La recherche française face aux maladies infectieuses émergentes : de REACTing à l’ANRS- maladies infectieuses émergentes

Abstract

Des maladies infectieuses émergentes (MIE) peuvent être responsables d’épidémies, voire de pandémies bouleversant les sociétés et provoquant des crises nationales et internationales. Dans notre monde globalisé, l’urbanisation anarchique, les perturbations d’écosystèmes (déforestation, création de barrage, etc.), les modifications des conditions de cultures et d’élevage, la disponibilité croissante des transports aériens, le déplacement des populations, les changements climatiques, constituent autant de facteurs favorables à la survenue et à la propagation de pathogènes émergents ou ré-émergents comme les SARS-Cov, MERS-CoV, Ebola, Zika, grippe ou encore plus récemment SARS-CoV-2 et Monkeypox. Les États, les organisations régionales et internationales, les agences de santé et de recherche, les organisations non gouvernementales et l’industrie pharmaceutique sont aujourd’hui interpellés par la répétition de ces crises et par leurs conséquences sur les équilibres sanitaires, sociaux, économiques et politiques. Nous sommes manifestement depuis une quinzaine d’année, dans un nouveau régime de l’émergence et de la ré-émergence infectieuse. Ce nouveau régime appelle de nouvelles réponses, à hauteur des défis à relever dans l’urgence des crises épidémiques ainsi que pour mieux répondre aux enjeux de gestion de crises dans un contexte de « One health ». La recherche est un pilier essentiel dans la réponse à ces épidémies avec un double enjeu : (i) améliorer les connaissances sur la maladie, sa prévention, son traitement, son diagnostic, l’impact sur la société… et (ii) préparer et comprendre les émergences futures, « anticiper » … Au fil des épidémies survenues ces 15 dernières années, la recherche française s’est organisée et a évolué pour répondre à ces crises, de la genèse de REACTing en 2011, à la création de l’ANRS Maladies Infectieuses Émergentes en 2021.

Introduction

Des maladies infectieuses émergent périodiquement et peuvent être responsables d’épidémies, voire de pandémies bouleversant les sociétés et provoquant des crises nationales et internationales. Dans notre monde globalisé, l’urbanisation anarchique, les perturbations d’écosystèmes (déforestation, création de barrage, etc.), les modifications des conditions de cultures et d’élevage, la disponibilité croissante des transports aériens, le déplacement des populations, les changements climatiques, constituent autant de facteurs favorables à la survenue et à la propagation de pathogènes émergents ou ré-émergents comme les SARS-Cov, MERS-CoV, Ebola, Zika, grippe ou encore plus récemment SARS-CoV-2.

Les États, les organisations régionales et internationales, les agences de santé et de recherche, les organisations non gouvernementales et l’industrie pharmaceutique sont aujourd’hui interpellés par la répétition de ces crises et par leurs conséquences sur les équilibres sanitaires, sociaux, économiques et politiques. Nous sommes manifestement depuis une quinzaine d’année, dans un nouveau régime de l’émergence et de la ré-émergence infectieuse. Ce nouveau régime appelle de nouvelles réponses, à hauteur des défis à relever dans l’urgence des crises épidémiques.

La recherche est un pilier essentiel dans la réponse à ces épidémies avec un double enjeu : (i) améliorer les connaissances sur la maladie, sa prévention, son traitement, son diagnostic, l’impact sur la société, etc. et (ii) préparer et comprendre les émergences futures : « anticiper ».

Au fil des épidémies survenues ces quinze dernières années, nous allons préciser comment la recherche française s’est organisée et a évolué pour répondre à ces crises de la genèse de REACTing (2011) à la création de l’ANRS Maladies Infectieuses Émergentes en 2021 et ce que peut apporter la recherche en particulier opérationnelle à la gestion politique d’une crise sanitaire dans un climat d’incertitudes.

