Table 2. Oligonucleotide sequences of the RT-PCR primers.
| Standard names (Accession no.)* | Size (bp) | Predicted sense/antisense | Location (nt) | Gene (chromosome) |
|---|---|---|---|---|
| Voltage-gated Na+ channels | ||||
| SCN2A | 629 | 5′-ACATCTGTGTGAAGGCTGGTAG-3′/ | 1157-1179 | 2q23-q24 |
| (X65361) | 5′-CAGTAAGGACTGGTGTGGAGAA-3′ | 1763-1785 | ||
| SCN4A | 684 | 5′-GCCGTTCAACGACACCAACACC-3′/ | 932-954 | 17q23.1-q25.3 |
| (M81758) | 5′-GATGTGTCCAGGCTGCCATTGC-3′ | 1593-1615 | ||
| SCN5A | 466 | 5′ -AGAAGATGGTCCCAGAGCAATG-3′/ | 1647-1669 | 3p21 |
| (M77235.1) | 5′-CTCGAAGCCATCTACACACGGA-3′ | 2090-2112 | ||
| SCN6A | 507 | 5′-CAGATGAGGCCAAGACCATACA-3′/ | 1422-1444 | 2q21-q23 |
| (M91556) | 5′-ATCGAAGAAGAGCCATTCCTGC-3′ | 1906-1928 | ||
| β-actin | 661 | 5′-GACGGGGTCACCCACACTGTGCCCATCTA-3′/ | 2134-2162 | 7p22-p12 |
| (M10277) | 5′-CTAGAAGCATTTGCGGTGGACGATGGAGG-3′ | 2971-3000 | ||
| β-actin | 314 | 5′-CACTCTTCCAGCCTTCCTTC-3′/ | 820-840 | 7p22-p12 |
| (X00351) | 5′-CTCGTCATACTCCTGCTTGC-3′ | 1113-1133 | ||
| Voltage-gated Ca2+ channels | ||||
| L-type | ||||
| α1S | 246 | 5′-GGGAGCGAGGAGAGTAATCC-3′/ | 46-65 | 1q32 |
| (NM_000069) | 5′-CTCAGGAACTGGCTTCTTGG-3′ | 272-291 | ||
| α1C | 357 | 5′-TCTTTCACCCCAATGCCTAC-3′/ | 1875-1894 | 12p13.3 |
| (NM_000719 | 5′-CCTCCTGGTTGTAGCAGGTC-3′ | 2212-2231 | ||
| α1D | 258 | 5′-GCCAGATTGGTTGACACAGA-3′/ | 1819-1838 | 3p14.3 |
| (XM_003238) | 5′-CAGTGCCTGGTCACTTTGAA-3′ | 2057-2076 | ||
| α1F | 251 | 5′-CTACTTCCTGGGATCCGACA-3′/ | 863-882 | Xp11.23 |
| (NM_005183 | 5′-ACACCCAGGGCAGTTCATA-3′ | 1095-1113 | ||
| T-type | ||||
| α1G | 250 | 5′-TTCCCAAAGATGCACCTCAT-3′/ | 494-513 | 17q22 |
| (AF029229) | 5′-TGTGCCTGGGTACTTGACTG-3′ | 724-743 | ||
| α1H | 5′-ACCGTGTTCCAGATCCTGAC-3′/ | 3144-3163 | 22q13.1 | |
| (NM_021096) | 5′-TGAAGAGCACATAGTTGCCG-3′ | 3251-3270 | ||
| α1I | 270 | 5′-CCGTGGTTTGAATGTGTCAG-3′/ | 235-254 | 22q13.1 |
| (XM_010005) | 5′-GTCCAGGGAGTACTCGACCA-3′ | 485-504 | ||
| N-type | ||||
| α1B | 254 | 5′-CCCAGGCAGTGGAAGAAATA-3′/ | 2041-2060 | 9q34 |
| (XM_015804) | 5′-TGCTCCTGGAAGGTGATGAT-3′ | 2275-2294 | ||
| P/Q-type | ||||
| α1A | 250 | 5′-TTGCCCTACAGAAAGCCAAG-3′/ | 2458-2477 | 19p13.2-p13.1 |
