S2 File. Dot-bracket structures that show the ScanFold-Fold predicted pairs for the short MYC mRNA (NM_002467.5) at -1 and -2 cutoff values,
followed by the “filled in” motifs that were refolded with RNAfold. 
This is followed by the model structure of the 5' UTR based on previous studies as well as the constrained RNAfold model for the 3' UTR. 

MYC mRNA results
Sequence			GGAGUUUAUUCAUAACGCGCUCUCCAAGUAUACGUGGCAAUGCGUUGCUGGGUUAUUUUAAUCAUUCUAGGCAUCGUUUUCCUCCUUAUGCCUCUAUCAUUCCUCCCUAUCUACACUAACAUCCCACGCUCUGAACGCGCGCCCAUUAAUACCCUUCUUUCCUCCACUCUCCCUGGGACUCUUGAUCAAAGCGCGGCCCUUUCCCCAGCCUUAGCGAGGCGCCCUGCAGCCUGGUACGCGCGUGGCGUGGCGGUGGGCGCGCAGUGCGUUCUCGGUGUGGAGGGCAGCUGUUCCGCCUGCGAUGAUUUAUACUCACAGGACAAGGAUGCGGUUUGUCAAACAGUACUGCUACGGAGGAGCAGCAGAGAAAGGGAGAGGGUUUGAGAGGGAGCAAAAGAAAAUGGUAGGCGCGCGUAGUUAAUUCAUGCGGCUCUCUUACUCUGUUUACAUCCUAGAGCUAGAGUGCUCGGCUGCCCGGCUGAGUCUCCUCCCCACCUUCCCCACCCUCCCCACCCUCCCCAUAAGCGCCCCUCCCGGGUUCCCAAAGCAGAGGGCGUGGGGGAAAAGAAAAAAGAUCCUCUCUCGCUAAUCUCCGCCCACCGGCCCUUUAUAAUGCGAGGGUCUGGACGGCUGAGGACCCCCGAGCUGUGCUGCUCGCGGCCGCCACCGCCGGGCCCCGGCCGUCCCUGGCUCCCCUCCUGCCUCGAGAAGGGCAGGGCUUCUCAGAGGCUUGGCGGGAAAAAGAACGGAGGGAGGGAUCGCGCUGAGUAUAAAAGCCGGUUUUCGGGGCUUUAUCUAACUCGCUGUAGUAAUUCCAGCGAGAGGCAGAGGGAGCGAGCGGGCGGCCGGCUAGGGUGGAAGAGCCGGGCGAGCAGAGCUGCGCUGCGGGCGUCCUGGGAAGGGAGAUCCGGAGCGAAUAGGGGGCUUCGCCUCUGGCCCAGCCCUCCCGCUGAUCCCCCAGCCAGCGGUCCGCAACCCUUGCCGCAUCCACGAAACUUUGCCCAUAGCAGCGGGCGGGCACUUUGCACUGGAACUUACAACACCCGAGCAAGGACGCGACUCUCCCGACGCGGGGAGGCUAUUCUGCCCAUUUGGGGACACUUCCCCGCCGCUGCCAGGACCCGCUUCUCUGAAAGGCUCUCCUUGCAGCUGCUUAGACGCUGGAUUUUUUUCGGGUAGUGGAAAACCAGCAGCCUCCCGCGACGAUGCCCCUCAACGUUAGCUUCACCAACAGGAACUAUGACCUCGACUACGACUCGGUGCAGCCGUAUUUCUACUGCGACGAGGAGGAGAACUUCUACCAGCAGCAGCAGCAGAGCGAGCUGCAGCCCCCGGCGCCCAGCGAGGAUAUCUGGAAGAAAUUCGAGCUGCUGCCCACCCCGCCCCUGUCCCCUAGCCGCCGCUCCGGGCUCUGCUCGCCCUCCUACGUUGCGGUCACACCCUUCUCCCUUCGGGGAGACAACGACGGCGGUGGCGGGAGCUUCUCCACGGCCGACCAGCUGGAGAUGGUGACCGAGCUGCUGGGAGGAGACAUGGUGAACCAGAGUUUCAUCUGCGACCCGGACGACGAGACCUUCAUCAAAAACAUCAUCAUCCAGGACUGUAUGUGGAGCGGCUUCUCGGCCGCCGCCAAGCUCGUCUCAGAGAAGCUGGCCUCCUACCAGGCUGCGCGCAAAGACAGCGGCAGCCCGAACCCCGCCCGCGGCCACAGCGUCUGCUCCACCUCCAGCUUGUACCUGCAGGAUCUGAGCGCCGCCGCCUCAGAGUGCAUCGACCCCUCGGUGGUCUUCCCCUACCCUCUCAACGACAGCAGCUCGCCCAAGUCCUGCGCCUCGCAAGACUCCAGCGCCUUCUCUCCGUCCUCGGAUUCUCUGCUCUCCUCGACGGAGUCCUCCCCGCAGGGCAGCCCCGAGCCCCUGGUGCUCCAUGAGGAGACACCGCCCACCACCAGCAGCGACUCUGAGGAGGAACAAGAAGAUGAGGAAGAAAUCGAUGUUGUUUCUGUGGAAAAGAGGCAGGCUCCUGGCAAAAGGUCAGAGUCUGGAUCACCUUCUGCUGGAGGCCACAGCAAACCUCCUCACAGCCCACUGGUCCUCAAGAGGUGCCACGUCUCCACACAUCAGCACAACUACGCAGCGCCUCCCUCCACUCGGAAGGACUAUCCUGCUGCCAAGAGGGUCAAGUUGGACAGUGUCAGAGUCCUGAGACAGAUCAGCAACAACCGAAAAUGCACCAGCCCCAGGUCCUCGGACACCGAGGAGAAUGUCAAGAGGCGAACACACAACGUCUUGGAGCGCCAGAGGAGGAACGAGCUAAAACGGAGCUUUUUUGCCCUGCGUGACCAGAUCCCGGAGUUGGAAAACAAUGAAAAGGCCCCCAAGGUAGUUAUCCUUAAAAAAGCCACAGCAUACAUCCUGUCCGUCCAAGCAGAGGAGCAAAAGCUCAUUUCUGAAGAGGACUUGUUGCGGAAACGACGAGAACAGUUGAAACACAAACUUGAACAGCUACGGAACUCUUGUGCGUAAGGAAAAGUAAGGAAAACGAUUCCUUCUAACAGAAAUGUCCUGAGCAAUCACCUAUGAACUUGUUUCAAAUGCAUGAUCAAAUGCAACCUCACAACCUUGGCUGAGUCUUGAGACUGAAAGAUUUAGCCAUAAUGUAAACUGCCUCAAAUUGGACUUUGGGCAUAAAAGAACUUUUUUAUGCUUACCAUCUUUUUUUUUUCUUUAACAGAUUUGUAUUUAAGAAUUGUUUUUAAAAAAUUUUAAGAUUUACACAAUGUUUCUCUGUAAAUAUUGCCAUUAAAUGUAAAUAACUUUAAUAAAACGUUUAUAGCAGUUACACAGAAUUUCAAUCCUAGUAUAUAGUACCUAGUAUUAUAGGUACUAUAAACCCUAAUUUUUUUUAUUUAAGUACAUUUUGCUUUUUAAAGUUGAUUUUUUUCUAUUGUUUUUAGAAAAAAUAAAAUAACUGGCAAAUAUAUCAUUGAGCCAAAUCUUAAGUUGUGAAUGUUUUGUUUCGUUUCUUCCCCCUCCCAACCACCACCAUCCCUGUUUGUUUUCAUCAAUUGCCCCUUCAGAGGGUGGUCUUAAGAAAGGCAAGAGUUUUCCUCUGUUGAAAUGGGUCUGGGGGCCUUAAGGUCUUUAAGUUCUUGGAGGUUCUAAGAUGCUUCCUGGAGACUAUGAUAACAGCCAGAGUUGACAGUUAGAAGGAAUGGCAGAAGGCAGGUGAGAAGGUGAGAGGUAGGCAAAGGAGAUACAAGAGGUCAAAGGUAGCAGUUAAGUACACAAAGAGGCAUAAGGACUGGGGAGUUGGGAGGAAGGUGAGGAAGAAACUCCUGUUACUUUAGUUAACCAGUGCCAGUCCCCUGCUCACUCCAAACCCAGGAAUUCUGCCCAGUUGAUGGGGACACGGUGGGAACCAGCUUCUGCUGCCUUCACAACCAGGCGCCAGUCCUGUCCAUGGGUUAUCUCGCAAACCCCAGAGGAUCUCUGGGAGGAAUGCUACUAUUAACCCUAUUUCACAAACAAGGAAAUAGAAGAGCUCAAAGAGGUUAUGUAACUUAUCUGUAGCCACGCAGAUAAUACAAAGCAGCAAUCUGGACCCAUUCUGUUCAAAACACUUAACCCUUCGCUAUCAUGCCUUGGUUCAUCUGGGUCUAAUGUGCUGAGAUCAAGAAGGUUUAGGACCUAAUGGACAGACUCAAGUCAUAACAAUGCUAAGCUCUAUUUGUGUCCCAAGCACUCCUAAGCAUUUUAUCCCUAACUCUACAUCAACCCCAUGAAGGAGAUACUGUUGAUUUCCCCAUAUUAGAAGUAGAGAGGGAAGCUGAGGCACACAAAGACUCAUCCACAUGCCCAAGAUUCACUGAUAGGGAAAAGUGGAAGCGAGAUUUGAACCCAGGCUGUUUACUCCUAACCUGUCCAAGCCACCUCUCAGACGACGGUAGGAAUCAGCUGGCUGCUUGUGAGUACAGGAGUUACAGUCCAGUGGGUUAUGUUUUUUAAGUCUCAACAUCUAAGCCUGGUCAGGCAUCAGUUCCCCUUUUUUUGUGAUUUAUUUUGUUUUUAUUUUGUUGUUCAUUGUUUAAUUUUUCCUUUUACAAUGAGAAGGUCACCAUCUUGACUCCUACCUUAGCCAUUUGUUGAAUCAGACUCAUGACGGCUCCUGGGAAGAAGCCAGUUCAGAUCAUAAAAUAAAACAUAUUUAUUCUUUGUCAUGGGAGUCAUUAUUUUAGAAACUACAAACUCUCCUUGCUUCCAUCCUUUUUUACAUACUCAUGACACAUGCUCAUCCUGAGUCCUUGAAAAGGUAUUUUUGAACAUGUGUAUUAAUUAUAAGCCUCUGAAAACCUAUGGCCCAAACCAGAAAUGAUGUUGAUUAUAUAGGUAAAUGAAGGAUGCUAUUGCUGUUCUAAUUACCUCAUUGUCUCAGUCUCAAAGUAGGUCUUCAGCUCCCUGUACUUUGGGAUUUUAAUCUACCACCACCCAUAAAUCAAUAAAUAAUUACUUUCUUUGA
Unconstrained fold	((((.................)))).((((.(((((....)))))))))((((.....((((((......((((((((((........(((((((.((((((((.....((((.(((.................(((((((((......((((.((((((.((((.(((((.........(((.....)))...(((((((((((..(((((...)))))(((((.(((((.((.((((((...(((((........))))).)))))).)).))).)).))))).((((((((.((((.((..........)).))))........(((((((((...)))).)))))......)))))))).......))))))))))).)))))))))..))))))...))))))))))))).((((((((..((((((....((((((((((........)))).))))))...))))))..(((((.((((((((((....((((((((........(((((.........((((.....))))..........))))).)))))))).........((...(((..((((((.(((((((.....(((((((........)))))))(((.((((((.(((..(((((((......))))).))((((((((((((((((..((((((((((.((((((...(((((((((((((.......))))))....((((((((.((...................)).))))))))...((((((.........)))))).......((((((.........))))))))))))).)))))).)).))))))))))))((((((((...((.((((((((((((((.((..((((..((...((((((((......((((((....(((((((..(((...)))..)))))))((((((..........))))))...((((...))))))).))).........(((.....)))(((((.(((((((((((..(((............))).)))))).((((..((....))))))((((((((.............(((((....)))))((.(((((.((((...((((.......))))..)))).))))).))......(((((...(((((((.....))))))))))))))))))))((((((.((.....)).)))).))....((....)).......((((((....)))...)))(((((((.((((((.((((....(((((.....)))))....))))..(((((.......))))).(((...)))..((((.........)))).)))))).)).))))))))))..))))))))).))))...))..))))..)))))))))))))))).........))..)).))))))((((((....))))))......)))))))))))).......))).)))))).))))).)))))))))))..)))...)))))))))))).((((((...((.(((((.((((.....))))....))))))))))))).....(((((..(((((((..(((((((((((((...((.((((((.((((.(((..((...))..))))))).........((((((.(((.......)))))))))............))))))..))...))))))))).(((((((((..(((((((((((((((.((....))))))))..(((((((..(((((((((.......)))))..................(((...((((.((((...)))).))))...))).(((((.(((.((((((((.((.(((((((((.....))))...........((((........)))).(((((((((....)))).))))).........))))).)).)))))))))))...)))))..))))......))))))).((((((((((....((..(((((((.((((.....)))))))))))..)).(((((....))))))))))).))))...............(((((((...(((((((..(((....................)))..)))))))..(((....)))))))))))))))).......)))..)))))))))..((.((((....)))).))(((((.(((...........))).(((((.((.(((((((((...))))))).........((((((.........))))))