRRIHPSLPALVASSILSTRAHIRSLSS-GPFLPQVVLQGIGPQVLDDDLGNPVCPWAAVLTQPVEQVKAGGVMPAIGSSMFIIAEPLDWSGT----------------------------------------------------------------------------------------------------
>a244:TSPY-1Ab
MSP--------------------GLVEDRRRIHPSLPALVASSIVSTRAHVRSLSS-GPFLPQVVLQGIGPQVLDDDLGNPVRPWAAVLTQPVEQVKAGGVMPATGSSTFIIPEPLDWSGT----------------------------------------------------------------------------------------------------

#TSPY1 frame+2 antisense ORF 2
>Y2:TSPY-1A
MLLQLLWELGSLLRLCICLGLLLLLRNLLQLLSLLLH-LLLWHVLCFCLGFLRILLSSHLFLGLLLVLFLHPDHHFSRHHSVIQYHHQFLRWACHLYLTPGLGFLHRMGACRP
>Y10:TSPY-1A
MLLQLLWELGSLLRLCICLGLLLLLRNLLQLLSLLLH-LLLWHVLCFCLGFLRILLSSHLFLGLLLVLFLHPDHHFSRHHSVIQYHHQFLRWACHLYLTPGLGFLHRMGACRP
>a244:TSPY-1A
--------MGPLLRLCICLGLLLLLRNLLQLLSLLLHLLLLGHVVCFWLGFLRILLSSHLFLGRLPVLFLHPDHHLSRHHSVIQYHHQFLRWACHLYLTPGLGFLHRMGACRP
>Y15:TSPY-1A
--------MGPLLRLCICLGLLLLLRNLLQLLSLLLHLLLLGHVVCFWLGFLRILLSSHLFLGRLSVLFLHPDHHLSRHHSVIQYHHQFLRWACHLYLTPGLGFLHRMGACRP
>Y18:TSPY-1A
--------MGPLLRLCICLGLLLLLRNLLQLLSLLLHLLLLGHVVCFWLGFLRILLSSHLFLGRLSVLFLHPDHHLSRHHSVIQYHHQFLRWACHLYLTPGLGFLHRMGACRP
>Y1:TSPY-1A
--------MGTLLCLCICVGLLLLLQNLLQLLSLLLHLLLLWHVLCFWLGILRILLSSHLFLGRLPILFLHPDHHLSRHHSVIQYHHQFLRWVCHLYLTPGLGFLHRMGACRP
>Y4:TSPY-1A
--------MGTLLCLCICVELLLLLRNLLQLLSLLLHLLLLWHVLCFWLGILRILLSSHLFLGRLPVLFLHPDHHLSRHHSVIQYHHQFLRWVCHLYLTPGLGFLHRMGACRP
>Y13:TSPY-1A
--------MGTLLCLCICVGLLLLLRNLLQLLSLLLHLLLLWHVLCFWLGILRILLSSHLFLGRLPVLFLHPDHHLSRHHSVIQYHHQFLRWVCHLYLTPGLGFLHRMGACRP
>Y8:TSPY-1A
--------MGTLLCLCICVGLLLLLRNLLQLLSLLLHLLLLWHVLCFWLGILRILLSSHLFLGRLPVLFLHPDHHLSRHHSVIQYHHQFLRWVCHLYLTPGLGFLHRMGACRP
>Y20:TSPY-1A
--------MGTLLCLCICVGLLLLLRNLLQLLSLLLHLLLLWHVLCFWLGILRILLSSHLFLGRLPVLFLHPDHHLSRHHSVIQYHHQFLRWVCHLYLTPGLGFLHRMGACRP
>Y17:TSPY-1A
--------MGTLLCLCICVGLLLLLRNLLQLLSLLLHLLLLWHVLCFWLGILRILLSSHLFLGRLPVLFLHPDHHLSRHHSVIQYHHQFLRWVCHLYLTPGLGFLHRMGACRP


### Alignment for Supplemental Figure S16
>Leopard_Genomic_CCDC71L___ORF_1__frame_1__translation
-------------------------------------------------------------------------------------------MRRSVKRRRRRPPAAPATAARGGGFRAGGGAELEAREEKVVYSRSQ---LSLADSTKALGDAFKLFMPRSTEFMSSDAELWSFLCSLKHQFSPHILRSKDVYGYSSCRALVPDPPP-PP------------------------------------------------------------------------------------------------------------VARGQTRRPAARRRRRGAR---------------AAAVRRRKPPPPPPPPPPP-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------APEDSRSPKPAAPGPCFGGRTLEEIWRAATPTLTTFPTIRVGGDVWGERSLAAARRRARQVLRVNLEPVVRLRRFPVPRA------------------------------------------------------------------------------------------
>Tiger_CCDC71L___ORF_1__frame_1__translation
-------------------------------------------------------------------------------------------MRRSVKRRRRRPPAAPATAARGGGFRAGGGAELEAREEKVVYSRSQ---LSLADSTKALGDAFKLFMPRSTEFMSSDAELWSFLCSLKHQFSPHILRSKDVYGYSSCRALVPDPPP-PP------------------------------------------------------------------------------------------------------------VARGQTRRPAARRRRRGAR---------------AAAVRRRKPPPPPPPPPPP-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------APEDSRSPKPAAPGPCFGGRTLEEIWRAATPTLTTFPTIRVGGDVWGERSLAAARRRARQVLRVNLEPVVRLRRFPVPRA------------------------------------------------------------------------------------------
>Y14___ORF_1__frame_2__translation
--------------------------------------------------------------------------------------------MSRMKRRRRRPREALALAARGGASSAAGGAALEAPEEKVVYTRWQPSQLSLANSSKALIDAFKLFVPRSTEFMRSDAELWSYLCSLKHQFSPHILRSKDVYGYSSLLAQVPDPRHQPP------------------------------------------------------------------------------------------------------------EARVQTRRPAARRRRHGARTVAVGQRKVPPPPPP------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------SREDSSPRKPAAPGPCSGGRTLEESGRAATPTLTTLPTIRVVGDVWVESSLAEARRQARQVLGVNLEPVVRLCRFPVPGRAMRATAAPPLSPRTGCAWRDEPVRAGPASPSALYGRRSTRRSRPAPPGCGGAAFGDSGAAGPSAASQHRVCGGRRPLDRKGGPLSS----
>Y12___ORF_1__frame_2__translation
--------------------------------------------------------------------------------------------MSRMKRRRRRPREALAPAARGGASSAAGGAALEAPEEKVVYTRWQPSQLSLANSSKALIDAFKLFLPRSTEFMRSDAELWSYLCSLKHQFSPHILRSKDVYGYSSLLAQVPDPRHQPP------------------------------RPASRRAGQLPGGGATEPGRSRSARGRCRPRRRRPARTAAPASPRPPGPAPGAAPWRRVGGRPPRR------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y15___ORF_6__frame_2__translation
--------------------------------------------------------------------------------------------MSRMKRRRRRPREALAPAARGGASSAAGGAALEAPEEKVVYTRWQPSQLSLANSSKALIDAFKLFVPRSTEFMRSDAELWSYLCSLKHQFSPHILRSKDVYGYSSLLAQVPDPRHQPP------------------------------RPASRRAGQLPGGGATEPGRSRSARGRCRPRRRRPARTAAP-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------QARGP------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GPCSGGRTLEESGRAATPTLTTLPTIRVVGDVWVESSLAEARRQARQVLGVNLEPVVRLCRFPVPGRAMRATAAPPLSPRTGCAWRDEPVRAGPASPSALYGRRSTRRSRPAPPGCGGAAFGDSGAAGPSAASQHRVCGGRRPLDRKGGPLSS----
>Y5___ORF_1__frame_2__translation
--------------------------------------------------------------------------------------------MSRMKRRRRRPREALAPAARGGASSAAGGAALEAPEEKVVYTRWQPSQLSLANSSKALIDAFKLFVPRSTEFMRSDAELWSYLCSLKHQFSPHILRSKDVYGYSSLLAQVPDPRHQPP------------------------------------------------------------------------------------------------------------EARVQTRRPAARRRRHGARTVAVGQRKVPPPPPP-----------------------------------------------------------------------SRQDSS---PRKPAAPGPAP-----------------GPHPGGEWEGGHPDADHLAHHPRSRRRVGREQPGRSAAPSAPSPGSEPGTRGETLPLPSAWACDAGHRRATSQPP-------------------DGLCLEG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y5___ORF_3__frame_3__translation
---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MPGGGATEPGRSRSARGRCRPRRRRPARTAAPASPR-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------PRALLR------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GRTLEESGRAATPTLTTLPTIRVVGDVWVESSLAEARRQARQVLGVNLEPVVRLCRFPVPGRAMRATAAPPLSPRTGCAWRDEPVRAGPASPSALYGRRSTRRSRPAPPGCGGAAFGDSGAAGPSAASQHRVCGGRRPLDRKGGPLSS----
