Table 1.

The performances of seven methods compared on the breast cancer, IPF and RA datasets

		LLE-DML		PCA-DML		LLE-ED		PCA-ED		Euclidean distance		Drug–disease score Sirota et al. (2011)		Anti-correlation
	Dataset	NDCG	P-value	NDCG	P-value	NDCG	P-value	NDCG	P-value	NDCG	P-value	NDCG	P-value	NDCG	P-value
Breast cancer	GSE26910	0.3348	0.0140	0.1586	0.2398	0.1317	0.5904	0.1486	0.3207	0.1820	0.1299	0.2533	0.0429	0.1827	0.1239
	GSE1299	0.3355	0.0140	0.2695	0.0329	0.1421	0.3956	0.1741	0.1648	0.2095	0.0779	0.1286	0.6783	0.2096	0.0779
	TCGA-BRCA	0.2443	0.0480	0.1465	0.3387	0.1482	0.3237	0.1585	0.2398	0.1538	0.2747	0.1523	0.2847	0.1517	0.2937
Idiopathic pulmonary fibrosis	LGRC	0.2445	0.0460	0.1609	0.3037	0.1404	0.5894	0.1611	0.2987	0.1652	0.2507	0.1437	0.5325	0.1562	0.3497
	GSE33577	0.3639	0.0180	0.1730	0.2088	0.1614	0.2987	0.1609	0.3037	0.1588	0.3247	0.1566	0.3447	0.1560	0.3526
	GSE55384	0.2468	0.0410	0.1871	0.1528	0.1493	0.4396	0.1671	0.2378	0.1695	0.2238	0.1408	0.5844	0.1654	0.2507
	GSE24206	0.2579	0.0350	0.1339	0.7572	0.1654	0.2488	0.1934	0.1339	0.2095	0.0899	0.2511	0.0370	0.1719	0.2138
Rheumatoid arthritis	GSE1919	0.1955	0.1069	0.1324	0.5554	0.1819	0.1339	0.1337	0.5285	0.1342	0.5155	0.1452	0.3516	0.1377	0.4625
	GSE15573	0.1862	0.1209	0.1454	0.3497	0.1474	0.3287	0.1427	0.3846	0.1704	0.1738	0.1358	0.4835	0.1655	0.1928

Note: The NDCG value is determined to be significant based on the bootstrap procedure. Rows with bold text show the highest and the most significant (P-value <0.05) NDCG values. As shown, the LLE-DML method performs better in terms of placing the FDA-approved drugs for their approved indications at the top of their ranked list.