((.((((.((.((.((((.(((((.......))))))))).))))))))..))....)).)).)))))...........((((((((((.(((..((........))..)))((((........))))((((...(((((((((....((((((.(((((((((.((.(((((((......)))))))..(((((((.....((((..((((((....(((......(((.((..(((..((.((((((.....))))))))...(((((((....(((((.((((.....((((((.......(((((......))))).....(((....((((((((((((........))))))))))))...)))......((.......))....((((((((((((....))))))))))))...............((((((((((..(((((((((..((((((((((((....))))))).....))))).....(((((....(((((...(((((((................)))))))..)))))...)))))............((.(((((((((((......))))))))))).))...............))))))))).))))....)))))).....(((((((((.......))))))))).........((((.(((.....)))..)))).....)))))))))).))))).....)))))))......)))..))))).....)))))))))))))...))))))).)))))))))))...(((((....)))))..)))))))))))))))...))))...))))))))))..))))).......((((((...)))))))))).)))))))....)))))..))))).))))))))))))))))))))))).)).))))).(((((((((.((..((.((((((.(((((.(((((.(((..(((((((.(((((((...(((((((((((((((((..((((((((((((((((.(((((((...(((((((((.((((......((.(((((((((..((((.............))))..(((((((..(((((((((((((.(((((((..(((((.(((.(((((........))))).))).........(((((((((((((....(((((((...)))))))((((.((((..........(((((((.........)))))))..((.(((...))).)).((((..((((((((......))))))))))))...(((((...((((((((...((((...))))...((((....((......))...))))....))))))))...))))).(((((((.((((((((.........(((........))).........)))))).)).)))).)))...)))).))))..........(((((..((((((.((......(((..((((((.......)))))).)))....)).)))))))))))...((((...........))))(((((...(((..............)))....))))).)))))))...))))))))))).....)))).))))))))...)))....))).))...)))))))....)))))).))).)))))))))))))))....)))......)))).)))).....)))))))......((((....))))......)))))..)))))))).))).)))))).............((((((((..((.......))..))))))))..((...))..))))))).))))))).))).))))).......((((((((((((((.((....)).))))..............((((((.....))))))....)))))..))))).....................))))))))))))).))))))))))).........(((((((.(((....((..((((...))))..))..))).)))))))...........(((.............)))........))))))))))))))))...((((((....(((((((....)).)))))..)))))).........((((((((((((((.........))...)))))))))))).............)))).....((((..((........))..))))
ScanFold-Fold -2	.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((....((((((((((((........))))))))))))...))).......................................................................................................................................................................................................((.(((((((((((......))))))))))).))....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((..((((((((...))))))).)...)))..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((((((.................................))))))).............................................................................................................................................................................................
ScanFold-Fold -1	....................................................................((((((.............))))))..........................................(((((....(((((................................)))))....)))))...................................................................................................................................(((..(((.((((((.....................................)))))).)))..)))...................................................................(((.((((((((....)))))))))))............................((.........((((.....))))..........))........................................((.(((..(((((((((........))))).))))