>a260___ORF_1__frame_1__translation
--------------------------------------------------------------------------------------------MSRMKRRRGRPQEGLAQAARVGASSAAGGAALEAPEEKVLYT----------------------------------------------------------------------LGHQPP------------------------------------------------------------------------------------------------------------DARVQTRRPAARRRRHGARKVAVSQRKVPPPPPL------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------SREDSSPLKPAAPRPCSGGRTLEESGRAATPTLTTLPTIRVVGDVWVESSLAEARRQARQVLGVNLEPMVRLSRFPVPGLEKRATAARPLSPGTGCAWRDEPVRAGPASPSSFYRRRSTRGSRPAPPGCG-AAFWDSRAVVPTAASQHRVCRGRRPLDPKGGPLSS----
>b321___ORF_1__frame_1__translation
--------------------------------------------------------------------------------------------MSRMKRRRGRPQEGLAQAARVGASSAAGGAALEAPEEKVLYT----------------------------------------------------------------------LGHQPP------------------------------------------------------------------------------------------------------------DARVQTRRPAARRRRHGARKVAVSQRKVPPPPPL------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------SREDSSPRKPAAPRPCSGGCTLEESGRAATQTLTTLPTIRVVGDVWVESSLAEARRQARQVLGVNLASVVRLRRFPVPGLQMRATAARPLSPGMGCAWRDEPVRAGTASPSALYGRRSTRGSRPAPPGCG-AAFWDSGAAGPSAASQHRVCGGRRPLDRKGGPLSS----
>c254___ORF_1__frame_1__translation
--------------------------------------------------------------------------------------------MSHMKRQRRRPWEAPAQAARGGASSAAGGAALEAPEEKVVYT----------------------------------------------------------------------RGHQLP------------------------------------------------------------------------------------------------------------EARVQTRRPAARRRRHGARTVAVGQRKVPPPPQP------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------SREDSSPRNPAAPGPCSGGCTLEESGRAATQTLTTLPTIRVVGDVWVESSLAEARRQARQVLGVNLAPVVRLRRFPVPGLQMRATAARPLSPGTGCAWRDEPVRAGTASPSALYGRRSTRRSRPAPPGCG-AAFWDSGAVVPSAASQHGVCGGRRPLDPKGGPLSS----
>d340___ORF_1__frame_1__translation
--------------------------------------------------------------------------------------------MSRMKRRRGRPREALAQAARGGASSAAGGAALEAPEEKVVYT----------------------------------------------------------------------RGHQPP------------------------------------------------------------------------------------------------------------EARVQTRRPAARRRRHGARTVAVGQRKVPPPPPP------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------SREDSSPRKPAAPGPCSGGRTLEESGRAATPTLTTLPTIRVVGDVWVESSLAEARRQARQVLGVNLEPVVRLSRFPVPGLEMRATAARPLSPGTGCAWRDEPVRAGPASPSALYGRRSTRGSRPAPPGCG-AAFWDSGAVVPSAASQHRVCGGRRPLDPKGGPLSS----
>e268___ORF_1__frame_2__translation
-----------------------------------------------------------------------------------------------MKRRRGRPQEGLAQAAGVGASSAAGGAALEAPEEKVLYT----------------------------------------------------------------------LGHQPP------------------------------------------------------------------------------------------------------------DARVQTRRPAARRRRHGARKVAVRQRKVPHPPPL------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------SREDSSPRKPAAPRPCSGGRTLEESGRAATPTLTTLPTIRVVGDVWVESSLAEARRQARQVLGVNLEPMVRLSRFPVPGLEKRATAARPLSPGTGCAWRDEPVRAGPASPSSFYRRRSTRGSRPAPPGCG-AAFWDS--SVPTAASQHRVCRGRRPLDPKGGPLSS----
>Y2_Locus_1___ORF_5__frame_1__translation
--------------------------------------------------------------------------------------------MSHMKRQRRRPWEAPAQAARGGASSAAGGAALEAPEEKVVYT----------------------------------------------------------------------LGHQPP------------------------------------------------------------------------------------------------------------EARVQTRRPAGRRRRHGARTVAVSQRKVPPPPQP------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------SREDSSPRNPAAPGPCSGGCTLEESGRAATQTLTTLPTIRVVGDVWVESSLAESGRQARLVLGVNLAPVVRLRRFPVPGLQMRATAARHLSPGTGCAWRDEPVRAGTASPSALYGRRSTRRSRPAPPGCG-AAFWDPGAVVPSAASQHGVCGRRRPLDPKGGPLSS----
>Y10___ORF_1__frame_1__translation
--------------------------------------------------------------------------------------------MSHMKRQRRRPWEAPAQAARGGASSAAGGAALEAPEEKVVYT----------------------------------------------------------------------RGHQLP------------------------------------------------------------------------------------------------------------EARVQTRRPAARRRRHGARTVAVGQRKVPPPPQP------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------SREDSSPRNPAAPGPCSGGCTLEESGRAATQTLTTLPTIRVVGDVWVESSLAEARRQARLVLGVNLAPVVRLRRFPVPGLQMRATAARHISPGTGCAWRDEPVRAGPASPSALYGRRSTRRSRPAPLGCG-AAFWDSGAVVPSAASQHGVCGGRRPLDPKGGPLSS----
>Y13___ORF_1__frame_3__translation
--------------------------------------------------------------------------------------------MSHMKRQRHRPWEALAQAARGGASSAAGGAALEAPEEKVVYT----------------------------------------------------------------------RGHQLP------------------------------------------------------------------------------------------------------------EARVQTRRPAARRRRHGARTVAVGQRKVPPPPQP------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------SREDSSPRNPAAPGPCSGGYTLEESGRAATQTLTTLPTIRVVGDVWVESSLAEARRQARQVLGVNLAPVVRLRRFPVPGLQMRATAARPLSPGMGCAWRDEPVRAGTASHSALYGRRSTRRSRPAPPGCG-AAFWDSGAVVPSAASQHGVCGGRRPLDPKGGPLSS----
>Y17__reversed____ORF_2__frame_1__translation
--------------------------------------------------------------------------------------------MSRMKRRRGRPQEGLAQAAGVGASSAAGGASLEAPEEKVLYT----------------------------------------------------------------------RGHQPP------------------------------------------------------------------------------------------------------------DARVQTRRPAARRRRHGGRKVAVSQRKVPPPPPL------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------SREDSSPRKPAAPRPCSGCRTLEESGRAATPTLTTLPTIRVVGDIWVESSLAEAQRQARQVLGVNLEPMVRLNRFPVPGLEKRATAARPLSPGTGCAWRDEPVRAGPASPSAFYRRRSTRGSRPAPPGCG-AAFWDSRAVVPTAASQHRVCRGRRPLDPKGGPLSS----
>Y2_Locus_2___ORF_2__frame_1__translation
----------------------------------------MQERPRWRHLRRRWCTCGGTSPP---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------EARVETPRPAARRRRHGARTVAVSQRKVPPPPPL------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------SREDSSPRKHAAPGPCSGDGTLEESGRAATPTLTTLPTIRVVGDVWVKSSLAEERRQARQGLGVNLEPVVILCRFPVPGHEMRATAARPLSPQTGCAWRDEPVRAGPASPSALYGRRSTRGS------------------------------------------------
