Profil moléculaire et résistance aux antibiotiques des entérobactéries productrices de carbapénèmases chez le brûlé

Abstract

Carbapenemase-producing Enterobacteriaceae (CPE) pose an emerging threat worldwide. The purpose of our work was to determine their prevalence among patients hospitalized in the Trauma and Burn Centre’s Burn Unit, and to study their microbiological and molecular characteristics. Our study was longitudinal, conducted at the Trauma and Burn Centre’s laboratory between January and June 2017. It focused on 42 CPE strains isolated from 34 patients. These strains were made up of K. pneumoniae (24), P. mirabilis (13), K. oxytoca (2), P. stuartii (1), E. coli (1), and E. cloacae (1). The overall prevalence of CPE among Enterobacteriaceae was 14.43% with a monthly decline. The blaNMD gene (59%) predominated on blaOXA-48 (33%) and 7% of strains co-expressed these two genes. We describe the first case of P. stuartii carrying blaNDM in Tunisia. Resistance to ertapenem, imipenem and meropenem was 83%, 57%, and 10% respectively. The antibiotics showing the highest resistant rates were third-generation cephalosporins (97%), gentamicin (98%) and norfloxacin (90%). Colistin and fosfomycin had the best-preserved activity in vitro with 4% and 33% resistance, respectively. The prevalence of EPCs is high among burns. Screening efforts, hygiene measures and the preservation of the few molecules still active are a vital issue.

Introduction

Les entérobactéries sont des bacilles à Gram négatif aéro-anaérobies hôtes habituels du tube digestif de l’homme et des mammifères. Elles constituent, en clinique humaine, la famille à l’origine des infections les plus fréquentes et dont la mortalité est la plus élevée.¹ La résistance des entérobactéries aux carbapénèmes peut résulter de différents mécanismes. La production de carbapénémase constitue le plus puissant mécanisme de résistance des entérobactéries aux carbapénèmes.² En effet, outre l’hydrolyse des carbapénèmes, la plupart des carbapénèmases confèrent une résistance à de très nombreuses autres β lactamines et leurs gènes sont habituellement physiquement associés à des gènes de résistance aux aminosides, dans des souches souvent résistantes aux fl uoroquinolones.³ Si, dans le monde, les autorités sanitaires proposent d’identifi er tout particulièrement les porteurs de ces souches exprimant des carbapénèmases, c’est parce qu’elles sont, en quelque sorte, l’un des marqueurs de cette multirésistance aux antibiotiques.¹

L’intérêt accordé aux EPC provient également au fait que ces souches ont un pouvoir épidémique important: les gènes codant pour les carbapénémases les plus répandues sont le plus souvent localisés sur des plasmides pouvant être transférés d’une souche à une autre de la même espèce, mais aussi entre deux espèces proches.⁴ Ces germes représentent un danger potentiel en tant que sources, réservoirs, et véhicules de gènes de carbapénémases ainsi qu’un risque d’épidémie hospitalière pouvant devenir rapidement incontrôlables. C’est dans ce contexte qu’il nous a paru pertinent de faire une étude, sur une période courte, nous permettant de déterminer les caractéristiques microbiologiques et moléculaires ainsi que le profi l de résistance aux antibiotiques de ces souches.