La genèse de REACTing pour faire face aux crises sanitaires

En 1996, la crise de la vache folle avait conduit à la création d’un comité de scientifiques dirigé par Dominique Dormont du CEA, qui avait eu un rôle important mais transitoire.

Chikungunya à la Réunion et dans l’Océan Indien, 2005–2006

Jusqu’en 2005, le chikungunya était considéré comme une maladie bégnine survenant par épidémie dans des pays à ressources limités. Après l’apparition des premiers cas de chikungunya en mars 2005 à la Réunion, des formes sévères de la maladie, des transmissions materno-fœtales et des formes cliniques invalidantes ont été décrites. Ces descriptions mettaient en lumière le manque de connaissance sur cette maladie, sur le plan physiopathologique, sur les traitements ou sur les mesures de lutte anti-vectorielle. Ainsi, suite à ce constat, en février 2006, une délégation de scientifiques accompagnait à la Réunion le Premier ministre et les ministres chargés de la Santé et de la Recherche, afin de prendre la mesure du problème et de déterminer les modalités d’action susceptibles d’enrayer l’inquiétante progression de l’épidémie. La principale décision du gouvernement prise à l’issue de cette visite fut la création d’une cellule interdisciplinaire de coordination des recherches sur le chikungunya dont les principales missions étaient d’initier, de proposer et d’animer les recherches afin d’éclairer les pouvoirs publics dans le contrôle de l’épidémie et la gestion de la crise [1]. La mission de cette cellule était l’impulsion, la coordination et la réalisation de recherches (et non à la gestion de la crise). À la suite de l’épidémie, il a été décidé la création d’un Centre de Recherche et de Veille sur les maladies émergentes dans l’Océan Indien (CRVOI) basé à la Réunion sous l’égide de l’INSERM.

Grippe pandémique H1N1 2009 et création de REACTing (2011)

L’Institut de microbiologie et des maladies infectieuses (IMMI), crée en 2008, a pu initier une nouvelle dynamique de recherche sur les émergences lors de la pandémie de grippe A(H1N1 en 2009. Dès l’annonce de l’émergence et l’identification du virus influenza A(H1N1)2009 et du risque pandémique qu’il représentait, les ministères chargés de la Recherche et de la Santé ont confié à l’IMMI, au nom de l’Alliance pour les sciences de la vie et de la santé (Aviesan), la coordination des recherches françaises. Cette pandémie a révélé, qu’en France, il n’existait pas de dispositifs institutionnels et financiers permettant d’implémenter et de financer rapidement les recherches nécessaires pour faire face à des situations exceptionnelles. Les conclusions de la crise montraient que pour faire face aux épidémies, cela devrait passer par la mise en place d’une meilleure structuration et d’une coordination efficace de la communauté scientifique, mais également par des moyens financiers et humains suffisants et rapidement disponible [2].

Face au constat du manque de coordination de la recherche en situation d’urgence sanitaire, l’IMMI, à l’Inserm, a mis en place, début 2012, un consortium appelé REACTing (REsearch and ACTion targeting emerging infectious diseases) [3]. Ce consortium, coordonné par l’Inserm, en collaboration avec ses partenaires de l’Alliance nationale pour les sciences de la vie et de la santé (Aviesan), était un réseau multidisciplinaire rassemblant les groupes de recherche français d’excellence afin de préparer et coordonner la recherche pour faire face à une menace qui n’est pas encore arrivée et qui est donc, par nature, imprévisible. REACTing s’est organisé autour d’un comité de pilotage composé de spécialistes de santé humaine, de santé animale et des sciences sociales. Il s’appuyait sur un comité scientifique international, sur des centres méthodologiques et sur des groupes de travail spécifiques (éthique, méthodologie, arboviroses, fièvre hémorragiques virales, etc.). REACTing ne ciblait aucune maladie infectieuse en particulier et pouvait intervenir sur toutes les émergences infectieuses et notamment zoonotiques. Son domaine d’action était large, de la recherche fondamentale aux sciences humaines et sociales en passant par les sciences de l’environnement, la recherche clinique, l’épidémiologie, la modélisation et la santé publique. L’approche était transversale et multidisciplinaire, les crises sanitaires étant toujours des phénomènes complexes dans leurs causes comme dans leurs effets. Les deux principaux objectifs de REACTing étaient : (i) de préparer la recherche entre les crises : gouvernance, préparation des outils de recherche, identification des priorités de recherche, recherche de financements, préparation des aspects éthiques et juridiques; (ii) de mettre en place des projets de recherche en tout début de crise épidémique : mobilisation de chercheurs, coordination des projets, définitions des priorités stratégiques, aide méthodologique, renforcement des capacités, financement et recherche de financement, information des autorités et du grand public. Malgré des moyens limités (pas de financement ANR malgré deux demandes) et une certaine indifférence du Ministère de la Recherche… REACTing a débuté ses premières actions et soutien de projet lors de l’épidémie de chikungunya aux Antilles et Guyane françaises et en Amérique du Sud en 2013 [4].

