S1- Leitlinie „Molekulargenetische Diagnostik mit Hochdurchsatz-Sequenzierverfahren (Massives Paralleles Sequenzieren, MPS)“

Übersicht über die Empfehlungen

Voraussetzungen zum diagnostischen Einsatz von Massivem Parallelem Sequenzieren (MPS)

• 1MPS-Verfahren sollten im diagnostischen Kontext angewendet werden, wenn sie zur Erhöhung der diagnostischen Ausbeute sowie zur Qualitäts- und Effizienzverbesserung beitragen.
• 2Die Informationen zum Auftrag sind im Hinblick auf Umsetzbarkeit zu überprüfen. Etwaige Unklarheiten sind ggf. vor Freigabe der Analyse mit der verantwortlichen ärztlichen Person zu klären.
• 3Die Durchführung von MPS-Verfahren, die im Rahmen der humangenetischen Diagnostik eingesetzt werden, muss qualitätsgesichert erfolgen.
• 4Im wissenschaftlichen Umfeld erhobene Ergebnisse müssen klar als solche gekennzeichnet sein und sollten im Rahmen einer erneuten diagnostischen Testung bestätigt werden.

Präanalytik

• 5Das Labor sollte eine in § 8 des GenDG geforderte Einwilligung zu Probenentnahme und Durchführung der Untersuchung sowie zum Umgang mit Zufalls-/Zusatzbefunden und der Verarbeitung und Aufbewahrung der genetischen Daten zur Verfügung stellen.
• 6Das Labor sollte Informationen über die mittels MPS adressierten und validierten genomischen Bereiche und Variantentypen zur Verfügung stellen. Auch sollte dargestellt werden, auf welcher Basis es eine Variantenbewertung vornimmt und welche Variantenklassen es verwendet und berichtet.
• 7Die Limitationen des verwendeten MPS-Verfahrens sollten identifiziert und der die Diagnostik beauftragenden ärztlichen Person zugänglich gemacht werden.
• 8Für diagnostische Zwecke sollten nur Gene analysiert werden, für die ein Zusammenhang mit einer Erkrankung berichtet ist.
• 9Die diagnostische Auswertung von MPS-Daten sollte auf die (beauftragte) klinische Fragestellung ausgerichtet sein, um die Wahrscheinlichkeit des Nachweises von Zufallsbefunden möglichst klein zu halten.
• 10Das Labor sollte Informationen bereitstellen, welche das mögliche Auftreten von Zufallsbefunden und den Umgang mit ihnen erläutern. Der Umgang mit Zusatzbefunden sollte für die Patienten und verantwortlichen ärztlichen Personen dargestellt sein.

Personal

• 11Das in die Diagnostik eingebundene Personal muss in Abhängigkeit von der Aufgabe (Präanalytik, Probenerfassung, Nasslabor, Bioinformatik, Variantenbewertung, Befundung, Validierung, Medizinische Bewertung) qualifiziert sein und über die angemessene Ausbildung, Erfahrungen und Fertigkeiten verfügen.
• 12Eine regelmäßige Schulung insbesondere im Bereich der Variantenbewertung sollte durchgeführt werden. Dabei sollten regelmäßige interne und externe Weiterbildungsmöglichkeiten genutzt werden.

Ausstattung und Räume

• 13Das Laboratorium muss über ein dokumentiertes Verfahren zur Beschaffung, Handhabung incl. Instandhaltung, Wartung, und Lagerung der Ausrüstung verfügen.
• 14Die Räumlichkeiten müssen bezüglich Ausstattung, Platz, Aufteilung und Zustand geeignet sein, die Anforderungen einer modernen MPS-Diagnostik incl. Datenprozessierung zu erfüllen.

Nasslabor

• 15Bei Verwendung von Nukleinsäureproben aus Geweben, die aus biologischen Gründen oder durch Vorbehandlung Einschränkungen in der Auswertbarkeit erwarten lassen, sollte eine eigene Validierung erfolgen.
• 16Aspekte der Probenverfolgung und die Verwendung von Barcodes zur Probenidentifizierung sollten bei der Implementierung und in der folgenden Verwendung und Überwachung des Gesamtprozesses adressiert werden.

Qualitätssicherung

• 17Alle wesentlichen Veränderungen im Prozessablauf müssen im Hinblick auf die definierten Qualitätsparameter geprüft werden; als Teil der Validierung sollten Validierungsproben bzw. -datensätze mitgeführt werden.
• 18Das Labor sollte Maßnahmen der externen Qualitätssicherung in einem Umfang durchführen, der alle Untersuchungsarten und die Breite der Fragestellungen und den Probenumfang widerspiegelt. Die externe Qualitätssicherung muss neben der Genotypisierung auch die Befundung beinhalten.
• 19Varianten, die den durch das Labor im Rahmen der Validierung definierten Qualitätsparametern entsprechen, erfordern keine Bestätigung durch eine zweite Technik oder unabhängiges Probenmaterial.

Bioinformatik

• 20Für die bioinformatische Auswertung sollte das aktuellste Referenzgenom genutzt werden, für welches alle relevanten Annotationsquellen zur Verfügung stehen.
• 21Im Rahmen der MPS-Diagnostik sollten Standardformate zur Datenprozessierung genutzt werden.
• 22Die bioinformatische Pipeline muss auf die Sequenziermethodik und Plattform abgestimmt sein.
• 23Die Leistung der bioinformatischen Pipeline muss für alle zu berichtenden Variantentypen validiert sein, unabhängig davon, ob in-house entwickelte, frei verfügbare oder kommerzielle Software eingesetzt wird.
• 24Ein standardisiertes Protokoll zum Update der bioinformatischen Pipelines sollte vorgehalten werden, um benutzte Software aktuell zu halten.
• 25Zur Sicherstellung der Datenqualität sollten Qualitäts- und Leistungsparameter kontinuierlich überwacht und wenn möglich in einer Datenbank hinterlegt werden.
• 26Alle Varianten, die in den für die Befundung berücksichtigten genomischen Regionen liegen, sollten annotiert werden.
• 27In der Einrichtung nachgewiesene Varianten sollten in einer hauseigenen Datenbank gespeichert und für die Annotation genutzt werden.
• 28Im diagnostischen Kontext berichtete Varianten und ihre Bewertung sollten durch Übermittlung an nationale und internationale Datenbanken öffentlich zugänglich gemacht werden.
• 29Die Einrichtung sollte ein Konzept für die Langzeitarchivierung von allen relevanten Daten haben.

Variantenbewertung

• 30Zur Interpretation von Varianten ist die Verfügbarkeit umfassender, klinischer Informationen zur Patientin/zum Patienten notwendig; diese sollen in einem standardisierten Format (z. B. HPO-Terms) zur Analyse herangezogen werden. Im Falle von Trio-Analysen sollen auch klinische Angaben zu den Eltern zur Verfügung stehen.
• 31Zur Variantenbewertung sollte das fünfstufige Klassifizierungssystem der ACMG [16] genutzt werden.
• 32Für die Bewertung und Befundung von größeren Strukturvarianten sollte eine standardisierte Nomenklatur verwendet werden.
• 33Die Pathogenitätsbewertung von größeren Strukturvarianten sollte auch auf der Basis von Datenbanken erfolgen, die zytogenetische Varianten berücksichtigen. 
• 34Eine vollständige Bewertung aller im Hinblick auf den Untersuchungsauftrag und/oder die klinische Fragestellung zu berücksichtigenden Varianten sollte sichergestellt sein, auch wenn bereits eine Variante identifiziert wurde, die den Phänotyp (weitgehend) erklärt.

Befundbericht

• 35Der Befundbericht auf der Basis von MPS-Daten sollte auf der ersten Seite neben den Identifikationsmerkmalen des Patienten/der Patientin den Grund der Untersuchung, eine Kurzbeschreibung der befundeten Analyse, eine kurze Ergebnisdarstellung und Bewertung enthalten.
• 36Der Befundbericht auf Basis von MPS-Daten sollte alle wesentlichen Angaben zum Auftrag, zur Bewertung des Befundes, zur Methodik (nachweisbare Variantentypen, Abdeckung und Lesetiefe der berichteten Zielregion, analytische Sensitivität und Präzision) und deren Limitationen beinhalten.
• 37In jedem Befundbericht muss das für die Analyse verwendete Referenzgenom genannt werden. Für die eindeutige Zuordnung einer Variante muss sich deren Angabe im Befund auf ein Referenztranskript beziehen.
• 38Der Befundbericht muss die Relevanz der dort aufgeführten Varianten unter Berücksichtigung des Untersuchungsauftrags und/oder der klinischen Fragestellung begründen und die für die Beurteilung angewandten Bewertungskriterien darlegen.
• 39Das Labor sollte über eine eindeutige Regelung zum Umgang mit Zufalls- und Zusatzbefunden in Befundberichten verfügen.
• 40VUS sollten nur dann berichtet werden, wenn der mit dem jeweiligen (Krankheits-) Gen assoziierte Phänotyp mit den klinischen Merkmalen des Patienten übereinstimmt und eine Pathogenität der Variante plausibel ist. Ferner sollte berücksichtigt werden, ob durch weiterführende Untersuchungen mehr Informationen über die potentielle medizinische Relevanz der VUS erlangt werden können.
• 41Eine systematische Reanalyse der Daten und der daraus resultierende Bericht neuer Befunde werden nicht erwartet, wenn sie nicht explizit angefordert oder im Rahmen hausinterner qualitätssichernder Maßnahmen erfasst werden.

Präambel

Hochdurchsatz-Sequenzierverfahren von Nukleinsäuren (Massives Paralleles Sequenzieren, MPS) stellen in der modernen humangenetischen Diagnostik die zentrale Methodik dar, die in Abhängigkeit von der Anreicherungsmethodik, Geräteplattform und bioinformatischen Auswertung ein breites Spektrum von Fragestellungen und Variantentyp adressiert.

