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. 2022 Jul 28;47(7):829–838. [Article in Chinese] doi: 10.11817/j.issn.1672-7347.2022.210533

低氧诱导长链非编码核内小RNA宿主基因14促进胶质瘤替莫唑胺耐药的机制

Mechanisms for hypoxia-induced long non-coding small nucleolar RNA host gene 14 in promoting temozolomide resistance of glioma

赵 海婷 1,5, 孟 莉 2, 廖 新斌 3, 刘 燚 3, 莫 鑫 3, 龚 梦麒 3, 廖 艺玮 3,
Editor: 傅 希文
PMCID: PMC10930296  PMID: 36039578

Abstract

目的

探讨低氧诱导的长链非编码核内小RNA宿主基因14(long non‑coding small nucleolar RNA host gene 14,lncRNA SNHG14)在胶质瘤替莫唑胺(temozolomide,TMZ)耐药中的作用和潜在机制。

方法

根据不同处理将实验分为常氧组、低氧组、对照组(NC组)和TMZ组,利用real-time PCR和蛋白质印迹法分别检测胶质瘤细胞SNB19和U251中lncRNA SNHG14和O6-甲基鸟嘌呤DNA甲基转移酶(O6-methylguanine DNA methyltransferase,MGMT)的表达水平,分析lncRNA SNHG14表达水平与低氧和TMZ处理的关系。利用siRNA干扰胶质瘤细胞中lncRNA SNHG14表达,将转染后的胶质瘤细胞分为si-对照组(si-NC组)和si-SNHG14组,利用real-time PCR检测干扰效率,并采用蛋白质印迹法检测TMZ敏感性调控关键因子MGMT的表达变化,采用流式细胞术检测细胞凋亡;此外,增设常氧组和低氧组,应用MTT法检测不同TMZ浓度梯度下各组胶质瘤的细胞活性,分析lncRNA SNHG14对胶质瘤TMZ敏感性的影响。利用在线工具针对性地预测与lncRNA SNHG14和MGMT结合的miRNAs。应用real-time PCR观察不同环境下si-NC组、si-SNHG14组、常氧组和低氧组miR-143的丰度变化。利用miR-143拟似剂(mimics)和抑制剂(inhibitor)改变胶质瘤细胞中miR-143水平,将实验设置为NC inhibitor组、miR-143 inhibitor组、NC mimics组和miR-143 mimics组,采用real-time PCR检测干扰效率,应用蛋白质印迹法检测MGMT的表达水平,分析miR-143对MGMT水平的影响。对NC inhibitor组、miR-143 inhibitor组、NC mimics组和miR-143 mimics组进行不同干预,采用双荧光素酶报告实验观察lncRNA SNHG14和MGMT荧光素酶的活性变化,验证lncRNA SNHG14、miR-143和MGMT之间的靶向调控关系。最后,设置NC组和lncRNA SNHG14过表达组,通过RNA结合蛋白免疫沉淀实验检测各组中miR-143和MGMT的丰度变化,分析lncRNA SNHG14、miR-143和MGMT间的竞争结合关系。

结果

与常氧组相比,低氧组可以促进胶质瘤细胞中lncRNA SNHG14表达;与NC组相比,TMZ组能显著抑制lncRNA SNHG14的表达(均P<0.05)。与si-NC组相比,si-SNHG14组可有效抑制lncRNA SNHG14表达,且MGMT表达水平呈现显著下降,细胞凋亡率显著升高(均P<0.05)。随着TMZ浓度的升高,si-SNHG14组胶质瘤细胞活力显著低于si-NC组,低氧组的细胞活力显著高于常氧组(均P<0.05)。在线工具预测发现:miR-143与lncRNA SNHG14和MGMT存在结合位点,低氧组miR-143丰度显著低于常氧组,si-SNHG14组miR-143丰度显著高于si-NC组(均P<0.05)。miR-143 mimics组或miR-143 inhibitor组可显著过表达或低表达miR-143(均P<0.05),但NC mimics组或NC inhibitor组与NC组相比,差异均无统计学意义(均P>0.05);miR-143 inhibitor组MGMT蛋白水平显著上调(P<0.01),miR-143 mimics组则反之(P<0.01)。双荧光素酶报告实验显示:NC mimics组或NC inhibitor组与各自的对照组相比,差异均无统计学意义(均P>0.05);miR-143 mimics组野生型SNHG14和MGMT的荧光素酶活性显著下调,而miR-143 inhibitor组野生型SNHG14和MGMT的荧光素酶活性显著上调(分别P<0.01和P<0.05);但突变型SNHG14和MGMT的荧光素酶活性均无明显变化(均P>0.05)。RNA结合蛋白免疫沉淀实验结果显示:与NC组相比,过表达lncRNA SNHG14组细胞中沉淀的argonaute 2蛋白上结合有更多的lncRNA SNHG14,但MGMT mRNA丰度却出现显著下降,差异均有统计学意义(均P<0.01),lncRNA SNHG14、miR-143和MGMT之间存在靶向调控关系。