Ebola en Afrique de l’Ouest 2014 : une étape décisive pour REACTing

L’épidémie de Maladie à Virus Ebola (MVE) de 2013–2016 en Afrique de l’Ouest a été la plus dévastatrice et la plus meurtrière depuis la découverte du virus Ebola à Yambuku en République Démocratique du Congo (RDC) en 1976. Environ 11 000 morts sur 28 000 cas sont survenus en Guinée, Sierra Leone et Liberia. L’absence de vaccin préventif et de traitement curatif, associée à une mortalité élevée (environ 80 % de mortalité au début de 2014), ont conduit la communauté scientifique internationale à se mobiliser massivement. Le virus Ebola en Guinée avait été isolé par le P4 (INSERM) de Lyon dès avril 2014.

REACTing a été mobilisé dès juin 2014 dans la coordination de la lutte contre Ebola en Afrique de l’Ouest et présent au niveau de la Task-Force interministérielle mise en place par le Premier Ministre. C’est dans ce cadre qu’a pu se mettre en place en urgence en Guinée une étude sur un traitement antiviral, le Favipiravir [5], [6]. Cet essai clinique (essai JIKI) avait pour objectif de tester la capacité du favipiravir à réduire la mortalité chez les personnes infectées par le virus Ebola. Pendant et après l’épidémie, ont également été mis en place : une cohorte de patients guéris de la maladie à virus Ebola (cohorte Post-Ebogui) [6], plusieurs essais de phase 1 et 2 de vaccination en Europe et en Afrique, l’essai PREVAC de phase 2b dans les 4 pays de l’Afrique de l’Ouest touchés par l’épidémie (Guinée, Liberia, Sierra Leone et Mali), partenariat académique entre l’Inserm, le National Institute of Health (NIH), London School of Hygiene and Tropical Medicine et industriel avec les laboratoires pharmaceutiques Johnson & Johnson et Merck sous la coordination de REACTing. Il faut souligner le rôle du laboratoire P4 Jean Mérieux-Inserm de Lyon, de l’Institut de Recherche et Développement (IRD), de l’Inserm dans les études nourries par les sciences sociales, la cohorte de patients guéris, les analyses sur le réservoir du virus Ebola, le rôle crucial de l’Institut Pasteur dans l’organisation des laboratoires de diagnostic et de recherche et celui de l’Établissement Français de Sang dans l’essai thérapeutique à base des plasmas de convalescent. Toutes les actions ont été largement menées en collaboration avec les Organisations Non Gouvernementales (ONG) comme Médecins Sans Frontières, Alima et la Croix-Rouge Française qui ont joué un rôle majeur dans l’organisation de la réponse à l’épidémie et pour les projets de recherche. Ainsi, pour la première fois et 40 ans après la découverte du virus, des thérapies expérimentales ont été administrées chez des patients infectés par le virus Ebola, soit à titre compassionnel soit dans le cadre d’essais clinique [5], [6], [7], [8], [9].