Neben der Erzeugung der MPS-Daten und ihrer Prozessierung liegt die Expertise des Faches Humangenetik in der Bewertung und Befundung der nachgewiesenen molekularen Veränderungen im klinischen und familiären Kontext. Diese Veränderungen werden diagnostisch zunehmend auch durch Nutzung weiterer funktionell-genomischer Daten auf Transkriptom- und/oder Methylom-Ebene bewertet. Entsprechend wird ein breites Spektrum von Proben- und Gewebearten zur Diagnostik auf MPS-Basis verwendet.

In den im Folgenden formulierten Empfehlungen wird der Schwerpunkt auf MPS-Abläufe gelegt, die bei der diagnostischen gewebebasierten Abklärung von seltenen Erkrankungen und genetischen Tumorrisikosyndromen durchgeführt werden. Sie gelten auch für diagnostische Abläufe, die bei der Klärung humangenetischer Fragestellungen im Rahmen der Tumoranalytik bzw. über Liquid Biopsy durchgeführt werden.

Im diagnostischen Kontext werden i. d. R. genomische Bereiche adressiert, für die evidenzbasiert ein Zusammenhang mit einer Erkrankung nachgewiesen wurde (z. B. durch Veröffentlichungen in einschlägigen Fachzeitschriften und/oder öffentlich zugänglichen Datenbanken).

Die diagnostische Auswertung genomischer Daten kann von vornherein durch eine gezielte Anreicherung der auszuwertenden Zielsequenzen im Nasslabor erfolgen (Panelanalyse), die gezielte Auswertung kann aber auch durch virtuelle Filterung gesamtexomischer bzw. gesamtgenomischer Daten erfolgen. Dieser technische Einsatz der gesamtexomischen oder -genomischen Nasslaboranalytik ist zu unterscheiden von der intendierten gesamtexomischen bzw. -genomischen Auswertung (ES, GS). Beide Methoden kommen u. a. bei ungerichteten Fragestellungen – (z. B. unspezifische Entwicklungsverzögerung, Wachstumsstörungen) sowie klinisch und molekular heterogenen Krankheitsgruppen zum Einsatz.

Dabei adressiert das ES die kodierenden Abschnitte protein-kodierender Gene sowie die Intron-Exon-Übergänge. Der diagnostische Einsatz der GS zielt zusätzlich auf Erfassung intronischer und genregulatorischer Varianten in Genen ab, für die ein Hinweis auf Vorliegen einer pathogenen Variante in diesen Abschnitten vorliegt (z. B. klinische Plausibilität, second hit bei autosomal-rezessiven Erkrankungen). Im Vergleich zum ES erlaubt das GS die präzise, z. T. Bruchpunkt-genaue Größenbestimmung von CNVs; auch macht GS den Nachweis auf weiterer Strukturvarianten sowie pathogene Repeatexpansionen möglich (zur Übersicht:[1]).

Diese Variantentypen sind zum Teil sowohl durch Short-Read (SR) als auch durch Long-Read (LR) Sequenzierungen darstellbar. Der Einsatz von LR-basierten Assays birgt Potential, auch komplexere balancierte strukturelle Varianten (SVs) und chromosomale Rearrangements zu identifizieren und charakterisieren; bei pathogenen Repeatexpansionen sind auch genaue Längenbestimmungen möglich.

Die im Folgenden formulierten Empfehlungen beziehen sich auf die diagnostische Nutzung der derzeit verfügbaren SR- und LR-Verfahren, welche hier unter dem Begriff Massives Paralleles Sequenzieren (MPS) zusammengefasst werden. Sie haben zum Ziel, auf der Basis international formulierter Empfehlungen (z. B. [2-5]) allgemeingültige Aspekte des MPS zu formulieren. Das Team, das diese Empfehlungen verfasst hat, setzt sich aus Kolleginnen und Kollegen mit mehrjähriger diagnostischer Tätigkeit im Bereich dieser Methodik an universitären und privatwirtschaftlichen Einrichtungen zusammen. Durch Bündelung ihrer Expertise in allen Teilbereichen der MPS-Diagnostik (Beauftragung, Durchführung, Bioinformatik, Variantenbewertung, klinische Befundung, Qualitätssicherung) ist eine umfängliche Sammlung von Empfehlungen zusammengestellt worden, die aber naturgemäß nicht vollständig sein kann und nur den Stand des Wissens bei Verfassung der Leitlinien widerspiegelt. Die Leserinnen und Leser werden entsprechend gebeten, sich über weitere Entwicklungen in dem Gebiet der diagnostischen Nutzung von MPS-Verfahren eigenständig zu informieren und wesentliche Entwicklungen den AutorInnen anzuzeigen.

Da sich die Leitlinie auf die diagnostische Nutzung von MPS-Verfahren bezieht, gelten generell die allgemeinen nationalen Regularien und Bestimmungen (Gendiagnostikgesetz, S2k-Leitlinie Humangenetik, DIN ISO15189, RiLiBÄK). Diese werden im Folgenden nur dann erwähnt, wenn spezifische Aspekte im Rahmen der MPS-basierenden Diagnostik beachtet werden sollten.

Abkürzungsverzeichnis

CHIP

Clonal hematopoiesis of indeterminate potential

CNV

Copy Number Variation (Deletionen/Duplikationen >50 bp)

GIAB

Genome in a bottle

GUS

Gene of unknown significance

ES

Exome Sequencing

FFPE

Formalin-fixiert, Paraffin-eingebettet

GenDG

Gendiagnostikgesetz

GS

Genome Sequencing

HGVS

Human Genome Variation Society

ISCN

International System for Human Cytogenomic Nomenclature 

LOD

Limit of detection

LR

Long-Read

MANE

Matched Annotation from the NCBI and EMBL-EBI

MLPA

Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification

MPS

Massives Paralleles Sequenzieren

NGS

Next Generation Sequencing

PPV

Positiver Vorhersagewert

qPCR

quantitative PCR

SNV

Single Nucleotide Variants

SR

Short-Read

SV

Structural variants (chromosomale Varianten, incl. CNVs)

VUS

Variant of uncertain significance

Ti/Tv

Transition/Transversion Ratio

Voraussetzungen zum diagnostischen Einsatz von MPS

Empfehlung 1

MPS-Verfahren sollten im diagnostischen Kontext angewendet werden, wenn sie zur Erhöhung der diagnostischen Ausbeute sowie zur Qualitäts- und Effizienzverbesserung der Patientenversorgung beitragen.

Erläuterung: Der Einsatz von MPS-Verfahren führt zu einer erhöhten Nachweisrate für pathogene genetische Varianten, zur verbesserten Sicherheit und Validität der Befunde sowie zur zeitnahen Befunderhebung. Dabei kann das MPS sowohl dem Nachweis pathogener Varianten auf genomischer Ebene, aber auch ihrer Pathogenitätsbewertung (z. B. durch Transkriptom- oder Methylom-Analytik), dienen.

Empfehlung 2

Die Informationen zum Auftrag sind im Hinblick auf Umsetzbarkeit zu überprüfen. Etwaige Unklarheiten sind ggf. vor Freigabe der Analyse mit der verantwortlichen ärztlichen Person zu klären.

Erläuterung:

Zugesandte Aufträge zur MPS-basierenden Diagnostik werden anhand der übermittelten klinischen Informationen und Laborbefunde im Hinblick auf den Untersuchungsauftrag geprüft und freigegeben.

In diesem Zusammenhang kann z. B. geprüft werden, ob eine Trio-Analyse (d. h. die parallele bzw. aufeinanderfolgende Analyse des Indexpatienten und der zugehörigen Eltern) die Auswertung valider machen kann. So kann eine de-novo-Entstehung autosomal-dominanter Varianten sowie das compound-heterozygote Vorliegen autosomal-rezessiver Veränderungen schneller identifiziert werden.

Empfehlung 3

Die Durchführung von MPS-Verfahren, die im Rahmen der humangenetischen Diagnostik eingesetzt werden, muss qualitätsgesichert erfolgen.

Erläuterung:

Als formale Richtschnur für qualitätssichernde Maßnahmen können die Anforderungen der DIN EN ISO 15189 (im Folgenden: ISO15189) genutzt werden; verbindlich zu berücksichtigen sind in jedem Fall die Richtlinien der Bundesärztekammer (RiliBÄK).

Validierungen müssen für alle Schritte des MPS-Prozesses geprüft und ggf. durchgeführt werden (Nasslabor, Datenprozessierung, Plattformen, Varianteninterpretation).

Empfehlung 4

Im wissenschaftlichen Umfeld erhobene Ergebnisse sollten klar als solche gekennzeichnet sein und im Rahmen einer erneuten, diagnostischen Testung bestätigt werden.

Erläuterung:

Eine klare Unterscheidung zwischen wissenschaftlichen und diagnostischen Analysen ist notwendig. Dabei spielen insbesondere analytische Aspekte wie die Sicherheit bei Probenprozessierung, Analytauswahl, bioinformatischer Analyse, Varianteninterpretation und Befunderzeugung eine wichtige Rolle. Inwieweit das Ergebnis der wissenschaftlichen Testung vor der diagnostischen Bestätigung dem Patienten bzw. der verantwortlichen ärztlichen Person mitgeteilt wird, muss unter Berücksichtigung der klinisch-genetischen Fragestellung geprüft werden. Im Falle einer schriftlichen Mitteilung muss deutlich kenntlich gemacht werden, dass die Erhebung des Ergebnisses im Rahmen einer wissenschaftlichen Fragestellung erfolgte.

Präanalytik

Empfehlung 5:

Das Labor sollte eine in § 8 des GenDG geforderte Einwilligung zu Probenentnahme und Durchführung der Untersuchung sowie zum Umgang mit Zufalls-/Zusatzbefunden und der Verarbeitung und Aufbewahrung der genetischen Daten zur Verfügung stellen.