>Y7___ORF_5__frame_2__translation
--------------------------------------------------------------------------------------------MSRMKRRRRRPREALAQAARGGASSAAGGAALEATEEKVVYT----------------------------------------------------------------------RGHQLP------------------------------------------------------------------------------------------------------------EARVQTRRPAARRRRHGARTFAVGQRKVPPPTPQ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------SREDSSPRKPAAPGPCSGDRTLEESGRAATPTLTTLPTIRVVGDVWVESNLAEARRQARQVLGVNLAPVVILCRFPVPGREMRATAARPLSPGTGGAWRDEPVRAWPASPTSL---------------------------------------------------------
>Y8___ORF_1__frame_2__translation
--------------------------------------------------------------------------------------------MSRMKRRRCRPREALAPAARGGASSAAGGSALEAPEENVVYT----------------------------------------------------------------------RGHQLP------------------------------------------------------------------------------------------------------------KARVQTRRPAARRRRHGARTVAVGQRNVPPPTPQ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------SREDSSPRKPAAPGPCSEDRTLEESGRAATPTLTTLPTIRVVGDVWVESSLAEARRQARQVLGVNLAPVVILCRFPVPGREMRATAARPLSPGTGGAWRDEPVRAGPASPTSL---------------------------------------------------------
>Y9___ORF_1__frame_2__translation
--------------------------------------------------------------------------------------------MSCMKRRRRRTREALAPAARGGASSAAGGAALEAPEEKVVYT----------------------------------------------------------------------RGHQLP------------------------------------------------------------------------------------------------------------EARVQTRRPAARRRRHGARTVAVGQRKVPPPTPQ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------SREDSSPRKPAAPGPCSGDRTLEESGRAATPTLTTVPTIRVVGDVWVESSLAEARRQARQVLGVNLAPVVILCRFPVPGREMRATAARPLSPGTGGAWRDEPVRAWPASPTSL---------------------------------------------------------
>Y20___ORF_4__frame_2__translation
--------------------------------------------------------------------------------------------MSRMKRRQRRPREALAPAARGGASSAAGGSALEAPEENVVYT----------------------------------------------------------------------RGHQLP------------------------------------------------------------------------------------------------------------KARVQTRRPAARRRRHGARTVAVGQRNVPPPTPQ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------SREDSSPRKPAAPGPCSGDRTLEESGRAATPTLTTLPTIRVVGDVWVESSLAEARRQARQVLGVNLAPVVILCRFPVPGREMRATAARPLSPGTGGAWRDEPVRAGPASPTSL---------------------------------------------------------
>Y15___ORF_7__frame_1__translation
MELPLQPQAPVLPPHPAQQGRLRLLL-PPGPGPGPPAPAP--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------EARVQTRRPAARRRRHGARTVAVGQRKVPPPPPP-----------------------------------------------------------------------SRQDSSPASPR--------------------PRALLRGPHPGGEWEGGHPDADHLAHHPRSRRRVGREQPGRSAAPSAPSPGSEPGTRGETLPLPSAWACDAGHRRATSQPP-------------------DGLCLEG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y2_Locus_2___ORF_1__frame_3__translation
--------------------------------------------------------------------------------------------MSLMKRQQRRPREALALAAQGGASSTAGEAALEAPEEKVVYM----------------------------------------------------------------------RGHQPPRGPRRDAPASCQEEAPRSPDSRGQPEEGAA------------------------------------------------------------------PAAAVPRGQQPP------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------QARGPRALLRGRHPGGEWESGHPDADHLAYHPRSRRRVGQEQPGRRAAPSSPRPGSEPGTSGDTLPLPSAWA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y12___ORF_2__frame_1__translation
MELPLQPQAPVLPPHPAQQGRLRLLL-PPGPGPGPPAPAP--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------EARVQTRRPAARRRRHGARTVAVGQRKVPPPPPP------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------SRQDSSPRKPAAPGPCSGGRTLEESGRAATPTLTTLPTIRVVGDVWVESSLAEARRQARQVLGVNLEPVVRLCRFPVPGRAMRATAAPPLSPRTGCAWRDEPVRAGPASPSALYGRRSTRRSRPAPPGCGGAAFGDSGAAGPSAASQHRVCGGRRPLDRKGGPLSS----
>Y1_Locus_2___ORF_1__frame_2__translation
---------------------------------------------------------------MAAAAARPGKRWRPLAASHPEPHEEAAGK----------PQEGLAQAAGVGASSAAGGAALEAPEEKVLYT----------------------------------------------------------------------LGHQPP------------------------------MPASRRAAQLPGGGATEPGRSRSARERCR-------------------------------------PAAAVPRGQQSP------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------QARGPQALLR------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GRTLEESGRAAMPTLTTLPTIRVVGDVWVESSLAEARRQARQVLGVNLEPMVRLSRFPVPGLEKRATAARPLSPGTGCAWRDEPVRAGPASPSSFYRRRSTRGSRPAPPGCG-AAFWDSRAVVPTAASQHRVCRGRRPLDPKGGPLSS----
>Y4___ORF_4__frame_3__translation
--------------------------------------------------------------------------------------------MSRMKMRRGRPQEGLAQAAGVGASSAAGGAALEAPEEKVLYT----------------------------------------------------------------------RGHQPP------------------------------MPASRRAAQLPGGGATEPGRWRSARGRCRPRRRCPARTAVPASPRPPGPAPGAAPWRRVGGRPPRR------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Leopard_Genomic_CCDC71L___ORF_2__frame_3__translation
MELPLQPQAPVLPAHPAQQGRLWLLLLPGPG-PRPPA-AP--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------RRPRPDAPAGGQEEAPRSPGGRRPPEEAPAPAAAAAPAG--------------------PRGQPLPQARGPRALLRGPHPGGDLEGGHPDADHLPHHPRRRRRVGRAQPGGGAAPGAPSPASEPGTRGEAPPLP-----------------GAPGVRLGPLRETRPPPPRDGFRLEG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Tiger_CCDC71L___ORF_2__frame_3__translation
MELPLQPQAPVLPAHPAQQGRLWLLLLPGPG-PRPPA-AP--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------RRPRPDAPAGGQEEAPRSPGGRRPPEEAPAPAAAAAPAG--------------------PRGQPLPQARGPRALLRGPHPGGDLEGGHPDADHLPHHPRRRRRVGRAQPGGGAAPGAPSPASEPGTRGEAPPLP-----------------GAPGVRLGPLRETRPPPPRDGFRLEG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y14___ORF_2__frame_1__translation