Méthodes

Il s’agit d’une étude prospective réalisée entre Janvier 2017 et Juin 2017. Toutes les souches d’entérobactéries isolées chez les patients hospitalisés dans le service de réanimation des brûlés entre janvier 2017 et juin 2017, à partir de prélèvements à visée diagnostique, ayant une carbapénémase confi rmée par biologie moléculaire ont été incluses dans ce travail. Ont également été incluses les souches isolées à partir de prélèvements cutanés fait dans le cadre du dépistage d’un portage. Les souches de portage isolées à partir de prélèvements rectaux n’ont pas été retenues pour ce travail. Les souches d’entérobactéries résistantes aux carbapénèmes mais dont l’étude moléculaire n’a pas révélé la production de carbapénémase ont été exclues de l’étude. L’étude de la sensibilité aux antibiotiques a été faite selon les recommandations du CA-SFM 2015.⁵ Pour toute souche productrice de carbapénémase, nous avons réalisé les CMIs des trois carbapénèmes (IPM, ETP, MEM) et de la tigécycline (TGC) par les bandelettes E-tests® (bioMérieux SA, Marcy l’étoile, France). Nous avons également réalisé les CMIs de la colistine sur milieu liquide par microdilution sur des plaques Thermo Scientifi c™ Sensititre™ (Thermo Fisher Scientifi c, USA). L’étude moléculaire a été réalisée par une PCR multiplex en temps réel de type GeneXpert® IV (Cepheid, Sunnyvale, CA, USA) par le kit Xpert® Carba-R. Le système GeneXpert® intègre la préparation des échantillons, l’extraction de l’ADN, son amplifi cation et la détection de la ou des séquences cibles, à travers des cartouches prêtes à l’emploi, à usage unique. Les cartouches Xpert® Carba-R contiennent, en plus du tampon de PCR, de l’ADN polymérase et de deux contrôles de qualité internes, les amorces et les sondes capables de détecter les séquences hébergeant les gènes codant pour les cinq principales familles de carbapénémases : blaKPC, blaNDM, blaVIM, blaIMP-1 et blaOXA-48. Concernant l’étude statistique, le test Chi2 de Pearson a été utilisé pour la comparaison de la sensibilité aux antibiotiques des EPC comparativement aux souches d’entérobactéries non productrices de carbapénèmases isolées sur la même période. L’étude de l’évolution mensuelle de la prévalence des souches productrices de carbapénèmases parmi les entérobactéries a été faite par le coeffi cient de corrélation des rangs de Spearman (rs). Le test t de Student a été utilisé pour comparer le niveau de résistance aux carbapénèmes des souches de K. pneumoniæ selon le type de carbapénémase. Le seuil de signifi cation (p) a été fi xé à 0,05.

Résultats

Sur la période d’étude, 690 souches ont été isolées chez les brûlés, parmi lesquelles Pseudomonas æruginosa (121/690 ; 17,5%), Klebsiella pneumoniæ (96/690 ; 13,9%) et Acinetobacter baumannii (71/690 ; 10,3%) ont été les espèces les plus souvent retrouvées. Au total, 291 souches d’entérobactéries ont été isolées, comprenant essentiellement K. pneumoniæ (96/291), Providencia stuartii (52/291), Proteus mirabilis (47/291) et Escherichia coli (25/291). La prévalence globale des entérobactéries productrices de carbapénémase était de 14,43% (42 souches) avec une prévalence maximale pour P. mirabilis (28%). La répartition des 42 souches d’EPCs selon les espèces ainsi que leur prévalence parmi les entérobactéries isolées sur la même période sont détaillée dans le Tableau I. L’étude moléculaire a montré la prédominance du gène blaNDM (25/42 - 59,5%) sur le blaOXA-48 (14/42 - 33%), une co- expression de ces deux gènes, retrouvés chez 7% (3/42) des souches. Parmi les 24 souches de K. pneumoniæ exprimant une carbapénémase, 11 (45,8%) portaient le blaOXA48, 10 (41,7%) le blaNDM et 3 (12,5%) les deux gènes à la fois. Les 13 souches de P. mirabilis étaient toutes porteuses du blaNDM, de même que la souche de P. stuartii. Sur les deux souches de K. oxytoca, une était porteuse du blaOXA48 et l’autre du blaNDM. La souche de E. coli et celle d’E. cloacæ étaient toutes les deux porteuses du blaOXA48. Les 42 souches d’EPCs ont été isolées chez 34 patients, à partir de prélèvements cutanés (17), de cathéters (14), d’hémocultures (10), de prélèvements respiratoires (4) et d’ECBU (2). Pour 27 patients, une seule EPC était mise en évidence. Pour les sept autres patients, plusieurs EPC avaient été isolées (Tableau II). Les données de sensibilité aux carbapénèmes des 42 souches sont résumées dans le Tableau III. Les souches de K. pneumoniæ productrice de NDM n’étaient pas plus résistantes aux carbapénèmes que celles productrices d’OXA48. En effet, la comparaison des valeurs de CMIs exprimées par les souches de K. pneumoniæ vis-à-vis des 3 carbapénèmes testés selon le type de carbapénémases (NDM ou OXA-48) n’a pas montré de différence statistiquement signifi cative (p=0,5 pour l’ertapénème et l’imipénème et p=0,067 pour le méropénème).