结论

低氧下胶质瘤细胞中表达上调的lncRNA SNHG14靶向miR-143,解除miR-143对MGMT的抑制,从而促进胶质瘤细胞产生TMZ耐药。

Keywords: 胶质瘤, 低氧, 替莫唑胺, 耐药, 长链非编码RNA


胶质瘤是中枢神经系统肿瘤中最常见的恶性肿瘤,占所有脑肿瘤的一半以上[1]。胶质瘤具有发病率高、复发率高、病死率高和治愈率低的特点,高度恶性脑胶质瘤患者的生存期不足1年[2]。替莫唑胺(temozolomide,TMZ)对胶质瘤具有一定的治疗作用,TMZ联合放射治疗(以下简称放疗)可显著延长胶质瘤患者的存活率[3]。虽然目前TMZ是临床治疗神经胶质细胞瘤的一线化学治疗(以下简称化疗)药物,但胶质瘤的高复发率和病死率依然威胁着人类健康。因此,寻找可以抑制胶质瘤浸润生长和提高TMZ敏感性以抵抗化疗耐受是目前胶质瘤防治的热点研究之一。

低氧是胶质瘤发展过程中所必须经历的环境条件之一[4],低氧可促进脑胶质瘤侵袭和预后不良表型的发展,对胶质瘤产生TMZ耐药起重要作用[5],而低氧下DNA修复酶O6-甲基鸟嘌呤DNA甲基转移酶(O6-methylguanine DNA methyltransferase,MGMT)是胶质瘤细胞对TMZ耐药的关键酶[6],MGMT的活性在胶质瘤对TMZ的耐药机制中是一个重要因素,能降低MGMT的表达活性,而降低胶质瘤细胞的DNA修复能力可用来增强TMZ对胶质瘤细胞的疗效,故可认为是提高TMZ疗效的一个重要途径[7]。随着高通量测序和芯片技术的发展,越来越多的胶质瘤中表达紊乱的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)已被发现,这些lncRNA可作为内源竞争RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)靶向miRNA,调控相关基因表达,参与胶质瘤的病理、生理过程[8]。本研究通过芯片和在线工具分析发现:低氧下胶质瘤SNB19细胞中高表达的长链非编码核内小RNA宿主基因14(long non‑coding small nucleolar RNA host gene 14,lncRNA SNHG14)与miR-143、miR-143和MGMT mRNA之间均存在结合位点,提示lncRNA SNHG14、miR-143和MGMT之间可能存在相互调控关系,因此本研究拟探讨lncRNA SNHG14/miR-143/MGMT轴在低氧下胶质瘤TMZ耐药中的作用。

1. 材料与方法

1.1. 材料

人脑胶质瘤细胞株U251、SNB19均购自湖南丰晖生物科技有限公司;胎牛血清、细胞培养基购自美国Gibco公司;MTT检测试剂盒购自美国Sigma公司;TRIzol试剂购自美国Thermo Fisher公司;反转录试剂盒及荧光素酶报告载体Renilla psiCHECK2均购自美国Promega公司;real-time PCR试剂购自瑞士Roche公司,引物由北京擎科生物科技有限公司合成;BCA蛋白浓度检测试剂盒购自美国Bio-Rad公司;MGMT(抗体编号ab39253)、GAPDH(抗体编号ab8245)、argonaute 2(AGO2)(抗体编号ab57113)抗体均购自英国Abcam公司。