MELPLQPQAPVLPPHPAQQGRLRLLL-PPGPGPGPPAPAP--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------RGPRPDAPASCQEEAPRSPDGRGRPEEGAAP--AAA-VP--------------------RGQQP-PQARGPRALLRGPHPGGEWEGGHPDADHLAHHPRSRRRVGREQPGRSAAPSAPSPGSEPGTRGETLPLPSAWACDAGHRRATSQPP-------------------DGLCLEG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y5___ORF_2__frame_1__translation
MELPLQPQAPVLPPHPAQQGRLRLLL-PPGPGPGPPAPAP--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------RGPRPDAPASCQEEAPRSPDGRGRPEEGAAP--AAA-VP--------------------PGQQP-PQARGP----------------------------------------------------------------------------------------------------------GPCSGAAPWRRVGGRPPRR--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y4___ORF_5__frame_1__translation
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MRRRCCTRGGTSPRCPRPDAPPSCQEEAPRSPEGGGQPEEGAAP--AAA-VP--------------------RGQQS-PQARGPQALLRGPHPGGEWEGGHPDADHLAHHPRSRRRVGREQPGRSAASSAPSPRSKPGTHGETQPLPSSRA------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y16___ORF_5__frame_1__translation
--------------------------------------------------------------------------------------------MSHMKRQRRRPWEAPAQAARGGASSAAGGAALEAPEEKVVYT----------------------------------------------------------------------RGHQLP------------------------------------------------------------------------------------------------------------EARVQTRRPAARRRRHGARTVAVGQRKVPPPPQP------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------SREDSSPRNPAAPGPCSGGCTLEESGRAATQTLTTLPTIRVVGDVWVESSLAEARRQARLVLGVNLAPVVRLRRFPVPGLQMRATAARHISPGTGCAWRDEPVRAGPASPSALYGRRSTRRSRPAPLGCG-AAFWDSGAVVPSAASQHGVCGGRRPLDPKGGPLSS----
>Y6___ORF_2__frame_1__translation
--------------------------------------------------------------------------------------------MSXMKRRRGRPQEGLAQAAXVGASSAAGGAALEAPEEKVLYT----------------------------------------------------------------------RGHQPP------------------------------------------------------------------------------------------------------------DARVQTRXPAARRRRHGARKVAVSQRKVPPPPPL------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------SREDSSPRKPAAPRPCSGGRTLEESGRAATPTLTTLPTIRVVGDVWVESSLAEXRRQARQVLGVNLEPMVRLSRFPVPGLEKXATAARPLSPGIQGSCAHCCLPAPGVQREETPGPQG--RSPFF-LTADGEVSRTVGADP-----------------------------


### Alignment for Supplemental Figure S17
>Y5_-_ORF_6_(frame_2)_translation
MGSGRVSPRVPGSLPGLGALGAALLPGCSRPTRRRLRGWWARWSASGWPPSHSPPGCGPGAG---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------PG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAGLRGLLSWRDGGGGGGTFLWPTATVRAPWRLLLAAGRRVWTRA-----SGGWCRGSGTWARREE----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Leopard_Genomic_CCDC71L_-_ORF_4_(frame_2)_translation
----------------------------------------------------------------------------MRVQLSPPSADPVLGGSRGHTCPGVPDGGAAS--------------------------------RGRGPGPSGASSPVKCTRERGPGRICKHSTVTCSSLQAEAVPGRRGPSLAEGAESHAR-------------------------------------------------GTGKRRSLTTGSRFTRRTWRARRRAAARLRSPHTSPPTRMVGKVVSVGVAALQISSRVRPPKQGPG----------AAGLGERLSSGAGGGGG----------------------------------------------------------------------------------------------------GGGGGG-FLRRTAAARAPRRLLLAAGRRVWPRATGGGG------GSGTRARQEE----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Tiger_CCDC71L_-_ORF_4_(frame_1)_translation
----------------------------------------------------------------------------MRVQLSPPSADPVLGGSRGHTCPGVPDGGAAS--------------------------------RGRGPGPSGASSPVKCTRERGPGRICKHSTVTCSSLQAEAVPGRRGPSLAEGAESHAR-------------------------------------------------GTGKRRSLTTGSRFTRRTWRARRRAAARLRSPHTSPPTRMVGKVVSVGVAALQISSRVRPPKQGPG----------AAGLGERLSSGAGGGGG----------------------------------------------------------------------------------------------------GGGGGG-FLRRTAAARAPRRLLLAAGRRVWPRATGGGG------GSGTRARQEE----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y14_-_ORF_4_(frame_1)_translation
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MRGGAAVARIARPGTGKRQSLTTGSRFTPRTWRAWRRASARLLSTHTSPTTRMVGKVVSVGVAALPLSSRVRPPEQGPG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAGLRGLLSSRDGGGGGGTFLWPTATVRAPWRLLLAAGRRVWTRA-----SGGWCRGSGTWARREE----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y21_Locus_1_-_ORF_2_(frame_3)_translation
--------------------------------------------------------------METSPSGVRKKGDLPCGQESPPSADPVLGGSRGHNCPGVPEGGAAS------------------------------------------------------------------------------------------LGRGRDPLVLLHPYSEVGDAGPALTGSSLQAPPVPGLRGRAAVARISRPGTGKRQSITTGARFTPRTWRAWRRASARLLSTHTSPTTRMVGKVVNVGVAALPLSSRVRSPEQGPG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAGLRGLLSSRDCGVEGGTFLWPTATVRAPWRLLLAAGRSVWTRA-----SGSWC-----------PRVYTTFSSGASRRPLLQR---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y5_-_ORF_5_(frame_1)_translation
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MRGGAAVARIARPGTGKRQSLTTGSRFTPRTWRAWRRASARLLSTHTSPTTRMVGKVVSVGVAALPLSSRVRP------RSRARGRGLA---------------------GAAVLAGRRRRGRHLPLADRDRPGSVAPPPGSWPARLDAGLGGLVPGVRDLGQEGGVAVDVLAAQDVGGELVLEAAEVAPELRV----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y1_Locus_1_-_ORF_1_(frame_3)_translation
--------------------------------------------------------------METSPSGVRKKGDLPCGQESPPSADPVLGGSRGHNCPGVPEGGAAS------------------------------------------------------------------------------------------LGRGRDPLVLLHPYSEVGDAGPALTGSSLQAPPVPGLRGRAAVARISRPGTGKRQSITTGARFTPRTWRAWRRASARLLSTHTSPTTRMVGKVVNVGVAALPLSSRVRSPEQGPG---------------------------PRACGAAVLAGLRRRGRHLPLAYRDRPGSVAPPPGSWPERLDAGLGELV---------------------------------------------------------------------------------------------------------PRVYTTFSSGASSAALLQR---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y15_-_ORF_2_(frame_1)_translation