L’urgence sanitaire et l’explosion de l’épidémie ont ainsi provoqué un impératif éthique et scientifique, permettant la réalisation de progrès considérables. Cette épidémie a considérablement accéléré la recherche biomédicale. Il a été possible de mettre en œuvre des essais cliniques d’envergure en situation d’urgence grâce à une collaboration entre les ministères de la santé des pays concernés, des instituts de recherche internationaux, des laboratoires pharmaceutiques et des organisations non-gouvernementales. Les comités d’éthique des pays touchés par Ebola ont également fait preuve d’une adaptation remarquable face à l’urgence de la situation pour rendre des avis dans des délais largement raccourcis. Ainsi, de nouvelles stratégies thérapeutiques et préventives ont pu être testées et utilisées pour lutter contre l’épidémie.

La dimension One-Health (Une seule Santé) a été incluse dans le programme de recherche sur Ebola. En effet, REACTing a soutenu le projet « Réservoir », qui a lieu en Guinée, au Cameroun et en RDC, dont l’objectif est de rechercher les animaux réservoirs du virus Ebola et d’évaluer le risque de transmission du virus Ebola entre les animaux (chauves-souris, grands singes et animaux domestiques) et les humains et en particulier l’humain vivant en forêt. Cette étude a conforté l’hypothèse que les singes ne sont que des hôtes intermédiaires et que les chauves-souris ont un rôle de réservoir et pourra permettre à terme des actions de prévention dans certaines zones de RDC [10].

La multidisciplinarité et les collaborations inter-institutionnelles françaises et internationales favorisés par REACTing ont ainsi permis une recherche de qualité dans un contexte de crise humanitaire complexe y compris au plan éthique [11].

REACTing/Ebola Guinée 2014/ Quatre grandes leçons :

• •Mobilisation d’équipes de chercheurs jusqu’ici impliquées dans d’autres domaines à l’exemple du NIH, avec des liens entre chercheurs et ONG inédits.
• •Interactions étroites entre recherche et gestion de la crise sanitaire.
• •Importance des Sciences Humaines et Sociales et des enjeux éthiques [10].
• •Collaborations internationales (NIH, MRC, OMS et Commission Européenne).

La pandémie de Zika aux Antilles en 2015

Dès la fin de l’année 2015 et face à la menace du virus Zika en Amérique latine et dans les Caraïbes et avant les premiers cas aux Antilles françaises, REACTing et l’Alliance Aviesan se sont rapidement mobilisés, en particulier l’Inserm, l’Institut Pasteur, l’IRD, l’Établissement français du sang et les hôpitaux universitaires associés pour déterminer quelles pourraient être les pistes de recherche autour de ce virus, de la maladie et de son vecteur et quelles actions pourraient être entreprises par les équipes françaises. Ainsi, des études observationnelles ont été mises en place : une pour étudier l’histoire naturelle de la maladie pendant l’épidémie de 2016 dans les départements français d’Amérique et une autre pour étudier les conséquences de l’infection à virus Zika au cours de la grossesse et chez les nouveau-nés pendant l’épidémie de 2016 dans ces mêmes départements français d’Amérique [12].

REACTing a également encouragé les équipes de recherche à répondre à l’appel d’offre européen qui a permis de constituer ZIKAlliance, un consortium de recherche pluridisciplinaire et multinational, coordonné par l’Inserm. Ce consortium a reçu 12 millions d’euros du Programme de recherche et d’innovation Horizon 2020 de l’Union européenne, afin de mener pendant 3 ans un projet de recherche d’envergure sur l’infection par le virus Zika en Amérique Latine et aux Caraïbes, avec une vision « One Health ». Ce projet s’est appuyé sur les équipes de différentes institutions de recherche en France, Inserm, IRD, Institut Pasteur ainsi que sur des équipes internationales, notamment d’Amérique Latine et Européenne et impliquant plusieurs aspects tels que la virologie, l’interaction hôte-vecteur, l’épidémiologie, la clinique, les sciences sociales, les thérapeutiques avec plus de 150 articles. Le consortium avait également pour objectif de mieux organiser les recherches en vue de futures menaces d’épidémies dans les zones touchées : il mettra en place un réseau de centres de recherche en Amérique latine et dans les Caraïbes préparés à l’étude des pathologies émergentes. Le consortium a créé une véritable communauté scientifique intégrée qui a puissamment et durablement structuré la recherche sur les MIE en Amérique Latine et dans la Caraïbe, mais il s’est aussi heurté à de grandes difficultés opérationnelles qui ont été explicitées dans un article scientifique [13].