1.2. 方法

1.2.1. 细胞培养

胶质瘤SNB19和U251细胞株用RPMI-1640培养基(含15%小牛血清、100 U/mL青霉素、100 μg/mL链霉素)培养于37 ℃、5%CO2、20% O2(常氧)或1% O2(低氧)、饱和湿度95%的培养箱中,每隔2~3 d换液,胰蛋白酶消化、传代,显微镜下观察细胞形态,当细胞生长到对数期时,取细胞进行后续实验。实验分为常氧组、低氧组。

1.2.2. 细胞转染及分组

将处于对数生长期的胶质瘤SNB19和U251细胞株接种在6孔细胞培养板上,当细胞生长至60~70%的密度时,根据转染试剂产品Lipofectamine 2000的使用要求,按照实验步骤转染miRNA拟似剂(mimics)/抑制剂(inhibitor)或siRNA。实验分为si-正常对照组(si-NC组)、si-SNHG14组、mimics对照组(NC mimics组)、miR-143 mimics组、inhibitor对照组(NC inhibitor组)、miR-143 inhibitor组。

1.2.3. Real-time PCR实验

使用TRIzol一步法裂解SNB19和U251细胞,离心,获取RNA,通过核算定量仪及琼脂糖凝胶电泳,检测RNA的纯度和浓度,将获得的RNA反转录成cDNA,随后加入real-time PCR反应混合物Syber mix体系,上机,加入引物,PCR扩增,以GAPDH为内参,使用2-ΔΔCt方法(首先计算样品和校正样品的平均Ct值,然后用目的基因的平均Ct值减去内参基因的平均Ct值,计算各个样品的ΔCt值;样品的ΔCt值减去校正样品的ΔCt值,计算各个样品的ΔΔCt,最后计算相对表达比率2-ΔΔCt)。计算相对表达水平,所用引物序列信息见表1。实验分为常氧组、低氧组、NC组、TMZ组、si-NC组、si-SNHG14组。

表1.

Real-time PCR引物

Table 1 Primer of real-time PCR

引物 序列
SNHG14 正向 5'-TCACAGAGGCAAGTGCTACCG-3'
反向 5'-ACTGATGGTAAAGTGGACTGGATG-3'
MGMT 正向 5'-ACCGTTTGCGACTTGGTACTT-3'
反向 5'-GGAGCTTTATTTCGTGCAGACC-3'
miR-143 正向 5'-GCCTGAGATGAAGCACTG-3'
反向 5'-CAGTGCGTGTCGTGGA-3'
GAPDH 正向 5'-ACAGCCTCAAGATCATCAGC-3'
反向 5'-GGTCATGAGTCCTTCCACGAT-3'

1.2.4. 蛋白质印迹法检测

提取待测SNP19和U251细胞中的总蛋白,通过BCA法测定蛋白浓度,随后进行SDS-PAGE电泳,再将蛋白转模至PVDF膜上,并用脱脂牛奶进行封闭,封闭后加一抗孵育,4 ℃孵育12 h,孵育结束后洗膜,加入二抗孵育,室温孵育2 h,孵育结束后洗膜,利用ECL显影,各组样品用GAPDH作内源性对照。实验分为NC组、TMZ组、si-NC组、si-SNHG14组、NC mimics组、miR-143 mimics组、NC inhibitor组、miR-143 inhibitor组。

1.2.5. TMZ化疗敏感性检测

MTT检测细胞活力:以2×105个/孔细胞接种于96孔板中,向细胞中添加不同浓度的TMZ(7.5、15.0、30.0、60.0、120.0、240.0、480.0 μmol/L)处理72 h后,每孔加入20 μLMTT溶液,继续孵育4 h,终止培养,弃去上清液,每个孔加入150 μL DMSO,振荡10 min,充分溶解后在酶标仪读取490 nm处的吸光度值[抑制率=(1-A实验组/A对照组)×100%],以抑制率为纵坐标,药物浓度(lnX)为横坐标,再根据拟合曲线公式[Y=A×lnX+B(A为直线的斜率,B为截距)]求出半抑制率和细胞抑制率50%时的TMZ浓度(half maximal inhibitory concentration,IC50)。根据TMZ浓度分共7组:7.5、15.0、30.0、60.0、120.0、240.0及480.0 mmol/L组。