| (XM_051369) | 5′-TCCAAGTGCGTCTTCATGTC-3′ | 2688-2707 | ||
| R-type | ||||
| α1E | 253 | 5′-GTGGCAAGTTACATCGAGCA-3′/ | 988-1007 | 1q25-q31 |
| (XM_001815) | 5′-CAATTCCAGGTGGCTCCTAA-3′ | 1221-1240 | ||
| α2δ1 | 178 | 5′-AGTGGATGGCCTGTGAAAAC-3′/ | 1231-1250 | 7q21-q22 |
| (XM_167505) | 5′-ACAAGTCCCAGTTCCAATGC-3′ | 1389-1408 | ||
| α2δ3 | 167 | 5′-CCTGTGCCAACAAAGGATTT-3′/ | 555-574 | 3p21.1 |
| (XM_035446) | 5′-CTTTTGTGCCTGAGGGAGAG-3′ | 702-721 | ||
| β1 | 253 | 5′-CTGGCTAAGCGCTCAGTTCT-3′/ | 976-995 | 17q21-q22 |
| (XM_054993) | 5′-GGGACTTGATGAGCCTTTGA-3′ | 1209-1228 | ||
| β2 | 241 | 5′-CCACAACCACAGAGACGAGA-3′/ | 2097-2116 | 10p12 |
| (NM_000724) | 5′-AACACAAAAGGGCAAAACTC-3′ | 2318-2337 | ||
| β3 | 248 | 5′-AGGAGATCTGGGAACCCTTC-3′/ | 406-425 | 12q13 |
| (XM_028766) | 5′-GTGACTCGGGTGATGGAGAT-3′ | 634-653 | ||
| β4 | 262 | 5′-CGCACCCTGAGAGTCTTTGT-3′/ | 342-361 | 2q22-q23 |
| (AF216867) | 5′-CCACCTGGACTCGACACAC3′ | 585-603 | ||
| γ1 | 250 | 5′-GATTTGTACCAAGCGCATCC-3′/ | 236-255 | 17q24 |
| (XM_008262) | 5′-TCGCAGCAGATAGTCCCTCT-3′ | 466-485 | ||
| γ2 | 249 | 5′-GGCTGTTTGATCGAGGTGTT-3′/ | 5-24 | 22q13.1 |
| (NM_006078) | 5′-TGCATCCTCTGGGAAGTGAT-3′ | 242-261 | ||
| γ3 | 259 | 5′-CCTTGGGGGAAGTGTACAGA-3′/ | 1327-1346 | 1612-p13.1 |
| (NM_006539) | 5′-CAAGGAGGGAAGAATGTGGA-3′ | 1566-1585 | ||
| γ4 | 299 | 5′-CTACAGCCGCAAGAACAACA-3′/ | 407-426 | 17q24 |
| (NM_014408) | 5′-AAGGAGAAGAGGAAGACGCC-3′ | 686-705 | ||
| γ5 | 337 | 5′-CGATGAGATGCTCAACAGGA-3′/ | 471-490 | 17q24 |
| (AF361351) | 5′-CTGATCATAGTCGGGGCACT-3′ | 788-807 | ||
| γ6 | 271 | 5′-TTGGGGTGCCTCTGTATCAT-3′/ | 460-479 | 19q13.4 |
| (AF361352) | 5′-GCAGTGTGAGCAGCAGAAAG-3′ | 711-730 | ||
| Voltage-gated K+ channels | ||||
| Kv1.1 (KCNA1) | 258 | 5′-CGGGGTCATCCTGTTTTCTA-3′/ | 1005-1024 | 12p13 |
| (NM_000217) | 5′-CCCTCAGTTTCTCGGTGGTA-3′ | 1243-1262 | ||
| Kv1.2 (KCNA2) | 200 | 5′-ATGAGAGAATTGGGCCTCCT-3′/ | 986-1005 | 1p13 |
| (NM_004974) | 5′-CCCACTATCTTTCCCCCAAT-3′ | 1166-1185 | ||
| Kv1.3 (KCNA3) | 259 | 5′-TCTGCCTATGCCCTTGTTTT-3′/ | 1711-1730 | 1p21-p13.3 |
| (NM_002232) | 5′-TTCCTCCCAGGATGTACTGC-3′ | 1950-1969 | ||
| Kv1.4 (KCNA4) | 571 | 5′-TGGCGGCTACAGTTCAGTC-3′/ | 1640-1658 | 11q13.4-q14.1 |