La pandémie de COVID-19 (2020–2021)/forces et limites de REACTing

REACTing s’est mobilisé pour faire face à l’épidémie de COVID-19 dès la mi-janvier 2020. Plusieurs actions ont été mises en place : (I) mise en place du Comité Scientifique REACTing le 22 janvier 2020 ; (II) définition des priorités de recherche à partir des axes ciblés par l’OMS ; (III) appui méthodologique pour la mise en place de projets de recherche clés ; (IV) collaboration avec les financeurs pour le lancement des appels d’offre d’urgence (ANR-Flash COVID-19, PHRC-COVID, Fondation pour la Recherche Médicale, Ministères) ; (V) veille scientifique et revue de la littérature ; (VI) information de la communauté scientifique, des personnels de soin, des décideurs et du grand public. Le Directeur de REACTing et plusieurs chercheurs sont devenus membres du « Conseil Scientifique Covid-19 » auprès du Président de la République le 16 mars 2020.

REACTing s’est mobilisé pour accélérer la recherche sur le virus (y compris au plan fondamental alors que le nombre d’équipes françaises travaillant sur ce sujet était limité) et sur la maladie COVID-19. Avec le soutien financier du ministère des Solidarités et de la Santé et du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation, 20 initiatives scientifiques portant sur des thématiques aussi diverses que la modélisation de l’épidémie, la recherche de traitement ou la prévention, les sciences humaines et sociales ont été sélectionnées pour des financements d’amorçage début février 2020.

Par ailleurs, de nombreux groupes d’animation de la recherche ont été créés dans le domaine de la thérapeutique, des vaccins, de l’épidémiologie, du diagnostic, des sciences humaines et sociales, de la recherche dans les pays à ressources limitées. Ainsi des projets de recherche ont pu émerger de ces groupes d’animation permettant une accélération des connaissances sur la COVID-19.

Si l’épidémie de COVID-19 a généré une mobilisation sans précédent des acteurs et des financeurs de la recherche en particulier l'ANR, la mise en place de collaborations et l’initiation de projets de recherche, y compris d’essais cliniques, notamment grâce à l’engagement rapide de REACTing, il ne faut cependant pas occulter les difficultés rencontrées pour mettre en place une véritable coordination de la recherche sur COVID-19. Ainsi, face à la multiplication des initiatives (en particulier dans le domaine de l’hydroxychloroquine…) de la part des médecins et des financeurs, les efforts de REACTing pour assurer une bonne coordination des projets de recherche portés par les différentes institutions françaises et inciter les équipes à se rapprocher en cas de redondance, se sont heurtés aux limites de son périmètre institutionnel, n’ayant ni les missions ni les outils pour procéder à une régulation des projets et des essais cliniques, que ce soit au niveau règlementaire ou financier. Les relations complexes avec l’IHU de Marseille ont été également une limite.

Suite à ce constat, mi 2020, alors que la pandémie de Covid-19 engendre une crise sanitaire majeure et durable, le ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation a exprimé la volonté d’intégrer l’ANRS et le consortium de l’Inserm REACTing en une nouvelle agence afin d’optimiser la réponse française aux crises pandémiques suite aux recommandations du Comité CARE dirigé par Françoise Barré-Sinoussi, et comme le souhaitaient depuis des années, les directeurs successifs de l’ANRS [14].

