Table 1.
The main mutations in the S gene described in the variants of greatest interest.3. Detection and Characterization of SARS-CoV-2 Variants by Sequencing.
| Lineage -> | Alpha | Beta (B.1.351) | Gamma (P.1) | Zeta | Eta | Kappa (B.1.617.1) | Delta (B.1.617.2) | Delta (AY.1) | Delta (AY.2) | Delta (AY.4) | Delta (AY.4.2) | Delta (AY.43) | Lambda | Mu | Omicron | Omicron (BA.2) | Omicron (BA.4/BA.5) | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| (B.1.1.7) | (P.2) | B.1.525) | (C.37) | (B.1.621) | (BA.1) | |||||||||||||
| Gene | Spike Regions/Domains | Mutations | ||||||||||||||||
| Spike (1273 aa) | NTD (aa13-304) |
L18F | L18F | |||||||||||||||
| T19R | T19R | T19R | T19R | T19R | T19R | T19I | T19I | |||||||||||
| T20N | ||||||||||||||||||
| LPP24-26del | LPP24-26del | |||||||||||||||||
| A24S | A24S | |||||||||||||||||
| P26S | ||||||||||||||||||
| Q52R | ||||||||||||||||||
| A67V | A67V | |||||||||||||||||
| HV69-70del | HV69-70del | V70F | HV69-70del | HV69-70del | ||||||||||||||
| G75V | ||||||||||||||||||
| T76I | ||||||||||||||||||
| D80A | ||||||||||||||||||
| T95I | T95I | T95I | T95I | T95I | ||||||||||||||
| D138Y | ||||||||||||||||||
| G142D | G142D | G142D | G142D | G142D | G142D | G142D | G142D | G142D | ||||||||||
| VYY143-145del | ||||||||||||||||||
| ins144-145VN | ||||||||||||||||||
| Y144del | Y144del | |||||||||||||||||
| Y145H | ||||||||||||||||||
| Y145N | ||||||||||||||||||
| E154K | ||||||||||||||||||
| FR157-158del | FR157-158del | FR157-158del | FR157-158del | FR157-158del | FR157-158del | |||||||||||||
| R190S | ||||||||||||||||||
| N211del | ||||||||||||||||||
| L212I | ||||||||||||||||||
| V213G | V213G | |||||||||||||||||
| ins215-217EPE | ||||||||||||||||||
| D215G | ||||||||||||||||||
| A222V | A222V | |||||||||||||||||
| LAL242-244del | ||||||||||||||||||
| RSYLTPG246-252del | ||||||||||||||||||
| R246I | ||||||||||||||||||
| W258L | ||||||||||||||||||
| RBD (aa319-541) |
G339D | G339D | G339D | |||||||||||||||
| S371L | S371F | S371F | ||||||||||||||||
| S373P | S373P | S373P | ||||||||||||||||
| S375F | S375F | S375F | ||||||||||||||||
| T376A | T376A | |||||||||||||||||
| D405N | D405N | |||||||||||||||||
| R408S | R408S | |||||||||||||||||
| K417N | K417T | K417N | K417N | K417N | K417N | K417N | ||||||||||||
| N440K | N440K | N440K | ||||||||||||||||
| G446S | ||||||||||||||||||
| L452R | L452R | L452R | L452R | L452R | L452R | L452R | L452Q | L452R | ||||||||||
| S477N | S477N | S477N | ||||||||||||||||
| T478K | T478K | T478K | T478K | T478K | T478K | T478K | T478K | T478K | ||||||||||
| E484K | E484K | E484K | E484K | E484Q | E484K | |||||||||||||
| E484A | E484A | E484A | ||||||||||||||||
| F486V | ||||||||||||||||||
| F490S | ||||||||||||||||||
| Q493R | Q493R | |||||||||||||||||
| G496S | ||||||||||||||||||
| Q498R | Q498R | Q498R | ||||||||||||||||
| N501Y | N501Y | N501Y | N501Y | N501Y | N501Y | N501Y | ||||||||||||
| Y505H | Y505H | Y505H | ||||||||||||||||
| CTS1/S2 (aa543-1273) |
T547K | |||||||||||||||||
| A570D | ||||||||||||||||||
| D614G | D614G | D614G | D614G | D614G | D614G | D614G | D614G | D614G | D614G | D614G | D614G | D614G | D614G | D614G | D614G | D614G | ||
| H655Y | H655Y | H655Y | H655Y | |||||||||||||||
| Q677H | ||||||||||||||||||
| N679K | N679K | N679K | ||||||||||||||||
| P681H | P681R | P681R | P681R | P681R | P681R | P681R | P681R | P681H | P681H | P681H | P681H | |||||||
| A701V | ||||||||||||||||||
| T716I | ||||||||||||||||||
| N764K | N764K | N764K | ||||||||||||||||
| D796Y | D796Y | D796Y | ||||||||||||||||
| N856K | ||||||||||||||||||
| T859N | ||||||||||||||||||
| F888L | ||||||||||||||||||
| D950N | D950N | D950N | D950N | D950N | D950N | |||||||||||||
| Q954H | Q954H | Q954H | ||||||||||||||||
| N969K | N969K | N969K | ||||||||||||||||
| L981F | ||||||||||||||||||
| S982A | ||||||||||||||||||
| T1027I | ||||||||||||||||||
| Q1071H | ||||||||||||||||||
| D1118H | ||||||||||||||||||
| V1176F | V1176F | |||||||||||||||||