| (NM_002233) | 5′-ATCATTCAACAACCCACCAT-3′ | 2191-2210 | ||
| Kv1.5 (KCNA5) | 201 | 5′-ACTTGCGGAGGTCCCTTTAT-3′/ | 2013-2032 | 12p13 |
| (NM_002234) | 5′-GGAGGGAGGAAAGGAGTGAA-3′ | 2194-2213 | ||
| Kv1.6 (KCNA6) | 197 | 5′-CAGAGGAATCGTGTTGCAGA-3′/ | 3380-3399 | 12p13 |
| (NM_002235) | 5′-TGCCCATAAAATGGGAAGAA-3′ | 3557-3576 | ||
| Kv1.7 (KCNA7) | 300 | 5′-CTTCCAGGGGCATGTTATTTTA-3′/ | 2254-2275 | 19q13.3 |
| (NM_031886) | 5′-CTCAATGGAACTCAATTCAGCA-3′ | 2532-2553 | ||
| Kv1.10 (KCNA10) | 201 | 5′-TGGGGTTGCTCATCTTCTTT-3′/ | 1124-1143 | 1p13.1 |
| (NM_005549) | 5′-CACACAGAGTGCCCACAATC-3′ | 1305-1324 | ||
| Kvβ1 (KCNAB1) | 197 | 5′-AGGCTGCAGCTCGAGTATGT-3′/ | 701-720 | 3q26.1 |
| (NM_003471) | 5′-ACCGGTGGGATCATATTGAA-3′ | 878-897 | ||
| Kvβ2 (KCNAB2) | 195 | 5′-TGGGCAATAAACCCTACAGC-3′/ | 1242-1261 | 1p36.3 |
| (NM_003636) | 5′-CAGCGACTTGGGAGATCATT-3′ | 1417-1436 | ||
| Kvβ3 (KCNAB3) | 200 | 5′-GTGGTGTTCGGGTATCCTGT-3′/ | 257-276 | 17p13.1 |
| (NM_004732) | 5′-TGATCTCCTCCAACCTTTGC-3′ | 437-456 | ||
| Kv2.1 (KCNB1) | 383 | 5′-ACAGAGCAAACCAAAGGAAGAAC-3′/ | 1656-1678 | 20q13.2 |
| (NM_004975) | 5′-CACCCTCCATGAAGTTGACTTTA-3′ | 2016-2038 | ||
| Kv3.1 (KCNC1) | 387 | 5′-GGAGGCCTTCCTTACCTACATC-3′/ | 791-812 | 11p15 |
| (NM_004976) | 5′-CCTATCCTCTCGGCGTAGTAGA-3′ | 1156-1177 | ||
| Kv3.3 (KCNC3) | 199 | 5′-TGCTGCTCATCATCTTCCTG-3′/ | 1641-1660 | 19q13.3-q13.4 |
| (NM_004977) | 5′-GACCACGTCTTGGGGTACAT-3′ | 1820-1839 | ||
| Kv3.4 (KCNC4) | 196 | 5′-CTACCTGGAGGTGGGACTGA-3′/ | 1131-1150 | 1p21 |
| (NM_004978) | 5′-CAGGGCCAGGAAGATGATAA-3′ | 1307-1326 | ||
| Kv4.1 (KCND1) | 199 | 5′-GAGAAGACAACGTGCCATGA-3′/ | 1456-1475 | Xp11.23-p11.3 |
| (NM_004979) | 5′-TGACTGAGGCAGTGGAGTTG-3′ | 1635-1654 | ||
| Kv4.2 (KCND2) | 201 | 5′-GCCAATGTGTCAGGAAGTCA-3′/ | 1857-1876 | 7q31-q32 |
| (NM_012281) | 5′-TTCTGGGGTGGTTACTGGAG-3′ | 2038-2057 | ||
| Kv4.3 (KCND3) | 275 | 5′-CATGGCCATCATCATCTTTG-3′/ | 1465-1484 | 1p13.3 |
| (NM_004980) | 5′-CCCTGCGTTTATCAGCTCTC-3′ | 1720-1739 | ||
| Kv5.1 (KCNF1) | 195 | 5′-GCCAGCGACGACATAGAGAT-3′/ | 303-322 | 2p25 |
| (NM_002236) | 5′-CGGGTCCCTGTCAAAGTAGA-3′ | 478-497 | ||
| Kv6.1 (KCNG1) | 191 | 5′-CTACTGGTGGGCTGTCATCA-3′/ | 1242-1261 | 20q13 |
| (NM_002237) | 5′-TCACCCTCTCTTGCTCCTGT-3′ | 1413-1432 | ||
