Table S5. T. pallidum strains included in the pylogenetic tree,,,,,,,
,,,,,,,
Sample/ Strain ID,Citationa,SRA/NCBI_Accession/BioProject,,,,,
AU15,Arora_2016,SRR3268722,,,,,
AU16,Arora_2016,SRR3268723,,,,,
BAL73,Arora_2016,SRR3268726,,,,,
CZ27,Arora_2016,SRR3268685,,,,,
NE15,Arora_2016,SRR3268705,,,,,
NE17,Arora_2016,SRR3268707,,,,,
NE19,Arora_2016,SRR3268709,,,,,
NE20,Arora_2016,SRR3268710,,,,,
SW6,Arora_2016,SRR3268732,,,,,
SW8,Arora_2016,SRR3268736,,,,,
DAL-1,Cejkova_2012,NC_016844.1,,,,,
Nichols_v2,Petrosova_2013,NC_021490.2,,,,,
Reference,Petrosova_2013,NC_021508.1,,,,,
SS14_v2,Petrosova_2013,NC_021508.1,,,,,
PT_SIF0697,Pinto_2016,SRR3571774,,,,,
PT_SIF0751,Pinto_2016,SRR3584962,,,,,
PT_SIF0857,Pinto_2016,SRR3584965,,,,,
PT_SIF0877_3,Pinto_2016,SRR3571775,,,,,
PT_SIF0908,Pinto_2016,SRR3571776,,,,,
PT_SIF0954,Pinto_2016,SRR3571778,,,,,
PT_SIF1002,Pinto_2016,SRR3571783,,,,,
PT_SIF1020,Pinto_2016,SRR3571785,,,,,
PT_SIF1063,Pinto_2016,SRR3571786,,,,,
PT_SIF1135,Pinto_2016,SRR3584837,,,,,
PT_SIF1140,Pinto_2016,SRR3584838,,,,,
PT_SIF1142,Pinto_2016,SRR3584839,,,,,
PT_SIF1156,Pinto_2016,SRR3584840,,,,,
PT_SIF1167,Pinto_2016,SRR3584841,,,,,
PT_SIF1183,Pinto_2016,SRR3584842,,,,,
PT_SIF1196,Pinto_2016,SRR3584843,,,,,
PT_SIF1200,Pinto_2016,SRR3584844,,,,,
PT_SIF1242,Pinto_2016,SRR3584845,,,,,
PT_SIF1252,Pinto_2016,SRR3584871,,,,,
PT_SIF1261,Pinto_2016,SRR3584875,,,,,
PT_SIF1278,Pinto_2016,SRR3584879,,,,,
PT_SIF1280,Pinto_2016,SRR3584882,,,,,
PT_SIF1299,Pinto_2016,SRR3584884,,,,,
B3,Sun_2016,SRR2996728,,,,,
C3,Sun_2016,SRR2996729,,,,,
K3,Sun_2016,SRR2996730,,,,,
Q3,Sun_2016,SRR2996732,,,,,
SHC-0,Sun_2016,SRR2996724,,,,,
SHD-R,Sun_2016,SRR2996725,,,,,
SHE-V,Sun_2016,SRR2996726,,,,,
SHG-I2,Sun_2016,SRR2996727,,,,,
Chicago_tube2,Beale_2019,ERS2676913,,,,,
Mexico_A,Beale_2019,NC_018722.1,,,,,
Nichols_Houston_E,Beale_2019,ERS2676914,,,,,
Nichols_Houston_J,Beale_2019,ERS2676912,,,,,
Nichols_Houston_O,Beale_2019,ERS2676915,,,,,
Seattle_81-4,Beale_2019,ERS2676916,,,,,
UW074B,Beale_2019,ERS1884608,,,,,
UW093B,Beale_2019,ERS1884633,,,,,
UW099B,Beale_2019,ERS1884579,,,,,
UW102B,Beale_2019,ERS1884607,,,,,
UW104B,Beale_2019,ERS1884521,,,,,
UW116B,Beale_2019,ERS1884567,,,,,
UW125B,Beale_2019,ERS1884612,,,,,
UW134B,Beale_2019,ERS1884507,,,,,
UW138B,Beale_2019,ERS1884616,,,,,
UW140B,Beale_2019,ERS1884597,,,,,
UW147B,Beale_2019,ERS1884615,,,,,
UW148B,Beale_2019,ERS1884619,,,,,
UW149B,Beale_2019,ERS1884519,,,,,
UW155B,Beale_2019,ERS1884511,,,,,
UW181B,Beale_2019,ERS1884618,,,,,
