Table 2.

List of S. cerevisiae strains used in this study

Strain	Genotype	Reference
WCG4a (WT)	MATα his2-11,15 leu2-3,112 ura3	[55]
atg1∆	WCG4a atg1∆::KAN	[77]
atg8∆	WCG4a atg8∆::KAN	[78]
atg8∆ atg3∆	WCG4a atg8∆::KAN atg3∆::hphNT1	This study
atg8∆ ATG14-3xGFP	WCG4a atg8∆::KAN ATG14-3xGFP(S65 T)::HIS3MX6	This study
atg8∆ atg18∆	WCG4a atg8∆::KAN atg18∆::natNT2	This study
atg8∆ atg21∆	WCG4a atg8Δ::KAN atg21∆::natNT2	[16]
atg8∆ atg21∆ atg16∆	WCG4a atg8∆::KAN atg21∆::hphNT1 atg16∆::natNT2	[16]
atg8Δ atg21Δ VPH1-mCherry	WCG4a atg8∆::KAN atg21∆::natNT2 VPH1-mCherry::hphNT1	This study
atg8Δ APE1-RFP	WCG4a atg8∆::KAN APE1-mRFP::hphNT1	This study
atg8Δ APE1-RFP atg21∆	WCG4a atg8∆::KAN APE1-mRFP::hphNT1 atg21∆::natNT2	This study
atg8Δ APE1-RFP 3xtagBFP-PHO8	WCG4a atg8∆::KAN APE1-mRFP::hphNT1 pRS305-PGK1p- 3xtagBFP-PHO8	This study
atg8Δ APE1-RFP atg21Δ 3xtagBFP-PHO8	WCG4a atg8∆::KAN APE1-mRFP::hphNT1 atg21∆::natNT2 pRS305-PGK1p-3xtagBFP-PHO8	This study
atg8Δ APE1-RFP vac8Δ 3xtagBFP-PHO8	WCG4a atg8∆::KAN APE1-mRFP::hphNT1 vac8∆::natNT2 pRS305-PGK1p-3xtagBFP-PHO8	This study
atg8∆ vac8∆	WCG4a atg8∆::KAN vac8∆::hphNT1	This study
atg8∆ vac8∆ APE1-mTagBFP2	WCG4a atg8∆::KAN vac8∆::hphNT1 APE1-mTagBFP2::natNT2	This study
atg8∆ 3xtagBFP-PHO8	WCG4a atg8∆::KAN pRS305-PGK1p- 3xtagBFP-PHO8 LEU2::natNT2	This study
atg8∆ 3xtagBFP-PHO8 vac8∆	WCG4a atg8∆::KAN pRS305-PGK1p- 3xtagBFP-PHO8 LEU2::natNT2 vac8∆::hphNT1	This study
atg8∆ VPH1-GFP	WCG4a atg8∆::KAN VPH1-yeGFP::hphNT1	This study
atg8∆ VPH1-mCherry APE1-mTagBFP2	WCG4a atg8∆::KAN VPH1-mCherry::hphNT1 APE1-mTagBFP2::natNT2	This study
atg16Δ APE1-RFP	WCG4a atg16∆::natNT2 APE1-RFP::hphNT1	This study
atg21∆ atg16∆	WCG4a atg21∆::KAN atg16∆::natNT2	[16]
atg21∆ atg16∆ atg5∆	WCG4a atg21∆::KAN atg16∆::natNT2 atg5∆::hphNT1	This study
SEY6210 (SEY WT)	Sey6210 MATa ura3-52 leu2-3,112 his3-∆200 lys 2–801 trp1-∆901 suc2-∆9 mel GAL	[79]
SEY6210 atg16∆	Sey6210 atg16∆::natNT2	[16]
SEY6210 atg16∆ atg21∆	Sey6210 atg16∆::natNT2 atg21∆::hphNT1	This study
vac8∆ ATG13-6xHA	WCG4a vac8∆::hphNT1 ATG13-6xHA::natNT2	This study