..))).))............................................((..........))........(((((((((((.......)))))).)))))..((((.((...................)).))))...................................................................................................................((((.((((.................)))).))))....(((((((..(((...)))..)))))))...................................................................................................................................................(((((....)))))((.(((((.((((...((((.......))))..)))).))))).)).............................................................................................................................((..(..((((((....)))).)).)..)).......................................................................................................................................((............))....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((...((((.((((...)))).))))...))).......((((....))))................................................................................................................................................((..(((((((.((((.....)))))))))))..))...................................(((....)))......(((((((...((....................))...))))))).............................................................................................((...................................))..................................................................................................................................................((((...(((((((((....))))..)))))....)))).......................................................................................................................................(((((......))))).....(((....((((((((((((........))))))))))))...)))...............((....((((((((((((....))))))))))))))...............................................................................................(.(................).)...............................((.(((((((((((......))))))))))).)).....................................(((((..(((((((((.......))))))))).....)))))......................................................................................................................................................((((.......................(((.((((((........)))))).)))))))....................................................................................................................................(((((................)))))......................................................................................................................................(((..((((((((...))))))).)...)))...........((...((.(......)))...))..............(((.((((..((((((((......)))))))))))).)))..........................................................................................................................((((((.((.......................)).)))))).............(((.((......(((......................)))....)).)))....................((((..................................................))))......................................................................................................................................................................................((((((((..((.......))..)))))))).............................................................................................................................................................................(((((((.(((....((..((((...))))..))..))).))))))).......................................................................................................((((((((((((((.........))...))))))))))))..............................................