UW187B,Beale_2019,ERS1884605,,,,,
UW195B,Beale_2019,ERS1884514,,,,,
UW211B,Beale_2019,ERS1884629,,,,,
UW213B,Beale_2019,ERS1884621,,,,,
UW215B,Beale_2019,ERS1884631,,,,,
UW228B,Beale_2019,ERS1884606,,,,,
UW231B,Beale_2019,ERS1884627,,,,,
UW244B,Beale_2019,ERS1884505,,,,,
UW254B,Beale_2019,ERS1884603,,,,,
UW254C,Beale_2019,ERS1884626,,,,,
UW259B,Beale_2019,ERS1884506,,,,,
UW262B,Beale_2019,ERS1884572,,,,,
UW264B,Beale_2019,ERS1884518,,,,,
UW280B,Beale_2019,ERS1884512,,,,,
UW281B,Beale_2019,ERS1884628,,,,,
UW291B,Beale_2019,ERS1884580,,,,,
UW298B,Beale_2019,ERS1884552,,,,,
UW303B,Beale_2019,ERS1884520,,,,,
UW304B,Beale_2019,ERS1884515,,,,,
UW327B,Beale_2019,ERS1884516,,,,,
UW330B,Beale_2019,ERS1884613,,,,,
UW337B,Beale_2019,ERS1884573,,,,,
UW344B,Beale_2019,ERS1884602,,,,,
UW368B,Beale_2019,ERS1884609,,,,,
UW370B,Beale_2019,ERS1884557,,,,,
UW376B,Beale_2019,ERS1884585,,,,,
UW383B,Beale_2019,ERS1884625,,,,,
UW391B,Beale_2019,ERS1884576,,,,,
UW391C,Beale_2019,ERS1884591,,,,,
UW411B,Beale_2019,ERS1884604,,,,,
UW473B,Beale_2019,ERS1884596,,,,,
UW492B,Beale_2019,ERS1884636,,,,,
UW526B,Beale_2019,ERS1884508,,,,,
UW823B,Beale_2019,ERS1884588,,,,,
UW824B,Beale_2019,ERS1884558,,,,,
UW852B,Beale_2019,ERS1884620,,,,,
NL10,Beale_2019,ERS1724924,,,,,
NL11,Beale_2019,ERS1724925,,,,,
NL13,Beale_2019,ERS1724927,,,,,
NL14,Beale_2019,ERS1724928,,,,,
NL16,Beale_2019,ERS1724930,,,,,
NL17,Beale_2019,ERS1724931,,,,,
NL19,Beale_2019,ERS1724933,,,,,
Amoy,Tong 2017,NZ_CP015162.1,,,,,
CDC-A,unpublished,NZ_CP010559.1,,,,,
Chicago_Population,unpublished,NZ_CP010558.1,,,,,
Seattle_Nichols,unpublished,NZ_CP010422.1,,,,,
CW30,Grillova_2019,GCA_005311165.1,,,,,
CW56,Grillova_2019,GCA_005311145.1,,,,,
CW59,Grillova_2019,GCA_005311445.1,,,,,
CW65,Grillova_2019,GCA_005311125.1,,,,,
CW82,Grillova_2019,GCA_005311105.1,,,,,
CW83,Grillova_2019,GCA_005311085.1,,,,,
CW84,Grillova_2019,GCA_005311205.1,,,,,
CW85,Grillova_2019,GCA_005311185.1,,,,,
CW86,Grillova_2019,GCA_005311065.1,,,,,
CW87,Grillova_2019,GCA_005341485.1,,,,,
CW88,Grillova_2019,GCA_005311045.1,,,,,
Grady,Grillova_2019,GCA_005408405.1,,,,,
Philadelphia-1,Grillova_2019,GCA_005408385.1,,,,,
Nichols-CDC,This study,PRJNA744275,,,,,
CDC-SF003,This study,PRJNA744275,,,,,
EUHM-004,This study,PRJNA744275,,,,,
EUHM-012,This study,PRJNA744275,,,,,
EUHM-013,This study,PRJNA744275,,,,,
EUHM-014,This study,PRJNA744275,,,,,
STLC-001,This study,PRJNA744275,,,,,
aPublications from where T. pallidum genomic data was obtained.,,,,,,,