Tests COVID-19 : à la recherche d’une stratégie

Après avoir péniblement rattrapé son retard dans la capacité de tester la population pour lutter contre la propagation du SARS-CoV-2, la France a franchi le seuil symbolique du million de tests RT-PCR par semaine, dépassant au mois d’août ses voisins allemands, espagnols et italiens. Mais en l’absence de stratégie d’emploi, cette approche délibérément quantitative a entraîné un engorgement des laboratoires et une prolongation des délais de réponse, aboutissant à un bilan décevant en termes de coût–efficacité et compromettant l’utilité de cet outil majeur de lutte contre l’épidémie [1].

Cette situation a incité le ministère de la santé, le 17 septembre, à définir une « doctrine de priorisation » des tests incluant le déploiement de centres réservés aux personnes prioritaires (porteurs d’une prescription médicale, patients symptomatiques, sujets contacts, soignants et aides à domicile). Cependant, cette mesure correctrice ne peut suffire à résorber l’embouteillage des filières de test COVID-19. En effet, s’il a été possible d’équiper plus de 4000 centres sur l’ensemble du territoire pour effectuer les prélèvements, il est plus difficile d’accroître aussi rapidement le nombre de laboratoires habilités à réaliser la RT-PCR (environ 400), la mise en œuvre des techniques moléculaires nécessitant des équipements spéciaux et des techniciens qualifiés.

Plusieurs solutions actuellement disponibles pourraient faciliter les prélèvements et permettre de disposer des résultats plus rapidement :

• •la RT-PCR sur échantillons de salive ou de crachats, bien que moins sensible, offre l’avantage d’une simplification du prélèvement [2] ; selon l’avis du 18 septembre 2020 de la HAS, elle pourrait être indiquée chez les patients symptomatiques non hospitalisés, dans les 7 jours après l’apparition des symptômes, notamment en cas de difficulté ou de refus de l’écouvillonnage nasal ;
• •la détection de l’antigène viral sur sécrétions nasopharyngées est un test rapide d’orientation diagnostique (TROD) par immunochromatographie, ne nécessitant aucun équipement et fournissant un résultat en 20 min. Plusieurs tests marqués CE [3] et validés par les Centres nationaux de référence sont disponibles. Moins sensibles que les tests RT-PCR, leurs performances sont variables suivant les fabricants, meilleures chez les patients ayant une charge virale élevée (Ct ≤ 25 ou > 10⁶  copies/mL). Les exigences minimales de performance exigées par la HAS sont une sensibilité ≥ 80 % et une spécificité ≥ 99 % par rapport à la RT-PCR ;
• •la PCR isotherme par la méthode « Loop-Mediated Isothermal Amplification » (LAMP) est une alternative qui présente certains avantages : amplification à température constante, sans thermocycleur et sans étape préalable d’extraction. Plusieurs tests sont disponibles, mais moins sensibles que la RT-PCR. Ils peuvent être facilement utilisés pour des dépistages « hors les murs » comme les TRODs antigène.

La progression actuelle de l’épidémie rend souhaitable la mise en œuvre de ces différents tests dans les meilleurs délais, suivant une stratégie dissociant les indications de diagnostic et de dépistage.

La prescription du test devrait reposer sur 3 indications :

• •savoir si un individu symptomatique est atteint de COVID-19 ;
• •savoir si un contact de patient COVID-19 a été contaminé ;
• •savoir si un individu non symptomatique et non contact est éventuellement contagieux.

L’Académie nationale de médecine et l’Académie nationale de pharmacie recommandent :

• •de réserver les tests RT-PCR aux seules personnes disposant d’une prescription médicale ;
• •dans les indications de diagnostic (cas 1 et 2), de faire un test RT-PCR sur prélèvement nasopharyngé ou sur salive, complété par un TROD antigène (garantissant les performances fixées par la HAS) si le résultat de RT-PCR ne peut être obtenu dans les 24 h ;
• •dans les indications de dépistage (cas 3), de faire un TROD antigène (dont la positivité signe la contagiosité, mais dont la négativité n’exclut pas le portage du SARS-CoV-2), cette pratique devant être largement mise en œuvre en médecine de ville, dans les EHPAD, les établissements de santé, les écoles, lycées et universités, les entreprises, les prisons, les aéroports, etc.
• •de confirmer par RT-PCR tout résultat négatif du TROD en cas d’exigence réglementaire (voyage aérien par exemple) ;
• •d’inclure sans tarder les tests rapides RT-Lamp dans les outils de dépistage, y compris ceux en cours d’évaluation.

Déclaration de liens d’intérêts

Les auteurs déclarent ne pas avoir de liens d’intérêts.