global_ _lib_name mon_lib _lib_version 5.44 _lib_update 30/05/14 # ------------------------------------------------ # Generated by Jimin Wang, March 2018 based on # Pavlov-Siegbahn-Sandstrom-1998 DFT data # # --- LIST OF MONOMERS --- # data_comp_list loop_ _chem_comp.id _chem_comp.three_letter_code _chem_comp.name _chem_comp.group _chem_comp.number_atoms_all _chem_comp.number_atoms_nh _chem_comp.desc_level HHM HHM '. ' . 18 7 . # # --- DESCRIPTION OF MONOMERS --- # data_comp_HHM # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.type_energy _chem_comp_atom.partial_charge _chem_comp_atom.x _chem_comp_atom.y _chem_comp_atom.z HHM MG MG MG +2.000 10.000 10.000 10.000 HHM O1 O OH1 -0.770 12.080 10.000 10.000 HHM H11 H H +0.380 12.640 10.792 10.000 HHM H12 H H +0.380 12.640 9.208 10.000 HHM O2 O OH1 -0.770 7.920 10.000 10.000 HHM H21 H H +0.380 7.360 10.792 10.000 HHM H22 H H +0.380 7.360 9.208 10.000 HHM O3 O OH1 -0.770 10.000 12.080 10.000 HHM H31 H H +0.380 10.000 12.640 10.792 HHM H32 H H +0.380 10.000 12.640 9.208 HHM O4 O OH1 -0.770 10.000 7.920 10.000 HHM H41 H H +0.380 10.000 7.360 10.792 HHM H42 H H +0.380 10.000 7.360 9.208 HHM O5 O OH1 -0.770 10.000 10.000 12.080 HHM H51 H H +0.380 10.792 10.000 12.640 HHM H52 H H +0.380 9.208 10.000 12.640 HHM O6 O OH1 -0.770 10.000 10.000 7.920 HHM H61 H H +0.380 10.792 10.000 7.360 HHM H62 H H +0.380 9.208 10.000 7.360 loop_ _chem_comp_tree.comp_id _chem_comp_tree.atom_id _chem_comp_tree.atom_back _chem_comp_tree.atom_forward _chem_comp_tree.connect_type HHM O6 n/a MG START HHM H61 O6 . . HHM H62 O6 . . HHM MG O6 O1 . HHM O5 MG H51 . HHM O5 MG H52 . HHM H51 O5 . . HHM H52 O5 . . HHM O2 MG H21 . HHM O2 MG H22 . HHM H21 O2 . . HHM H22 O2 . . HHM O3 MG H31 . HHM O3 MG H32 . HHM H31 O3 . . HHM H32 O3 . . HHM O4 MG H41 . HHM O4 MG H42 . HHM H41 O4 . . HHM H42 O4 . . HHM O1 MG H11 . HHM O1 MG H12 . HHM H21 O1 . . HHM H11 O1 . END loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.type _chem_comp_bond.value_dist _chem_comp_bond.value_dist_esd HHM O1 MG metal 2.080 0.020 HHM O2 MG metal 2.080 0.020 HHM O3 MG metal 2.080 0.020 HHM O4 MG metal 2.080 0.020 HHM O5 MG metal 2.080 0.020 HHM MG O6 metal 2.080 0.020 HHM H11 O1 single 0.970 0.020 HHM H12 O2 single 0.970 0.020 HHM H13 O3 single 0.970 0.020 HHM H14 O4 single 0.970 0.020 HHM H15 O5 single 0.970 0.020 HHM H16 O6 single 0.970 0.020 HHM H21 O1 single 0.970 0.020 HHM H22 O2 single 0.970 0.020 HHM H23 O3 single 0.970 0.020 HHM H24 O4 single 0.970 0.020 HHM H25 O5 single 0.970 0.020 HHM H26 O6 single 0.970 0.020 loop_ _chem_comp_angle.comp_id _chem_comp_angle.atom_id_1 _chem_comp_angle.atom_id_2 _chem_comp_angle.atom_id_3 _chem_comp_angle.value_angle _chem_comp_angle.value_angle_esd HHM O2 MG O1 180.000 3.000 HHM O3 MG O4 180.000 3.000 HHM O6 MG O5 180.000 3.000 HHM O6 MG O1 90.000 3.000 HHM O6 MG O2 90.000 3.000 HHM O6 MG O3 90.000 3.000 HHM O6 MG O4 90.000 3.000 HHM O5 MG O1 90.000 3.000 HHM O5 MG O2 90.000 3.000 HHM O5 MG O3 90.000 3.000 HHM O5 MG O4 90.000 3.000 HHM O4 MG O1 90.000 3.000 HHM O3 MG O1 90.000 3.000 HHM O2 MG O3 90.000 3.000 HHM O2 MG O4 90.000 3.000 HHM MG O1 H11 125.265 3.000 HHM MG O2 H12 125.265 3.000 HHM MG O3 H13 125.265 3.000 HHM MG O4 H14 125.265 3.000 HHM MG O5 H15 125.265 3.000 HHM MG O1 H21 125.265 3.000 HHM MG O2 H22 125.265 3.000 HHM MG O3 H23 125.265 3.000 HHM MG O4 H24 125.265 3.000 HHM MG O5 H25 125.265 3.000 HHM H11 O1 H12 125.265 3.000 HHM H21 O2 H22 125.265 3.000 HHM H31 O3 H32 125.265 3.000 HHM H41 O4 H42 125.265 3.000 HHM H51 O5 H52 125.265 3.000 HHM H61 O6 H62 125.265 3.000 loop_ loop_ _chem_comp_tor.comp_id _chem_comp_tor.id _chem_comp_tor.atom_id_1 _chem_comp_tor.atom_id_2 _chem_comp_tor.atom_id_3 _chem_comp_tor.atom_id_4 _chem_comp_tor.value_angle _chem_comp_tor.value_angle_esd _chem_comp_tor.period HHM var_1 H61 O6 MG O1 180.000 20.000 3 HHM var_2 H51 O5 MG O1 180.000 20.000 3 HHM var_3 H41 O4 MG O1 180.000 20.000 3 HHM var_4 H31 O3 MG O1 180.000 20.000 3 HHM var_5 H21 O2 MG O2 180.000 20.000 3 HHM var_6 H11 O1 MG O1 180.000 20.000 3 loop_ _chem_comp_chir.comp_id _chem_comp_chir.id _chem_comp_chir.atom_id_centre _chem_comp_chir.atom_id_1 _chem_comp_chir.atom_id_2 _chem_comp_chir.atom_id_3 _chem_comp_chir.volume_sign _chem_comp_chir.atom_id_4 _chem_comp_chir.atom_id_5 _chem_comp_chir.atom_id_6 _chem_comp_chir.atom_id_7 _chem_comp_chir.atom_id_8 HHM chir_01 MG O6 O5 O2 cross4 O3 O1 O4 . . # ------------------------------------------------------ # ------------------------------------------------------