Début 2021, les questions scientifiques et médicales sur SARS-CoV-2 et COVID-19 étaient loin d’être résolues, en particulier concernant l’évolution des variants et les phénomènes d’échappement immunitaire. En outre, il a fallu faire face à de nouvelles questions scientifiques telles que les conséquences à moyen et long terme post COVID-19 ou des complications médicales, psychologiques ou sociales liées aux confinements.

Après une grande période d’incertitude scientifique en 2020, des progrès majeurs sont survenus : (i) Vaccins et identification des variants par séquençage en 2021 (ii). Efficacité limitée des vaccins sur la transmission mais persistante sur la protection de survenue des formes graves, et antiviraux spécifiques (Ac monoclonaux, Paxlovid) en 2022. L’ANRS-MIE a contribué à quelques grands résultats scientifiques majeurs au plan international (médicaments, variants, vaccins, modèles animaux) [15], [16], [17], [18], [19]. La production scientifique française se situe au 7^e, 8^e rang international (en nombre de publications, mais au 2^e rang pour les publications majeures) (Fig. 1 ).

REACTing–Pandémie SARS-CoV-2 - 5 points d’intérêt :

• •Les axes de recherche définis et retenus dans les premiers jours de la crise sont fondamentaux et doivent être partagés au niveau européen.
• •La durée de la crise est souvent plus longue que prévue.
• •La coordination de la recherche est nécessaire. Elle n’est pas suffisante quand elle déconnectée des moyens financiers.
• •Les interactions recherche/gestion de la crise sanitaire/décisions publiques doivent être très opérationnelles [20].

Figure 1.

Bilan des publications sur la Covid-19 en France en décembre 2021.

La recherche fondamentale a pu bénéficier d’un financement rapide grâce à l’ANR Flash. Globalement, environ 600 millions d’euros ont été consacrés à la recherche (1.5 milliard en Allemagne).

La préparation aux épidémies en période calme : un enjeu insuffisamment perçu jusqu’ici par les autorités

En période inter-épidémique, il est nécessaire de soutenir différentes actions visant à préparer la réponse à une future épidémie : préparation à la recherche (charte éthique, soutien méthodologique et recherche de financement) ; participation au renforcement des capacités des pays partenaires pour faire face à ces crises ; soutien à des projets de recherche permettant de mieux appréhender des épidémies ou de mieux adapter la réponse (étude de séroprévalence, de tolérance d’un médicament). Cette stratégie d’anticipation des questions et des outils permet de plus rapidement mettre en place une recherche opérationnelle dès que l’agent pathogène a été identifié surtout si elle est réalisée au niveau du P4 de Lyon.

Par exemple, suite à l’augmentation des évènements épidémiques de la fièvre de Lassa en Afrique de l’Ouest, une mission conjointe de l’ONG Alima et de l’Inserm fin mars 2017 au Togo, a permis d’identifier des questions de recherche prioritaires (diagnostic, surveillance, traitement, vaccin et mise en place de cohorte). Une mission exploratoire a ensuite été menée au Nigeria pour l’identification de centres potentiels. Suite à cette mission, une étude de cohorte de patients infectés par le virus Lassa au Nigeria (LASCOPE), déployée comme premier niveau et prérequis d’un programme sur l’histoire naturelle de la maladie et en vue d’essais thérapeutiques a été mise en place au Nigeria [19].