Tableau I. Prévalence d’isolement des EPC par rapport aux entérobactéries selon les espèces.

Tableau II. Répartition des souches d’EPC selon les patients.

Tableau III. Sensibilité aux carbapénèmes.

Profi l de résistance des EPC aux antibiotiques. Pour les b lactamines, un taux de résistance de 100% a été enregistré pour toutes les pénicillines ainsi que pour les associations amoxicilline- acide clavulanique (AMC) et ticarcillineacide clavulanique (TIM). Il a été de 90% pour l’association pipéracilline- tazobactam (TZP). Quatre-vingt-dix-sept pour cent de résistance ont été enregistrés pour le céfotaxime (CTX) ainsi que pour les autres C3G. Hormis les carbapénèmes, les taux de résistances les moins élevés parmi les b lactamines ont été enregistrés pour le céfépime (FEP) et l’aztréonam (ATM) avec 64% et 62% de résistance respectivement. Neuf souches dont 7 K. pneumoniæ , 1 P. mirabilis et 1 E. coli avaient une BLSE. La seule souche sensible aux C3G était une K. pneumoniæ productrices d’OXA48. Les souches de notre échantillon se sont, par ailleurs, montrées particulièrement sensibles au méropénème avec uniquement 9% de résistance et 100% des CMI ≤4mg/L. Concernant les aminosides, les résistances étaient élevées pour la gentamicine, la tobramycine et la netilmicine avec des taux de 98%, 98% et 95% respectivement. La résistance à l’amikacine (AMK) était de 55%, et les phénotypes les plus souvent rencontrés étaient le GTNA (50%) et le GTN (43%). Pour les fl uoroquinolones, les taux de résistance étaient de 83% pour la ciprofl oxacine (CIP), 90% pour la norfl oxacine (NFX) et de 78% pour la lévofl oxacine (LVX). Les taux de résistance les moins élevés ont été enregistrés pour TGC (43%) et la fosfomycine- FOF (33%). Par ailleurs, l’étude de la sensibilité à la colistine a montré que 27 des 28 souches testées étaient sensible en CMIs (96%). La seule souche résistante à CST avait une CMI de 64mg/L. Il s’agissait d’une souche de K. pneumoniæ productrice de carbapénémase de type NDM, isolée à partir d’hémocultures.

Comparaison de la résistance des EPC aux souches d’entérobactéries non productrices de carbapénémases. Les souches d’EPCs étaient globalement plus résistantes aux carbapénèmases isolées sur la même période. Cette différence était statistiquement signifi cative pour AMC, TZP, céfoxitine, ceftazidime, FEP, NFX, CIP, LVX et AMK (p<0,05).

Prévalence des EPC parmi les entérobactéries selon le mois d’isolement. L’étude de l’évolution mensuelle de la prévalence des souches productrices de carbapénémases parmi les entérobactéries selon les mois d’isolemment montre une tendance signifi cative à la baisse (rs : -0.8857, p=0,03) (Fig. 1).

Fig. 1. Évolution de la prévalence mensuelle des EPC.