1.2.6. 双荧光素酶报告实验

将对数生长期的HEK293T细胞接种于24孔细胞培养板中,培养12 h,在细胞中分别转染野生型(wild type,wt)/突变型(mutant type,mut) MGMT、wt/mut SNHG14荧光素酶报告质粒,同时向不同组细胞中转染miR-143 mimics、mimics NC、miR143 inhibitor、inhibitor NC,放入培养箱中继续培养48 h,后利用试剂盒测定各组中荧光素酶的相对活性。实验分为NC mimics组、miR-143 mimics组、NC inhibitor组、miR-143 inhibitor组。

1.2.7. RNA结合蛋白免疫沉淀

将空载质粒和lncRNA SNHG14过表达质粒分别转染HEK 293T细胞,利用AGO2抗体将AGO2蛋白上结合的lncRNA SNHG14和MGMT mRNA一起进行沉淀,洗去未结合的物质,利用real-time PCR检测沉淀复合物中是否存在lncRNA SNHG14MGMT mRNA以及各自的表达量。实验分为有NC组和过表达lncRNA SNHG14组。

1.3. 统计学处理

采用SPSS 22.0统计学软件进行数据分析,每项实验均平行重复3次,数据最后以均数±标准差( x¯ ±s)表示,并且在方差分析前,根据格拉布斯准则去除逸出值,两两比较使用LSD-t检验,P<0.05为差异有统计学意义。绘制图表采用Graphpad Prim 7.0软件。

2. 结 果

2.1. 低氧或TMZ处理下胶质瘤细胞系中lncRNA SNHG14的表达

Real-time PCR结果表明:低氧组lncRNA SNHG14的表达显著高于常氧组,TMZ组lncRNA SNHG14表达水平显著低于NC组(均P<0.01,图1A)。此外,相比于NC组,TMZ组中MGMT的蛋白水平显著下降(P<0.01;图1B,1C)。

图1.

图1

胶质瘤细胞中低氧和TMZSNHG14表达的影响

Figure 1 Effect of hypoxic and TMZ on the expression of SNHG14 in glioma cells

A: Expression of SNHG14 in SNB19 and U251 cell lines in normoxic and hypoxic environment. **P<0.01 vs the normoxia group. B: Expression of SNHG14 in SNB19 and U251 cell line under TMZ treatment. **P<0.01 vs the NC group. C: Expression of MGMT in SNB19 and U251 cell lines under TMZ treatment. **P<0.01 vs the NC group.

2.2. LncRNA SNHG14表达变化对低氧下人脑胶质瘤细胞TMZ敏感性的影响

相比于si-NC组,SNB19和U251细胞株si-SNHG14组的lncRNA SNHG14表达均被有效抑制(均P<0.01,图2A);si-SNHG14组MGMT的表达水平显著低于Si-NC组(均P<0.01,图2B)。MTT结果显示:相比于常氧组,胶质瘤SNB19和U251细胞株低氧组对TMZ的耐药性均明显提高(均P<0.01;图2C,2D);而si-SNHG14组细胞对TMZ的耐药性明显低于si-NC组(图2E,2F;均P<0.05)。流式细胞术检测显示:与si-NC组相比,胶质瘤SNB19和U251细胞株si-SNHG14组凋亡率均上升(均P<0.01,图2G)。

图2.

