Table 1. Distribution of SARS-CoV-2 variants among sequences deposited on IBDC from India.
IBDC: Indian Biological Data Centre.
| Clade | Nextclade Pangolin lineage | Count (%) | ||
| 21K | BA.1* | BA.1 | 2 | 23 (0.73%) |
| BA.1.1 | 21 | |||
| 21L | BA.2* | BA.2 | 31 | 56 (1.78%) |
| BA.2.1 | 4 | |||
| BA.2.10.4 | 1 | |||
| BA.2.12 | 1 | |||
| BA.2.38 | 13 | |||
| BA.2.38.1 | 1 | |||
| BA.2.76 | 1 | |||
| 22C | BA.2.12.1 | 1 | ||
| CH.1.1.24 | 1 | |||
| DV.7.1.3 | 1 | |||
| FK.1.1 | 1 | |||
| 22B | BA.5* | BA.5 | 1 | 5 (0.16%) |
| BA.5.5 | 1 | |||
| BA.5.5.1 | 1 | |||
| BE.1.1 | 1 | |||
| 22E | BQ.1.22 | 1 | ||
| 23A | XBB.1.5* | GF.1 | 1 | 11 (0.35%) |
| JD.1.1 | 2 | |||
| XBB.1.5 | 6 | |||
| XBB.1.5.28 | 1 | |||
| 23G | GK.1.1 | 1 | ||
| 23D | XBB.1.9* | XBB.1.9.1 | 2 | 47 (1.49%) |
| EG.5.2 | 1 | |||
| FL.1.5 | 1 | |||
| FL.1.5.1 | 2 | |||
| FL.13.2 | 1 | |||
| FL.13.4.1 | 1 | |||
| FL.4.8 | 1 | |||
| HN.5 | 1 | |||
| 23F | EG.5.1 | 3 | ||
| EG.5.1.1 | 5 | |||
| EG.5.1.15 | 1 | |||
| EG.5.1.3 | 1 | |||
| EG.5.1.6 | 2 | |||
| EG.5.1.8 | 1 | |||
| HK.19 | 1 | |||
| HK.29 | 1 | |||
| HV.1 | 10 | |||
| HV.1.11 | 2 | |||
| JG.3 | 3 | |||
| JG.3.2 | 1 | |||
| 23H | HK.3 | 4 | ||
| HK.3.1 | 1 | |||
| HK.3.5 | 1 | |||
| 23B | XBB.1.16* | XBB.1.16 | 57 | 187 (5.94%) |
| XBB.1.16.1 | 17 | |||
| XBB.1.16.11 | 37 | |||
| XBB.1.16.12 | 3 | |||
| XBB.1.16.13 | 1 | |||
| XBB.1.16.17 | 32 | |||
| XBB.1.16.18 | 3 | |||
| XBB.1.16.2 | 1 | |||
| XBB.1.16.24 | 28 | |||
| XBB.1.16.8 | 1 | |||
| FU.1 | 3 | |||
| FU.3.1 | 1 | |||
| JF.1.1 | 1 | |||
| JM.2 | 2 | |||
| 23E | XBB.2.3* | GE.1 | 85 | 281 (8.92%) |
| GE.1.1 | 10 | |||
| GJ.1 | 4 | |||
| GJ.1.1 | 8 | |||
| GJ.1.2 | 2 | |||
| GJ.3 | 1 | |||
| GJ.6 | 4 | |||
| GS.1 | 1 | |||
| GZ.1 | 5 | |||
| HH.1 | 1 | |||
| HH.2 | 5 | |||
| HH.6 | 10 | |||
| HH.8 | 1 | |||
| JE.1 | 1 | |||
| JY.1 | 44 | |||
| JY.1.1 | 47 | |||
| XBB.2.3 | 15 | |||
| XBB.2.3.10 | 1 | |||
| XBB.2.3.11 | 2 | |||
| XBB.2.3.12 | 1 | |||
| XBB.2.3.18 | 1 | |||
| XBB.2.3.19 | 2 | |||
| XBB.2.3.2 | 7 | |||
| XBB.2.3.22 | 1 | |||
| XBB.2.3.3 | 20 | |||
| XBB.2.3.5 | 1 | |||
| XBB.2.3.8 | 1 | |||
| 23I | BA.2.86* | BA.2.86 | 15 | 32 (1.02%) |
| BA.2.86.1 | 12 | |||
| JN.2 | 3 | |||
| JN.4 | 1 | |||
| JN.6 | 1 | |||
| JN.1* | JN.1 | 1026 | 2377 (75.46%) | |
| JN.1.1 | 959 | |||
| JN.1.1.1 | 1 | |||
| JN.1.1.3 | 1 | |||
| JN.1.10 | 7 | |||
| JN.1.11 | 304 | |||
| JN.1.2 | 2 | |||
| JN.1.3 | 2 | |||
| JN.1.4 | 36 | |||
| JN.1.5 | 21 | |||
| JN.1.6 | 1 | |||
| JN.1.7 | 1 | |||
| JN.1.8 | 10 | |||
| JN.1.9 | 6 | |||
| 22F | Other XBBs | XBB | 1 | 13 (0.41%) |
| XBB.1 | 1 | |||
| GW.5.1.1 | 3 | |||
| GW.5.3.1 | 2 | |||
| JC.2 | 2 | |||
| KE.2 | 1 | |||
| XBB.1.41.1 | 1 | |||
| XBB.2.4 | 1 | |||
| XBB.2.6 | 1 | |||
| Recombinant | Other recombinant variants | XAC | 1 | 35 (1.11%) |
| XAD | 2 | |||
| XAF | 1 | |||
| XAG | 2 | |||
| XAH | 2 | |||
| XAK | 1 | |||
| XBH | 1 | |||
| XBQ | 1 | |||
| XBW | 1 | |||
| XCG | 1 | |||
| XCH.1 | 1 | |||
| XDA | 12 | |||
| XDA.1 | 1 | |||
| XDB | 3 | |||
| XDD | 4 | |||
| XDK | 1 | |||
| 19A | Other lineages | B | 4 | 44 (1.40%) |
| 20A | B.1 | 7 | ||
| 20B | B.1.1 | 11 | ||
| B.1.1.161 | 4 | |||
| B.1.1.220 | 1 | |||
| B.1.1.519 | 2 | |||
| 20C | B.1.566 | 1 | ||
| 20F | D.2 | 1 | ||
| 20G | B.1.2 | 2 | ||
| 21C | B.1.429 | 3 | ||
| 21J | AY.4 | 2 | ||
| 21M | B.1.1.529 | 5 | ||
| 22A | BA.4.6 | 1 | ||
| Lineage unassigned (due to poor quality sequences) | 39 (1.24%) | |||
| Grand total | 3150 | |||