Empfehlung 6

Das Labor sollte Informationen über die mittels MPS adressierten und validierten genomischen Bereiche und Variantentypen zur Verfügung stellen. Auch sollte dargestellt werden, auf welcher Basis es eine Variantenbewertung vornimmt und welche Variantenklassen es verwendet und berichtet.

Erläuterung:

Das Labor sollte eine Übersicht über die im validierten Diagnostikablauf nachweisbaren genomischen Veränderungen zur Verfügung stellen, die mit den möglicherweise unterschiedlichen Methoden erfasst werden (z. B. SNV, indel, CNV, SV, Repeats, Episignaturen).

Im Falle von Auswertungen im Hinblick auf SVs muss eindeutig angezeigt werden, ob die Auswertung Einzelexon- bzw. Einzelgenbezogen oder gesamtgenomisch im Sinne einer “molekularen Karyotypisierung” erfolgt ist.

Das Labor sollte kenntlich machen, welche genomischen Bereiche es mit der entsprechenden Methodik adressiert (kodierende Exons, Exon-Intron-Übergänge (incl. Angabe der Größe des Intronbereichs), intragenische und intergenische Abschnitte).

Angaben zur Grundlage der Variantenbewertung und -klassifizierung sollten verfügbar sein; auch sollte dokumentiert sein, welche Variantenklassen berichtet werden.

Diese Informationen sollte das Labor verfügbar machen bzw. vorhalten.

Empfehlung 7

Die Limitationen des verwendeten MPS-Verfahrens sollten identifiziert und der die Diagnostik beauftragenden ärztlichen Person zugänglich gemacht werden.

Erläuterung:

Das Labor sollte die wesentlichen Limitationen zusammenfassend benennen und mögliche Maßnahmen beschreiben, die das Risiko für falsch-negative/-positive Ergebnisse reduzieren.

Limitationen umfassen u.a nicht-abgedeckte Bereiche, Pseudogene, Nichtnachweis von (balancierten) Strukturvarianten und möglicherweise Varianten des mitochondrialen Genoms, methodisch bedingte Limitationen sowie möglicherweise eingeschränkte Nachweisqualität in hochrepetitiven Abschnitten.

Die Einrichtung sollte auch die Filterparameter der Datenauswertung benennen, die zu Limitationen beitragen, z. B. MAF, Vererbungsmodus und Ausrichtung auf monogen verursachte Erkrankungen.

Das Labor sollte Angaben zur Read-Tiefe machen und auf die Nachweismöglichkeiten von Mosaiken und deren Anteil hinweisen.

Empfehlung 8

Für diagnostische Zwecke sollten nur Gene analysiert werden, für die ein Zusammenhang mit einer Erkrankung berichtet ist.

Erläuterung:

Der Zusammenhang zwischen einem Gen und Krankheitsbild muss durch in der Literatur und/oder Datenbanken hinterlegte (wahrscheinlich) pathogene Varianten belegt sein. Ein Hinweis z. B. auf der Basis von Assoziationsstudien ist nicht ausreichend. Möglicherweise pathogene Varianten in Genen mit einem Hinweis auf einen funktionellen Zusammenhang können z. B. in einer separaten wissenschaftlichen Darstellung berichtet werden.

Empfehlung 9

Die diagnostische Auswertung von MPS-Daten sollte auf die (beauftragte) klinische Fragestellung ausgerichtet sein, um die Wahrscheinlichkeit des Nachweises von Zufallsbefunden möglichst klein zu halten.

Erläuterung:

Bei spezifischen genetischen Erkrankungen mit definierter genetischer Ursache können gezielte genetische Untersuchungen am Beginn der Diagnostik ausreichend sein. Eine stufenweise Vorgehensweise sollte dem spezifischen klinischen Auftrag entsprechend – wenn immer möglich – angemessen sein. Entitäten mit charakteristischem Hauptsymptom einer Krankheitsgruppe (oft präzisiert durch Angaben zu Familienanamnese/Laborwerten/klinischem Verlauf/anderen klinische-apparativen

Befunden) sollten gezielt auf die mit der Erkrankungsgruppe assoziierten Gene und Varianten ausgewertet werden (z. B. nicht-syndromale Hörstörungen).

Da das klinische Bild bei vielen genetisch bedingten Erkrankungen aber stark variieren und überlappen kann, ist eine gezielte molekulare Testung oftmals schwierig. MPS-basierte Diagnostikansätze bieten die Möglichkeit, dieses breite Spektrum von molekularen Veränderungen in einem Testansatz zu erfassen. Trotzdem müssen Angemessenheit des Tests und Bearbeitungszeit (z. B. bei Therapierelevanz) bei der Beauftragung und deren Prüfung berücksichtigt werden. Die Teststrategie sollte so gewählt werden, dass die Wahrscheinlichkeit für Zufallsbefunde möglichst geringgehalten wird (zu Zusatzbefunden s. auch Empfehlung 10).

Empfehlung 10

Das Labor sollte Informationen bereitstellen, welche das mögliche Auftreten von Zusatzbefunden und den Umgang mit ihnen erläutern. Der Umgang mit Zusatzbefunden sollte für die Patienten und verantwortlichen ärztlichen Personen dargestellt sein.

Erläuterung:

Zur Definition von und den Umgang mit Zufalls- sowie Zusatzbefunden wird auf die Stellungnahme der Deutschen Gesellschaft für Humangenetik verwiesen [6]. Die Beschreibung des Umgangs mit Zusatzbefunden sollte auch auf die Qualifikationsanforderungen an die beauftragende ärztliche Person hinweisen [7].

Wenn das Labor entscheidet, den Patienten auch den möglichen Überträgerstatus für indikationsferne Erkrankungen im Sinne von “Actionable Genes” mitzuteilen, sollte es eine Opt-In-/ Opt-Out-Prozedur implementiert haben und die notwendigen organisatorischen Maßnahmen zur Umsetzung leisten.

Personal

Empfehlung 11

Das in die Diagnostik eingebundene Personal muss in Abhängigkeit von der Aufgabe (Präanalytik, Probenerfassung, Nasslabor, Bioinformatik, Variantenbewertung, Befundung, Validierung, Medizinische Bewertung) qualifiziert sein und über die angemessene Ausbildung, Erfahrungen und Fertigkeiten verfügen.

Erläuterung:

Neben diesen Anforderungen an Qualifikation, Ausbildung, Erfahrungen und Fertigkeiten sollte das Labor bei der Personalplanung auch Kapazitäten zur Weiterbildung vorsehen (s. Empfehlung 12). Ebenso sollten personelle Kapazitäten für die Umsetzung von Maßnahmen vorgesehen werden, die der Qualitätsverbesserung und Befundsicherheit dienen (z. B. Vier-Augenprinzip bei Nasslabortätigkeiten, Variantenbewertung und Befund); der Bedarf für solche Maßnahmen kann durch eine Risikobewertung ermittelt werden.

Empfehlung 12

Eine regelmäßige Schulung insbesondere im Bereich der Variantenbewertung sollte durchgeführt werden. Dabei sollten regelmäßige interne und externe Weiterbildungsmöglichkeiten genutzt werden.

Erläuterung:

Neben den gesetzlichen Vorgaben durch das GenDG ist auch die S2k-Leitlinie der Deutschen Gesellschaft für Humangenetik (GfH) zu beachten, die neben einer personell ausreichenden Ausstattung für die verantwortliche Supervision der technischen Abläufe, Dateninterpretation und Befunderstellung die Einbindung entsprechend ausgebildeter Naturwissenschaftler*innen (z. B. Fachhumangenetiker*innen) und Ärzt*innen (z. B. Fachärztinnen*innen für Humangenetik, Weiterbildungsassistent*innen im Fach Humangenetik) fordert. Arbeitsplatzbezogene Einarbeitungen und fortwährende Fortbildungen (z. B. Konsensustraining) sind durchzuführen und zu dokumentieren. Für die in Datenbewertung und -befundung verantwortlich eingebundenen Personen ist neben der beruflichen Qualifikation eine mehrjährige diagnostische Erfahrung in der molekulargenetischen Analytik von Sequenzveränderungen für genetisch heterogene Erkrankungen (incl. der Auswertung und Variantenbewertung) erforderlich. Eine Einarbeitungs- und Weiterbildungsdokumentation für technische und wissenschaftliche MitarbeiterInnen ist in Anlehnung an die ISO15189 zu implementieren.

Ausstattung und Räume

Empfehlung 13

Das Laboratorium muss über ein dokumentiertes Verfahren zur Beschaffung, Handhabung incl. Instandhaltung, Wartung, und Lagerung der Ausrüstung verfügen.

Erläuterung:

Chargen von Verbrauchsmaterialen müssen normkonform erfasst und geführt werden. Für Geräte muss eine (Funktions-)Überwachung dokumentiert werden. Dies bezieht alle in die Prozesse einbezogenen Geräte ein, vom Kleingerät (z. B. Pipetten) über Thermocycler und Messgeräte zur Qualitäts- und Quantitätsbestimmung bis zu den Sequenzier-Plattformen und zugehörigen EDV-Systemen.

Aufgrund der hohen Investitions- bzw. Wartungskosten für NGS-Plattformen und -Auswertelösungen werden diese z. T. von verschiedenen Einrichtungen gemeinsam genutzt, bzw. wird im Hinblick auf Analysesoftware und Datenspeicherung auf externe, u. a. kommerzielle Anbieter zurückgegriffen. Diese Kooperationen sind prinzipiell möglich; es müssen aber die einschlägigen Bestimmungen (Datenschutzgrundverordnung, GenDG, ISO15189, BMV-Ä, SGB V) berücksichtigt werden. So muss eine gemeinsame Gerätenutzung dergestalt dokumentiert und geregelt sein, dass die mit der genetischen Untersuchung beauftragte Einrichtung eine vollständige Kontrolle über den Ablauf behält und keine unbefugte Person Zugriff auf das Gerät und damit die Korrektheit und Sicherheit der Patientendaten und -proben erhält. Der Einsatz von Auswertungslösungen, die cloudbasiert genutzt werden, muss neben den o. g. Sicherheiten in Bezug auf Datenschutz und probenbezogene eindeutige Identifizierbarkeit berücksichtigen, dass das Labor jederzeit auf die Daten zugreifen kann und Verfügbarkeit und Speicherung über den Zeitraum möglich ist, für den eine Dokumentationspflicht gesetzlich vorgeschrieben ist.