Discussion

provoquent des infections graves chez les patients affaiblis et immunodéprimés.⁶ Dans notre étude, nous nous sommes intéressés aux EPC isolées chez les brûlés. A partir de 47 prélèvements positifs obtenus sur une période de 6 mois, nous avons isolé 42 souches originales d’EPCs, chez 34 patients hospitalisés dans le service de réanimation des brûlés du CTGB. Nos souches étaient faites essentiellement de K. pneumoniæ (57%) et de P. mirabilis (13%). La prévalence globale parmi les entérobactéries était de 14,43% avec une prévalence maximale pour P. mirabilis (28%). Cinquante-neuf pour cent des souches avaient le blaNDM, 33% avaient le blaOXA-48 et 7% avaient les deux gènes à la fois. Notre étude décrit les EPC isolées par le laboratoire du CTGB dans leurs aspects phénotypique et moléculaire. Elle a cependant ses points faibles qui sont la taille limitée de l’échantillon et son caractère monocentrique. Même si les EPC ont été rapportées et constituent une menace dans le monde entier, la situation est particulièrement critique dans les pays en voie de développement, du fait du manque de surveillance de la résistance aux antibiotiques comme de politiques nationales de rationalisation de l’antibiothérapie.^7,8 En Tunisie, il existe un nombre limité d’études, sans réelle cartographie de la dissémination territoriale des EPCs. Or, l’absence d’une étude à l’échelle nationale pourrait amener à une sous-estimation du risque, une dissémination plus rapide, un manque de mesures préventives adéquates et des échecs thérapeutiques qui restent inexpliqués. Les tests moléculaires sont actuellement considérés comme étant la référence pour l’identifi cation des gènes codant pour des carbapénèmases. Ces techniques possèdent dans leur ensemble une excellente sensibilité et une excellente spécifi cité. Elles ont cependant le désavantage d’avoir un coût élevé, de nécessiter un personnel qualifi é, et d’être incapables de détecter des gènes codant pour de nouvelles carbapénèmases. Le test Carba-R de Cepheid permet de détecter les principaux gènes codant pour les carbapénèmases des entérobactéries : blaVIM, blaNDM, blaIMP, blaOxa48 et blaKPC. C’est un test facile, ne nécessitant pas un personnel qualifi é. Il peut être utilisé directement à partir d’un écouvillonnage rectal, dans le but de dépister le portage digestif d’EPC, ou à partir de colonies pures. Nous avons fait le choix de l’utiliser d’abord dans un cadre de diagnostic, afi n de constituer une base de données préliminaire pouvant guider les cliniciens et justifi er le coût élevé d’un protocole de dépistage de portage rectal systématique à chaque admission. Dans notre série, la prévalence des EPC a été de 14,43% des souches d’entérobactéries. La prévalence des EPC, particulièrement K. pneumoniæ varie entre 20 et 40% dans des institutions situées dans des zone d’endémicité.^9-10 Pour les souches de K. pneumoniæ, cette prévalence était de 25% (24/96). Patel rapporte une prévalence de 26% parmi les souches de K. pneumoniæ.¹¹ En Tunisie, Mansour rapporte une prévalence de K. pneumoniæ productrice de carbapénémases de 13,2% dans l’hôpital Tahar Sfar de Mahdia.¹² Nous ne disposons pas de chiffres sur la prévalence d’EPC dans les unités de réanimation en Tunisie. La prévalence des souches de K. pneumoniæ résistantes à l’ertapénème est de 38,9% dans les services de réanimation Tunisiens.¹³ Dans notre population, l’étude moléculaire a montré la prédominance du gène blaNDM à 59,5% (25/42) sur le blaOXA-48 avec 33% (14/42) avec une co- expression de ces deux gènes, retrouvés chez 7% (3/42) des souches. L’augmentation du nombre d’isolats d’entérobactéries productrices de carbapénémases de type NDM est rapportée de l’autre côté de la méditerranée avec, en France, un nombre de souches de 27, 61 et 91 en 2012, 2013 et 2014 respectivement.¹⁴ La nette prédominance du blaNDM n’est pas classique sous nos cieux. En effet, c’est le blaOXA-48 qui était classiquement considéré comme étant le gène de carbapénémase prédominant en Tunisie.¹⁵ Cependant, les études faites alors portaient surtout sur les régions du nord et les régions côtières.¹⁶ Il pourrait y voir un gradient nord- sud avec une prédominance de blaNDM dans le sud de la Tunisie et en Libye. Dans ce même sens, pour Dziri dans une étude publiée en 2018, la répartition des carbapénémases parmi les 15 EPC isolés dans l’hôpital régional de Djerba est assez semblables à la nôtre : 59 et 56% de souches productrices de NDM, 33% de souches productrices d’OXA48, 7 et 6% coproductrices des deux enzymes dans notre série et dans celle de Dziri, respectivement.¹⁶ Le service de réanimation des brûlés du CTGB est un service à vocation nationale. Il draine de ce fait des patients de toute la Tunisie et de l’étranger. Dans la population de notre étude, plus de la moitié des patients étaient transférés d’autres services de réanimation de Tunisie. Ceci pourrait expliquer l’originalité de nos résultats par rapport à ceux des autres hôpitaux de la Tunisie. NDM a été retrouvée chez 25 souches de notre échantillon (59%), et chez 3 souches en co- expression avec OXA48 (7%). OXA48 a été retrouvée chez 14 de nos souches. La métallo- β lactamase de type NDM (New Delhi métallo -β lactamase) a été identifiée pour la première fois en 2008 en Suède, dans deux souches chez un patient d’origine indienne ayant été hospitalisé à New Delhi quelques mois auparavant.¹⁷ Le sous- continent indien, les Balkans et le Moyen-Orient sont considérés comme les principaux réservoirs des producteurs de NDM.¹⁸ Il s’agit d’une ß lactamase appartenant à la classe B de la classification d’Ambler. Elle est structurellement très différente des métalloß lactamases connues, mais partage avec elles les mêmes fonctions d’hydrolyse de toutes les ß lactamines, sauf ATM.³ En Tunisie, NDM a été rapportée pour la première fois en 2013, chez une K. pneumoniæ coproductrice d’OXA48, chez une patiente d’origine Libyenne hospitalisée en Tunisie.¹⁹ Dix des 24 souches de K. pneumoniæ (41,6%) exprimaient le blaNDM. Si l’on se réfère à la dynamique connue de la diffusion des souches productrices de β lactamases à spectre élargi observée depuis 20 ans dans les établissements hospitaliers, on peut anticiper que la transmission du gène NDM s’accompagnera de l’extension des épidémies hospitalières de K. pneumoniæ NDM résistantes à tous les antibiotiques.³ Le blaNDM a également été exprimé par les 13 souches de P. mirabilis productrices de carbapénémases. OXA48 a été identifiée initialement en Turquie, en 2003, à partir d’une souche de K. pneumoniæ.²⁰ Il s’agit d’une ß lactamase appartenant à la classe D d’Ambler. Elle a été identifiée à de nombreuses reprises dans plusieurs isolats turcs mais également à partir d’isolats de pays du pourtour méditerranéen.²⁰ En Tunisie, OXA48, qui est actuellement endémique, a été décrite pour la première fois en 2010.²¹ OXA48 a longtemps constitué le principal déterminant de la résistance aux carbapénèmes en Tunisie.¹⁵ Elle a été retrouvé chez 14 de nos 42 EPC (33%) : 11 des 24 souches de K. pneumoniæ, une souche d’E. coli , une de K. oxytoca et une d’E. cloacæ, en plus des 3 souches co- exprimant le blaNDM. De toutes les souches exprimant une OXA48, une seule était sensible aux C3G. La répartition des EPC selon les espèces a montré la prédominance de K. pneumoniæ dans notre population, rapportée par d’autres études.⁶ Bien que n’étant pas intrinsèquement résistant aux antibiotiques, puisqu’il ne produit que des quantités modérées de pénicillinase chromosomique, K. pneumoniæ est un « collecteur » notoire de plasmides porteurs de résistances multiples. L’addition successive d’éléments génétiques codant pour la résistance aux aminoglycosides et aux β lactamines, associée à l’accumulation rapide de mutations chromosomiques conférant une résistance aux fluoroquinolones, a laissé les carbapénèmes comme médicaments de premier choix pour le traitement des infections associées aux soins causées par K. pneumoniæ.⁶ K. pneumoniæ reste l’espèce d’entérobactérie chez qui la plupart de ces carbapénèmases ont été identifiées.² Dans notre série, 57% des souches productrices de carbapénémases étaient des K. pneumoniæ et la prévalence de production de carbapénémases par les souches de K. pneumoniæ était de 25%. Parmi les entérobactéries productrices de NDM, K. pneumoniæ et E .coli sont les deux espèces les plus souvent décrites. Cependant, d’autres espèces, dont P. mirabilis, ont également été rapportées.¹⁸ L’étude faite en 2014 sur les EPC isolées sur le territoire français avait retrouvé une souche de P. mirabilis sur un total de 1075 EPC.¹⁴