图2

SNHG14对低氧下人脑胶质瘤细胞TMZ敏感性的影响

Figure 2 Effect of SNHG14 on TMZ sensitivity in human glioma cells under hypoxia

A: Efficiency of SNHG14 interference. **P<0.01 vs the si-NC group. B: Effect of SNHG14 on MGMT expression in SNB19 and U251 cell lines. **P<0.01 vs the si-NC group. C, D: Sensitivity of SNB19 (C) and U251 (D) cell lines to TMZ in normoxic and hypoxic environments.**P<0.01 vs the normoxia group. E, F: Effect of SNHG14 on the sensitivity to TMZ in SNB19 (E) and U251 cell lines (F). *P<0.05 vs the si-NC group. G: Effect of SNHG14 on apoptosis of SNB19 and U251 cell lines. **P<0.01 vs the si-NC group.

2.3. LncRNA SNHG14miR-143MGMT之间的靶向结果

在线工具预测发现miR-143与lncRNA SNHG14和MGMT分别存在结合位点。real-time PCR结果表明:与常氧组相比,低氧组miR-143的表达显著下调;相较于si-NC组,si-SNHG14组可显著提高细胞中miR-143的丰度(均P<0.01)。Real-time PCR结果显示:NC mimics组与NC inhibitor组相比,miR-143丰度无明显变化(均P>0.05),miR-143 mimics组或miR-143 inhibitor组细胞内miR-143丰度显著上调或下调(均P<0.001)。蛋白质印迹法检测结果显示:在常氧环境下,与miR-143丰度无明显变化的NC mimics组或NC inhibitor组相比,miR-143 inhibitor组SNB19细胞中MGMT表达上调(P<0.01),而miR-143 mimics组SNB19细胞中MGMT表达下调(P<0.05);U251细胞中呈现相同趋势,且差异均具有统计学意义(均P<0.01;图3)。

图 3.

图 3

SNHG14miR-143MGMT之间的靶向结果

Figure 3 Result of targeting among SNHG14miR-143MGMT

A: Binding sites of miR-143 with SNHG14 and MGMT. B: MiR-143 levels in SNB19 and U251 cell line under normoxia and hypoxia. **P<0.01 vs the normoxia group. C: Effect of SNHG14 on miR-143 levels in SNB19 and U251 cell line. **P<0.01 vs the si-NC group. D: Efficiency of miR-143 mimics or inhibitor. ***P<0.001 vs the NC mimics group; †††P<0.001 vs the NC inhibitor group. E: Effect of miR-143 on MGMT protein levels in SNB19 and U251 cell line. *P<0.05, **P<0.01 the NC inhibitor group; †P<0.05, ††P<0.01 vs the NC mimics group.

2.4. LncRNA SNHG14miR-143MGMT间调控范式的验证

荧光素酶报告实验显示:与荧光素酶活性无明显差异的NC mimics组和NC inhibitor组相比,miR-143 mimics组野生型SNHG14和MGMT荧光素酶活性显著下调(均P<0.01),而miR-143 inhibitor组野生型SNHG14(P<0.01)和MGMT(P<0.05)荧光素酶活性均显著上调;突变型SNHG14和MGMT的荧光素酶活性均无明显变化(均P>0.05,图4)。

图 4.

图 4

双荧光素酶活性分析lncRNA SNHG14miR-143MGMT间的调控范式

Figure 4 Regulatory paradigms among lncRNA SNHG14, miR-143 and MGMT by dual luciferase activity analysis

A: Verification of regulatory relationship between lncRNA SNHG14 and miR-143; B: Verification of regulatory relationship between miR-143 and MGMT. **P<0.01 vs the NC mimics group; †P<0.05, ††P<0.01 vs the NC inhibitor group.

2.5. LncRNA SNHG14miR-143MGMTceRNA的验证

RNA结合蛋白免疫沉淀实验显示:与转染空载质粒的NC组HEK 293T细胞相比,转染有SNHG14过表达质粒的过表达lncRNA SNHG14组细胞中沉淀的AGO2蛋白上结合有更多的lncRNA SNHG14,但MGMT mRNA丰度却出现显著下降(均P<0.01,图5)。

图5.