Empfehlung 14

Die Räumlichkeiten müssen bezüglich Ausstattung, Platz, Aufteilung und Zustand geeignet sein, die Anforderungen einer modernen MPS-Diagnostik incl. Datenprozessierung zu erfüllen.

Erläuterung:

Kreuzkontaminationsgefährdete Arbeitsschritte sind zu trennen. Entsprechend ist die getrennte Lagerung von Primärproben, Nukleinsäuren, Kontrollmaterialen, Reagenzien, Verbrauchsmaterialien und Analyseprodukten zu beachten.

Die Raumausstattung muss alle Prozessschritte der MPS-Analytik berücksichtigen, insbesondere die Aufstellungsanforderung der Geräte (Elektrik, Statik) sowie Erfordernisse von Datentransfer, -verarbeitung und -speicherung unter Berücksichtigung der Datenmengen.

Nasslabor

Empfehlung 15

Bei Verwendung von Nukleinsäureproben aus Geweben, die aus biologischen Gründen oder durch Vorbehandlung Einschränkungen in der Auswertbarkeit erwarten lassen, sollte eine eigene Validierung erfolgen.

Erläuterung:

Vor Beginn der Analytik erfolgt unabhängig von der Primärprobe eine Qualitätskontrolle der zu testenden Nukleinsäure. Prinzipiell sollte die Integrität und Ausbeute der Isolation aus verschiedenen Geweben ähnlich sein und das Analyseergebnis nicht beeinflussen. In Abhängigkeit vom Auftrag und dem damit möglicherweise verbundenen Zustand der Probe kann die enthaltene Nukleinsäure aber eine andere Qualität als die der parallel untersuchten Proben haben. Dadurch kann die Aussagekraft der Ergebnisse aller parallel untersuchten Proben beeinflusst werden, aber auch die Auswertung der Probe selbst kann eingeschränkt sein. Beispiele für solche möglicherweise zu Abweichungen führenden Gewebeproben sind FFPE-Gewebe oder pränatale Proben.

Empfehlung 16

Aspekte der Probenverfolgung und die Verwendung von Barcodes zur Probenidentifizierung sollten bei der Implementierung sowie in der folgenden Verwendung und Überwachung des Gesamtprozesses adressiert werden.

Erläuterung:

Es wird empfohlen, jede eingegangene Patientenprobe in einem fixen Nummernkreis eineindeutig zu erfassen und zu kennzeichnen und auch daraus abgeleitete Isolate eineindeutig zuordenbar in einer Datenbank zu hinterlegen. Idealerweise werden hierbei zusätzlich Probentyp (Blut/FFPE/Wangenschleimhaut/Ursprungsgewebe etc.), aussagekräftige Qualitäts- und Quantitätsparameter sowie Kalenderdaten von Entnahme, Eingang und Isolation erfasst. Der empfohlene Mindestumfang des Sample Tracking soll die lückenlose Nachvollziehbarkeit in der Kette zwischen eingegangener Probe, abgeleitetem Isolat, Laborprozessierung und Verwendung in einem diagnostischen Befund sicherstellen. Dies gilt insbesondere bei mehreren Proben oder Isolaten eines Patienten oder mehreren Analysen pro Probe. Die Angabe der jeweils verwendeten eineindeutigen Proben-ID und des Materialtyps (z. B. Blut, Fibroblasten etc.) im Befund sollte gewährleistet werden. Proben aus Ringversuchen oder solche, die zur Etablierung oder Validierung eines Assays genutzt werden, sollten hierbei bezüglich der Systematik wie Patientenproben erfasst und abgearbeitet werden.

Eine durchgehende EDV-unterstützte Erfassung in Form eines LIMS-Systems sowie eine Barcodierung der Proben und Isolate können laborseitig hilfreich sein, sind aber zur Umsetzung der Dokumentation nicht zwingend erforderlich.

Qualitätssicherung

Empfehlung 17

Alle wesentlichen Veränderungen im Prozessablauf müssen im Hinblick auf die definierten Qualitätsparameter geprüft werden; als Teil der Validierung sollten Validierungsproben bzw. -datensätze mitgeführt werden.

Erläuterung:

Das Labor muss alle Schritte des Prozessablaufs vom Probeneingang über die Probenbearbeitung (Nasslabor), Datenerzeugung, -prozessierung und-interpretation bis zu Befundberichterstellung und -versand in Anlehnung an die Vorgaben der ISO15189 dokumentieren und überwachen. Wesentliche Veränderungen in zentralen Schritten incl. Schnittstellen sind zu validieren.

Empfehlung 18

Das Labor sollte Maßnahmen der externen Qualitätssicherung in einem Umfang durchführen, der alle Untersuchungsarten, die Breite der Fragestellungen und den Probenumfang widerspiegelt. Die externe Qualitätssicherung muss neben der Genotypisierung auch die Befundung beinhalten.

Erläuterung:

Zur Sicherstellung der Qualität der Untersuchungen gehört auch die regelmäßige Teilnahme an externen qualitätssichernden Maßnahmen (Ringversuchen), durch die das Erreichen der vorgesehenen Qualität nachgewiesen wird. Die Anforderungen werden in der Bundesrepublik Deutschland u. a. durch die RiLiBÄK geregelt; die ISO15189 macht allgemeine Vorgaben zur Qualitätssicherung. Das Laboratorium muss Ringversuchsprogramme auswählen, die die klinisch relevanten Fragestellungen abdecken und jeweils das gesamte Untersuchungsverfahren überprüfen. Hierzu zählen der Nass-Laborbereich, die Datenprozessierung, die Variantenklassifikation und -interpretation sowie die Befundung. Sollte kein geeigneter Ringversuch zur Verfügung stehen, kann ein Laborvergleich durchgeführt werden.

Empfehlung 19

Varianten, die den durch das Labor im Rahmen der Validierung definierten Qualitätsparametern entsprechen, erfordern keine Bestätigung durch eine zweite Technik oder unabhängiges Probenmaterial.

Erläuterung:

Eine Variantentyp-bezogene Validierung des Verfahrens ist Voraussetzung für dessen diagnostische Nutzung. Daher ist die Bestätigung einer Variante nicht notwendig, wenn die eineindeutige Probenverfolgung (s. Empfehlung 16) gewährleistet ist und die Qualität der Variante den vordefinierten Eigenschaften entspricht.

Bei der Festlegung der Qualitätsparameter sind schwer zu sequenzierende (z. B. GC-reiche) oder zu alignierende (z. B. aufgrund von Pseudogenen) Regionen sowie die Möglichkeit von somatischen Mosaiken zu berücksichtigen. Diese Regionen sollten dann durch eine zweite Technik oder unabhängiges Probenmaterial bestätigt werden.

Zur Überprüfung der Echtheit einer Variante, z. B. bei einer CNV, sollten die alignierten Reads mit Hilfe eines Visualisierungstools dargestellt und beurteilt werden (z. B. Integrative Genomics Viewer (IGV)). Varianten, die durch das Visualisierungstool nicht beurteilt werden können, sollten mit einer zweiten geeigneten Methode überprüft werden (z. B. MLPA oder qPCR).

Bioinformatik

Empfehlung 20

Für die bioinformatische Auswertung sollte das aktuellste Referenzgenom genutzt werden, für welches alle relevanten Annotationsquellen zur Verfügung stehen.

Erläuterung:

Die Wahl der Referenzgenoms hat großen Einfluss auf die Identifizierung pathogener Varianten. Dies liegt zum einen darin begründet, dass Ungenauigkeiten im Referenzgenom dazu führen können, dass Varianten nicht identifiziert werden. Zum anderen stehen nicht für alle Referenzgenome dieselben Datenbanken bzw. Datenmengen zur Annotation zur Verfügung. Zum jetzigen Zeitpunkt wird die Verwendung des Genome Build GRCh38 als Referenzgenom empfohlen, da die Sequenzen der MANE Select-Transkripte nur mit dieser Genomassemblierung genau übereinstimmen und sie i. d. R. die stärkste biologische und klinische Relevanz haben (zur weiteren Erläuterung s. auch [8, 9]). Zuordnungen von MANE-Transkripten zu anderen Assemblies (z. B. GRCh37, T2T-CHM13v2.0) sind verfügbar, jedoch sind Sequenzunterschiede zu berücksichtigen. Ein Problem jüngerer Assemblierungen als GRCh38 ist die zum jetzigen Zeitpunkt z. T. noch fehlende Kompatibilität mit einigen zur Variantenbeurteilung erforderlichen Datenbanken.

Empfehlung 21

Im Rahmen der MPS-Diagnostik sollten Standardformate zur Datenprozessierung genutzt werden.

Erläuterung:

Standarddatenformate sind im Bereich MPS gut etabliert. Die Nutzung von Standarddatenformaten erleichtert das Arbeiten mit den Daten, z. B. die Annotation von Varianten, und auch das Teilen von Daten, z. B. für eine Zweitmeinung oder ein Forschungsprojekt. Für die Rohdaten sollte das BAM/CRAM-Format genutzt werden. Hier ist darauf zu achten, dass möglichst auch nicht gemappte Reads enthalten sind. Für kleine Varianten sollte das VCF-Format genutzt werden. Für SVs sollte das VCF-Format genutzt werden oder alternativ das BEDPE-Format. Für CNVs sollte das VCF-Format genutzt werden oder alternativ CVS/TSV. Für Regionen, z. B. Zielregionen eines Panels, sollte das BED-Format genutzt werden.

