Table 1. LOH analyses of 66 pairs of human breast carcinomas for the hDMP1, INK4a/ARF, and p53 loci.

Positive results for LOH (qLOH >2.0 or <0.5) are shown in bold red type. When one of the two markers (5′ or 3′) showed qLOH value >2.0 or <0.5, the sample was considered positive for LOH for the tumor suppressor locus. Cases of mutually exclusive inactivation of hDMP1 and INK4a/ARF or hDMP1 and p53 are shown “yes” in bold blue type. Exclusive of hDMP1: LOH of INK4a/ARF (or p53) or amplification of Hdm2 is not overlapping with LOH of the hDMP1 locus in the same sample. Light brown shading indicates cases with LOH for hDMP1. Detailed analysis by real-time PCR showed that case #2005-930 had an internal deletion for hDMP1 that (darker brown shading). The hDMP1 gene was sequenced in samples with #. The p53 gene was sequences in samples with * (no mutation), and ** (with mutation). Abbreviations. H.D.: hemizygous deletion as determined by real-time PCR; No del: no deletion by real-time PCR; Un: unmethylated. Homo Del: homozygous deletion; single, LOH was not evaluated due to a single peak result; n.d.: not determined.

	hDMP1 LOH			INK4a/ARF LOH					p53 LOH				Hdm2 Amplification
Patient ID	hDMP1 #92465 5′	hDMP1 #198004 3′	hDMP1 MSP	INK4a/ARF #33647 5′	INK4a/ARF #27251 3′	p14 MSP	p16 MSP	Exclusive to hDMP1 LOH	p53 #15811 5′	p53 #89737 3′	Exclusive to hDMP1 LOH	Exclusive to INK4a/ARF LOH	Hdm2 Ampl.	Exclusive to hDMP1 LOH
1999-12	1.21	2.57	Un	0.97	1.17	Un	Un	yes	0.92	0.49**	no	yes	No	yes
1999-13	0.36	1.04	Un	0.95	0.90	Un	Un	yes	0.89	1.53*	yes		No	yes
2000-210	13.82	0.88	n.d.	0.95	single	n.d.	n.d.	yes	1.34	0.82	yes		No	yes
2002-105	0.15	1.27	Un	0.90	single	Un	Un	yes	single	7.68**	no	yes	No	yes
2002-358	1.17	3.19	Un	1.16	1.06	Un	Un	yes	0.63	0.95	yes		No	yes
2002-378	0.42	2.05	Un	single	1.25	Un	Un	yes	1.68	1.51	yes	no	No	yes
2002-386	0.15	0.49	Un	1.40	0.67	Un	Un	yes	0.04	8.64	no	yes	No	yes
2003-424	>10	4.81	Un	single	1.52	Un	Un	yes	0.89	1.01	yes		No	yes
2003-452	2.72	1.34	Un	1.04	0.71	Un	Un	yes	0.84	1.10	yes		No	yes
2004-516	8.11	2.02	Un	0.86	1.15	Un	Un	yes	0.83	1.13	yes		No	yes
2004-720	1.16	>10	Un	1.03	0.90	Un	Un	yes	0.98	single	yes		No	yes
2004-753	0.96	2.08	Un	1.17	0.72	Un	Un	yes	1.03	1.14	yes		4.66	no
2004-780	1.31	0.32	Un	0.73	0.94	Un	Un	yes	1.18	0.98	yes		No	yes
2004-817	0.97	0.49	Un	1.13	1.00	Un	Met	yes	1.13	1.23	yes		No	yes
2004-850	2.53	No del	Un	1.05	1.02	Un	Un	yes	0.75	1.75	yes		No	yes
2004-857	2.03	1.25	Un	0.86	0.96	Un	n.d.	yes	0.70	1.25	yes		No	yes
2005-78	2.06	1.52#	Un	1.17	1.19	Un	Un	yes	0.78	0.97	yes		No	yes
2005-483	0.92	2.04#	Un	7.03	0.36	Un	Un	no	0.40	0.49*	no	no	No	yes
2005-686	No del	2.94	Un	1.34	0.92	n.d.	Un	yes	1.56	0.97	yes		No	yes
2005-823	1.01	H.D.	n.d.	1.10	1.01	Un	Un	yes	1.06	0.97	yes		3.09	no
2005-930	1.20	1.03#	Un	0.84	1.80	Un	Un	yes	0.93	1.02	yes		3.21	no
2005-958	2.18	H.D.	Un	0.64	1.01	Un	Un	yes	1.57	0.56	yes		No	yes
2005-972	2.85	H.D.	Un	0.92	0.65	Un	Un	yes	0.93	0.93	yes		No	yes
