Étiologie virale des infections respiratoires aiguës de l’enfant à Bangui

Les virus représentent 80 à 90 % des agents infectieux en cause dans la symptomatologie initiale des infections respiratoires aiguës (IRA) de l’enfant [1]. Ils sont responsables d’infections respiratoires hautes (rhinite, laryngotrachéite) mais aussi basses (bronchite, bronchiolite, pneumopathie), potentiellement graves. L’incidence annuelle des pneumonies communautaires chez l’enfant de moins de cinq ans est de 34 à 40 cas pour 1000, bien supérieure à celle observée chez l’adulte [2]. Le diagnostic étiologique des IRA permet d’optimiser la prise en charge thérapeutique en aidant notamment à la décision d’instaurer ou de poursuivre un traitement antibiotique. Cependant, la faible connaissance dans les pays en voie de développement de la responsabilité des virus dans les IRA rend difficile cette démarche clinique. Le but de cette étude était de déterminer la part des virus dans les infections respiratoires des enfants de moins de cinq ans.

L’étude a été menée du 1^er janvier au 30 juin 2013 dans trois sites : l’hôpital de référence et deux centres pédiatriques périphériques de Bangui et a porté sur des enfants âgés de moins de 5 ans présentant une fièvre supérieure ou égale à 38 °C avec une toux ou d’autres symptômes évocateurs d’une infection respiratoire évoluant depuis moins de sept jours. Le diagnostic d’IRA haute ou basse a été fait sur la base d’arguments cliniques pour tous les enfants reçus en consultation et inclus dans l’étude. Étaient classés comme ayant une IRA haute les enfants qui présentaient les signes cliniques suivants : toux, rhinorrhée, obstruction nasale, fièvre et ronflements. Étaient classés comme ayant une IRA basse tous les enfants qui présentaient : toux, fièvre, dyspnée, douleurs thoraciques, signes en foyer à l’auscultation et à la radiographie pulmonaire. Tous les enfants présentant des signes cliniques d’IRA accompagnés de fièvre étaient traités par antibiotiques à large spectre et cette conduite était réajustée en fonction de l’évolution clinique. Avant la prescription de l’antibiotique, le diagnostic rapide du paludisme était obligatoire. Pour chaque enfant les données démographiques et cliniques ont été relevées et deux prélèvements ont été réalisés par écouvillonnage nasal et pharyngé. Le diagnostic virologique a été effectué à l’Institut Pasteur de Bangui. La technique d’amplification génique en temps réel (qPCR) a été utilisée pour la recherche des virus grippaux et tous les échantillons négatifs ont été analysés en RT-PCR multiplex pour la recherche simultanée des autres virus respiratoires.

Un total de 361 enfants avec IRA a été inclus dans l’étude. Les principaux signes cliniques observés comportaient la toux (97,8 %), la rhinorrhée (87,3 %), la fièvre (59,8 %), les râles sibilants (42,1 %), une dyspnée (18,3 %), et un tirage intercostal (18,3 %). Parmi ces enfants, 139 (38,5 %) étaient infectés par au moins un virus et parmi eux 89 (64 %) avaient une IRA haute et 50 (36 %) une IRA basse dont 34 (24,4 %) avaient été hospitalisés pour IRA sévère. Les nourrissons âgés de 1 à 12 mois représentaient la catégorie la plus touchée selon le virus en cause (47,6 %), tandis que 46,5 % des enfants étaient âgés de 13 à 59 mois. Au cours de la période d’étude, l’infection à rhinovirus a été prédominante (47,5 %) suivie des virus grippaux (26,6 %) répartis en virus influenza de type A et sous-type H1N1 pandémique 2009 (12,2 %) et virus influenza de type B (5 %). Le reste était représenté par le virus parainfluenza de type 3 (9,3 %), le virus respiratoire syncytial (VRS) (5,8 %), l’entérovirus (4,3 %), l’adénovirus (2,9 %), le bocavirus et coronavirus (1,4 % chacun). Des cas de co-infections ont été identifiés chez 11 enfants (7,9 %) : co-infections rhinovirus-parainfluenza type 3 (2,9 %), rhinovirus-adénovirus (1,4 %), influenza B-VRS (2,1 %), et influenza B-rhinovirus (1,4 %).

L’utilisation récente des méthodes de biologie moléculaire a permis d’améliorer considérablement la sensibilité de la détection de virus dans les infections respiratoires [3]. Certains auteurs ont rapporté que le rhinovirus était responsable d’une faible proportion des viroses respiratoires [4], [5]. Cependant, la fréquence des rhinovirus était très élevée dans notre étude, ce qui corrobore les résultats d’autres auteurs qui ont montré que les rhinovirus étaient les virus les plus fréquemment isolés dans les infections respiratoires chez les enfants de moins de 5 ans [6], [7]. À l’inverse, le VRS reconnu comme l’agent étiologique principal des IRA du nourrisson a été trouvé dans une faible proportion [6]. Les différences de prévalence d’infection à VRS observées pourraient être liées aux différentes techniques de diagnostic utilisées dans chaque étude. Les virus ont été diagnostiqués tout au long de la période d’étude et la distribution mensuelle des cas a montré un pic de circulation des virus au cours du mois de mai, ce qui correspond au début de la saison pluvieuse où le taux d’humidité est élevé. La principale limite de notre étude est le manque d’analyses bactériologiques qui nous auraient permis de diagnostiquer, notamment des cas de co-infection. Les virus représentent une proportion importante des causes d’IRA de l’enfant en République centrafricaine. Cette étude permet de sensibiliser sur l’importance d’un diagnostic étiologique approprié dans les IRA de l’enfant afin d’orienter la prise en charge thérapeutique.

Déclaration d’intérêts

Les auteurs déclarent ne pas avoir de conflits d’intérêts en relation avec cet article.