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MRGGAAVARIARPGTGKRQSLTTGSRFTPRTWRAWRRASARLLSTHTSPTTRMVGKVVSVGVAALPLSSRVRPPEQGPG---------------------------PRACGAAVLAGRRRRGRHLPLADRDRPGSVAPPPGSWPARLDAGLGG----------------------------------------------------------------------------------------------WCRGSGTWARREE----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y2_Locus_2_-_ORF_4_(frame_3)_translation
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MRGRAAVARISCPGTGKRQSITTGSRFTPRPWRAWRRSSARLLLTHTSPTTRMVGKVVSVGVAALPLSSRVPSPEQGPG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AACLRGLLSSRDSGGGGGTFLWLTATVRAPWRLLLAAGRGVSTRA-----S-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GGLVPPHVHHLLLRCLQRGLSCSARGSSLGGQGQGLPGPALLPLHEAQDVRPLRAAPALARSRLCHWALMNFIP
>a260_-_ORF_2_(frame_1)_translation
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MLSTHTSPTTRMVGKVVSVGVAALPLSSRVRPPEQGLG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAGLRGLLSSRDSGGGGGTFLWLTATFRAPWRLLLAAGRRVWTRA-----SGGWC-----------PSVYNTFSSGAS-------SAAPPAALEAPTLAAWARPSWGLPRRLFMRLRM------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>b321_-_ORF_2_(frame_2)_translation
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MLSTHTSPTTRIVGKVVSVWVAALPLSSRVQPPEQGLG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAGLRGLLSSRDSGGGGGTFLWLTATFRAPWRLLLAAGRRVWTRA-----SGGWC-----------PSVYNTFSSGAS-------SAAPPAALEAPTLAAWARPSWGLPRRLFMRLRM------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>c254_-_ORF_4_(frame_3)_translation
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MLSTHTSPTTRMVGKVVSVWVAALPLSSRVQPPEQGPG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAGLRGLLSSRDGCGGGGTFLWPTATVRAPWRLLLAAGRRVWTRA-----SGSWC-----------PRVYTTFSSGAS-------SAAPPAALEAPPRAAWAGASQGLRRCLFMWLRM------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>e268_-_ORF_3_(frame_3)_translation
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MLSTHTSPTTRMVGKVVSVGVAALPLSSRVRPPEQGLG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAGLRGLLSSRDSGGGCGTFLCLTATFRAPWRLLLAAGRRVWTRA-----SGGWC-----------PSVYNTFSSGAS-------SAAPPAALEAPTPAAWARPSWGLPRRLFMRLRM------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y2_Locus_1_-_ORF_4_(frame_1)_translation
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MLSTHTSPTTRMVGKVVSVWVAALPLSSRVQPPEQGPG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAGLRGLLSSRDGCGGGGTFLWLTATVRAPWRLLLPAGRRVWTRA-----SGGWC-----------PSVYTTFSSGAS-------SAAPPAALEAPPRAAWAGASQGLRRCLFMWLRM------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y4_-_ORF_2_(frame_1)_translation
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MLSTHTSPTTRMVGKVVSVGVAALPLSSRVRPPEQGLG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAGLRGLLSSRDSGGGGGTFLWLTATFRAPWRLLLAAGRRVWTRA-----SG------------------------------------------------------------------------------------------------AGAPACTTPSPQAPPARPLLLH--------------------------------------------------------------------------
>Y7_-_ORF_4_(frame_1)_translation
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MLSTHTSPTTRMVGKVVNVGVAALPLSSRVRSPEQGPG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAGLRGLLSSRDCGVGGGTFLWPTANVRAPWRLLLAAGRRVWTRA-----SGSWC-----------PRVYTTFSSVAS-------SAAPPAALEAPPRAAWARASRGLRRRLFMRLRM------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y6_-_ORF_1_(frame_2)_translation
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MLSTHTSPTTRMVGKVVSVGVAALPLSSRVRPPEQGLG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAGLRGLLSSRDSGGGGGTFLWLTATFRAPWRLLLAAGXRVWTRA-----SGGWC-----------PRVYNTFSSGAS-------SAAPPAALEAPTXAAWARPSWGLPRRLFMXLRM------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y10_-_ORF_5_(frame_1)_translation
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MLSTHTSPTTRMVGKVVSVWVAALPLSSRVQPPEQGPG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAGLRGLLSSRDGCGGGGTFLWPTATVRAPWRLLLAAGRRVWTRA-----SGSWC-----------PRVYTTFSSGAS-------SAAPPAALEAPPRAAWAGASQGLRRCLFMWLRM------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y16_-_ORF_4_(frame_1)_translation
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MLSTHTSPTTRMVGKVVSVWVAALPLSSRVQPPEQGPG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAGLRGLLSSRDGCGGGGTFLWPTATVRAPWRLLLAAGRRVWTRA-----SGSWC-----------PRVYTTFSSGAS-------SAAPPAALEAPPRAAWAGASQGLRRCLFMWLRM------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y17_(reversed)_-_ORF_1_(frame_1)_translation
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MLSTQMSPTTRMVGKVVSVGVAALPLSSRVRHPEQGLG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAGLRGLLSSRDSGGGGGTFLWLTATFRPPWRLLLAAGRRVWTRA-----SGGWC-----------PRVYNTFSSGAS-------SEAPPAALEAPTPAAWARPSWGLPRRLFMRLRM------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y21_Locus_2_-_ORF_1_(frame_1)_translation
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MLSTHTSPTTRMVGKVVSVGVAALPLSSRVRPPEQGLG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAGLRGLLSSRDSGGGGGTFLWLTATFRAPWRLLLAAGRRVWTRA-----SGGWC-----------PSVYNTFSSGAS-------SAAPPAALEAPTPAAWARPSWGLPRRLFMRLRM------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>d340_-_ORF_2_(frame_2)_translation
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MRGRAAVARISSPGTGKRLSLTTGSRFTPRTWRAWRRASARLLSTHTSPTTRMVGKVVSVGVAALPLSSRVRPPEQGPG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAGLRGLLSSRDGGGGGGTFLWPTATVRAPWRLLLAAGRRVWTRA-----SGGWC-----------PRVYTTFSSGAS-------SAAPPAALEAPPRAAWARASRGLPRRLFMRLRM------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y12_-_ORF_4_(frame_1)_translation
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MRGGAAVARIARPGTGKRQSLTTGSRFTPRTWRAWRRASARLLSTHTSPTTRMVGKVVSVGVAALPLSSRVRPPEQGPG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAGLRGLLSWRDGGGGGGTFLWPTATVRAPWRLLLAAGRRVWTRA-----SG------------------------------------------------------------------AGAGGPGPGPGGRSSRRRPCCAGCGGRTGA------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y20_-_ORF_1_(frame_1)_translation
