Table 2.

Frequency of chromosome arm gains and losses in CRCs from AA and NHW

	CCCC AA CRC		TCGA NWH CRC
Arm	Gain frequency	Loss frequency	Gain frequency	Loss frequency	Gain difference1	Gain P value2	Loss difference3	Loss P value2
1p	0	0.15	0.03	0.19	0.03	0.6	0.04	0.81
1q	0.09	0.03	0.17	0.1	0.08	0.32	0.07	0.34
2p	0.09	0	0.08	0.03	−0.01	0.74	0.03	0.6
2q	0.12	0	0.1	0.03	−0.02	0.76	0.03	0.6
3p	0.03	0	0.06	0.09	0.03	1	0.09	0.09
3q	0	0	0.10	0.05	0.10	0.05	0.05	0.37
4p	0	0.3	0.01	0.25	0.01	1	−0.05	0.53
4q	0	0.33	0.04	0.24	0.04	0.61	−0.09	0.29
5p	0.06	0.09	0.14	0.10	0.08	0.28	0.01	1
5q	0	0.12	0.07	0.17	0.07	0.24	0.05	0.62
6p	0.15	0.09	0.14	0.07	−0.01	0.79	−0.02	0.72
6q	0.06	0.12	0.14	0.10	0.08	0.28	−0.02	0.76
7p	0.33	0	0.47	0.01	0.14	0.14	0.01	1
7q	0.27	0.06	0.41	0.01	0.14	0.18	0.05	0.1
8p	0	0.33	0.28	0.50	0.28	6 × 10 −5	0.17	0.09
8q	0.12	0	0.46	0.12	0.34	1 × 10 −4	0.12	0.03
9p	0.03	0.03	0.18	0.08	0.15	0.02	0.05	0.49
9q	0	0.03	0.15	0.09	0.15	0.01	0.06	0.33
10p	0	0.18	0.05	0.09	0.05	0.37	−0.09	0.12
10q	0	0.12	0.02	0.13	0.02	1	0.01	1
11p	0.15	0.03	0.09	0.09	−0.06	0.34	0.06	0.33
11q	0.09	0.06	0.07	0.11	−0.02	0.72	0.05	0.55
12p	0.12	0.03	0.21	0.09	0.09	0.35	0.06	0.33
12q	0.06	0.03	0.18	0.07	0.12	0.13	0.04	0.71
13q	0.27	0	0.56	0.04	0.29	0.003	0.04	0.61
14q	0.03	0.27	0.05	0.30	0.02	1	0.03	0.84
15q	0	0.27	0.02	0.32	0.02	1	0.05	0.69
16p	0.18	0	0.18	0.05	<0.01	1	0.05	0.37
16q	0.15	0.03	0.18	0.06	0.03	0.81	0.03	1
17p	0.03	0.58	0.05	0.56	0.02	1	−0.02	1
17q	0.06	0.09	0.12	0.15	0.06	0.4	0.06	0.44
18p	0.03	0.49	0.09	0.61	0.06	0.33	0.13	0.19
18q	0	0.49	0.01	0.66	0.01	1	0.18	0.05
19p	0.09	0.03	0.11	0.04	0.02	1	0.01	1
19q	0.09	0	0.15	0.05	0.06	0.44	0.05	0.37
20p	0.24	0.12	0.58	0.32	0.34	3 × 10 −4	0.20	0.02
20q	0.36	0	0.72	0.15	0.36	1 × 10 −4	0.15	0.01
21q	0.03	0.15	0.02	0.22	−0.01	0.52	0.07	0.5
22q	0	0.24	0.03	0.26	0.03	0.60	0.02	1
Mean	0.086	0.126	0.167	0.17	0.081	<0.0001	0.044	<0.0001

¹The fractional difference in chromosome arm gains, subtracting the frequency of arm gains in CCCC AA CRC cases from the frequency in TCGA NHW CRC cases. Gains in excess of 15% are shaded bold.

² P values were calculated by Fisher exact test. Values in bold are significant after Bonferroni correction.

³The fractional difference in chromosome arm losses, subtracting the frequency of arm losses in CCCC AA CRC cases from the frequency in TCGA NHW CRC cases. Losses in excess of 15% are shaded bold.