Table 1. Top up- and down regulated molecules in U937 cells upon treatment with shikonin and its derivatives for 24 h.

	Shikonin		Isobutyrylshikonin		β,β-Dimethylacrylshikonin		Isovalerylshikonin		2-Methylbutyrylshikonin
	Gene	Fold change	Gene	Fold change	Gene	Fold change	Gene	Fold change	Gene	Fold change
Top up-regulated genes	RNU11	18,5	LY96	12,4	IER3	10,6	RMRP	74,0	LY96	11,2
	IER3	9,6	IER3	10,5	RNU11	10,6	RNU11	73,3	IER3	9,5
	LY96	9,0	JUN	7,1	LY96	9,8	RNU4ATAC	44,5	CCL3L1/CCL3L3	4,7
	HMOX1	8,3	CCL3L1/CCL3L3	6,0	HMOX1	6,3	HIST1H4A	44,2	JUN	4,7
	HIST1H4A	5,9	HMOX1	5,8	EMP1	5,5	mir-320	41,4	EMP1	4,6
	mir-320	5,8	MLLT11	5,7	HIST1H4A	5,5	RNU12	35,4	VIM	4,6
	JUN	5,8	EMP1	5,2	JUN	5,1	HIST1H2BB	30,2	MLLT11	4,4
	ALB	5,6	GABARAPL1	5,2	CCL3L1/CCL3L3	4,6	VTRNA1–1	22,5	GABARAPL1	4,3
	GABARAPL1	5,4	RNU11	5,0	UPP1	4,6	HIST1H2AG	22,2	HMOX1	4,1
	RNU12	5,2	CYP1A1	4,7	CYP1A1	4,2	ALB	22,0	ANXA1	3,8
Top down-regulated genes	MYC	−5,4	MYC	−10,3	MYC	−10,4	MYC	−9,9	MYC	−8,3
	MYB	−4,5	MS4A3	−7,0	MS4A3	−6,8	PAFAH1B3	−8,5	MS4A3	−8,3
	LRP3	−4,2	MYB	−5,7	CCND2	−5,2	LRP3	−6,8	CTSG	−4,9
	PPIA	−3,9	CTSG	−5,2	MYB	−5,2	PPIA	−6,7	MT1G	−4,4
	MS4A3	−3,6	CCND2	−4,8	CTSG	−4,5	MYB	−6,0	CCND2	−4,4
	DTD1	−3,5	MT1G	−4,5	RPL29	−4,3	NIP7	−5,9	RPL29	−4,3
	IFITM2	−3,5	IFITM2	−4,2	RNASE3	−3,8	DTD1	−5,9	MYB	−3,9
	WASH1	−3,5	RPL29	−4,2	IFITM2	−3,8	CDCA7	−5,4	NOP16	−3,3
	PAFAH1B3	−3,4	ELANE	−3,8	RRS1	−3,4	DUT	−5,4	RPL36A	−3,3
	CCND2	−3,3	LRP3	−3,6	RPS15	−3,3	MS4A3	−5,3	RRS1	−3,3