------------------------------------------------------------------------------------------------------------MLSRSLLPPQTRCWKAAEGTTALESQKAAPHP----------------------------------------------------------GGAGRDPLVLLHPYSEVGDAGPALTGSSLQAPPVPGLRGRAAVARISRPGTGKRQSITTGARFTPRTWRAWRRASARLLSTHTSPTTRMVGKVVNVGVAALPLSSRVRSPEQGPG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAGFRGLLSSRDCGVGGGTFLWPTATVRAPWRLLLAAGRRVWTRA-----LGSWC-----------PRVYTTFSSGAS-------SADPPAALEAPPRAAGARASRGLRCRLFMRLRM------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y9_-_ORF_2_(frame_1)_translation
------------------------------------------------------------------------------------------------------------MRSRSLLPPQTRCWEAAEGTTAPESQKAAPHP----------------------------------------------------------GSAGRDPLVLLHPYSEVGDAGQALTGSSLQAPPVPGLRGRAAVARISRPGTGKRQSITTGARFTPRTWRAWRRASARLLSTHTSPTTRMVGTVVNVGVAALPLSSRVRSPEQGPG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAGLRGLLSSRDCGVGGGTFLWPTATVRAPWRLLLAAGRRVWTRA-----SGSWC-----------PRVYTTFSSGAS-------SAAPPAALEAPPLAAGARASRVLRRRLFMQLRM------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y8_-_ORF_2_(frame_1)_translation
------------------------------------------------------------------------------------------------------------MRSRSLLPPQTRCWKAAEGTTALESQKAAPHP----------------------------------------------------------GGAGRDPLVLLHPYSEVGDAGPALTGSSLQAPPVPGLRGRAAVARISRPGTGKRQSITTGARFTPRTWRAWRRASARLLSTHTSPTTRMVGKVVNVGVAALPLSSRVRSSEQGPG-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AAGFRGLLSSRDCGVGGGTFLWPTATVRAPWRLLLAAGRRVWTRA-----LGSWC-----------PRVYTTFSSGAS-------SADPPAALEAPPRAAGARASRGLHRRLFMRLRM------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------


### Alignment for Supplemental Figure S17

#Group 2
>Y5_-_ORF_7_(frame_1)_translation
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MRRL--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------PPRVHHLLLRGLQ--------------------------------RGPSCSARGSSPGGRGQGLPGPAPPPLHAAQDVRPLGAARACQVS---PPPLPPPRGPAEFPTMKPNQAAGCESYTAVARRPGAL-------------------------------------------------------
>Y12_-_ORF_6_(frame_2)_translation
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MRRL--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------PPRVHHLLLRRLQ--------------------------------RGPSCSARGSSPGGRGQGLPGPAPPPLHAAQDVRPLGAARACQVS---PPPLPPPQGPAEFPTMKPNQAAGCESYTAVARRPGAL-------------------------------------------------------
>Y14_-_ORF_6_(frame_3)_translation
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MRRL--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------PPRVHHLLLRRLQ--------------------------------RGPSCSARGSSPGGQGQGLPGPAPPPLHAAQDVRPLGAARACQVS---PPPLPPPRGPAEFPTMKPNQAAGCESYTAVARRPGAL-------------------------------------------------------
>Y15_-_ORF_4_(frame_3)_translation
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MRRL--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------PPRVHHLLLRRLQ--------------------------------RGPSCSARGSSPGGRGQGLPGPAPPPLHAAQDVRPLGAARACQVS---PPPLPPPRGPAEFPTMKPNQAAGCESYTAVARRPGAL-------------------------------------------------------
>Y4_-_ORF_3_(frame_2)_translation
---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MGGASGRGHRG---------------LV-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------PPRVQHLLLRRLQ--------------------------------RGPSCCTRGSYPGGLGQALLGPAPPHLHAAQDVRTLGAATACQVS---PPP---QPGPDEFPTMKPNQAAGCESYTAVARRPGAL-------------------------------------------------------
>e268_-_ORF_2_(frame_2)_translation
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MARLTPRFCQAALDPHVADYADGGQGGQRRGGRPPTLLQGAAPGAGPGGRGLAGTAVLAGQRRRVRHLSLPDRDLPGSVAPPPGS----------------------------------------------------WAARLDAGIGGLV-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------PQRVQHLLLRRLQ--------------------------------RGPSCCTRGSYPGGLGQALLGPAPPPLHAA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y16_-_ORF_3_(frame_3)_translation
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MAPRFCQAALNPHVADYADGGQGGQRLGGRPPTLLQGAAPGAGPWGRGIAGTAVLAGWLRRRRHLPLAYRDCPGSMAPPPGS----------------------------------------------------WPARLDAGLGELV-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------PPRVHHLLLRRLQ--------------------------------RGPSCSARGSSPGGLGRGLPGPAPLPLHVAQDVRPLGANPACQVSAGP--------------------------------------------------------------------------------------------
>Y10_-_ORF_4_(frame_3)_translation
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MAPRFCQAALNPHVADYADGGQGGQRLGGRPPTLLQGAAPGAGPWGRGIAGTAVLAGWLRRRRHLPLAYRDCPGSMAPPPGS----------------------------------------------------WPARLDAGLGELV-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------PPRVHHLLLRRLQ--------------------------------RGPSCSARGSSPGGLGRGLPGPAPLPLHVAQDVRPLGANPACQVSAGP--------------------------------------------------------------------------------------------
>Y2_Locus_1_-_ORF_3_(frame_3)_translation
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MAPRFCQAALNPHVADYADGGQGGQRLGGRPPTLLQGAAPGAGPWGRGIAGTAVLAGWLRRGRHLPLAYRDCPGSMAPPPAS----------------------------------------------------WPARLDAGLGGLV-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------PQRVHHLLLRRLQ--------------------------------RGPSCSARGSSPGGLGRGLPGPAPLPLHVAQDVRPLGANPACQVSAGP--------------------------------------------------------------------------------------------
>Y9_-_ORF_4_(frame_3)_translation
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MARLAPRFCQAALDPHVADYADGGHGGQRRGGRSPTLLQGAVPGAGSGGRGLAGAAVLAGLRRRGRHLPLAYRDRPGSVAPPPGS----------------------------------------------------WPARLDAGLGELV-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------PPRVHHLLLRRLQ--------------------------------RGPSCSARGSSPGCRGQGLPGPAPPPLHAAQDVRPLGAARACQVS---PPP-----GPVEFPTMKPNQAAGCESYTAVARRPGIL-------------------------------------------------------
>Y7_-_ORF_3_(frame_3)_translation