Plus récemment, la peste, endémique à Madagascar et en RDC, a frappé de façon inhabituelle plusieurs régions de Madagascar par sa forme pulmonaire très létale. Cette résurgence a révélé sur son passage des lacunes dans la connaissance de cette maladie historique. Ces nombreuses épidémies, qui ébranlent des pays déjà instables sur le plan sanitaire, soulignent le besoin d’être mieux préparés et de stimuler la recherche autour de ces maladies, notamment en périodes de crises. Une forte mobilisation de l’Institut Pasteur de Madagascar a permis de lancer des projets de recherche sur cette maladie, avec REACTing en soutien d’une cohorte de patients infectés. Une forte mobilisation de la communautés scientifiques a également permis d’identifier les priorités de recherche sur la peste, notamment grâce à la tenue d’un workshop commun de l’Institut Pasteur et de REACTing pour mieux comprendre cette maladie historique [21], [22], [23], [24], [25].

La création du COVARS (Comité de veille et d’anticipation des risques sanitaires) fin septembre 2022, incluant les enjeux de recherche et en particulier « One Health » sous l’égide des deux Ministres de la Santé et de la Recherche, est un élément positif pour mieux ANTICIPER [26].

De même, les aspects de recherche doivent être encore plus intégrés dans la stratégie nationale de résilience, portée par le secrétariat général de la défense et de la sécurité nationale (SGDSN) [27].

L’après REACTing : création de l’ANRS Maladies Infectieuses Emergentes dans un contexte de One-Health (janvier 2021)

Début 2022, nous étions à un moment clé de la structuration de la recherche sur les maladies infectieuses émergentes : les autorités politiques ayant enfin pris conscience de l’importance de ces enjeux. Plusieurs réflexions ont porté sur cette organisation [18], [24], [25], [26]. En France, les maladies infectieuses émergentes sont actuellement étudiées et explorées par de très nombreuses disciplines et organisations publiques et privées, des plus fondamentales aux plus appliquées [20], [28], [29], [30]. La France a tous les atouts pour se positionner en leader mondial, avec notamment une recherche interdisciplinaire d’excellence (plateformes de recherches : Pasteur, ANRS, IRD, CIRAD…) incluant de fortes connexions dans les pays à ressources limitées, un système de soins robuste, des formations reconnues. Par contre, la relation avec le tissu industriel et un terreau dynamique de jeunes entreprises innovantes demande encore à être améliorée [20], [28], [29].

Tirant les enseignements de la crise COVID-19 pour laquelle plusieurs analyses [18], [19], [20], [21], [22], [23], [24], [25], [26], [27] ont convergé sur la nécessité de construire pour l’avenir une impulsion de recherche mieux structurée et coordonnée sur le champ des maladies émergentes et ré-émergentes, le gouvernement a porté le projet de créer une nouvelle agence nationale autonome de l’Inserm construite au service de l’ensemble de la communauté de recherche s’intéressant aux maladies infectieuses émergentes, en conjuguant l’expertise scientifique et la capacité de coordination de REACTing en situation de crise à la capacité opérationnelle de l’Agence Nationale de Recherche sur le VIH/Sida, hépatites virales, tuberculose (ANRS).

Ainsi, le 1er janvier 2021, l’ANRS|Maladies infectieuses émergentes a été créée. Héritière de l’agence nationale de l’ANRS « historique », la nouvelle agence reprend son organisation scientifique, ses capacités opérationnelles et son périmètre de recherche qui ont fait leurs preuves pendant ses 32 années d’existence. Elle évolue toutefois en s’imprégnant des atouts du modèle de REACTing : son expérience acquise face à plusieurs crises sanitaires (COVID-19, Ebola, Zika…) et son réseau d’équipes et de laboratoires d’excellence. L’ANRS | Maladies infectieuses émergentes (ANRS | MIE) est ainsi armée pour préparer la réponse aux enjeux posés par les maladies émergentes en temps de paix et pour son déploiement en temps de crise.