Dans notre étude, 28% des souches de cette espèce (13/47) isolées sur 6 mois sont productrices de NDM. Une étude de la clonalité des souches par champs pulsé permettrait de conclure à une probable épidémie. Dans notre série, 13 souches de P. mirabilis et une souche de P. stuartii étaient productrices de NDM. La production de carbapénémase par des souches de P. mirabilis et P. stuartii est d’autant plus alarmante qu’elles ont une résistance naturelle à CST et TGC, ce qui rend les options thérapeutiques encore plus restreintes.²² Onze de nos 13 souches de P. mirabilis ainsi que la souche de P. stuartii étaient de surcroît résistantes à FOF, connue pour être active sur les EPC.²³ Six souches de P. mirabilis étaient catégorisées sensibles à un seul antibiotique en dehors des carbapénèmes, ATM. Cet antibiotique a déjà été rapporté comme étant le seul antibiotique actif contre P. mirabilis producteur de NDM.²² Notre échantillon comportait une souche de P. stuartii, isolée dans deux hémocultures, productrice de NDM. À notre connaissance, il s’agit de la première description de souche de P. stuartii productrice de NDM en Tunisie. Le cas d’une bactériémie à P. stuartii productrice de NDM a été rapporté chez un patient brûlé en Afghanistan en 2011.²⁴ Les entérobactéries productrices de carbapénémases sont généralement résistantes à la plupart, sinon à tous les antibiotiques disponibles.²⁵ Nos souches avaient présenté des taux de résistance élevés à la majorité des antibiotiques testés : 97% de résistance au C3G, 83% et 90% à CIP et NFX respectivement, 98% à GEN. Les molécules dont l’activité était la plus conservée étaient TGC et CST avec 43% et 4% de résistance acquise, ainsi que FOF et AMK avec 33% et 55% de résistance respectivement. Une étude multicentrique faite sur 379 souches d’EPCs collectées sur 83 hôpitaux en Espagne avait également trouvé des taux de résistance élevés à la majorité des antibiotiques, avec cependant une plus grande sensibilité à AMK (18,7% Vs 55%) et TGC (29% Vs 43%).²⁶ Parallèlement, les taux de résistance à MEM et FOF étaient plus élevés que ceux de notre série (25,3% contre 9,5% et 52% contre 33% respectivement). Les souches de P. mirabilis productrices de NDM représentent une proportion non négligeable de notre échantillon (31%). Or, le profil de l’ensemble de l’échantillon de par plusieurs singularités : 1- P. mirabilis est intrinsèquement résistant à la CST et TGC ; 2-FOF, qui est l’une des molécules les plus actives sur l’ensemble de nos EPCs, n’a été active, in vitro, que sur 2 des 13 souches de P. mirabilis. Or, la plupart des producteurs de NDM ne sont sensibles qu’à deux antibiotiques bactéricides, CST et FOF, et à un seul antibiotique bactériostatique, TGC.¹⁸ De ce fait, le choix thérapeutique contre ces souches va différer de façon radicale. Dans notre série, les deux molécules les plus actives contre P. mirabilis producteur de NDM était ATM (1/13 de résistance) et MEM (1/13 de résistance). Nos souches de P. mirabilis était toutes productrices de NDM. Les monobactams, dont ATM, sont le seul groupe de ß lactamines épargné par NDM.^3,18 Qin rapporte un cas d’infection urinaire à P. mirabilis chez une fillette de 3 ans, résistant à tous les antibiotiques sauf ATM, traitée avec succès avec cette molécule.²² Quant à MEM, il a déjà été cité comme étant un carbapénème de choix, utilisable dans le traitement des infections à EPCs si la CMI est ≤4.²³ La résistance à CST chez K. pneumoniæ peut être due à des altérations des systèmes PhoPQ et PmrAB, mais le mécanisme de résistance le plus fréquemment rencontré jusqu’en 2015 est l’inactivation du gène mgrB du fait des insertions / mutations dans le promoteur ou la séquence codante.¹² Le 18 novembre 2015, une résistance à CST plasmidique et donc transférable de façon horizontale, via le mcr-1, a été rapportée en Chine.²⁷ Depuis, ces types de germes ont été isolées en Asie du sud-est, Amérique du sud, Afrique, Danemark, Royaume-Uni, Portugal et France, surtout chez l’animal et dans une moindre mesure chez l’homme.²⁸ Bien qu’il existe une nette tendance à l’augmentation de la résistance à CST parmi les EPCs, ce médicament reste l’un des agents les plus actifs in vitro contre ces agents pathogènes.²⁹ Dans notre étude, 96% de sensibilité à CST ont été enregistrés parmi nos EPCs. Une seule souche (4%) était résistante à cette molécule, résistance confirmée par la réalisation d’une CMI en milieu liquide. Notre isolat résistant à CST était une souche de K. pneumoniæ productrice de NDM. Ce type de résistance a déjà été décrit en Tunisie, dans une étude publiée en 2017.¹²