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MARLTPRFCQVALDPHVADYADGGQGGQRRGGRSPTLLQGAVPGAGSGGRGLAGAAVLAGLRRRGRHLPLAYRERPGSVAPPPGS----------------------------------------------------WPARLDAGLGELV-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------PPRVHHLLLSRLQ--------------------------------RGPSCSARGSSPGGLGQGLPGPAPPPLHAAQDVRPLGAARACQVS---LPP-----GPVEFPTMKPNQAAGCESYTAVARRPGAL-------------------------------------------------------
>Y20_-_ORF_3_(frame_3)_translation
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MARLAPRFCQAALDPHVADYADGGQGGQRRGGRSSTLLQGAVPGAGPGGRGLPGAAVLAGLRRRGRHVSLAYRDRPGSVAPPPGS----------------------------------------------------WPARLDAGLGELV-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------PPRVHHVLLRRLQ--------------------------------RGPSCSARGSSPGGRGQGLPGPALPPLHAAQDVRPLGAARACQVS---PPP-----GPVEFPTMKPNQAAGCESYTAVARRPGAL-------------------------------------------------------
>Y8_-_ORF_4_(frame_3)_translation
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MARLAPRFCQAALDPHVADYADGGQGGQRRGGRSPTLLQGAVLGAGPGGRGLPGAAVFAGLRRRGRHVSLAYRDRPGSVAPPPGS----------------------------------------------------WPARLDAGLGELV-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------PPRVHHVLLRRLQ--------------------------------RGPSCSARGSSPGGRGQGLPGPAPPPLHAAQDVRPLGAARACQVS---PPP-----GPVEFPTMKPNQAAGCESYTAVARRPGAL-------------------------------------------------------
>c254_-_ORF_2_(frame_2)_translation
--MPLQSWRPLNLALGRKGTSLGVQGSPPSADPVLGGSRGHNCPGVPEGGAA-SRGRGPGPSGASSPVKCTRGRGPGSHWFIPPGTTRSGAERSRSGGPHLKPRHWEAAESHHGCQVHSQDLARLAPRFCQAALNPHVADYADGGQGGQRLGGRPPTLLQGAAPGAGPWGRGIAGTAVLAGWLRRGRHLPLAYRDCPGSMAPPPGS----------------------------------------------------WPARLDAGLGELV-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------PPRVHHLLLRRLQ--------------------------------RGPSCSARGSSPGGLGRGLPGPAPLPLHVAQDVRPLGANPACQVSAGP--------------------------------------------------------------------------------------------
>Y13_-_ORF_2_(frame_3)_translation
--MPLQSWRPLNLALGRKGTSLGVQGSPPSADPVLGGSRGHNCPGVPEGGAA-SRGRGPGPSGASSPVKCTMGRGPGSHWFIPPGTTHSGAERSRSGGPHLKPRHWEAAESHHGCQVHSQDLARLAPRFCQAALNPHVADYADGGQGGQRLGGRPPTLLQGVAPGAGPWGRGIAGTAVLAGWLRRGRHLPLAYRDCPGSMAPPPGS----------------------------------------------------WPARLDAGLGELV-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------PPRVHHLLLRRLQ--------------------------------RGPSCSARGSSPGGLGQGLPGPVPLPLHVAQDVRPLGA-----------------------------------------------NPRLPGLRRALMNFQPGSQIRQQAVRVTPQLLGDQALCEVTMSASPITAGCPKLP
>Y21_Locus_1_-_ORF_3_(frame_2)_translation
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------MARLAPRFCQAALDPHVADYADGGQGGQRRGGRSPTLLQGAVPGAGSGGRGLAGAAVLAGLRRRGRHLPLAYRDRPGSVAPPPGS----------------------------------------------------WPERLDAGLGELV-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------PPRVHHLLLRRLQAAPPAALEAPPRAAGARASRVLRRRLFMRLRM--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y4_-_ORF_1_(frame_3)_translation
MDLPLQSWRPLHRRLGRKGTSLGVQGSPPSAHPVLGGSSGHNCPGVPEGGAA-SRGRGPGPSGASSPVKCTRGRGPGSHWFIPPGTTSPGAERSRGGGPLLKPWNWEAAESHHGFQVYSEDLARLTPRFCQAALDPHVADYADGGQGGQRRGGRPPTLLQGAAPGAGPGGRGLAGTAVLAGQRRRGRHLPLADRHLPGSVAPPPGS----------------------------------------------------WAARLDAG---------------------------------------------------------------------------IGGWC---------------------------------PRVYNTFSSGASS-------------AAPPAALEAPTPAAWARPSWGLPRRIFMRLRM--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y12_-_ORF_3_(frame_3)_translation
MDLPLQSWRPLNLGLGRKGTSLAVQGSPPSADPVLGGSRGPSCPGVPEGGAAASRGRGPGPSGASSPVKCTRGRGPGSHWFIPPGTTRPGAERWRGGGPHRTPRHWEAAESHHGFQVHSQDLARLAPRFCQAALDPHVADYADGGQGGQRRGGRPPTLLQGAAPGAGPGGRGLAGAAVLAGRRRRGRHLPLADRDRPGSVAPPPGS----------------------------------------------------WPARLDAG---------------------------------------------------------------------------LGGWC----------------------RGSGTWARREE------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y2_Locus_2_-_ORF_3_(frame_2)_translation
MDMPLKSWRPLNLGLGRKGTSLAVQGSPPSADQVLEGRRGHNCPGVPEGSAA-SWGRGLGPSGASSPIKCTRGRGPGSHWFIPPGTTRLGAERSRGGGPHLMPRHWEAAEYHHWFQVHSQALASLAPLFCQAALDPHVADYADGRQGGQRRGGRSPTLLQGAVPGAGPGGRVLAGAAVLAGQRRRGRHLPLADRDCPGSVAPPPGS----------------------------------------------------WPGRLDAG---------------------------------------------------------------------------LGG--AGAPACTPPSPQVPPARPLLQC-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y14_-_ORF_3_(frame_3)_translation
MDLPLQSWRPLNLGLGRKGTSLAVQGSPPSADPVLGGSRGPSCPGVPEGGAAASRGRGPGPSGASSPVKCTRGRGPGSHWFIPPGTTRPGAERWRGGGPHRTPRHWEAAESHHGFQVHSQDLARLAPRFCQAALDPHVADYADGGQGGQRRGGRPPTLLQGAAPGAGPGGRGLAGAAVLAGRRRRGRHLPLADRDRPGSVAPPPGS----------------------------------------------------WPARLDAGLGGLVPGVRDLGQEGGVAVDVLAAQDVGGELVLEAAEVAPELRV---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y15_-_ORF_1_(frame_3)_translation
MDLPLQSWRPLNLGLGRKGTSLAVQGSPPSADPVLGGSRGPSCPGVPEGGAAASRGRGPGPSGASSPVKCTRGRGPGSHWFIPPGTTRPGAERWRGGGPHRTPRHWEAAESHHGFQVHSQDLARLAPRFCQAALDPHVADYADGGQGGQRRGGRPPTLLQGAAPGAGPG-------------------------------------AAGLRGCCPGGTAAAGAAPSSGRPRPSGLRGASSWQL-AGASGRGPR---------------GLVPGVRDLGQEGGVAVDVLAAQDVGGELVLEAAEVAPELRV---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y5_-_ORF_4_(frame_3)_translation
MDLPLQSWRPLNLGLGRKGTSLAVQGSPPSADPVLGGSRGPSCPGVPEGGAAASRGRGPGPSGASSPVKCTRGRGPGSHWFIPPGTTRPGAERWRGGGPHRTPRHWEAAESHHGFQVHSQDLARLAPRFCQAALDPHVADYADGGQGGQRRGGRPPTLLQGAAPEQGPG-------------------------------------PRACGGCCPGGTAAAGAAPSSGRPRPSGLRGASSWQL-AGASGRGPR---------------------------------------------------------GAGAGGPGPGPGGRSSRRRPCCAGCGGRTGA--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y10_-_ORF_2_(frame_3)_translation
--MPLQSWRPLNLALGRKGTSLGVQGSPPSADPVLGGSRGHNCPGVPEGGAA-SQGRGPGPSGASSPVKCTRGRGPGSHWFIPPGTTRSGADMSRSGGPHLKPRHWEAAESHHGCQVHSQD------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>Y16_-_ORF_1_(frame_3)_translation
