Près de 30 % des infections respiratoires d’origine virale sont causées par des virus non encore identifiés. Cependant, le développement d’approches moléculaires a permis de s’affranchir d’une contrainte de la virologie traditionnelle, l’isolement de virus en culture. Ces nouvelles techniques ont permis d’identifier les génomes de nouveaux virus directement sur prélèvements chez les malades, sans nécessité de les cultiver en laboratoire.
Six virus respiratoires importants ont été identifiés depuis 2001 : les métapneumovirus humains, le coronavirus du SRAS, le coronavirus NL63, le coronavirus HKU1, les bocavirus humains et, début 2007, un nouveau membre de la famille des Polyomaviridae, le virus KI. Cette famille comprend aujourd’hui 4 virus capables d’infecter l’homme : BK et JC, probablement présents à l’état latent chez 75 et près de 100 % des adultes respectivement, KI, dont on sait encore peu de choses, et SV40, un virus de singe dont la transmission à l’homme fait actuellement débat.
L’équipe de David Wang vient de caractériser un nouveau polyomavirus : le virus WU, à partir d’une aspiration naso-pharyngée chez un enfant de 3 ans présentant des signes de pneumonie. Le génome viral, cloné fragment par fragment à partir de l’échantillon, a été entièrement reconstitué et séquencé. D’après les études phylogénétiques, le virus WU s’apparenterait aux polyomavirus des primates (BK, JC, SV40 et KI), mais formerait un groupe génétique indépendant avec le virus KI. Les auteurs ont mené deux études épidémiologiques afin d’en établir la prévalence.
Une première étude en Australie sur 1 245 échantillons issus des voies respiratoires a montré un taux de positivité d’environ 3 %. L’essentiel des échantillons positifs provient d’enfants de moins de 3 ans. Une seconde étude aux Etats-Unis montre un taux de détection proche de 0,7 %, ce qui témoigne de l’implication assez faible de ce virus dans les pathologies respiratoires, mais indique que le virus WU a une répartition mondiale. Les virus BK et JC sont supposés établir une infection latente dans les cellules rénales, les phases de réactivation se traduisant par l’excrétion du virus dans les urines. Contrairement à ce qu’ils attendaient, les auteurs ne sont pas parvenus à trouver le virus WU dans les urines, ce qui suggère, à l’instar du virus KI, qu’il pourrait avoir un cycle biologique différent des virus BK et JC. 
Gaynor A.M. et al., Plos pathogen (3)5 (2007) e64