Virus émergents à tropisme respiratoire

Trois familles virales ( Paramyxoviridae, Coronaviridae et virus Influenza ) sont actuellement sous surveillance car c’est en leur sein qu’une émergence ou une réémergence est observée.

Paramyxoviridae

Une réémergence de la rougeole est observée depuis 2008. La rougeole est une maladie extrêmement contagieuse pour laquelle un vaccin efficace est disponible (vaccin ROR). Une couverture vaccinale de 95 % est toutefois nécessaire pour éviter la diffusion du virus, hors il apparaît qu’en France, cette couverture vaccinale est insuffisante (parfois inférieure à 85 %) d’où la réémergence de cette maladie qui devrait pourtant être contrôlée. L’étude génotypique du virus responsable en France et en Europe de l’épidémie observée depuis 2008 a montré la responsabilité d’un nouveau variant génotypique D4 (MVs/ Montaigu IFRA/43.08) dans cette épidémie.

Coronaviridae

Cette famille comprend plusieurs genres dont le genre Coronavirus, seul genre susceptible d’infecter l’homme ( encadré 1 ). Au sein du genre, 4 génogroupes ont été identifiés (α, β, γ, δ), seuls les génogroupes β et α infectant l’homme.

Encadré 1. Coronavirus, virus à fort potentiel émergentiel.

• •L’ARN des Coronavirus (CoV) est le plus grand ARN viral (≈ 30 kb)
• •Génome à ARN positif, à transcription discontinue → taux élevé de recombinaisons
• •Diversité génétique ++ (existence d’un système de correction des erreurs)
• •Acquisition lors de l’évolution de nombreux gènes → optimisation de la réplication et facilitation de l’adaptation
• •Réservoir animal très étendu, notamment chez les chiroptères et les rongeurs [> 60 % des mammifères]
• •Transmission respiratoire et digestive

Un nouveau β Coronavirus isolé pour la première fois d’un syndrome respiratoire survenu en Jordanie a émergé en avril 2012 (MERS- CoV pour syndrome respiratoire du Moyen-Orient). Le cas index était un homme de 60 ans, hospitalisé en juin 2012 en Arabie saoudite pour un syndrome respiratoire aigu et décédé à J11.

La culture cellulaire des prélèvements respiratoires puis l’identification moléculaire ont permis de déterminer rapidement la séquence complète de ce nouveau virus et des tests de diagnostic (dépistage et confirmation) ont été disponibles dès septembre 2012 (techniques sérologiques IF conventionnelles sur cellules Vero B4 infectées ou sur cellules Vero B4 transfectées par plasmides d’expression S et N MERS-CoV + Western-Blot avec protéines S et N recombinantes).

Treize cas groupés de pneumopathies, non étiquetées en Jordanie en avril 2012, ont pu être investigués et les tests rétrospectifs effectués en novembre 2012 ont montré la responsabilité du virus émergent MERS-CoV chez 2 cas mortels.

Devant la crainte de voir survenir un épisode équivalent à celui déjà observé avec le SRAS (8 000 cas, 800 morts mais épidémie stoppée grâce à une sérieuse politique de contrôle), l’OMS a incité le 3 décembre 2012 à une surveillance des infections à MERS-CoV.

Depuis l’observation du 1^er cas en avril 2012, une augmentation rapide des déclarations a été observée et au 24 septembre 2013, 150 cas ont été démontrés avec 63 décès.

L’âge des patients était compris entre 2 et 94 ans avec une médiane à 50 ans. La majorité des patients était de sexe masculin (62 %) et 24 % des cas étaient nosocomiaux.

Tous les cas identifiés à ce jour sont reliés à la péninsule arabique.

Depuis la mise en place, dès 2013, d’une alerte sanitaire pour dépister le plus précocement possible les cas possibles et suspects, il a été montré que des cas asymptomatiques ou pauci-symptomatiques sont observés chez les soignants (majoritairement des femmes sans pathologie sous-jacente).

Situation en France

En France, deux cas ont été déclarés en 2013 ( encadré 2 ). Chez le cas index, aucun signe respiratoire n’avait été signalé à l’hospitalisation et aucune mesure particulière d’isolement n’avait été prise, malgré les antécédents de voyage à Dubaï. Le partage de la même chambre (20 m²) pendant les 3 premiers jours d’hospitalisation du cas secondaire (sans protection particulière) a été à l’origine de sa contamination.

Encadré 2. Caractéristiques des 2 cas français de MERS-CoV.