--MPLQSWRPLNLALGRKGTSLGVQGSPPSADPVLGGSRGHNCPGVPEGGAA-SQGRGPGPSGASSPVKCTRGRGPGSHWFIPPGTTRSGADMSRSGGPHLKPRHWEAAESHHGCQVHSQD------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

#Group 3
>c254___ORF_3__frame_1__translation
------------------------------------MGSGGVSPRVPGSLPGLGALGAALLPGCSQPTRRRLRGWWARWSASGWPPSHSPPGCSPRSRALG---------------------------------------------------PRDCGDCCPRGMAAAGAAP----SSGLPRLSGLHGASSWQLAGASGRGPRGAGAPACTPPSPQAPPARPLLQR---------------------------------------------------------------------
>Y8___ORF_3__frame_2__translation
------------------------------------MGSGRVSPRVPGSLPGLGALGAALLPGCSRPTRRRLRGWWARWSTSGWPLSHSPPGCGPRSRARG---------------------------------------------------PRASGGCCLRGTAASGAAR----FSGLPRPSGLRGASSWQLAGASGRGPWGAGAPACTPRSPQAPPARTLLQR---------------------------------------------------------------------
>Y9___ORF_3__frame_2__translation
------------------------------------MGSGRVSPRVPGSLPGLGALGAALLPGCSRPTRRRLRGWWARWSTSGWPLSHSPPGCGPRSRVRG---------------------------------------------------PRACGGCCPRGTAASGAAP----SSGLPRPSGLRGASSWQLAGASGRGPRGAGAPACTPPSPQAPPARPLLQR---------------------------------------------------------------------
>Y10___ORF_3__frame_2__translation
------------------------------------MGSGGVSPRVPGSLPGLGALGAALLPGCSQPTRRRLRGWWARWSASGWPPSHSPPGCSPRSRALG---------------------------------------------------PRDCGDCCPRGMAAAEAAP----SSGLPRLSGLHGASSWQLAGASGRGPRGAGAPACTPPSPQAPPARPLLQR---------------------------------------------------------------------
>Y13___ORF_3__frame_2__translation
------------------------------------MGSGGVSPRVPGSLPGLGALGAALLPGCSQPTRRRLRGWWARWSASGWPPSHSPPGCSPRSRALG---------------------------------------------------PRDCGDCCPRGMAAAGAAP----SFGLPRLSGLHGASSWQLAGASGRGPRGAGAPACTPPSPQAPPARPLLQR---------------------------------------------------------------------
>Y2_Locus_1___ORF_2__frame_2__translation
------------------------------------MGSGGVSPRVPGSLPGLGALGAPILPGCSQPTRRRLRGWWARWSASGWPPSHSPPGCSPRSRALG---------------------------------------------------PRDCGDCCPRGMAAAGAAP----SSGLPRLSGLHGASSCQLAGASGRGPRGAGAPACTPPSPQAPPARPLLQR---------------------------------------------------------------------
>Y7___ORF_2__frame_2__translation
------------------------------------MGSGRVSPRVPGSLPGLGALDAALLPGCSRPTRRRLRGWWARWSTSGWPLSHSPPGCGPRSRVRG---------------------------------------------------PRACGGCCPRGTAASGAAP----SSGLPRTSGLRGASSWQLAGASGRGPRGAGAPACTPPSPQSPPARPLLQR---------------------------------------------------------------------
>Y16___ORF_2__frame_2__translation
------------------------------------MGSGGVSPRVPGSLPGLGALGAALLPGCSQPTRRRLRGWWARWSASGWPPSHSPPGCSPRSRALG---------------------------------------------------PRDCGDCCPRGMAAAEAAP----SSGLPRLSGLHGASSWQLAGASGRGPRGAGAPACTPPSPQAPPARPLLQR---------------------------------------------------------------------
>Y20___ORF_2__frame_2__translation
------------------------------------MGSGRVSPRVPGSLPGLGALGAALLPGCSRPTRRRLRGWWARWSTSGWPLFHSPPGCGPRSRARG---------------------------------------------------PRASGGCCPRGTAASGAAR----FSGLPRPSGLRGASSWQLAGASGRGPWGAGAPACTPRSPQAPPARTLLQR---------------------------------------------------------------------
>d340___ORF_3__frame_3__translation
------------------------------------------------------------MPGCSRPTRRRLRGWWARWSASGWPPSHSPPGCGPRSRARG---------------------------------------------------PRACGDCCPRGTAAAGAAP----SSGRPRPSGLRGASSWQLAGASGRGPRGAGAPACTPPSPQAPPARPLLQR---------------------------------------------------------------------
>Y14___ORF_5__frame_2__translation
------------------------------------MGSGRVSPRVPGSLPGLGALGAALLPGCSRPTRRRLRGWWARWSASGWPPSHSPPGCGPRSRARG---------------------------------------------------PRACGGCCPRGTAAAGAAP----SSGRPRPSGLRGASSWQLAGASGRGPRGAGA--------------------GGPGPGPGGRSSRRRPCCAGCGGRTGA-----------------------------------------
>Y12___ORF_5__frame_2__translation
------------------------------------MGSGRVSPRVPGSLPGLGALGAALLPGCSRPTRRRLRGWWARWSASGWPPSHSPPGCGPRSRARG---------------------------------------------------PRACGGCCPGGTAAAGAAP----SSGRPRPSGLRGASSWQLAGASGRGPRG--------------------------------------------------LVPGVRDLGQEGGVAVDVLAAQDVGGELVLEAAEVAPELRV
>Leopard_Genomic_CCDC71L___ORF_5__frame_3__translation
MSLVHPSRRKPSRGGGGRVSRRGPSLTPGAPGSGGA------SPRVPGSLAGLGAPGAAPPPGCARPTRRRRRGWWGRWSASGWPPSRSPPGCGPRSRARG---------------------------------------------------PRAWGSGCPRGPAGAAAAAGAGASSGGRRPPGLRGASSWPPAGASGRGRRGA---------------------AGGRGPGPGRRSSHRRPCCAGCAGRTGA-----------------------------------------
>Tiger_CCDC71L___ORF_5__frame_2__translation
MSLVHPSRRKPSRGGGGRVSRRGPSLTPGAPGSGGA------SPRVPGSLAGLGAPGAAPPPGCARPTRRRRRGWWGRWSASGWPPSRSPPGCGPRSRARG---------------------------------------------------PRAWGSGCPRGPAGAAAAAGAGASSGGRRPPGLRGASSWPPAGASGRGRRGA---------------------AGGRGPGPGRRSSHRRPCCAGCAGRTGA-----------------------------------------
>Y1_Locus_2___ORF_2__frame_3__translation
------------------------------------------------------------MPGCSRPTRRRLRGWWARWSASAWPPSHSPPGCGP------GAGPGGRGLEGTAVLAGQRRRGGTFLWLTATFRAPWRLLLAAGRRVWTRAS--------------------------------------------------GAGAPACTTPSPQAPPARPLLLH---------------------------------------------------------------------
>Y15___ORF_3__frame_2__translation
------------------------------------MGSGRVSPRVPGSLPGLGALGAALLPGCSRPTRRRLRGWWARWSASGWPPSHSPPGCGPRSRARG------RGLAGLLSWRDGGGGGGTFLWPTATVRAPWRLLLAAGRRVWTRAS--------------------------------------------------GAGA--------------------GGPGPGPGGRSSRRRPCCAGCGGRTGA-----------------------------------------

#Group 4 
>Y12_-_ORF_7_(frame_1)_translation
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>Y14_-_ORF_7_(frame_2)_translation
MDEFKRVVLDVNALVPQPPLIPSHMRWHFAVESTHNLQSNMTVRGFQLIKCLVMQRTESQIEVTTLLFQRIQIYCALLRVPYVCCYSSQFRKLFFTAAANCLPR
>Y5_-_ORF_8_(frame_3)_translation
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>Y15_-_ORF_5_(frame_2)_translation
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