Empfehlung 22

Die bioinformatische Pipeline muss auf die Sequenziermethodik und Plattform abgestimmt sein.

Erläuterung:

Aufgrund der großen Unterschiede in Bezug auf die Leselänge und Fehlercharakteristika ist es essenziell, die in der bioinformatischen Analyse verwendeten Algorithmen und Tools spezifisch auf die Sequenzierplattform anzupassen. Auch wenn einer der Standard Short-Read Aligner (bwa) das Alignment von langen Reads ermöglicht, ist doch die Performance von spezifisch für Long-Read Applikationen entwickelten Aligner wesentlich besser. Gleiches gilt auch für Varianten Caller und andere Tools, die bei der bioinformatischen Analyse Verwendung finden. Auch bei der Short-Read -Sequenzierung kann eine Anpassung der Pipeline notwendig sein, da nicht alle Tools z. B. für single und paired end Daten bzw. kurze (50 bp) und lange (~500 bp) Leselängen geeignet sind. Des Weiteren kann auch die Verwendung von SR-Plattformen unterschiedlicher Hersteller auf Grund der verschiedenen Fehlercharakteristika eine Anpassung notwendig machen.

Für die Annotation der Varianten hat die Sequenziermethodik bzw. Plattform in den meisten Fällen keinen entscheidenden Einfluss. Allerdings ist zu beachten, dass die aktuellen Datenbanken in Bezug auf mit LR- Methoden in für SR- Methoden unzugänglichen Bereichen gefundenen Varianten bzw. bei strukturellen Varianten Lücken aufweisen.

Empfehlung 23

Die Leistung der bioinformatischen Pipeline muss für alle zu berichtenden Variantentypen validiert sein, unabhängig davon, ob in-house entwickelte, frei verfügbare oder kommerzielle Software eingesetzt wird.

Erläuterung:

Eine in der Diagnostik genutzte Pipeline muss hinsichtlich ihrer Performance zum Zeitpunkt der diagnostischen Erstnutzung anhand von geprüften Standards validiert werden. Im Falle kritischer Änderungen an Bestandteilen der Pipeline (Software oder Parameter) muss die Validierung erneut erfolgen. Hierbei muss zu jedem zu validierenden Schritt in der Pipeline ein geeignetes Vorgehen zur Testung festgelegt und die Ergebnisse dokumentiert werden. Es wird empfohlen, häufig eingesetzte Sequenzier-Standards (z. B. Genome in a bottle, SeraCare, s. u.), oder, wenn nicht verfügbar, auch eigens hergestellte Standards (“spike in” Proben) sowie frei verfügbare oder selbst angefertigte artefizielle Testdatensätze zu verwenden. Der Vergleich unterschiedlicher methodischer Ansätze mit denselben Proben wird ebenfalls empfohlen (z. B. Array-CGH vs. NGS-CNV-Calling).

Die Performance der Pipeline hinsichtlich eines Variantentyps sollte basierend auf (interne oder externe) Referenzmaterialien gemessen werden. Hierbei sollte je nach Variantentyp Sensitivität, PPV oder LOD erhoben werden. Für die Validierung von kleinen Varianten (SNV/Small Indel), bietet sich der Datensatz von Genome in a Bottle (GIAB) an [10, 11]. Für SVs sind ebenfalls Datensätze von Genome in a Bottle verfügbar [11, 12]. Für die Validierung von tiefenbasiertem CNV-Calling ist bisher kein spezialisierter Datensatz verfügbar; die SV-Datensätze von Genome in a Bottle können aber dafür angepasst werden, indem man sie auf Kopienzahlveränderungen beschränkt. Da kontinuierlich neue Versionen bestehender Datensätze und neue Datensätze veröffentlicht werden, sollte der aktuelle Stand regelmäßig geprüft werden (https://www.nist.gov/programs-projects/genome-bottle/).

Für die Detektion von somatischen Varianten, mitochondrialen Varianten oder Mosaiken können kommerzielle Referenzmaterialien benutzt werden. Alternativ können Keimbahn-Referenzproben z.B von GIAB in unterschiedlichen Verhältnissen gemischt werden. Für die Detektion von somatischen Varianten, die auch im Rahmen einer klonalen Hämatopoese (klonale Zytopenie unbestimmter Signifikanz/CHIP) entstehen können, ist eine Validierung an einem zweiten Material, z. B. Augenbrauenhaaren, erforderlich.

Für Repeatexpansionen stehen derzeit keine Referenzmaterialien zur Verfügung, daher sind qualitätssichernde Maßnahmen derzeit nur über Probenaustausch/Ringversuch möglich.

Für Best-Practice-Empfehlungen siehe [11, 13]. Besonders auf klinisch relevante Gene in schwer sequenzierbaren oder analysierbaren Regionen sollte geachtet werden [11, 14, 15].

Empfehlung 24

Ein standardisiertes Protokoll zum Update der bioinformatischen Pipelines sollte vorgehalten werden, um benutzte Software aktuell zu halten.

Erläuterung:

Die eingesetzte bioinformatische Software für Mapping, Detektion von Varianten und Annotation von Varianten sollte halbjährlich auf Updates überprüft werden. Updates, die gemäß “release notes” der Anbieter kritische Funktionen der Software betreffen, sollten unverzüglich validiert und eingespielt werden. Eine kritische Änderung ist jede Anpassung der verwendeten Tools, die das Potential hat, die diagnostische Ausbeute positiv oder negativ zu beeinflussen. Die Beurteilung, ob eine neue Version einer Software eingesetzt werden soll, ist vom Labor zu dokumentieren, sowohl beim Update, als auch bei Nicht-Anwendung eines zur Verfügung stehenden Updates. Nach erfolgtem Update wird bei kritischen Änderungen eine rückwirkende Überprüfung des Effektes der behobenen Fehler auf abgeschlossene Analysen empfohlen.

Datenbanken mit Informationen zur Annotation von Varianten sollten quartalsweise, mindestens jedoch halbjährlich auf Routine-Aktualisierungen überprüft werden (z. B. Transkriptdatenbanken wie “Refseq”, “MANE” oder Frequenzdatenbanken wie “gnomAD”). Updates von Transkriptdatenbanken ziehen eine Vielzahl von Änderungen nach sich, so dass eine Validierung beschränkt auf technische Funktionalität und statistische Plausibilität der Änderungen im Allgemeinen ausreichend ist. Ein Update von Datenbanken, die Annotationen, den Phänotyp oder die Pathogenität einer Variante betreffen, wird quartalsweise empfohlen (z. B. “ClinVar”, “OMIM”). Letztere bedürfen im Allgemeinen ebenfalls keiner erneuten Validierung über technische Funktionstests hinaus, wenn im Rahmen einer Risikobewertung festgestellt und dokumentiert wurde, dass diagnostische Ergebnisse durch diese Anpassungen nicht beeinflusst werden.

Empfehlung 25

Zur Sicherstellung der Datenqualität sollten Qualitäts- und Leistungsparameter kontinuierlich überwacht und wenn möglich in einer Datenbank hinterlegt werden.

Erläuterung:

Die kontinuierliche Überwachung von Qualitäts- und Performanceparametern hat zum Ziel, Probleme im Nasslabor-Ablauf und bei der bioinformatischen Analyse zuverlässig festzustellen. Die Erfassung der Parameter in einer Datenbank kann dabei helfen, auftretende Verschlechterungen frühzeitig zu identifizieren, um geeignete Maßnahmen zu ergreifen.

Die hierbei zu erfassenden und zu dokumentierenden Parameter sind in Tabelle 1 aufgeführt.

Empfehlung 26

Alle Varianten, die in den für die Befundung berücksichtigten genomischen Regionen liegen, sollten annotiert werden.

Erläuterung: Die Annotation von Varianten ist die Grundvoraussetzung für die Interpretation von Varianten im Kontext der Erkrankung des Patienten. Die wichtigsten Annotationen sind die Konsequenz der Variante auf überlappende Transkripte (cDNA-Veränderung, Protein-Veränderung, etc), Frequenz in der Bevölkerung (z. B. gnomAD), Klassifikationen aus klinischen Datenbanken (z. B. ClinVar). Um pipelinespezifische Artefakte zu filtern, ist eine Annotation mit Frequenz in den in-house Proben sinnvoll. Darüber hinaus gibt es zahlreiche Annotationen wie Konservierung, Pathogenitäts-Prädiktoren, Splicing-Prädiktoren (phyloP, CADD, REVEL, AlphaMissense, SpliceAI, etc). Die Annotation von CNVs und SVs ist herausfordernder, sollte aber soweit möglich an die Annotation von kleinen Varianten angelehnt sein.

Tabelle 1:

Parameter, die für die Erfassung und Überwachung der Performance, aber auch für die Aufdeckung von Qualitätsproblemen hilfreich sind. (*kodierende Exons incl. Intron/Exon-Übergänge sowie nicht-kodierende genomische Abschnitte, in denen pathogene Veränderungen berichtet sind).

Obligate Parameter	Zusätzliche Parameter
durchschnittliche Coverage (gesamt sowie diagnostisch relevante* Bereiche)	Prozentsatz der Basen ≥ Q30
Prozentsatz an Basen in diagnostisch relevanten Bereichen ≥ 20x	Prozentsatz alignierter Reads (on- und off- target)
Anzahl der Varianten je Typ, die diagnostisch adressiert werden	Short-Read: Duplikatrate, Insert size, Raw reads / Gb (Gigabasen) sequenziert
Ti/TV	Long-Read: Fragmentlänge
GC-Gehalt
Kontamination

Empfehlung 27

In der Einrichtung nachgewiesene Varianten sollten in einer hauseigenen Datenbank gespeichert und für die Annotation genutzt werden.

