## Details of PRDM9 diploid genotypes for individuals (from final data) ## ------------------------------------------------------------------------------------ ## id Sample identifier from 1000 genomes or custom ID from non-1KG samples ## pop 3-letter code for 1KG population (OTH = other) ## homhet Homozygous (hom) or heterozygous (het) for PRDM9 ## allele_1 First PRDM9 allele (Unk = unknown) ## allele_2 Second PRDM9 allele (Unk = unknown) ## allele_1_code ZF code for PRDM9 allele 1 (UU = undetermined ZF) ## allele_2_code ZF code for PRDM9 allele 2 (UU = undetermined ZF) ## size_1 number of ZFs in allele 1 ## size_2 number of ZFs in allele 2 ## seq_1 nucleotide sequence of allele 1 ## (Sequence of undetermined ZF is masked with U) ## seq_2 nucleotide sequence of allele 2 ## (Sequence of undetermined ZF is masked with U) ## nseqs number of long reads for this individual ## nzfseqs number of long reads with an intact ZF-array that coincide with ## the lengths of the two alleles. Max ZF-arryas identified per ## individual = 2,000 ## is_child is this individual a child of other individuals in this study ## (for YRI trios) id pop diploid homhet allele_1 allele_2 allele_1_code allele_2_code size_1 size_2 seq_1 seq_2 nseqs nzfseqs is_child AA-428 OTH A/A hom A A :A:B:C:D:D:E:C:F:G:H:F:I:J :A:B:C:D:D:E:C:F:G:H:F:I:J 13 13 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43209 1741 FALSE AN-472 OTH A/Av:s:0053:M1S:A-A het A Av:s:0053:M1S:A-A :A:B:C:D:D:E:C:F:G:H:F:I:J :A:B:C:D:D:E:C:F:G:H|d:J 13 12 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