Patient 1 : patient index	Patient 2 : cas secondaire
Homme de 64 ans	Homme de 51 ans
9 au 7 avril SO13 : voyage organisé à Dubaï
Antécédents : diabète, greffe rénale en 1998	Hospitalisé le 26 avril 3013 pour thrombose veineuse profonde
Traitement par ciclosporine, Cellcept et corticoïdes	Aucun antécédent de voyage
Sigmoïdrte fin 2012
Hospitalisation pour fièvre et diarrhées	HTA, dyslipidémie, pathologie nécessitant des corticoïdes depuis juin 2012
→ Aucun signe respiratoire

Ces 2 cas liés à une transmission humaine montre combien le contrôle des épidémies dues à ce nouveau Coronavirus passe par un diagnostic rapide (à partir des prélèvements respiratoires bas tels que LBA ou expectorations qui sont les sites de réplication du virus et non pas à partir d’un prélèvement nasopharyngé).

Scénarios de transmission pour le MERS-CoV

La transmission interhumaine et donc le potentiel épidémique ou pandémique est quantifiable par le RO (nombre moyen de cas secondaires causés par le patient index dans une population susceptible).

Quand le RO est < 1, un seul franchissement de barrière d’espèce à partir du réservoir animal génère un cluster de cas chez l’homme mais ne peut générer une amplification durable du virus. Il y aura extinction des chaînes de transmission. Le contrôle du réservoir animal suffira à contrôler l’émergence chez l’homme.

Plusieurs génotypes de MERS-CoV circulent depuis le début de l’épidémie, ce qui montre qu’il existe une transmission interhumaine limitée et qu’il y a probablement plusieurs franchissements de barrière d’espèce à partir d’une source environnementale encore inconnue.

Lorsque le RO est > 1, le contrôle du réservoir animal et la détection rapide des cas chez l’homme permet également le contrôle de l’épidémie. Après franchissement de la barrière d’espèce à partir du réservoir animal, une chaîne de transmission interhumaine est possible mais fragile tant que le RO est proche de 1 (< 2).

Réservoir animal de MERS-CoV

De nombreuses inconnues existent concernant le réservoir de ce nouveau virus à transmission respiratoire. Des récentes études ont montré que le gène d’un virus connu pour infecter des chauves-souris du genre pipistrellus ne diffère du gène du MERS-CoV que de 1,8 %.

Différents travaux ont montré que le MERS-CoV utilise un récepteur conservé chez les chiroptères, les porcs et les humains, le dipeptidyl peptidase 4. Cette propriété indiquerait une barrière faible pour la transmission entre les hôtes du virus. L’existence de réservoirs intermédiaires (dromadaires, moutons, chèvres, chiens, vaches) est probable et de nombreuses études sont en cours pour déterminer leur rôle dans la transmission de ce nouveau virus respiratoire à l’homme. Des anticorps ont déjà été trouvés chez les dromadaires mais le virus n’a jamais été détecté chez les animaux.

En conclusion, bien que le nombre de cas soit encore restreint, l’alerte sanitaire concernant le MERS-CoV est toujours en cours. Le risque de voir diffuser la maladie dans la zone géographique concernée existe (Moyen-Orient et particulièrement l’Arabie saoudite qui est une zone de grand rassemblement). En France, les tests virologiques permettant d’effectuer le diagnostic précoce ne sont réalisés que dans des laboratoires ayant reçu l’accréditation (CNR Grippe).

Virus influenza A (H7N9)

Ce nouveau virus grippal, faiblement pathogène pour les oiseaux, semble l’être beaucoup plus pour l‘homme.

A partir de lignées aviaires, des virus réassortants se sont adaptés à l’homme, grâce à des marqueurs d’adaptation aux voies respiratoires hautes.

136 cas humains d’infections respiratoires dues au virus influenza A(H7N9) ont été identifiés en Chine parmi lesquels 45 décès (33,1 %) ont été déclarés. L’étude des cas a montré une prédominance des cas de sexe masculin (71 % des cas) avec un âge médian de 60 ans.

Les marchés de volailles vivantes semblent être au cœur de la transmission animal-homme et l’émergence de l’épidémie a été stoppée avec la fermeture des marchés chinois.

Quelques cas ont néanmoins été décrits depuis l’arrêt de l’épidémie justifiant le maintien de la surveillance de ce virus, notamment en Europe, chez les personnes présentant un tableau respiratoire sévère après un retour de Chine.

En conclusion

L’émergence de nouveaux virus respiratoires est liée à de multiples facteurs parmi lesquels les capacités évolutives des virus sont un facteur important.

Sur la base des informations actuellement disponibles, l’OMS encourage les pays à maintenir la surveillance de virus respiratoires émergents. Le principal objectif de cette surveillance est la détection précoce des cas, moyen essentiel pour lutter contre la dissémination de ces nouveaux virus.