Erläuterung:

Auch wenn die Nutzung von großen öffentlichen Datenbanken (z. B. ClinVar, gnomAD, etc.) eine wesentliche Erleichterung für die Annotation und Filterung von Variantendaten darstellt, sollte eine lokale Datenbank-Infrastruktur bestehen, welche in der Einrichtung gefundene Varianten speichert und für die Annotation im Zuge der bioinformatischen Auswertung nutzbar macht. Dies hilft zum einen bei der Filterung von Artefakten, aber auch bei der Pathogenitätsbewertung. Oft haben Einrichtungen einen Fokus auf ausgewählte seltene Erkrankungen bzw. genetischen Tumorrisikosyndromen und damit auch große Kohorten mit Varianten, die in öffentlichen Datenbanken nicht zu finden sind. Zwar sollten alle Variantendaten in einer Datenbankstruktur gespeichert werden, aufgrund lokaler Gegebenheiten ist dies eventuell aber nicht immer möglich. Deshalb sollten zumindest alle Varianten, die im Zuge der diagnostischen Auswertung klassifiziert wurden (z. B. nach ACMG), klinische relevante Varianten und darüber hinaus alle Varianten mit einer Allelfrequenz ≤ 2 % lokal gespeichert und genutzt werden. In jedem Fall sollten in einem aggregierten Datensatz die Frequenzen aller gefunden Varianten gespeichert und zur Annotation genutzt werden.

Empfehlung 28

Im diagnostischen Kontext berichtete Varianten und ihre Bewertung sollten durch Übermittlung an nationale und internationale Datenbanken öffentlich zugänglich gemacht werden.

Erläuterung:

Zentralisierte Datenbanken bieten eine konsolidierte und umfassende Wissensbasis über genetische Varianten im klinischen Kontext und ermöglichen fundierte Entscheidungen und Interpretationen. Aggregierte Daten ermöglichen ein umfassendes Verständnis genetischer Variationen und tragen zur Standardisierung der genetischen Befundberichte bei.

Varianten sollten in öffentlichen und frei zugänglichen Datenbanken hinterlegt werden (z. B. ClinVar (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/).

Zur Qualitätssicherung sollten mit jeder Variante weiterführende Informationen zur Variante (Metadaten) eingereicht werden. Die empfohlenen Mindestinformationen sind ACMG-Kriterien, mit der Variante verbundene klinische Daten (d. h. HPO-Begriffe) und Zygotie. Für VUS sollten genaue Informationen zur Variantenbewertung bereitgestellt werden, um die Interpretation zu erleichtern. Beim Austausch von Genotyp- und/oder Phänotypinformationen muss die Datenschutz-Grundverordnung (DSGVO) beachtet werden.

Klassifizierungen sollten auf dem neuesten Stand gehalten werden. Jedes Labor sollte über eine Standardarbeitsanweisung für die Aktualisierung der Variantenklassifizierung nach ACMG (s. https://clinicalgenome.org/working-groups/sequence-variant-interpretation/), Kontaktpersonen und Aktualisierungen für die erneute Übermittlung von Varianten an Datenbanken verfügen.

Empfehlung 29

Die Einrichtung sollte ein Konzept für die Langzeitarchivierung von allen relevanten MPS-Daten haben.

Erläuterung:

Zur Gewährleistung der vollständigen Nachvollziehbarkeit von Variantenidentifikation und -Bewertung ist es essenziell, die VCF-Dateien langfristig zu speichern. Aufgrund der im Folgenden beschriebenen Aspekte kann aber auch eine Aufbewahrung der Rohdaten sinnvoll sein:

SR-Daten:

Zum einen können die BCL-Dateien gespeichert werden, womit angefangen vom Demultiplexing eine komplette Reanalysierbarkeit und Nachvollziehbarkeit gegeben ist. Es ist aber auch möglich, alignierte Daten als CRAM-Dateien für die Langzeitspeicherung zu nutzen. Hierbei ist zu beachten, dass diese sowohl die alignierten als auch die nicht alignierten Sequenzen enthalten müssen. Da ausgehend vom CRAM kein erneutes Demultiplexing möglich ist, sollte hier zwingend, z. B. über eine SNP-ID, die Identität der Proben, nach dem Demultiplexing geprüft werden. CRAM-Dateien bieten gegenüber den FASTQ- und BAM- Dateien den Vorteil einer um 50-70 % reduzierten Größe, enthalten aber alle relevanten Informationen der anderen Formate. Für die Variantenbewertung ist oft ein Blick auf die Alignmentdaten hilfreich. Werden diese nicht langzeitarchiviert, ist dies nicht mehr möglich, wenn z. B. im Krankheitsverlauf neue weiterführende klinische Symptome auftreten.

In jedem Fall sollten ungefilterte VCF-Dateien für die Langzeitarchivierung vorgehalten werden.

LR-Daten

Bei den Long-Read Verfahren ist aus technischen Gründen (z. B. PacBio, Rohdaten werden durch den Sequenzierer nicht ausgegeben) bzw. aufgrund der Datenmenge (ONT, ~1,5 TB Rohdaten für ein 40x Genom) die Langezeitarchivierung der Rohdaten nicht möglich. Es lassen sich aber analog zu den Short-Read Methoden die Sequenzdaten in Form von FASTQ, BAM bzw. CRAM speichern. Auch hier ist das CRAM-Format die am meisten platzsparende Möglichkeit der Datenarchivierung.

Variantenbewertung

Empfehlung 30

Zur Interpretation von Varianten ist die Verfügbarkeit umfassender, klinischer Informationen zur Patientin/zum Patienten notwendig, diese sollen in einem standardisierten Format (z. B. HPO-Terms) zur Analyse herangezogen werden. Im Falle von Trio-Analysen sollen auch klinische Angaben zu den Eltern zur Verfügung stehen.

Erläuterung:

Die Interpretation von seltenen Varianten, die durch eine NGS-Analyse erhoben werden, soll in Zusammenschau des Phänotyps des Patienten erfolgen. Für die Beschreibung des Phänotyps können Human Phenotype Ontology (HPO)-Terms verwendet werden. Es ist dabei darauf zu achten, dass eine möglichst genaue und vollständige phänotypische Beschreibung des Patienten sowie, im Falle einer Trio-Analyse, der Eltern vorliegt und – wenn möglich – umfassende Informationen zu der Familienanamnese erhoben werden.

Die Verwendung von HPO-Terms zur Priorisierung von Genen in der NGS-Analyse soll jedoch kritisch beurteilt werden, insbesondere hinsichtlich möglicher Unterschiede in der Zuordnung von Genen zu bestimmten HPO-Terms. Es kann sinnvoll sein, weniger spezifische (“in der Hierarchie höher gelegene”) HPO-Terms zu verwenden. Beispielsweise überschneiden sich die HPO-Terms “Mild global developmental delay HP:0011342” und “Moderate global developmental delay HP:0011343” in nur sechs Genen. Hier sollte bei einem nicht eindeutig zuordenbaren Phänotyp der in der Hierarchie höher gelegene HPO-Term “Global developmental delay” verwendet werden, um zu vermeiden, dass Phänotyp erklärende Varianten übersehen werden.

Insbesondere bei Exom- und Genomanalysen sollte daher auch eine Genotyp-basierte Analyse in Betracht gezogen werden.

Empfehlung 31

Zur Variantenbewertung sollte das fünfstufige Klassifizierungssystem der ACMG [16] genutzt werden.

Erläuterung:

Die Klassifizierung genetischer Varianten sollte unabhängig von der Art der Veränderung in Anlehnung an die vom American College of Medical Genetics and Genomics formulierten Standards die Variantenklassen gutartig (benign), wahrscheinlich gutartig (likely benign), unklare (klinische) Signifikanz (uncertain significance, VUS), wahrscheinlich pathogen (likely pathogenic) und pathogen (pathogenic) nutzen [5, 16]. Von der Verwendung einer zusätzlichen numerischen Klassifizierung (z. B. Klasse I, II etc.) wird dringend abgeraten. Die Evidenz der im Befund berichteten Klassifizierung sollte anhand der Pathogenitätskriterien benannt werden (z. B. PVS1). Das Labor sollte die Anpassung dieser standardisierten Kriterien (z. B. [17]) verfolgen und in seine Bewertungsstrategie aufnehmen.

Zur Variantenbewertung stehen eine Vielzahl von Datenbanken und Publikationen zur Verfügung. So sollten Gen- und Erkrankungsspezifische Modifikationen berücksichtigt werden, wie sie auch von der ClinGen Sequence Variant Interpretation Working Group (https://clinicalgenome.org/working-groups/sequence-variant-interpretation/) und den ClinGen Variant Curation Expert Panels (https://clinicalgenome.org/affiliation/vcep/) vorgeschlagen werden. Das Labor sollte sich vor der Aufnahme spezifischer Fragestellungen in das Leistungsverzeichnis über die molekularen Charakteristika der Erkrankungsgruppe informieren und die Auswertung incl. Besonderheiten (hierzu gehören auch spezifische Datenbanken) anpassen sowie dokumentieren.

Empfehlung 32

Für die Bewertung und Befundung von größeren Strukturvarianten sollte eine standardisierte Nomenklatur verwendet werden.

Erläuterung:

Unter größeren Strukturvarianten (SV) werden Kopienzahlveränderungen (Copy number variants/CNVs: Deletionen, Duplikationen) und weitere chromosomale Umbauten verstanden (z. B. Translokationen). Bei CNVs handelt es sich um Veränderungen >50 bp [18].