| Kv6.2 (KCNG2) | 254 | 5′-CTGCTGCTGCTGTTCCTCTG-3′/ | 347-366 | 18q22-q23 |
| (NM_012283) | 5′-AAAGGTGTGGAAGATGGAGGT-3′ | 581-601 | ||
| Kv6.3 (KCNG3) | 227 | 5′-TGCATAGGTTGGTTCACTGC-3′/ | 682-701 | 16q24 |
| (NM_133329) | 5′-GGCAAGCTTAATCACCCAAA-3′ | 890-909 | ||
| (Identical gene to Kv10.1) | ||||
| Kv9.1 (KCNS1) | 202 | 5′-ATACCAGCCCTTCTGCACAC-3′/ | 4234-4253 | 20q12 |
| (NM_002251) | 5′-AGGCCAGATGATTCCCTCTT-3′ | 4416-4435 | ||
| Kv9.3 (KCNS3) | 200 | 5′-CAGTGAGGATGCACCAGAGA-3′/ | 1652-1671 | 2p24 |
| (NM_002252) | 5′-TTGCTGTGCAATTCTCCAAG-3′ | 1832-1851 | ||
| Kv10.1 (KCNG3) | 227 | 5′-TGCATAGGTTGGTTCACTGC-3′/ | 682-701 | 2p21 |
| (AF-348982) | 5′-GGCAAGCTTAATCACCCAAA-3′ | 890-909 | ||
| (Identical gene to Kv6.3) | ||||
| Kv11.1 | 210 | 5′-CCTTCCTCTGCATTGCTTTT-3′/ | 1425-1444 | 9p24.2 |
| (NM_133497.1) | 5′-CTTGTCTTGGGGTGAGCTGT-3′ | 1615-1634 | ||
| Voltage-dependent Ca2+-activated K+ channels | ||||
| MaxiKca-α1 | 442 | 5′-CTACTGGGATGTTTCACTGGTGT-3′/ | 2210-2232 | 10q22 |
| (NM_002247) | 5′-TGCTGTCATCAAACTGCATA-3′ | 2634-2653 | ||
| MaxiKca-β1 | 363 | 5′-TCTACTGCTTCTCCGCAC-3′/ | 557-574 | 5q34 |
| (NM_004137) | 5′-GAGCAGGCAATGACTTCA-3′ | 902-919 | ||
| MaxiKca-β2 | 449 | 5′-GGGACTGGCTATGATGGT-3′/ | 502-519 | 3q26.2-q27.1 |
| (NM_005832) | 5′-GTGAATGGAACAGCACGTTG-3′ | 931-950 | ||
| MaxiKca-β3 | 351 | 5′-GCTCAACAGTGCTCTGGACA-3′/ | 1013-1032 | 3q26.3-q27.1 |
| (NM_014407) | 5′-TGGCCACCGTCTTAAGATTT-3′ | 1344-1363 | ||
| MaxiKca-β4 | 300 | 5′-CTGAGTCCAACTCTAGGGCG-3′/ | 612-631 | 12q14.1-q15 |
| (NM_014505) | 5′-TGGTCAGGACCACAATGAGA-3′ | 892-911 | ||
| Kca-SK1 | 357 | 5′-CTTCCTCTCCATTGGCTACG-3′/ | 1301-1320 | 19p13.1 |
| (NM_002248) | 5′-TTCCCTTGCTCGATCTTCAC-3′ | 1638-1657 | ||
| Kca-SK2 | 451 | 5′-CAAGCAAACACTTTGGTGGA-3′ | 1880-1899 | 5q22.3 |
| (NM_021614) | 5′-TGTTCAGGTTCCCAGGATTC-3′ | 2311-2330 | ||
| Kca-SK3 | 349 | 5′-CTTGATCATCGCCTACCACA-3′/ | 1344-1363 | 1q21.3 |
| (NM_002249) | 5′-GCGGGTGTTGAAGTTGATCT-3′ | 1673-1692 | ||
| Kca-SK4 | 399 | 5′-GCCCTGGAGAAACAGATTGA-3′/ | 1567-1586 | 19q13.2 |
| (NM_002250) | 5′-AGAGCTGGAGGTCGTCCATA-3′ | 1946-1965 |
*
The accession numbers in GenBank for the sequence used in designing the primers