L’ANRS|MIE est une agence autonome de l’Inserm. Elle a pour missions l’animation, l’évaluation, la coordination et le financement de la recherche sur le VIH/sida, les hépatites virales, les infections sexuellement transmissibles, la tuberculose et les maladies infectieuses émergentes et ré-émergentes (notamment les infections respiratoires émergentes, dont la COVID-19, les fièvres hémorragiques virales et les arboviroses). L’agence couvre tous les domaines de la recherche : recherche fondamentale, clinique, en santé publique et en sciences de l’homme et de la société ; son organisation met l’accent sur l’innovation et le renforcement de partenariats internationaux. Avec une approche One Health, s’intéressant à la santé humaine, animale et à l’impact de l’homme sur l’environnement [31], [32], l’agence prépare la réponse aux enjeux scientifiques posés par les maladies émergentes et à son déploiement en temps de crise. L’ANRS|MIE est placée sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation et du ministère des Solidarités et de la Santé. L’agence fédère et anime plusieurs réseaux nationaux et internationaux de chercheurs et de médecins employés par les principaux organismes de recherche, universités, centres hospitaliers ou associations. Les associations de patients et les représentants de la société civile sont pleinement intégrés à sa gouvernance et à son fonctionnement.

Pour permettre à L’ANRS|MIE d’assumer un véritable rôle de coordination de la recherche sur les maladies infectieuses et émergentes, il importe d’affirmer son assise institutionnelle dans un cadre pérenne, et de consolider son financement (Le financement actuel est le double de celui de l’ANRS historique soit environ autour de 90 M Euros/an) et ses leviers d’action. Il faudra qu’elle travaille en étroite collaboration avec les autres agences de recherche, françaises et étrangères, mais aussi le COVARS [20], [21], [22], [23], [24], [25], [26] et le SGDSN [27]. On peut noter que cette vision stratégique s’est rapidement mise en place en juin 2022 à l’occasion de la variole du singe [33].

Conclusions et perspectives

• •la France consacre une part insuffisante de son PIB à la recherche dont l’importance n’est pas bien comprise par les autorités politiques depuis des années. Cette situation est particulièrement visible en cas de crise sanitaire ;
• •huit ans pour la création de l’ANRS-MIE à la suite d’une pandémie mondiale illustre bien une certaine forme d’incompréhension de la part des décideurs politiques, institutions de recherche et des chercheurs eux-mêmes vis-à-vis de la recherche en situation de crise, contrairement à d’autres pays européens ;
• •la meilleure réponse aux crises sanitaires est d’anticiper avec une recherche fondamentale libre, non dédiée et financée indépendamment et en amont des crises. La création des laboratoires d’excellence s’avère plus efficace que le crédit impôt recherche [34]. Au début de la crise, il faut rapidement rapprocher les équipes de recherche fondamentale et les entreprises en biotechnologies ;
• •anticiper est fondamental, mais ce n’est pas facile : la multidisciplinarité peut y aider. Les sciences humaines et sociales ont une importance majeure ;
• •la relation forte entre la recherche et les différents comités scientifiques en charge de la réponse globale à une crise sanitaire doit être maintenue ;
• •la vision « One Health » connue des scientifiques, doit devenir plus opérationnelle en évitant les problèmes de compétition entre les différentes agences, avec une vision européenne ;
• •la recherche doit être plus présente dans nos territoires ultra-marins ;
• •les décisions prises en début de crise sont essentielles pour la suite : sujets prioritaires, financements dédiés, relations avec les ONG…
• •la durée d’une crise est toujours plus longue que prévue. L’organisation de la recherche doit en tenir compte et s’adapter ;
• •la France est en retard par rapport à d’autres pays européens (en particulier UK) pour la structuration d’une recherche opérationnelle hors de l’hôpital avec des réseaux de médecins de proximité : c’est une priorité ;
• •les collaborations internationales : Europe, OMS, NIH, réseaux de recherche avec les pays à ressources limitées, sont essentielles et peuvent se préparer dans les inter-crises.

Déclaration de liens d’intérêts

Jean-François Delfraissy a été Directeur de l’ANRS de juillet 2005 à décembre 2016, délégué interministériel de la lutte contre Ebola (septembre 2014–novembre 2015), Président du Conseil scientifique Covid-19 auprès du Président de La République de mars 2020 à juillet 2022.