Die Nomenklatur von SVs sollte sich nach der aktuellen ISCN bzw. HGVS richten [5]. Für die Durchführung gesamtgenomischer Untersuchungen auf konstitutionelle Imbalancen kann in Abhängigkeit von der Beauftragung die Anwendung der aktuellen ISCN-Nomenklatur erforderlich sein (Tabelle 2). Bei der Detektion bekannter Deletions- oder Duplikationssyndrome (z. B. DiGeorge-Syndrom) im Rahmen einer MPS-Analyse kann die Anwendung der ISCN-Nomenklatur ebenfalls hilfreich sein. Für kleinere oder weniger gängige Deletionen und Duplikationen kann die Angabe ausschließlich gemäß der HGVS-Nomenklatur sinnvoll sein.

Das Labor muss ein einheitliches Vorgehen bzgl. der Nomenklatur definieren, das u. a. die Kompatibilität mit Datenbanken und lokale Anforderungen berücksichtigt. Auch sollte die Indikation der genetischen Testung berücksichtigt werden: So kann der SV-Nachweis im Rahmen einer monogen ausgerichteten Dateninterpretation eine andere Ebene der Nomenklatur erfordern als eine Auswertung im Sinne einer “Molekularen Karyotypisierung”.

Im Befund sollte die SV nomenklatorisch vollständig genannt werden. Um die Relevanz der Variante verständlich zu vermitteln, sollten auf der ersten Befundseite nur die wesentlichen Merkmale der Veränderung (z. B. chromosomale Lokalisation, Verlust/Zugewinn, Größe) und ihre klinische Evidenz bzw. Relevanz verständlich beschrieben sein. Die genaue Nomenklatur kann z. B. im Anhang benannt werden.

Tabelle 2:

Beispiele der ISCN (2024) bzw. HGVS-gestützten Nomenklatur von SVs.

ISCN	seq[GRCh38]del(13)(q14.11q21.2) NC_000013.10:g.44374025_60163766del	15.8 Mb Verlust in 13q14.1q21.2 (Bruchpunkt bestimmbar)
HGVS	NC_000013.10:g.44374025_60163766del
ISCN	seq[GRCh38] 13q14.11q21.2(44160855x2, 44374025_60163766x1, 60397364x2) NC_000013.10:g.(44160855_44374025)_(60163766_60397364)del	15.8-16.2 Mb Verlust in 13q14.1q21.2  (Bruchpunkt nicht bestimmbar)
HGVS	NC_000013.10:g.(44160855_44374025)_(60163766_60397364)del

Empfehlung 33

Die Pathogenitätsbewertung von größeren Strukturvarianten sollte auch auf der Basis von Datenbanken erfolgen, die zytogenetische Varianten berücksichtigen.

Erläuterung:

Die Pathogenitätsbewertung von SVs auf Keimbahnebene sollte den Empfehlungen nach Riggs et al. [19] folgen, die an die ACMG-Kriterien [16] angelehnt sind [5]. Online steht das Tool z. B. unter https://cnvcalc.clinicalgenome.org/cnvcalc/ zur Verfügung.

Bei der Bewertung von SVs sollten insbesondere zytogenetische Datenbanken berücksichtigt werden (z. B. DECIPHER, DGV).

Wenn möglich, sollte ein Abgleich mit In-House-Datenbanken, u. a. zur Erfassung des laborspezifischen Fingerabdrucks (Frequenzen und Artefakte), erfolgen.

Empfehlung 34

Eine vollständige Bewertung aller im Hinblick auf den Untersuchungsauftrag und/oder die klinische Fragestellung zu berücksichtigenden Varianten sollte sichergestellt sein, auch wenn bereits eine Variante identifiziert wurde, die den Phänotyp (weitgehend) erklärt.

Erläuterung:

Komplexe Phänotypen, insbesondere bei seltenen Erkrankungen, können aus Kombination von mehreren genetischen Veränderungen resultieren bzw. verstärkt werden. Auch können Teilphänotypen durch zusätzliche Veränderungen bedingt sein. Folglich ist eine vollständige Analyse aller potentiell relevanten Varianten für die Diagnostik essentiell, insbesondere im Hinblick auf die Beratung bei weiterem Kinderwunsch und die Aussagekraft einer möglichen Pränataldiagnostik.

Befundbericht

Empfehlung 35

Der Befundbericht auf der Basis von MPS-Daten sollte auf der ersten Seite neben den Identifikationsmerkmalen des Patienten/der Patientin den Grund der Untersuchung, eine Kurzbeschreibung der befundeten Analyse, eine kurze Ergebnisdarstellung und Bewertung enthalten.

Erläuterung:

Ziel des Befundberichts sollte die prägnante und übersichtliche Darstellung der relevanten Ergebnisse für die beauftragende ärztliche Person sein.

Der Aufbau und Inhalt von Befundberichten richtet sich nach den Anforderungen der ISO15189 und der S2k-Leitlinie Humangenetische Diagnostik [20]. Neben den Patientenidentifikationsmerkmalen und der Indikation sollte das für den Einsender relevante Ergebnis in Hinblick auf Diagnose, Prädiktion, Therapie oder genetische Beratung prägnant möglichst auf der ersten Seite beschrieben werden.

Empfehlung 36

Der Befundbericht auf Basis von MPS-Daten sollte alle wesentlichen Angaben zu Auftrag, und Bewertung des Befundes sowie zur Methodik (nachweisbare Variantentypen, Abdeckung und Lesetiefe der berichteten Zielregion, analytische Sensitivität und Präzision) und deren Limitationen beinhalten.

Erläuterung:

Das beauftragte Labor sollte Kernelemente des Auftrags im Befundbericht wiedergeben, um damit das Vorgehen im Labor zu begründen und zu dokumentieren (klinische Diagnose / Verdachtsdiagnose, klinische Hauptsymptomatik bzw. daraus abgeleitete HPO-Terms, Untersuchungsauftrag).

Der Befundbericht sollte die Methode eindeutig beschreiben und Angaben zum Testverfahren incl. Limitationen (s. Text der Empfehlung; ggf. Regionen ohne ausreichende Abdeckung) beinhalten; diagnostische Lücken sowohl im Hinblick auf unzureichend abgedeckte genomische Regionen als auch im Hinblick auf Variantentypen sollten genannt werden.

Werden in der Untersuchungsanforderung einzelne Gene beauftragt, sollte das beauftragte Labor im Befundbericht auf diese explizit eingehen; etwaige analytische Lücken in diesen Genen sollten benannt werden.

Empfehlung 37

In jedem Befundbericht muss das für die Analyse verwendete Referenzgenom genannt werden. Für die eindeutige Zuordnung einer Variante muss sich deren Angabe im Befund auf ein Referenztranskript beziehen.

Erläuterung:

Zum jetzigen Zeitpunkt wird die Verwendung des Genome Build GRCh38 als Referenzgenom empfohlen (zur weiteren Erläuterung siehe Empfehlung 20).

Für eine kleine Anzahl von Genen und bestimmte Erkrankungen, bei denen das MANE Select-Transkript aufgrund anderer gewebespezifischer Transkripte nicht ausreicht, um alle in öffentlichen Ressourcen verfügbaren pathogenen oder wahrscheinlich pathogenen klinischen Varianten zu beschreiben, sollte ein alternatives Transkript aus dem MANE Plus Clinical-Set gewählt werden [21]. Die Nennung der Versionsnummer des Transkriptes ist erforderlich.

Empfehlung 38

Der Befundbericht muss die Relevanz der dort aufgeführten Varianten unter Berücksichtigung des Untersuchungsauftrags und/oder der klinischen Fragestellung begründen und die für die Beurteilung angewandten Bewertungskriterien darlegen.

Ergebnis:

Zur Darstellung der Bewertungskriterien im Befund (ACMG, siehe auch Empfehlung 32) können Kodierungen (z. B. PVS1, PM2, PP4) hilfreich sein. Zudem sollten die mit dem Gen und dem Phänotyp assoziierten OMIM-Referenzen genannt werden. Inwieweit zur weiteren Erläuterung der klinischen Relevanz (wahrscheinlich) pathogener Varianten Datenbank- und Literaturhinweise im Befund erwähnt werden, ist durch das Labor zu prüfen.

Empfehlung 39

Das Labor sollte über eine eindeutige Regelung zum Umgang mit Zufalls- und Zusatzbefunden in Befundberichten verfügen.

Erläuterung:

Das Labor sollte seine Vorgehensweise zum Umgang mit Zufalls- und Zusatzbefunden verschriftlichen (s. hierzu auch Empfehlung 10). Die in der Stellungnahme der Deutschen Gesellschaft für Humangenetik zu Zusatz- und Zufallsbefunden formulierten Empfehlungen [6] sowie weitere Vorgaben sind zu beachten (s. u. a. [7, 22]).

Wenn pathogene oder wahrscheinlich pathogene Varianten mit einer alternativen Allelfrequenz von mindestens 10 % in mit einer klonalen Hämatopoese (CHIP) assoziierten Genen detektiert werden, können diese berichtet werden [23].

Empfehlung 40

VUS sollten nur dann berichtet werden, wenn der mit dem jeweiligen (Krankheits-)Gen assoziierte Phänotyp mit den klinischen Merkmalen des Patienten übereinstimmt und eine Pathogenität der Variante plausibel ist. Ferner sollte berücksichtigt werden, ob durch weiterführende Untersuchungen mehr Informationen über die Pathogenität erlangt werden können.

Erläuterung:

Im Befund sollte dargestellt werden, durch welche Folgeuntersuchungen weitere Informationen zur Pathogenität der Variante gewonnen werden können (z. B. Untersuchungen zur Segregation, RNA-/Proteinstruktur oder Funktion, weitere Laboruntersuchungen, Erhebung weiterer klinischer Daten, ggf. krankheitsspezifische Behandlungsversuche). Eine Entscheidungshilfe zum Umgang und zur möglichen Erwähnung von VUS in Befundberichten findet sich u. a. in den Ausführungen der Association for Clinical Genomic Science (ACGS).