图5

LncRNA SNHG14miR-143MGMTceRNA的验证

Figure 5 Verification of ceRNA among lncRNA SNHG14, miR-143 and MGMT

**P<0.01 vs the NC group.

3. 讨 论

随着全球环境的不断恶化,胶质瘤发病率呈逐年增长的趋势,因此现今胶质瘤也成为中枢神经系统肿瘤研究热点领域[9]

低氧是胶质瘤发展过程中所必须经历的微环境条件之一[4],胶质瘤细胞的异常增殖导致耗氧较高,超过了微血管所能提供的耗氧量,肿瘤微循环被扰乱,从而使实体瘤发生缺氧[10]。研究[5]发现低氧可促进胶质瘤侵袭和向预后不良表型的发展,对胶质瘤细胞产生TMZ耐药也起重要作用。本研究通过生物信息分析和功能试验证明:与正常胶质细胞相比,lncRNA SNHG14在不用胶质瘤细胞中表达均出现上调,且低氧环境可以促进lncRNA SNHG14表达,低氧环境下敲低lncRNA SNHG14可以增加胶质瘤细胞的TMZ敏感性。通过在线预测工具,发现lncRNA SNHG14、miR-143和MGMT之间可能存在ceRNA调控范式关系,再通过转染si-SNHG14,发现敲低lncRNA SNHG14可以降低miR-143丰度,增加TMZ敏感性调控关键因子MGMT丰度;而miR-143具有降低MGMT丰度的作用。最后通过双荧光素酶报告实验证实了lncRNA SNHG14、miR-143和MGMT之间的靶向关系,进一步验证低氧下胶质瘤细胞中表达上调的lncRNA SNHG14可能介导miR-143/MGMT轴,因而可参与胶质瘤细胞产生TMZ耐药。

近年来随着测序技术的发展,越来越多的胶质瘤中表达失调的lncRNA被发现,这些lncRNA可通过沉默或激活基因,参与胶质瘤的发生和发展[11-12]。目前,lncRNA SNHG14的促癌作用在多种肿瘤中已被揭示,如外泌体lncRNA SNHG14会促进乳腺癌细胞产生曲妥珠单抗耐药。lncRNA-SNHG14/miR-5590-3p/锌指E-盒结合同源异形盒-1正反馈环通过激活PD-1/PD-L1而促进弥漫性大B细胞淋巴瘤的进展和免疫逃避[13]。在胶质瘤相关研究[14]中,lncRNA SNHG14也是胶质瘤进展的危险因素,增加lncRNA SNHG14稳定性可增加裸鼠体内异位移植瘤的生长,缩短裸鼠的存活时间。此外,有研究[15]发现DNA甲基化介导的lncRNA-SNHG12激活可以促进胶质母细胞瘤对TMZ的耐药。本研究在已有研究报道基础上,进一步探讨低氧下lncRNA SNHG14在胶质瘤TMZ耐药中的功能作用以及具体机制,明确低氧下lncRNA SNHG14/miR-143/MGMT轴是胶质瘤产生TMZ耐药的关键。而MGMT负责TMZ诱导的主要毒性DNA加合物O6-甲基鸟嘌呤损伤的直接修复,因此MGMT是胶质瘤TMZ耐药和复发的标志物[7, 16]

结合本研究结果和上述研究报道,低氧下胶质瘤细胞中高表达的lncRNA SNHG14通过靶向miR-143,解除miR-143对MGMT的抑制,从而导致胶质瘤产生TMZ耐药。本研究通过明确lncRNA SNHG14/miR-143/MGMT轴在胶质瘤TMZ耐药中的功能,不但阐明了lncRNA SNHG14在促进胶质瘤TMZ耐药中的功能和机制,为胶质瘤的诊治提供了潜在靶点,而且为TMZ在胶质瘤治疗中的联合用药方法提供了理论指导。

Http://xbyxb.csu.edu.cn

《中南大学学报(医学版)》编辑部

基金资助

国家自然科学基金(81702490)。

This work was supported by the National Natural Science Foundation of China(81702490).

利益冲突声明

作者声称无任何利益冲突。

作者贡献

赵海婷 论文构想、撰写;孟莉、廖新斌 实验相关试剂采购,数据采集;刘燚、莫鑫、龚梦琪 统计分析,绘图;廖艺玮 论文修改。所有作者阅读并同意最终的文本。

原文网址

http://xbyxb.csu.edu.cn/xbwk/fileup/PDF/202207829.pdf

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