2006-501	0.47	H.D.#	Un	1.34	0.70	Un	Un	yes	0.94	1.08	yes		No	yes
2006-545	0.37	No del	Un	0.88	1.02	Un	n.d.	yes	0.79	0.95	yes		No	yes
2006-819	3.08	No del	Un	1.08	0.77	Un	Un	yes	1.03	0.89	yes		No	yes
2006-1169	H.D.	0.96#	Un	1.20	1.03	Un	Un	yes	2.17	1.15	no	yes	11.58	no
2007-88	1.31	H.D.	Un	1.04	1.01	partial	Un	yes	0.98	1.10	yes		No	yes
2007-91	0.48	H.D.	Un	0.98	0.95	Un	Un	yes	1.10	1.73	yes		No	yes
2007-127	>10	No del	Un	0.14	6.02	Un	Un	no	0.24	0.92	no	no	No	yes
2007-245	1.01	H.D.	Un	1.16	0.98	Un	Un	yes	1.01	0.95	yes		No	yes
2007-285	Del	No del	Un	0.98	1.00	Un	Un	yes	1.57	1.84	yes		No	yes
2007-404	0.46	No del#	Un	1.10	1.06	Un	Un	yes	0.93	1.12	yes		No	yes
2007-425	1.32	2.12	Un	0.60	1.59	Un	Un	yes	2.87	2.70*	no	yes	No	yes
1999-84	0.64	No del	Un	1.30	11.25	Un	Met	yes	0.59	4.08**	yes	no	No
2002-135	1.05	0.72	Un	1.07	0.79	Un	Un		1.49	0.43	yes	yes	No
2002-239	0.52	1.19	Un	0.83	0.21	Un	Un	yes	0.20	single	yes	no	No
2002-272	1.01	No del	Un	1.75	0.69	Un	Un		0.98	7.14	yes	yes	No
2002-325	1.05	No del	Un	0.87	0.85	Un	Un		1.55	single			67.75	yes
2003-226	0.64	0.57	Un	1.12	Homo Del	Un	Un	yes	1.39	0.61		yes	4.37	yes
2004-132	0.88	0.68	Un	4.66	2.77	Met	Un	yes	3.37	0.23*	yes	no	3.01	yes
2004-738	0.89	No del	Un	1.06	0.95	Un	Met		1.03	0.93*			No
2004-851	0.72	No del	Un	1.38	0.75	n.d.	Un		1.77	0.33			No
2004-1001	1.70	No del#	Un	0.23	1.16	n.d.	Un	yes	2.93	2.76	yes	no	No
2004-1033	1.11	No del#	Un	0.78	1.05	Un	Un		0.61	1.45			No
2005-173	0.84	No del	Un	0.23	2.01	partial	Un	yes	6.23	0.30	yes	no	No
2005-448	1.14	No del	Un	0.68	1.18	Un	Un		0.84	single*			No
2005-546	0.77	No del#	n.d.	0.94	1.15	Un	Un		0.92	0.92			No
2005-627	0.80	No del#	Un	2.75	0.70	Un	Un	yes	5.86	0.12	yes	no	No
2005-694	0.94	No del#	Un	1.03	1.06	Un	Un		0.89	0.73*			3.02	yes
2005-702	1.17	No del	Un	1.51	1.08	Un	Un		0.79	0.57			No
2005-705	1.59	1.16#	Un	0.42	1.49	Un	Un	yes	1.11	0.92		yes	4.12	yes
2005-787	1.05	No del#	Un	1.03	0.99	Un	Un		0.97	1.14			No
2005-831	1.12	1.00#	Un	2.11	1.22	Un	Un	yes	1.05	0.42	yes	no	No
2005-876	0.90	0.83#	Un	2.01	1.73	Un	Un	yes	0.73	0.47	yes	no	No
2006-438	0.88	No del	Un	1.01	0.89	n.d.	Un		1.15	2.13	yes	yes	No
2006-633	0.97	1.09	Un	1.00	1.05	Un	Un		0.92	0.09	yes	yes	No
2006-777	0.93	No del	Un	1.00	1.03	n.d.	Un		0.98	0.99			3.79	yes
2006-843	0.96	0.57#	Un	1.09	0.79	Un	Un		0.97	1.01			No
2006-1091	0.78	0.99	Un	3.75	0.29	Un	Un	yes	0.99	1.06		yes	No
2007-24	1.23	0.78	Un	0.98	1.01	Un	Un		1.01	0.89*			No
2007-38	1.06	No del	Un	1.12	1.11	Un	Un		1.08	0.34*	yes	yes	No
2007-486	No del	No del	Un	0.99	1.00	Un	Un		1.02	0.68*			No
2007-537	1.07	No del	Un	1.09	1.07	Un	Un		1.01	0.71			No
2007-692	1.40	No del	n.d.	0.98	0.91	partial	Un		0.40	2.34*	yes	yes	No
2007-729	1.03	No del	n.d.	single	0.79	n.d.	Un		0.46	2.35**	yes	yes	No
All samples including Table S1
n=110 95% CI	41.8%			20.0%				95.4% 89.8-100 Exclusine p=0.0027	33.6%		86.3% 78.4-94.2 Exclusive p=0.025	68.9% 55.4-82.4 Non-exclusive p=0.0009	12.7%	93.0% 87.1-98.9 Exclusive p=0.282