Il s’agissait également de souches de K. pneumoniæ productrices de NDM, isolées à l’hôpital Tahar Sfar. La prévalence de ces souches résistantes à la colistine était de 24,1% parmi l’ensemble des souches de K. pneumoniæ productrices de carbapénémases. Une étude moléculaire précisant le support génétique de la résistance à CST de notre souche reste nécessaire, surtout que l’émergence et la dissémination de la résistance plasmidique sont extrêmement inquiétantes, compromettant le dernier rempart sur la route vers la toto-résistance aux antibiotiques.²⁸ L’étude de l’évolution mensuelle de la prévalence d’isolement des EPC dans le service de réanimation des brûlés a montré une endance significative à la baisse entre janvier et juin 2017. Une clé de la diminution de la transmission croisée des ECPs dans les établissements de santé permettant l’abaissement de leur prévalence réside dans l’identification rapide des patients colonisés.⁶ L’implémentation, depuis le mois de février 2017, d’un protocole de détection systématique du portage rectal de BGN producteurs de carbapénémase a permis une identification précoce des porteurs dans le service de réanimation des brûlés.³⁰ La sensibilisation du personnel médical et paramédical, le renforcement des mesures d’hygiène et l’isolement géographique et technique de ces patients ont exercé un impact positif dans la limitation de la diffusion des EPC au service de réanimation des brûlés.