Motifs				....................................................................((((((.............))))))..........................................(((((....(((((..(((....................)))....)))))....)))))...................................................................................................................................(((..(((.((((((....(((((.(......).))))).............)))))).)))..)))...................................................................(((.((((((((....)))))))))))..................((((((.(((((.........((((.....))))..........))))).).)))))............................(((.(((..(((((((((........))))).))))..))).)))...........................................((((......))))........(((((((((((.......)))))).)))))((((((.((...................)).)))))).................................................................................................................((((.((((..((((.....))))..)))).))))....(((((((..(((...)))..)))))))...................................................................................................................................................(((((....)))))((.(((((.((((...((((.......))))..)))).))))).)).........................................................................................................(((((((((((.((.((.((((..(..((((((....)))).)).)..)))).)).)).))).)))))).)).................................................................................................................((((((....))))))....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((...((((.((((...)))).))))...))).......((((....))))..............................................................................................................................(((.((((((((((((..((..(((((((.((((.....)))))))))))..))...)))))).)))))).)))...............(((....)))......(((((((..(((....................)))..)))))))..(((....))).................................................................................((((((..(((((((...)))))))...))....).)))..................................................................................................................................................((((...(((((((((....))))..)))))....)))).......................................................................................................................................(((((......))))).....(((....((((((((((((........))))))))))))...)))..............(((....((((((((((((....))))))))))))))).........................................................................(((((....(((((...(((((((................)))))))..)))))...)))))............((.(((((((((((......))))))))))).)).........................((((((......(((((..(((((((((.......))))))))).....)))))))))))................................................................................................................................................((((((((((((....))))))))...(((.((((((........)))))).)))))))....................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((..((((((((...))))))).)...)))...........(((((((.(......))))))))..............(((.((((..((((((((......)))))))))))).))).....................................................................................................................((((.((((((.((........((((.....))))..)).))))))))))......((((((.((......(((..((((((.(....))))))).)))....)).)))))).................((((..(((.(((((...(((..............)))....)))))...))).))))......................................................................................................................................................................................((((((((..((.......))..))))))))...............................................((((((((((.((....)).))))..............((((((.....))))))....)))))).............................................................(((((((.(((....((..((((...))))..))..))).))))))).......................................................................................................((((((((((((((.........))...))))))))))))..............................................

5' UTR Reference Model
AAUUCCAGCGAGAGGCAGAGGGAGCGAGCGGGCGGCCGGCUAGGGUGGAAGAGCCGGGCGAGCAGAGCUGCGCUGCGGGCGUCCUGGGAAGGGAGAUCCGGAGCGAAUAGGGGGCUUCGCCUCUGGCCCAGCCCUCCCGCUGAUCCCCCAGCCAGCGGUCCGCAACCCUUGCCGCAUCCACGAAACUUUGCCCAUAGCAGCGGGCGGGCACUUUGCACUGGAACUUACAACACCCGAGCAAGGACGCGACUCUCCCGACGCGGGGAGGCUAUUCUGCCCAUUUGGGGACACUUCCCCGCCGCUGCCAGGACCCGCUUCUCUGAAAGGCUCUCCUUGCAGCUGCUUAGACGCUGGAUUUUUUUCGGGUAGUGGAAAACCAGCAGCCUCCCGCGACGAUG
.............((((.((((.....((((((.((.((((.(((.(((......((((.(((...))).((((.((((..((((.....))))..)))).))))......(((((..[[[[..))))).)))).[[[[[[[.)))))))))).)).))))))..))))))))........................]]]]]]].]]]]..................................................(((((((((........(((....)))....)))))))))...................................................................................................

3' UTR Model
GGAAAACGAUUCCUUCUAACAGAAAUGUCCUGAGCAAUCACCUAUGAACUUGUUUCAAAUGCAUGAUCAAAUGCAACCUCACAACCUUGGCUGAGUCUUGAGACUGAAAGAUUUAGCCAUAAUGUAAACUGCCUCAAAUUGGACUUUGGGCAUAAAAGAACUUUUUUAUGCUUACCAUCUUUUUUUUUUCUUUAACAGAUUUGUAUUUAAGAAUUGUUUUUAAAAAAUUUUAAGAUUUACACAAUGUUUCUCUGUAAAUAUUGCCAUUAAAUGUAAAUAACUUU
.(((((((((((......(((((..(((.....(((((((....)))..))))......(((((......))))).....(((....((((((((((((........))))))))))))...)))..............(((....((((((((((((....))))))))))))))).................)))..)))))......))))))))))).............(((((((((((((((......))))))))........)))))))......