Varianten in Genen, die nach aktuellem Kenntnisstand nicht mit einer Erkrankung assoziiert sind (Genes of unknown significance, GUS), sollen nicht in einem diagnostischen Befund erwähnt werden (Bericht ggf. in einem separaten Forschungsbefund).

Varianten außerhalb des Exoms, d. h. außerhalb der kodierenden Sequenzen und der Exon-/Intronübergänge sollten nur berichtet werden, wenn sie in der NCBI ClinVar-Datenbank, vergleichbaren Datenbanken und/oder in der Literatur als (wahrscheinlich) pathogen geführt werden oder Folgeuntersuchungen möglich sind, die eine weitere Aufklärung hinsichtlich der Pathogenität erlauben könnten.

VUS sollten i. d. R. nur berichtet werden, wenn sich z. B. aus der bioinformatischen Prädiktion, der Literatur, der Konservierung oder der Populationsfrequenz deutliche Hinweise auf eine Relevanz ergeben und sich nach weiterführenden Untersuchungen Diagnosemöglichkeiten, Handlungsempfehlungen oder Konsequenzen für die Therapie ergeben können.

Bei der Einschätzung können die ACMG-Punktekriterien und ein Bayesscher Ansatz helfen.

Im Befund muss klar dargestellt werden, welche Varianten nicht berichtet werden.

(z. B.: Benigne Varianten, wahrscheinlich benigne Varianten und VUS sind nicht aufgeführt)

Im Befund sollte ein Hinweis erfolgen, dass mit einer VUS molekulargenetisch i. d. R. keine Diagnose gestellt werden kann, ggf. sollte ein Hinweis auf eine mögliche Re-Klassifikation nach einem festzulegenden zeitlichen Abstand erfolgen kann.

Das Labor sollte ein Verfahren festlegen, wie VUS-Befunde überwacht werden können, um neue Erkenntnisse dem Patienten verfügbar zu machen (z. B. eine Aufforderung zur Wiedervorstellung im Befund oder ein VUS-Monitoring in einer hauseigenen Datenbank).

Das Autorenteam verweist darauf, dass die Erwähnung von VUS, die aufgrund ihrer Häufigkeit in Datenbanken, ihrer bioinformatischen Prädiktion oder ihres Pathomechanismus für den jeweiligen Fall nicht plausibel erscheinen und deren Pathogenität nicht durch weiterführende Analysen weiter eingegrenzt werden kann, im Befundbericht für das klinische Management nicht zielführend ist. Eine übermäßige Anzahl von Genen und damit VUS im Bericht kann Verwirrung stiften und unnötige Unsicherheiten schaffen. Die Berichterstattung sollte sich auf Gene und Varianten mit klarer klinischer Relevanz konzentrieren.

Empfehlung 41

Eine systematische Reanalyse der Daten und der daraus resultierende Bericht neuer Befunde wird nicht erwartet, wenn sie nicht explizit angefordert oder im Rahmen hausinterner Qualitätssichernder Maßnahmen erfasst werden.

Erläuterung:

Da derzeit eine regelmäßige und systematische Re-Analyse der Daten in der Regel für die meisten Fragestellungen und Indikationen weder technisch und personell noch betriebswirtschaftlich für Labore umsetzbar ist, sollte eine Re-Analyse nur auf eine konkrete Anfrage (Recall) hin und nach sinnvollem zeitlichem Abstand durchgeführt werden (s. hierzu auch 4. Tätigkeitsbericht der GEKO). Eine Ausnahme stellt das Recall-System des Deutschen Konsortiums Familiärer Brust- und Eierstockkrebs für spezifische genetische Tumorrisikosyndrome dar.

Eine Re-Analyse kann sinnvoll sein, wenn

• eine Sequenzvariante berichtet wurde und eine Neubewertung der Pathogenitätseinordnung erfolgen soll,

• neue klinische Aspekte vorliegen,

• zum Zeitpunkt des Recalls keine genetische Ursache für das klinische Bild des Patienten/der Patientin bekannt ist und die vorhandenen oder neu erhobenen MPS-Daten auf aktuellem Stand (Bioinformatik-Pipeline, neue Phänotyp-assoziierte Gene etc.) erneut ausgewertet werden sollen.

In Abhängigkeit vom klinischen Bild des Patienten/der Patientin und den Implikationen, z. B. für die Familienplanung oder für mögliche Therapie-Entscheidungen, sollte erwogen werden, anstelle einer Re-Analyse älterer Daten neu erzeugte genomische Datensätze einzusetzen.

In jedem Fall sind Ziel und Zweck der Re-Analyse durch die verantwortliche ärztliche Person zu prüfen.

Links

Gendiagnostikgesetz:

https://www.bundesgesundheitsministerium.de/service/begriffe-von-a-z/g/gendiagnostikgesetz

RiLiBÄK:

https://www.bundesaerztekammer.de/fileadmin/user_upload/BAEK/Themen/Qualitaetssicherung/_Bek_BAEK_RiLi_BAEK_ONLINE_FINAL_VERS_26_05_2023.pdf

S2k-Leitlinie Humangenetische Diagnostik und Genetische Beratung:

https://register.awmf.org/de/leitlinien/detail/078-015

Veröffentlichungen

Erstveröffentlichung: 07 (2018)

1. Überarbeitung: 2023-2025 durch die GfH-Leitlinienkommission unter Mitwirkung von

Expertengruppe

Norbert Arnold; Institut für Klinische Chemie/Klinik für Gynäkologie und Geburtshilfe/Institut für Klinische Molekularbiologie, Universitätsklinikum Schleswig-Holstein (UKSH), Deutschland

Bernd Auber; Institut für Humangenetik, MHH, Hannover, Deutschland

Matthias Begemann; Zentrum für Humangenetik und Genommedizin, Medizinische Fakultät, RWTH Aachen, Aachen, Deutschland

Anna Benet-Pages, Medizinisch Genetisches Zentrum München, Deutschland

Helmholtz Zentrum München, Deutschland

Daniel Berner, MVZ genetikum GmbH, Neu-Ulm/ Eurofins Humangenetik und Pränatal-Medizin MVZ GmbH, München

Katja Eggermann, Zentrum für Humangenetik und Genommedizin, Medizinische Fakultät, RWTH Aachen, Aachen, Deutschland

Thomas Eggermann, Institut für Humangenetik und Genommedizin, Medizinische Fakultät, RWTH Aachen, Aachen, Deutschland

Arif Ekici, Humangenetisches Institut, Universitätsklinikum Erlangen, Deutschland

Ulrich Finckh, Eurofins Sprechstunde für Humangenetik, Deutschland

Mike Fischer, Institut für Humangenetik, Universitätsklinikum Jena, Deutschland

Heinz-Dieter Gabriel, Zentrum für Humangenetik Tübingen, Tübingen, Deutschland (BVDH-Mandatsträger)

Elisabeth Graf, Institut für Humangenetik, TUM Klinikum, München, Deutschland

Tobias Haack, Institut für Medizinische Genetik und Angewandte Genomik, Universitätsklinikum Tübingen, Deutschland

Sandra v. Hardenberg, Institut für Humangenetik Hannover, MHH Hannover,

Silke Kaulfuß, Institut für Humangenetik, Universitätsklinikum Göttingen, Göttingen, Deutschland

Stephanie Kleinle, Medizinisch Genetisches Zentrum München, München, Deutschland

Florian Kraft, Zentrum für Humangenetik und Genommedizin, Medizinische Fakultät, RWTH Aachen, Aachen, Deutschland

Thierry Nouspikel, Genetic Medicine, Diagnostic Department, Geneva University Hospitals, Geneva, Switzerland. Department of Genetic Medicine and Development, Faculty of Medicine, University of Geneva, Geneva, Switzerland.

Constanze Pentzold, Institut für Humangenetik, Universitätsklinikum Jena, Jena, Deutschland

Gunnar Schmidt, Institut für Humangenetik, MHH, Hannover, Deutschland

Björn Schulte, Zentrum für Humangenetik Tübingen, Tübingen, Deutschland

Martin Schulze, Zentrum für Humangenetik Tübingen, Tübingen, Deutschland

Isabell Schumann, Institut für Humangenetik, Universitätsklinikum Leipzig, Leipzig, Deutschland/

Centrum für medizinische Genetik, Klinik für medizinische Genetik, Universitätsklinikum Münster, Münster, Deutschland

Jan Sperveslage, IMP - Institut für Molekularpathologie, Münster, Deutschland// (DGP-Mandatsträger)

Marc Sturm, Institut für Medizinische Genetik und Angewandte Genomik, Universitätsklinikum Tübingen, Tübingen, Deutschland

Anna Teubert, amedes MVZ wagnerstibbe für Laboratoriumsmedizin, Hämostaseologie, Humangenetik und Mikrobiologie Hannover, Hannover, Deutschland

Christian Thiel, Humangenetisches Institut, Universitätsklinikum Erlangen, Erlangen, Deutschland

Inga Vater, Institut für Humangenetik Kiel und Lübeck, Universitätsklinikum Schleswig-Holstein, Kiel, Deutschland

Gabriele Wildhardt, MVZ diagnosticum, Zentrum für Humangenetik, Frankfurt, Deutschland

Martina Witsch-Baumgartner, Institut für Humangenetik, Medizinische Universität Innsbruck, Innsbruck, Österreich (ÖGH-Mandatsträgerin)

Verabschiedung:

Die Vorstände der folgenden Fachgesellschaften haben der Leitlinie in der vorliegenden Fassung zugestimmt:

• Deutsche Gesellschaft für Humangenetik e.V. (GfH)

• Berufsverband Deutscher Humangenetiker e.V. (BVDH

• Deutsche Gesellschaft für Pathologie e.V. (DGP)

• Österreichische Gesellschaft für Humangenetik (ÖGH)

Nächste Überarbeitung geplant: 2030