Conclusion

La prévalence des EPC isolées dans notre étude était de 14,4%. Notre échantillon de 42 EPC était dominé par des souches de K. pneumoniæ, connue pour être l’espèce d’entérobactérie prédominante en terme de production de carbapénémases. Mais il a également été observé une proportion relativement élevée de souches de P. mirabilis (31%), ainsi que d’une souche de P. stuartii. A notre connaissance, il s’agit de la première description d’une souche de P. stuartii productrice de NDM en Tunisie. L’originalité de nos résultats réside également dans la répartition des EPC selon le type de carbapénémase. Les 2/3 de nos souches étaient productrices de NDM alors que c’est OXA48 qui est considérée comme étant la carbapénémase prédominante en Tunisie. Ceci souligne, entre autres, l’importance qu’il y a à instaurer une cartographie à l’échelle de toute la Tunisie, dressant de manière exhaustive notre écologie nationale en terme d’EPC. La méconnaissance de notre flore constitue un véritable danger, contribuant de façon majeure à la dissémination des EPC sur le territoire tunisien et en dehors de celui-ci. L’établissement d’une stratégie globale à l’échelle nationale est impératif. Dans la mesure où les moyens tendent à être limités et que les méthodes phénotypiques semblent donner des résultats très satisfaisants, un premier niveau de dépistage et de monitoring phénotypique devrait être imposé de façon systématique dans toute unité d’hospitalisation. Un deuxième niveau de confirmation et de typage des EPC pourrait être réalisé par biologie moléculaire, de façon centralisée. À l’échelle de notre centre, l’instauration du dépistage systématique du portage rectal de BGN producteurs de carbapénémase s’est accompagnée d’une baisse significative de la prévalence mensuelle d’isolement d’EPCs chez les patients hospitalisés dans le service de réanimation des brûlés. Devant la méconnaissance de la prévalence des EPC sous nos cieux, encore plus en communautaire qu’en hospitalier, ce dépistage s’adresse actuellement à toute nouvelle admission, qu’il s’agisse d’une première hospitalisation ou d’un transfert secondaire.